근류형성에 의한 생물학적 질소고정기능을 갖는 여러종의 근류균을 대상으로 분자생물학적 계통 분류의 기초자료를 얻기 위하여 Azorhizobium, Bradyrhizobium, Mesorhizobium, Rhizobium, Sinorhizobium 속의 33 균주에 대한 ITS 영역의 염기서열을 이용한 계통 분류가 이루어 졌다. 이들 균주중 대부분의 균주는 한 종류의 ITS 영역을 가지는 반면, 일부균주는 2개의 서로 다른 ITS 염기서열을 가지는 것으로 나타났다. 실험에 이용된 모든 균주들간의 ITS 영역의 염기서열 상동성은 28 - 95%로 매우 변이폭가 컸으며, 이들 염기서열의 계통 분석에 의하면 4가지 그룹으로 구분되었다. Sinorhizobium 속의 모든 균주 및 Rhizobium giardinii 는 그룹 I으로 구분되었다 그룹 II는 R. giardinii를 제외한 모든 Rhizibium 속의 균주를 포함하고 있으며, 계통수의 topology는 매우 불안정한 것으로 나타났다. 특히, R. radiobacter와 R. rubi는 계통분류학적 위치가 불명확한 것으로 나타났다. Bradyrhizobium 속의 균주는 Azorhizobium caulinodans 와 함께 그룹 III로 구분되었고, 그룹 IV는 Mesorhizobium 속의 균주로 이루어 ㅈ다. 특히, Mesorhizobium 속균주의 ITS 영역의 염기서열 상동성이 높게 나타났다.
양태과는 경제적으로 중요한 저서성 바닷물고기로써 인도태평양과 지중해의 열대 또는 온대지역의 하구역에 서식한다. 이번 연구에서 우리는 차세대염기서열분석법을 이용하여 flathead의 일종인 Platycephalus cultellatus Richardson, 1846의 전장 미토콘드리아 유전체를 최초로 분석하였다. 그 총 길이는 16,641 bp이었고, 단백질암호화 유전자 13개, 리보솜 RNA 유전자 2개, 전량 RNA 유전자 22개로 구성되었다. 그 유전자의 구성과 배열은 전형적인 척추동물과 같았다. 단백질암호화 유전자 13개를 바탕으로 작성된 분자계통수에서 P. cultellatus는 같은 과에 속하는 종들과 단계통군을 형성하였고, P. indicus를 비롯하여 Platycephalus sp.로 등록된 표본들과 함께 분기하였다. 또한 DNA 바코딩 분자마커로 널리 사용되는 cox1 유전자를 바탕으로 작성된 분자계통수에서 우리의 표본은 같은 종에 속하는 표본들과 단계통군을 형성하여 그 분류학적 위치가 명확하게 밝혀졌다. 이번 연구에서 새롭게 분석된 P. cultellatus의 미토콘드리아 유전체는 이후 flatheads의 분류와 분자계통을 위한 중요한 기초정보로 활용될 것이다.
Development of an effective vaccine is critically needed for the prevention of malaria. One of the key antigens for malaria vaccines is the apical membrane antigen 1 (AMA-1) of the human malaria parasite Plasmodium falciparum, the surface protein for erythrocyte invasion of the parasite. The gene encoding AMA-1 has been sequenced from populations of P. falciparum worldwide, but the haplotype diversity of the gene in P. falciparum populations in the Greater Mekong Subregion (GMS), including Thailand, remains to be characterized. In the present study, the AMA-1 gene was PCR amplified and sequenced from the genomic DNA of 65 P. falciparum isolates from 5 endemic areas in Thailand. The nearly full-length 1,848 nucleotide sequence of AMA-1 was subjected to molecular analyses, including nucleotide sequence diversity, haplotype diversity and deduced amino acid sequence diversity and neutrality tests. Phylogenetic analysis and pair-wise population differentiation ($F_{st}$ indices) were performed to infer the population structure. The analyses identified 60 single nucleotide polymorphic loci, predominately located in domain I of AMA-1. A total of 31 unique AMA-1 haplotypes were identified, which included 11 novel ones. The phylogenetic tree of the AMA-1 haplotypes revealed multiple clades of AMA-1, each of which contained parasites of multiple geographical origins, consistent with the $F_{st}$ indices indicating genetic homogeneity or gene flow among geographically distinct populations of P. falciparum in Thailand's borders with Myanmar, Laos and Cambodia. In summary, the study revealed novel haplotypes and population structure needed for the further advancement of AMA-1-based malaria vaccines in the GMS.
Karabag, Kemal;Balcioglu, Murat Soner;Karli, Taki;Alkan, Sezai
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
/
제29권12호
/
pp.1696-1701
/
2016
Japanese quail is still used as a model for poultry research because of their usefulness as laying, meat, and laboratory animals. Microsatellite markers are the most widely used molecular markers, due to their relative ease of scoring and high levels of polymorphism. The objective of the research was to determine genetic diversity and population genetic structures of selected Japanese quail lines (high body weight 1 [HBW1], HBW2, low body weight [LBW], and layer [L]) throughout 15th generations and an unselected control (C). A total of 69 individuals from five quail lines were genotyped by fifteen microsatellite markers. When analyzed profiles of the markers the observed ($H_o$) and expected ($H_e$) heterozygosity ranged from 0.04 (GUJ0027) to 0.64 (GUJ0087) and 0.21 (GUJ0027) to 0.84 (GUJ0037), respectively. Also, $H_o$ and $H_e$ were separated from 0.30 (L and LBW) to 0.33 (C and HBW2) and from 0.52 (HBW2) to 0.58 (L and LBW), respectively. The mean polymorphic information content (PIC) ranged from 0.46 (HBW2) to 0.52 (L). Approximately half of the markers were informative ($PIC{\geq}0.50$). Genetic distances were calculated from 0.09 (HBW1 and HBW2) to 0.33 (C and L). Phylogenetic dendrogram showed that the quail lines were clearly defined by the microsatellite markers used here. Bayesian model-based clustering supported the results from the phylogenetic tree. These results reflect that the set of studied markers can be used effectively to capture the magnitude of genetic variability in selected Japanese quail lines. Also, to identify markers and alleles which are specific to the divergence lines, further generations of selection are required.
Objectives : Araliae Continentalis Radix and Angelicae Pubescentis Radix have been used as the same medicinal name Korean and Chinese traditional medicines, respectively. The authentic Araliae Continentalis Radix is described only the root of Aralia continentalis in the Korean Pharmarcopoeia. However, the dried root of Angelica biserrata, Levisticum officinale, or Heracleum moellendorffii also has been distributed adulterants of Araliae Continentalis Radix. To develop a reliable method for identifying Araliae Continentalis Radix from adulterants, we carried out the analyses of universal DNA barcode sequences.Methods : Four plants species were collected from different habitate and nucleotide sequences of matK and rbcL were analyzed. The species-specific sequences and phylogenetic relationship were estimated using entire sequences of two DNA barcodes, respectively.Results : In comparative analysis of matK sequences, we were identified 104 positions of marker nucleotide for Ar. continentalis, 3 for An. biserrata, 4 for L. officinale and 8 for H. moellendorffii enough to distinguish individual species, respectively. Furthermore, we obtained marker nucleotides in rbcL at 42 positions for Ar. continentalis, 5 for An. biserrata and 2 for H. moellendorffii, but not for L. officinale. The phylogenetic tree of matK and rbcL were showed that all samples were clustered into four groups constituting homogeneous clades within the species.Conclusions : We confirmed that species-specific marker nucleotides of matK sequence provides distinct genetic information enough to identify four species. Therefore, we suggest that matK gene is useful DNA barcode for discriminating authentic Araliae Continentalis Radix from inauthentic adulterants.
Kim, Yong-Seok;Yi, Hana;Kim, Myung Kyum;Seong, Chi-Nam;Kim, Wonyong;Jeon, Che Ok;Kim, Seung-Bum;Im, Wan-Taek;Joh, Kiseong;Cha, Chang-Jun
Journal of Species Research
/
제9권4호
/
pp.346-361
/
2020
In the project of a comprehensive investigation of indigenous prokaryotic species in Korea, a total of 39 bacterial strains phylogenetically belonging to the classes Betaproteobacteria and Gammaproteobacteria were isolated from various environmental sources such as soil, cultivated soil, sludge, seawater, marine sediment, algae, human, tree, moss, tidal flat, beach sand and lagoon. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences revealed that 39 strains showed the high sequence similarities (≥98.7%) to the closest type strains and formed robust phylogenetic clades with closely related species in the classes Betaproteobacteria and Gammaproteobacteria. In the present study, we report 14 species of 9 genera of four families of two orders in the class Betaproteobacteria and 25 species of 21 genera of 15 families of eight orders in the class Gammaproteobacteria, which have not been reported in Korea. Morphological, biochemical, and physiological characteristics, isolation sources, and NIBR deposit numbers are described in the species descriptions.
Trichophyton rubrum is one of the well-known pathogenic fungi and causes dermatophytosis and cutaneous mycosis in human world widely. However, there are not an available sequence type (ST) classification methods and previous studies for T. rubrum until now. Therefore, currently, molecular biological tools using their DNA sequences are used for genotype identification and classification. In the present study, in order to characterize the genetic diversity and the phylogenetic relation of T. rubrum clinical isolates, five different housekeeping genes, such as actin (ACT), calmodulin (CAL), RNA polymerase II (RPB2), superoxide dismutase 2 (SOD2), and ${\beta}$-tubulin (BT2) were analyzed using by multilocus sequence typing (MLST). Also, DNA sequence analysis was performed to examine the differences between the sequences of Trichophyton strains and the identified genetic variations sequence. As a result, most of the sequences were shown to have highly matched rates in their housekeeping genes. However, genetic variations were found on three different positions of ${\beta}$-tubulin gene and were shown to have changed from $C{\rightarrow}G$ (1766), $G{\rightarrow}T$ (1876), and $C{\rightarrow}A$ (1886). To confirm the association with T. rubrum inheritance, a phylogenetic tree analysis was performed. It was classified as four clusters, but there was little significant correlation. Even so, MLST analysis is believed to be helpful for determining the genetic variations of T. rubrum in cases where there is more large-scale data accumulation. In conclusion, the present study demonstrated the first MLST analysis of T. rubrum in Korea and explored the possibility that MLST could be a useful tool for studying the epidemiology and evolution of T. rubrum through further studies.
중국에서 범부채의 녹병균이 Puccinia iridis로 동정됨에 따라 우리나라에서도 범부채의 녹병균을 재검토하였다. 저자들이 채집한 2점의 시료를 형태적으로 검토한 결과 모두 P. iridis의 특징과 일치하였다. 또한 유전분석한 결과 ITS 및 LSU rDNA 영역의 염기서열이 기존에 기록된 P. iridis와 각각 100% 및 99%의 상동성을 나타냈다. 이를 Neighbor-joining 분석법으로 계통수를 작성하였을 때도 P. iridis 계통군에 속하였다. 따라서 우리나라에서 범부채의 녹병균으로 P. iridis의 존재가 확인되었다. 한편, 우리나라에서 2003년에 범부채의 녹병균으로 기록된 Puccinia belamcandae에 대한 재검토는 향후 숙제로 남게 되었다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.