• 생명과학회지
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• 제32권8호
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• pp.595-600
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• 2022

Oenanthe javanica와 O. javanica var. japonica 한국 내 식용미나리이다. Cicuta virosa는 독미나리로 시큐톡신을 함유하고 있다. 미나리에 대한 RAPD 마크에 의한 분자적 변이를 조사하였다. RAPD 분석을 위해 10개 올리고프라이머(오페론, OPB)로 6개 집단을 분석하였다. 6개 집단에서 72개 DNA 분절(밴드)을 찾았다. 72 밴드 중 61개(84.7%) 밴드는 다형현상을 나타내었다. 한국 내 독미나리 자연 집단은 작고 격리되어 패치 분포를 이루고 있지만 높은 유전적 다양도를 가지고 있었다. 반면에, 재배종 미나리(Oenanthe javanica var. japonica) 집단은 채소용으로 논에서 광범위한 분포를 나타내지만 독미나리와 야생종 미나리에 비해 낮은 유전적 다양도를 나타내었다. 비록 야생집단이 재배집단에 비해 다양도가 높지만 유의한 차이는 없었다. 전체 유전적 다양도(H_T)는 0.342였다. 집단 내 유전적 다양도(H_S)는 0.201이였다. 유전자 좌위에 근거한 집단 간 분화에서 전체 유전적 다양도의 비율(G_ST)은 0.414이므로 전체 변이의 41.4%는 집단 간에 있었다. 결론으로 RAPD기법은 독미나리와 식용미나리의 동정에 유용하였다. 또, RAPD의 OPB 마크는 미나리의 다른 자원과 식품 자원을 식별하는 데 도움이 될 수 있는 분자 마크임을 보여주었다.

• 대한본초학회지
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• 제24권4호
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• pp.115-120
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• 2009

Objectives : Due to the morphological similarity and frequent occurrence of intermediate forms as well as morphological variations of aerial part, the correct identification between Rhei Radix et Rhizoma and Rhei Undulatai Rhizoma is very difficult. To develop a reliable method for correct identification and improving the quality standards of Rhei Radix et Rhizoma and Rhei Undulatai Rhizoma, we analyzed RAPD and developed SCAR marker. Methods : To amplify target DNA at the genomic level, 32 Operon 10-mer random primers were applied with four Rheum species, R. officinale, R. palmatum, R. tanguticum and R. undulatum. The nucleotide sequences were determined and species-specific primers were prepared depending on the species-specific RAPD amplicons after subcloned into the pGEM-Teasy vector. To develop the SCAR markers, species-specific PCR amplification and multiplex-PCR were carried out using the single species-specific primer pairs and combinations of them, respectively. Results : We used RAPD analysis of four Rheum plant species to obtain several species-specific RAPD amplicons. From nucleotide sequences of these RAPD amplicons, we developed two SCAR markers that amplified 314 bp and 390 bp DNA fragments in only R. undulatum but not in R. officinale, R. palmatum, R. tanguticum and R. undulatum, for distinguishing Rhei Undulatai Rhizoma and Rhei Radix et Rhizoma. Furthermore, we established SCAR markers for the simultaneous discrimination of the three species within a single reaction by using multiplex-PCR. Conclusions : These genetic markers can be used for the efficient discrimination of plants species and commercial herbal medicines between Rhei Undulatai Rhizoma and Rhei Radix et Rhizoma, to ultimately prevent indiscriminate distribution and prescription of these herbal medicines.

• 한국잡초학회지
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• 제18권1호
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• pp.76-83
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• 1998

피속 잡초 수집종 33종을 대상으로 RAPD marker를 이용하여 피 수집종 간의 유전적변이를 알아보고, 수집종들을 판별할 수 있는 DNA marker를 선발하기 위하여 본 실험을 수행한 결과를 요약하면 다음과 같다. Operon사에서 제작된 74개의 10-mer RAPD primer 가운데에서 명확한 다형성을 보이는 6개 primer를 선발하였다. 이들 primer로 PCR에서 증폭된 밴드는 31개이었으며 이 가운데 다형성을 나타내는 band는 26개(83.9%)로 나타났다. 피 수집종 간의 유연 관계를 분석한 결과 공시된 피 수집종은 크게 3그룹으로 분류할 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권6호
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• pp.742-753
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• 2012

Copper-containing compounds are introduced into the environment through agricultural chemicals, mining, and metal industries and cause severe detrimental effects on ecosystems. Certain microorganisms exposed to these stressors exhibit molecular mechanisms to maintain intracellular copper homeostasis and avoid toxicity. We have previously reported that the soil bacterial isolate Achromobacter sp. AO22 is multi-heavy metal tolerant and exhibits a mer operon associated with a Tn21 type transposon. The present study reports that AO22 also hosts a unique cop locus encoding copper homeostasis determinants. The putative cop genes were amplified from the strain AO22 using degenerate primers based on reported cop and pco sequences, and a constructed 10,552 base pair contig (GenBank Accession No. GU929214). BLAST analyses of the sequence revealed a unique cop locus of 10 complete open reading frames, designated copSRABGOFCDK, with unusual separation of copCD from copAB. The promoter areas exhibit two putative cop boxes, and copRS appear to be transcribed divergently from other genes. The putative protein CopA may be a copper oxidase involved in export to the periplasm, CopB is likely extracytoplasmic, CopC may be periplasmic, CopD is cytoplasmic/inner membrane, CopF is a P-type ATPase, and CopG, CopO, and CopK are likely copper chaperones. CopA, B, C, and D exhibit several potential copper ligands and CopS and CopR exhibit features of two-component regulatory systems. Sequences flanking indicate the AO22 cop locus may be present within a genomic island. Achromobacter sp. strain AO22 is thus an ideal candidate for understanding copper homeostasis mechanisms and exploiting them for copper biosensor or biosorption systems.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권2호
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• pp.287-296
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• 2007

A Lactobacillus paraplantarum strain producing a bacteriocin was isolated from kimchi using the spot-on-the lawn method and named L. paraplantarum C7 [15]. The bacteriocin, paraplantaricin C7, was found to inhibit certain Lactobacillus strains, including L. plantarum, L. pentosus, and L. delbrueckii subsp. lactis. It also inhibited Enterococcus faecalis, yet did not inhibit most of the other LAB (lactic acid bacteria) tested. The maximum level of paraplantaricin C7 activity was observed under the culture conditions of $25^{\circ}C$ and a constant pH of 4.5. Paraplantaricin C7 retained 90% of its activity after 10 min of treatment at $100^{\circ}C$ and remained stable within a pH range of 2-8. Based on a culture supernatant, paraplantaricin C7 was purified by DEAE-Sephacel column chromatography and $C_{18}$ reverse-phase HPLC. SDS-PAGE and activity staining were then conducted using the purified paraplantaricin C7, and its molecular mass determined to be about 3,800 Da. The 28 N-terminal amino acids from the purified paraplantaricin C7 were determined, and the structural gene encoding paraplantaricin C7, ppnC7, was cloned by PCR using degenerate primers based on the N-terminal amino acid sequence. The nucleotide sequences for ppnC7 and other neighboring orfs exhibited a limited homology to the previously reported plantaricin operon genes. Paraplantaricin C7 is a novel type II bacteriocin containing a double glycine leader sequence.

• Plant Resources
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• 제2권1호
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• pp.22-25
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• 1999

Molecular markers are useful to confirm the hybridity of F1 plant derived from cross of two homozygous parents with similar morphological traits. RAPD markers were used to test F1 hybrid plant obtained from cross of two homozygous soybean (Glycine max) parents. Fl plant for cross I was made from the mating of Hobbit87 (female) and L63-1889 (male) and Fl plant for cross II was obtained from the mating of H1053 (female) and L63-1889 (male). Selfing plant per each cross was also obtained. Among 20 Operon primers used, OPA04 and OPA09 show polymorphism between cross I and II parent. Band in size 1Kb of OPA04 and 2.1Kb of OPA09 primer was polymorphic band. This fragment identified Fl hybrid plant and selfing plant in cross I and II. Female parent Hobbit87 in cross I and H1053 in cross II has no this fragment (recessive allele). However, male parent L63-1889 and Fl hybrid plant in cross I and II has this size of polymorphic band (dominant allele). This indicated that Fl hybrid and selfing plants were detected by RAPD marker before phenotypic marker would be used to identify Fl hybridity. Amplification products of selfing plant for cross I and II were completely same to the those of female parent. When mature, flower color of Fl hybrid plant in cross I and II was purple and flower color of selfing plant in cross I and II was white. Purple flower is dominant trait. Fl hybridity was successfully detected at very early growth stage using RAPD marker. Therefore, RAPD marker can be used broadly to confirm Fl hybridity in many crops.

• 한국버섯학회지
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• 제13권1호
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• pp.79-83
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• 2015

본 연구는 큰느타리버섯의 베타글루칸 고함유 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위해 수행되었다. operon사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 대립 계통 9종과 베타글루칸 고함유 계통 9 종을 대상으로 RAPD를 이용한 bulked segregant analysis를 실시하여 OP-R03 primer로부터 대립 계통에는 나타나지 않고 베타글루칸 고함유 계통에만 나타나는 특이적인 RAPD 밴드를 얻었다. OP-R03 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 91 bp 부근에서 베타글루칸 고함유 계통에 특이적인 DNA 밴드가 관찰되었으며 이 DNA 밴드의 염기서열 말단을 근거로 SCAR 마커로 사용할 specific primer인 OP-R03-1-F와 OP-R03-1-R를 디자인하였다. SCAR 마커 OP-R03-1-F/-1-R primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서도 91 bp 부근에서 대립 계통과 구별되는 DNA 밴드가 베타글루칸 고함유 계통에서 확인되었으며 random primer인 OP-R03 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA 밴드임을 확인할 수 있었다.

• 한국버섯학회지
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• 제12권3호
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• pp.226-231
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• 2014

본 연구는 큰느타리버섯의 고온적응성 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위해 수행되었다. operon 사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 대립 계통 7종과 고온성 계통 7 종을 대상으로 RAPD를 이용한 bulked segregant analysis를 실시하여 OP-A06 primer로부터 대립 계통에는 나타나지 않고 고온성 계통에만 나타나는 특이적인 RAPD 밴드를 얻었다. OP-A06 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 385 bp 부근에서 고온성 계통에 특이적인 DNA 밴드가 관찰되었으며 이 DNA 밴드의 염기서열 말단을 근거로 SCAR 마커로 사용할 specific primer인 OP-A06-1-F와 OP-A06-1-R를 디자인하였다. SCAR 마커 OP-A06-1-F/-1-R primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서도 385 bp 부근에서 대립 계통과 구별되는 DNA 밴드가 고온성 계통에서 확인되었으며 random primer인 OP-A06 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA 밴드임을 확인할 수 있었다.

• 농업과학연구
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• 제28권1호
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• pp.1-7
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• 2001

RAPDs 분석에 의한 양친의 유전적 유사성 정도가 F1 잡종강세 예측에 효율적으로 이용될 수 있는지 알아보고자 통일형 6 품종(밀양42, IR747, 백운찰벼, 삼강벼, 수원307, 이리356) 간 반이면 교배 F1 15조합을 작성하였다. 양친과 F1을 공시하여 조사한 수량 등 8개의 특성과 RAPDs 분석을 통해 구한 양친의 유전적거리와의 관계를 조사하였다. 120개의 Operon 프라이머를 6개 품종의 DNA 증폭에 이용한 결과 3367개의 밴드가 발생되었으며 이중 168개가 6개 품종 중 1개 이상의 품종에서 변이를 보였다. 6품종간 유전적 거리는 최소 0.157(백운찰벼와 수원 307호 간), 최대 0.383(삼강벼와 이리356호 간)의 분포를 보였다. 잡종강세의 정도는 정조수량(129%), 수당립수(125%), 수장(109%) 등이 높은 잡종강세를 보였고, 유전적거리는 수당립수와 통계적으로 유의한 부의 상관을 보였지만, 정조수량, 천립중 등과는 유의한 상관을 보이지 않았다.

• 한국버섯학회지
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• 제11권3호
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• pp.171-176
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• 2013

큰느타리버섯의 저온성적응성 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위하여 저온성 계통의 8균주와 대조구 8균주의 genomic DNA를 30 ug/ml의 농도로 bulking한 것을 주형 DNA로 사용하고 operon 사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 RAPD를 수행하였으며 이중에서 OP-S3 primer를 사용한 PCR 산물들이 대조구와 가장 뚜렷한 차이를 나타내었다. OP-S3 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 480 bp 부근에서 저온성 계통에 특이적인 DNA band가 관찰되었으며 이 DNA band의 염기서열을 근거로 SCAR marker로 사용할 specific primer인 OP-S3-1-F와 OP-S3-1-R를 디자인하였다. SCAR marker OP-S3-1 primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서는 저온성 계통에서만 480 bp 부근에서 대조구와 구별되는 DNA band를 확인할 수 있었으며 random primer인 OP-S3 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA band를 확인할 수 있었다.