• 제목/요약/키워드: OPA1

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큰느타리버섯의 고온적응성 형질에 관련된 SCAR Marker 개발 (Development of strain-specific SCAR marker for selection of Pleurotus eryngii strains adaptable to high-temperature)

  • 김수철;김혜수;박소연;류재산;조수정
    • 한국버섯학회지
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    • 제12권3호
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    • pp.226-231
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    • 2014
  • 본 연구는 큰느타리버섯의 고온적응성 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위해 수행되었다. operon 사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 대립 계통 7종과 고온성 계통 7 종을 대상으로 RAPD를 이용한 bulked segregant analysis를 실시하여 OP-A06 primer로부터 대립 계통에는 나타나지 않고 고온성 계통에만 나타나는 특이적인 RAPD 밴드를 얻었다. OP-A06 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 385 bp 부근에서 고온성 계통에 특이적인 DNA 밴드가 관찰되었으며 이 DNA 밴드의 염기서열 말단을 근거로 SCAR 마커로 사용할 specific primer인 OP-A06-1-F와 OP-A06-1-R를 디자인하였다. SCAR 마커 OP-A06-1-F/-1-R primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서도 385 bp 부근에서 대립 계통과 구별되는 DNA 밴드가 고온성 계통에서 확인되었으며 random primer인 OP-A06 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA 밴드임을 확인할 수 있었다.

고정화 효소를 이용한 명태고기풀 수세액으로부터 Peptide 생산에 관한 연구 (Peptide Production from the Washing Liquid of the Fish Paste of Alaska pollak (Theragria chalcogramma) by Immobilized Enzyme)

  • 신석우;말강방남
    • 한국수산과학회지
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    • 제30권3호
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    • pp.466-472
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    • 1997
  • 명태 (Alask pollack, Theragia chalcogramma) 고기풀 수세액 중의 단백질 활용방안으로 기능성 peptide생산을 위해 고정화 protease를 이용한 생물반응기에서 가수분해하여 gel 여과후 정제 peptide의 특성 및 아미노산 존재 여부를 파악하기 위해 실험한 결과는 다음과 같다. 1. $0.5\%$ 농도의 고기를 수세액을 반응온도 $50^{\circ}C$에서 24시간 가수분해 하였을 때 분해율은 $50\%$ (OPA법)였다. 2. Sephadex G-50 column chromatography에 의한 고기풀 수세 액과 조peptide의 분자량은 각각 $10,000\~50,000Da$과, $600\~12,000Da$의 광범위한 분포를 나타내었다. 3. SP-Sephadex C-25 $(H^+)$ column chromatography에서 식염농도 $0\~3\%$의 농도구배에서 $0.6\~0.9\%\;NaCl$, pH 2 범위에서 염기성이 약한 아미노산을 함유하였고, $1.2\~2.0\%$에서는 염기성이 강한 아미노산을 함유하는 peptide가 용출되었다. 4. SP-Sephadex C-25 ($(H^+)$ column chromatography에서 분획한 SP-분획을 Sephadex G-50 colum chromatography에서 peptide의 분자량 측정 결과는 대게 저분자로 분자량 1,000Da에서 3,000Da 범위였고, SP-4>SP-3>SP-2>SP-1의 순으로 분자량 분포를 나타내었다. 5. 정제 peptide의 아미노산 조성은 수세 peptide에서 glycine, arginine이 가장 많이 함유하였으며 그외 glutamic acid, alanine, aspartic aicd 등이였고, SP-분획 peptide는 수세 peptide와 대동소이하였으나 SP-2에서 glycine이 $33\%$로 가장 높았다.

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큰느타리버섯의 저온적응성 형질에 관련된 SCAR Marker 개발 (Development of a psychrophilic-SCAR marker for Pleurotus eryngii)

  • 김수철;황혜성;조윤진;김혜수;류재산;조수정
    • 한국버섯학회지
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    • 제11권3호
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    • pp.171-176
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    • 2013
  • 큰느타리버섯의 저온성적응성 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위하여 저온성 계통의 8균주와 대조구 8균주의 genomic DNA를 30 ug/ml의 농도로 bulking한 것을 주형 DNA로 사용하고 operon 사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 RAPD를 수행하였으며 이중에서 OP-S3 primer를 사용한 PCR 산물들이 대조구와 가장 뚜렷한 차이를 나타내었다. OP-S3 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 480 bp 부근에서 저온성 계통에 특이적인 DNA band가 관찰되었으며 이 DNA band의 염기서열을 근거로 SCAR marker로 사용할 specific primer인 OP-S3-1-F와 OP-S3-1-R를 디자인하였다. SCAR marker OP-S3-1 primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서는 저온성 계통에서만 480 bp 부근에서 대조구와 구별되는 DNA band를 확인할 수 있었으며 random primer인 OP-S3 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA band를 확인할 수 있었다.

Genetic Variation and Differences within and between Populations of Cultured and Wild Bullhead (Pseudobagrus fulvidraco) Revealed by RAPD-PCR

  • Yoon Jong-Man;Kim Gye-Woong;Park Hong-Yang
    • Reproductive and Developmental Biology
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    • 제29권4호
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    • pp.213-221
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    • 2005
  • We used nine decamer primers to generate DNA fragment sizes ranging from 100 bp to 1,600 bp from two bullhead (Pseudobagrus fulvidraco) populations of Dangjin in Korea. 376 fragments were identified in the cultured bullhead population, and 454 in the population of wild bullhead from Dangjin: 287 specific fragments $(76.3\%)$ in the cultured bullhead population and 207 $(45.6\%)$ in the wild bullhead population. On average, a decamer primer was used to generate 34.2 amplified products in a cultured bullhead. A RAPD primer was used to generate an average of 3.1 amplified bands per sample, ranging between 2.5 and 6.0 fragments in this population. Nine primers also generated 24 polymorphic fragments (24/376 fragment, $6.4\%$) in the cultured bullhead population, and 24 (24/454 fragments, $5.2\%$) in the wild bullhead population. The OPA-16 primer, notably, produced which 11 out of 11 bands $(100\%)$ were monomorphic in the wild bullhead population. 110 intra-population-specific fragments, with an average of 12.2 per primer, were observed in the cultured bullhead population. 99 fragments, with an average of 11.0 per primer, were identified in the wild bullhead. Especially, 55 inter-population-common fragments, with an average of 6.1 per primer, were observed in the two bullhead populations. The bandsharing value (BS value) of individuals within the wild bullhead population was substantially higher than was determined in the cultured bullhead population. The average bandsharing value was $0.596\pm0.010$ within the cultured bullhead population,. and $0.657\pm0.010$ within the wild bullhead population. The dendrogram obtained with the nine primers indicates two genetic clusters, designated cluster $1\;(CULTURED\;01\~CULTURED\;11)$, and cluster $2\;(WILD\;12\~WILD\;22)$. Ultimately, the longest genetic distance displaying significant molecular differences was determined to exist between individuals in the two bullhead populations, namely between individuals WILD no. 19 of the wild bullhead population and CULTURED no. 03 of the cultured bullhead population (genetic distance = 0.714). RAPD-PCR allowed us to detect the existence of population discrimination and genetic variation in Korean population of bullhead. This finding indicates that this method constitutes a suitable tool for DNA comparison, both within and between individuals, populations, species, and genera.

소변 중 4-hydroxyproline 분석에 관한 연구 (Determination of Free 4-hydroxyproline with Dansylchloride by HPLC in Human Urine)

  • 이규원;조영봉;이경종
    • Journal of Preventive Medicine and Public Health
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    • 제35권4호
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    • pp.282-286
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    • 2002
  • Objectives : The level of 4-hydroxyproline (4-Hyp) in human urine was measured using high performance liquid chromatography (HPLC) with a fluorescence detector. This method is useful for medical examinations and investigating the radicals induced by physical, chemical, mental stresses. This method is superior to many published several methods in terms of its low cost and ability to analyze many samples. Methods : The urine from workers in a tire manufacturing company (22 male pre- and post-shift workers) and 18 office-workers as controls were analyzed. Data concerning age, the cumulative drinking amount and the cumulative smoking amount was collected with a questionnaire. The optimum applied amount of dansyl-Cl, the optimum reaction temperature and time, the recoveries and the optimum pH of the eluent and buffer were determined.4-Hyp from human urine was derivatized with dansyl-Cl (dimethylamino-naphthalene-1-sulfonyl chloride) after removing the a-amino acid by a treatment with phthalic dicarboxaldehyde (OPA) and cleaned with Bond Elut C18 column. The 4-Hyp derivatives were separated on a reversed phase column by gradient elution with a phosphate buffer (5 mmol, pH 8.0) and acetonitrile, and detected by fluorescence measurements at 340 nm (excitation) and 538 nm (emission). Results : The detection limit for the urinary free 4-Hyp was $0.364{\mu}mol/l$. The recovery rate of 4-Hyp was 99.7%, and the effective pH of the phosphate buffer and borate buffer were 3.0 and 8.0, respectively. From statistical analysis, age, drinking and smoking did not affect the urinary free 4-Hyp in both the controls and workers. The range of urinary 4-Hyp in the controls, pre-shift, and post-shift workers were 0.33-16.44, N.D-49.06, and $0.32-56.27{\mu}mol/l$. From the pared-sample t-test, the urinary 4-Hyp levels in post-shift workers ($11.82{\pm}6.73\;nmmol/mg\;Cre$) were 2-fold higher than in pre-shift workers ($5.36{\pm}5.53\;nmol;/mg\;Cre$) and controls ($4.91{\pm}4.89\;nmol;/mg\;Cre$). Conclusions : This method was developed with high sensitivity, accuracy, and precision. The present method was effectively applied to analyze the urinary free 4-Hyp in both controls and workers.

RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA)를 이용한 장뇌삼의 지역별 품종 구분 (Identification of Korean Mountain Cultivated Ginseng by RAPD)

  • 최지영;이주희;이수광;강호덕
    • 농업생명과학연구
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    • 제43권6호
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    • pp.35-43
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    • 2009
  • 본 연구에서는 서로 다른 지역에서 재배된 장뇌삼 8품종과 밭에서 재배된 재배인삼 등 총 9개체에 대해 장뇌삼 품종들 간의 유연관계를 분석하였다. RAPD분석에 사용한 random primer는 총 40종류(OPA 1~20, OPB 1~20)였으며, 이 중 34개가 각기 다른 지역에서 재배된 품종간의 집단을 형성하여 9개 품종간 유연관계를 밝히는데 유용하였다. 유연관계를 분석한 결과, 홍천과 재배인삼, 의성과 금산, 진안과 풍기와 강화, 상주와 안동 4개의 그룹으로 구분되었으며 이는 다시 2개의 그룹 "홍천-재배인삼-의성-금산", "풍기-강화-상주-안동"으로 구분 되었다. 9개 지역에서 수집한 품종간의 유사도 값은 최저 0.30, 최고 0.53으로 나타났다. RAPD방법은 사용법이 간단하고 소요시간이 적게 소요될 뿐만 아니라 적은 양의 DNA시료로도 분석이 가능한 검정법으로 형태적인 차이가 구별되지 않는 장뇌삼 품종 간의 유전적 유연관계를 밝히는 데 유용한 방법임을 알 수 있었다. 그러나 품종별 계통유연관계를 보다 정확히 분석하기 위해서 AFLP 또는 Molecular Maker를 이용하거나 계통분류에 널리 이용되는 핵, 엽록체 DNA의 유전자 염기서열 비교와 같은 정밀한 분자계통학적 연구가 수행되어져야 할 것으로 사료된다.

수종의 인공 레진 치아의 마모저항성과 경도에 관한 비교 연구 (Comparative Study on Wear Resistance and Hardness of Several Artificial Resin Teeth)

  • 최유성;이준석;조인호
    • 구강회복응용과학지
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    • 제24권2호
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    • pp.129-146
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    • 2008
  • 본 연구에서는 다양한 치과 수복재료에 대합되는 의치용 레진치의 마모저항성을 알아보기 위해 통상의 아크릴 릭 레진치인 $Trubyte^{(R)}$ $Biotone^{(R)}$ (Dentsply, U.S.A.)과 고강도 레진치인 Endura $Posterio^{(R)}$ (Shofu, Japan), Physio $Duracross^{(R)}$ (Nissin, Japan)를 수복재료인 금합금, 도재, 충전용 레진에 대합시켜 마모저항성을 비교 분석하였다. 또한 앞의 세 종류의 레진 인공치와 5종류의 의치세정제인 유한락스, 폴리덴트, 싸이덱스, 헥사메딘, 증류수를 사용하여 의치세정제 및 소독제가 경도에 미치는 영향을 비교 분석하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 대합되는 수복재료로 충전용 레진, 도재를 사용한 경우 $Trubyte^{(R)}$ $Biotone^{(R)}$, Endura $Posterio^{(R)}$, Physio $Duracross^{(R)}$ 순으로 교두정 높이감소가 컸으며 세 재료간의 유의한 차이를 보였다 (p<0.05). 2. 대합되는 수복재료로 금합금을 사용한 경우 $Trubyte^{(R)}$ $Biotone^{(R)}$, Endura $Posterio^{(R)}$, Physio $Duracross^{(R)}$ 순으로 교두정 높이 감소가 컸으며, 특히 $Trubyte^{(R)}$ $Biotone^{(R)}$ 이 다른 두 종류의 인공치보다 유의성 있게 높은 교두정 높이 감소를 보였다 (p<0.05). 3. 대합되는 수복재료로 충전용 레진, 금합금, 도재를 사용한 경우 모두 $Trubyte^{(R)}$ $Biotone^{(R)}$, Endura $Posterio^{(R)}$, Physio $Duracross^{(R)}$ 순으로 무게 감소가 컸으며, 세 재료간의 유의한 차이를 보였다 (p<0.05). 4. 의치세정제에 따른 경도 감소는 실험 전과 후의 측정치를 비교했을 때 모든 레진 인공치에서 유의성 있는 차이 를 나타내었다 (p<0.05). 5. 유한락스, 싸이덱스, 헥사메딘에 담구었던 레진 인공치에 의한 경도감소는 $Trubyte^{(R)}$ $Biotone^{(R)}$, Endura $Posterio^{(R)}$, Physio $Duracross^{(R)}$ 순으로 높은 감소를 보였고, 특히 $Trubyte^{(R)}$ $Biotone^{(R)}$이 다른 두 종류의 인공치보다 유의성 있게 높은 경도 감소를 보였다 (p<0.05). 이상의 실험 결과 마모저항성 실험에서는 최근에 개발된 Physio $Duracross^{(R)}$가 다른 두 종류의 레진 인공치에 비해 세 종류의 대합되는 수복재료 모두에서 높은 마모저항성을 보였고 특히 $Trubyte^{(R)}$ $Biotone^{(R)}$에 비해 유의성 있게 높은 마모저항성을 보였다. 경도 실험에서는 Physio $Duracross^{(R)}$와 Endura $Posterio^{(R)}$$Trubyte^{(R)}$ $Biotone^{(R)}$에 비해 유의성 있게 낮은 경도감소를 보였고 (p<0.05), 폴리덴트, 증류수에서는 유의한 차이를 보이지 않았다. 따라서, Physio $Duracross^{(R)}$가 세 종류의 레진 인공치에 비해 우수한 마모저항성을 보인다고 볼 수 있고, Endura $Posterio^{(R)}$와 함께 $Trubyte^{(R)}$ $Biotone^{(R)}$에 비해서 우수한 경도를 보인다고 볼 수 있지만, 단편적인 실험 결과이므로, 아직은 신중하게 고려되어야 하고, 더 많은 연구가 필요하다고 사료된다.

Acrylic resin 표면의 거칠기에 따른 세균부착 비교 (EFFECT OF SURFACE ROUGHNESS OF ACRYLIC RESIN ON THE ADHESION OF BACTERIA)

  • 김영이;방몽숙;박하옥;오종석
    • 대한치과보철학회지
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    • 제42권4호
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    • pp.373-385
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    • 2004
  • Statement of problem: The microbial adhesion on the surface of materials used in prosthodontics and restorative dentistry significantly influences microbial infection. Purpose: The purpose of this study was to evaluate the effect of how the degree of surface roughness of acrlyic resin affect the adhesion of bacteria. Material and methods: Resins were finished with $50{\mu}m$ and $250{\mu}m$ aluminium oxide particles by using sandblaster, by using stone point, and high polished with $Opa^{(R)}$ and Lace $motor^{(R)}$. The surface of acrylic resin attached by bacteria was directly touched on the surface of BHI agar, which was incubated. Bacteria colonies formed on BHI agar were counted in accordance with the degree of the surface roughness. Results: 1. The viable cell number of Streptococcus mutans increased on the acrylic resins incubated in BHI broth than in PBS. 2. The viable cell number of Streptococcus mutans increased on the acrylic resins incubated without agitation than with agitation, washed three times than six times, and incubated in broth added with 5% sucrose than without sucrose. 3. When Streptococcus mutans incubated in BHI broth, the number of Streptococcus mutans colonies formed on BHI agar was the largest on the acrylic resins finished with $250{\mu}m$ aluminium oxide particle using sandblaster. But when incubated in BHI broth containing sucrose, the number of colonies formed on that was the largest on the acrylic resins high polished using $Opal^{(R)}$ and Lace $motor^{(R)}$. 4. When Streptococcus sanguis was incubated in BHI broth with or without sucrose, the number of Streptococcus mutans colonies formed on BHI agar was the largest on the acrylic resins finished with $250{\mu}m$ aluminium oxide particle using sandblaster. 5. When Actinomyces viscosus was incubated in BHI broth with or without sucrose, the number of Streptococcus mutans colonies formed on BHI agar was the largest on the acrylic resins high polished using $Opal^{(R)}$ and Lace $motor^{(R)}$. Conclusion: These results indicated that when acrylic resins attached by bacteria were touched on the surface of BHI agar, the number of bacterial colonies formed on the agar was dependent on the bacterial species. Also, the result of this study was showed that increase in the surface roughness and the addition of sucrose increased retention of microbial cells.

백지에서 추출한 oxypeucedanin hydrate의 미토콘드리아 기능 관련 근생성 효과 (Effects of oxypeucedanin hydrate isolated from Angelica dahurica on myoblast differentiation in association with mitochondrial function)

  • 송은주;허지원;장지희;권윤주;정윤희;김민정;김성은
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제57권1호
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    • pp.53-64
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    • 2024
  • 본 연구는 근생성 효능을 가진 천연화합물을 발굴하고자 oxypeucedanin hydrate가 근생성과 미토콘드리아에 미치는 영향 및 항암제 유도 미토콘드리아 손상에 대한 완화효과를 C2C12 근원세포와 zebrafish 모델을 통해 각각 확인하였다. 그 결과, oxypeucedanin hydrate는 다핵의 근관세포의 수와 분화말기 표지자인 Myh4의 발현량을 증가시켰고 근육단백질 분해 인자인 MuRF1과 MAFbx의 발현량은 감소시켰다. 또한 미토콘드리아 생합성 조절인자인 Pgc1α, Tfam과 전자전달계 구성인자인 Sdha, Cox1의 발현은 증가시키고, 미토콘드리아 융합인자인 Opa1의 발현 또한 증가시킴과 동시에 미토콘드리아 분열을 표지하는 Drp1의 발현은 감소시켰다. 한편 zebrafish 모델을 통해 항암제 유도 미토콘드리아 손상에 대한 개선효과를 확인한 결과, oxypeucedanin hydrate는 항암제에 의해 유도된 미토콘드리아 손상을 완화시켰다. 이상의 결과들은 oxypeucedanin hydrate가 미토콘드리아 기능 증진을 매개로 근원세포 분화 촉진 및 근육 단백질 분해 저하 효과를 나타냄을 시사한다. 따라서 본 연구를 통해 oxypeucedanin hydrate가 근생성 효과를 나타낼 수 있는 잠재적인 유효소재로서의 가능성을 제시하였다.

붉은 지렁이(Lumbricus rubellus) 체내로부터 정제한 Phenoloxidase (Endogenous Phenoloxidase Purified from an Earthworm, Lumbricus rubellus)

  • 백승렬;조은정;유경희;김유삼;서정진;장정순
    • 한국동물학회지
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    • 제39권1호
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    • pp.36-46
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    • 1996
  • 붉은 지렁이(Lumbricus rubellus)로부터 체내에 존재하는 phenoloxidase (EPO)를 ammonium sulfate. Blue-2, Phenyl-, Q-sepharose chromatography등을 이용하여 정제하였다. 이 효소는 SDS-PAGE상에서 59 kDa의 분자량을 갖는 단일 단백질로 나타났으며 nondenatudng-PAGE를 이용하여 DL-dopa를 기질로 in situ 염색 결과, 210 kDa 보다 다소 큰 단일 band가 dopachrome 침착에 의해 형성되었다. 이는 곧 이 효소가 자연상태에서 복합체의 형태로 존재하고 있음을 의미한다. 또한 이 효소는 monophenolase 활성도, 즉 tyrosine을 dopa로 전환시키는 활성도도 갖고 있음을 470nm에서 dopachrome축적을 관찰함으로써 확인할 수 있었다. Phenyithiourea(PUT), 1, 10-phenanthroline, EDTA, EGTA등을 사용한 효소억제 실험 결과, PTU만이 65 $\mu$M의 IC 0.5로 효소 활성도를 효과적으로 억제시켰다. 이는 EPO의 촉매기작에서 구리가 매우 중요한 역할을 하고 있음을 의미한다. 이 효소는 L-dopa를 기질로 사용하였을 때 35$^{\circ}C$와 pH8.0에서 최적의 활성도를 나타내었다. EPO의 L-dopa에 대한 Km은 pH6.5와 8.0에서 각각 1.86 mM과 13.8 mM로 나타났다. 또한, pH 8.0에서 Vmax는 pH 6.5에서 보다 약 6.6배 높은 반면, 각 조건에서 촉매 효율성은 거의 차이가 없음 [(kat/Km)pH8.0/(kcat/Km)pH6.5 = O.92]을 알 수 있었다. 따라서, 이 사실은 EPO 촉매기작에 미치는 pH의 효과가 효소 자체에보다는 기질 또는 효소-기질 복합체 형성과정에 영향을 줌을 의미한다. 이와 같은 사실을 종합해 보면, L. rubellus에 존재하는 phenoloxidase는 oligomeric form을 가지며 활성화 되기 위한 제한적 단백질 가수분해를 필요로 하지 않는다. 따라서, prophenoloxidase activating system의 존재 가능성을 완전히 배재할 수는 없으나 지렁이 체내의 PO는 최소한 부분적으로나마 latent from으로 존재함을 확인할 수 있었다. 이는 외부 침입시 host를 보호하기 위한 방법으로 EPO를 latent from으로 유지 시킬 수 있는 또는 활성화 시킬 수 있는 조절기작의 존재를 예측하게 한다.

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