Isomaltooligosaccharides (IMOs) have good prebiotic effects, and long IMOs (LIMOs) with a degree of polymerization (DP) of 7 or above show improved effects. However, they are not yet commercially available, and require costly enzymes and processes for production. The N-terminal region of the thermostable Thermoanaerobacter thermocopriae cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase (TtCITase) shows cyclic isomaltooligosaccharide (CI)-producing activity owing to a catalytic domain of glycoside hydrolase (GH) family 66 and carbohydrate-binding module (CBM) 35. In the present study, we elucidated the activity of the C-terminal region of TtCITase (TtCITase-C; Met740-Phe1,559), including a CBM35-like region and the GH family 15 domain. The domain was successfully cloned, expressed, and purified as a single protein with a molecular mass of 115 kDa. TtCITase-C exhibited optimal activity at 40℃ and pH 5.5, and retained 100% activity at pH 5.5 after 18-h incubation. TtCITase-C synthesized α-1,6 glucosyl products with over seven degrees of polymerization (DP) by an α-1,6 glucosyl transfer reaction from maltopentaose, isomaltopentaose, or commercialized maltodextrins as substrates. These results indicate that TtCITase-C could be used for the production of α-1,6 glucosyl oligosaccharides with over DP7 (LIMOs) in a more cost-effective manner, without requiring cyclodextran.
The aromatic hydrocarbon receptor (AhR) is a cytosolic protein that binds the environmental pollutant, dioxin. The liganded AhR translocates into the nucleus where it heterimerizes with a constitutive nuclear protein, AhR nuclear translocator (Arnt). The N-terminal regions of both AhR and Arnt contain basic helix-loop-helix (bHLH) and Per-AhR-Arnt-Sim (PAS) motifs that are required for DNA binding, dimerization, and ligand binding whereas the C-terminal regions of both AhR and Arnt contain transactivation domains. Here, results from the mammalian two-hybrid system indicate that Arnt can make a homodimer but AhR cannot. In the presence of dioxin, the interaction between AhR and Arnt is stronger than that of the Arnt homodimer, suggesting that Arnt prefers to make a heterodimer with the liganded AhR rather than a homodimer. Transfection analyses using the GAL4-driven reporter system suggest that AhR's N-terminal region represses its own transactivation domain, as well as exogenous transactivation domains such as Sp 1 and VP16. Interestingly, the repressed transactivation domains of AhR are activated by ligand-dependent heterodimerization with Arnt. These observations suggest that heterodimerzation with Arnt is necessary not only for DNA binding but also for activation of the repressed transactivation capability of AhR.
Baker, Andrew T.;Takahashi, Natsumi;Chandra, Sathees B.
Genomics & Informatics
/
v.8
no.2
/
pp.63-69
/
2010
Monofunctional biosynthetic peptidoglycan transglycosylase (MBPT) catalyzes the formation of the glycan chain in bacterial cell walls from peptidoglycan subunits: N-acetylglucosamine (NAG) and acetylmuramic acid (NAM). Bifunctional glycosyltransferases such as the penicillin binding protein (PBP) have peptidoglycan glycosyltransferase (PGT) on their C terminal end which links together the peptidoglycan subunits while transpeptidase (TP) on the N terminal end cross-links the peptide moieties on the NAM monosaccharide of the peptide subunits to create the bacterial cell wall. The singular function of MBPT resembles the C terminal end of PBP as it too contains and utilizes a similar PGT domain. In this article we analyzed the infectious and non infectious protein sequences of MBPT from 31 different strains of bacteria using a variety of bioinformatic tools. Motif analysis, dot-plot comparison, and phylogenetic analysis identified a number of significant differences between infectious and non-infectious protein sequences. In this paper we have made an attempt to explain, analyze and discuss these differences from an evolutionary perspective. The results of our sequence analysis may open the door for utilizing MBPT as a new target to fight a variety of infectious bacteria.
Park, In-Jae;Rhee, Young-Ha;Cho, Nam-Young;Shin, Kwang-Soo
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.16
no.12
/
pp.1935-1939
/
2006
The gene encoding the extracellular medium-chain-length poly(3-hydroxyalkanoate) (MCL-PHA) depolymerase of Pseudomonas luteola Ml3-4, $phaZ_{plu}$, was cloned and analyzed. It was found to be 849 bp, with a deduced protein of 282 amino acids, and was revealed to have a typical leader peptide at its N terminus. The amino acid sequence of $PhaZ_{plu}$ revealed relatively low identity (69 to 72%) with those of other Pseudomonas MCL-PHA depolymerases. In comparison with the amino acid sequences of all available MCL-PHA depolymerases, the depolymerase was found to consist of three domains in sequential order; signal peptide, an N-terminal substrate binding domain, and a catalytic domain, indicating that $PhaZ_{plu}$ belongs to the type IV depolymerases family. The enzyme also contained Asn as an oxyanion hole amino acid.
The role of SPOP in the ubiquitination of $ER{\alpha}$ by the Cullin3-based E3 ubiquitin ligase complex was investigated. We showed that the N-terminal region of SPOP containing the MATH domain interacts with the AF-2 domain of $ER{\alpha}$ in cultured human embryonic 293 cells. SPOP was required for coimmunoprecipitation of $ER{\alpha}$ with Cullin3. This is the first report of the essential role of SPOP in $ER{\alpha}$ ubiquitination by the Cullin3-based E3 ubiquitin ligase complex. We also demonstrated repression of the transactivation capability of $ER{\alpha}$ in cultured mammalian cells.
Sorting nexin 9 (SNX9) is a member of the sorting nexin family of proteins and plays a critical role in clathrinmediated endocytosis. It has a Bin-Amphiphysin-Rvs (BAR) domain which can form a crescent-shaped homodimer structure that induces deformation of the plasma membrane. While other BAR-domain containing proteins such as amphiphysin and endophilin have an amphiphatic helix in front of the BAR domain which plays a critical role in membrane penetration, SNX9 does not. Thus, whether and how SNX9 BAR domain could induce the deformation of the plasma membrane is not clear. The present study identified the internal putative amphiphatic stretch in the $1^{st}$${\alpha}$-helix of the SNX9 BAR domain and proved that together with the N-terminal helix ($H_0$) region, this internal putative amphiphatic stretch is critical for inducing membrane tubulation. Therefore, our study shows that SNX9 uses a unique mechanism to induce the tubulation of the plasma membrane which mediates proper membrane deformation during clathrinmediated endocytosis.
Toxoplasma gondii is an apicomplexan parasite with a broad host range of most warm-blooded mammals including humans, of which one-thirds of the human population has been infected worldwide which can cause congenital defects, abortion, and neonatal complications. Here, we developed a rapid diagnostic test (RDT) for T. gondii infection. Antigenic N-terminal half of the major surface antigen (SAG1) was linked with intrinsically unstructured domain (IUD) of dense granule protein 2 (GRA2). The recombinant GST-GRA2-SAG1A protein was successfully expressed and purified as 51 kDa of molecular weight. Furthermore, antigenicity and solubility of the rGST-GRA2-SAG1A protein were significantly increased. The overall specificity and sensitivity of GST-GRA2-SAG1A loaded RDT (TgRDT) were estimated as 100% and 97.1% by comparing with ELISA result which uses T. gondii whole cell lysates as the antigen. The TgRDT tested with Uganda people sera for field trial and showed 31.9% of seroprevalence against T. gondii antibody. The TgRDT is proved to be a kit for rapid and easy to use with high accuracy, which would be a suitable serodiagnostic tool for toxoplasmosis.
We identified a gene encoding the N-acetylmuramoyl L-alanine amidase (amiB) of Vibrio anguillarum, which catalyzes the degradation of peptidoglycan in bacteria. The entire open reading frame (ORF) of the amiB gene was composed of 1,722 nucleotides and 573 amino acids. The deduced amino acid sequence of AmiB showed a modular structure with two main domains; an N-terminal region exhibiting an Ami domain and three highly conserved, continuously repeating LysM domains in the C-terminal portion. An amiB mutant was constructed by homologous recombination to study the biochemical function of the AmiB protein in V. anguillarum. Transmission electron microscopy (TEM) revealed morphological differences, and that the mutant strain formed trimeric and tetrameric unseparated cells, suggesting that this enzyme is involved in the separation of daughter cells after cell division. Furthermore, inactivation of the amiB gene resulted in a marked increase of sensitivity to oxidative stress and organic acids.
Hur, Su-Jung;Lee, Hye-Won;Shin, Ai-Hyang;Park, Sung Jean
Journal of the Korean Magnetic Resonance Society
/
v.18
no.1
/
pp.10-14
/
2014
Hsp90 is a good drug target molecule that is involved in regulating various signaling pathway in normal cell and the role of Hsp90 is highly emphasized especially in cancer cells. Thus, much efforts for discovery and development of Hsp90 inhibitor have been continued and a few Hsp90 inhibitors targeting the N-terminal ATP binding site are being tested in the clinical trials. There are no metabolic signature molecules that can be used to evaluate the effect of Hsp90 inhibition. We previously found a potential C-domain binder named PPC1 that is a synthetic small molecule. Here we report the metabolomics study to find signature metabolites upon treatment of PPC1 compound in lung cancer cell line, A549 and discuss the potentiality of metabolomic approach for evaluation of hit compounds.
Lumazine protein is a fluorescent protein isolated from the bioluminescent bacteria of Photobacterium species. To generate minimal size of lumazine protein with possessing fluorescent characteristic, the gene coding for the wild type N-terminal domain of lumazine protein (N-LumP 118) containing amino acids up to 118 from Photobacterium leiognathi was produced. In addition, the genes coding for the variant proteins of N-LumP 118, replaced with one tryptophan amino acid (N-LumP 118 V41W, S48W, T50W, D64W, and A66W), were also constructed by Polymerase Chain Reaction and Site Directed Mutagenesis. These proteins were expressed in Escherichia coli by transformation with recombinant plasmids and purified by 6X-His tagging system. Spectroscopic studies have show that the purified proteins are capable of binding to the fluorescent ligand 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine, resulted in showing of fluorescent characteristic with the minimal size of protein. From these studies, the mutant proteins containing single tryptophan amino acid residue, possessing its own intrinsic flouophore character at the different position, will be able to the use as a probe for further studies to deduce their three dimensional structure and the binding modes.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.