This article describes a state-of-the art review in nano-biomanipulation technologies. Nanomanipulation of biological objects enables an in-depth study of single molecules such as DNA and RNA, and of biophysical events at the molecular level like molecular motors. Controlled nanomanipulation is challenging but essential for precisely engineering biomolecules or cells and for manufacturing functional nano-biosystems. In this paper, we summarize several contact, non-contact and hybrid methods available for nanomanipulation of biological objects. Advantages currently available methods and their limitations are also compared. Finally, we discuss possible applications of nano-biomanipulation technologies to life science and molecular medicine including cell biology, genetic engineering, biophysics, and biochemistry.
The kinesin proteins (KIFs) make up a large superfamily of molecular motors that transport cargo such as vesicles, protein complexes, and organelles. KIF5 is a heterotetrameric motor that conveys vesicles and plays an important role in neuronal function. Here, we used the yeast two-hybrid system to identify the neuronal protein(s) that interacts with the tail region of KIF5 and found a specific interaction with ${\beta}III$ spectrin. The amino acid residues between 1394 and 1774 of ${\beta}III$ spectrin were required for the interaction with KIF5C. ${\beta}III$ spectrin also bound to the tail region of neuronal KIF5A and ubiquitous KIF5B but not to other kinesin family members in the yeast two-hybrid assay. In addition, these proteins showed specific interactions, confirmed by GST pull-down assay and co-immunoprecipitation. ${\beta}III$ spectrin interacted with GST-KIF5 fusion proteins, but not with GST alone. An antibody to ${\beta}III$ spectrin specifically co-immunoprecipitated KIF5s associated with ${\beta}III$ spectrin from mouse brain extracts. These results suggest that KTF5 motor proteins transport vesicles or organelles that are coated with ${\beta}III$ spectrin.
KIF1B${\beta}$ is a member of the Kinesin superfamily proteins (KIFs), which are microtubule-dependent molecular motors that are involved in various intracellular organellar transport processes. KIF1B${\beta}$ is not restricted to neuronal systems, however, is widely expressed in other tissues, even though the function of KIF1B${\beta}$ is still unclear. To elucidate the KIF1B${\beta}$-binding proteins in non-neuronal cells, we used the yeast two-hybrid system, and found a specific interaction of KIF1B${\beta}$ and the sorting nexin (SNX) 17. The C-terminal region of SNX17 is required for the binding with KIF1B${\beta}$. SNX17 protein bound to the specific region of KIF1Bf3 (813-916. aa), but not to other kinesin family members. In addition, this specific interaction was also observed in the Glutathione S-transferase pull-down assay. An antibody to SNX17 specifically co-immunoprecipitated KIF1B${\beta}$ associated with SNX17 from mouse brain extracts. These results suggest that SNX17 might be involved in the KIF1B${\beta}$-mediated transport as a KIF1B${\beta}$ adaptor protein.
We have investigated the dynamic mechanical behavior of ultra-high molecular weight polyethylene (UHMWPE) irradiated with varying doses of gamma rays. A relaxation peak in the loss factor curve, which has not been reported previously in the literature, is observed at a temperature above the crystal melting temperature. The peak is unique to UHMWPE and appears to be related to the high degree of entanglement. Because the temperature and intensity of the peak are reduced by irradiation-induced chain scission and crosslinking, respectively, we believe that the peak is associated with disentanglement relaxation. The behavior of the storage modulus in the melt state agrees with the classical theory of rubber elasticity.
미세소관은 세포골격단백질의 중요한 구성 단백질로 축삭돌기 내에서는 세포막 방향으로 정렬되어 있다. Kinesin superfamily (KIFs)는 세포 내에서 미세소관을 따라 세포 내 소포들을 운반하는 분자 자동차 (molecular motor) 단백질이다. 본 연구에서 우리는 효모 two-hybrid system을 사용하여 KIF1A의 coiled-coil 영역과 결합하는 단백질로 미세소관 불안정화 요소인 SCG10 단백질을 분리하였다. SCG10은 KIFs에서 KIF1A와만 특이적으로 결한 하며, KIF1A의 400에서 820아미노산 부위가 SCG10과의 결합에 필수적임을 효모 two-hybrid assay로 확인하였다. 또한 SCG10의 coiled-coil영역은 KIF1A와의 결합에 필수영역임을 확인하였으며 단백질간의 결합은 Glutathione S-transferase pull-down assay를 통하여 확인하였다. 생쥐의 뇌 파쇄액에 SCG10항체로 면역침강을 행하여 KIF1A를 확인한 결과KIF1A는 SCG10과 특이적으로 같이 침강하였다. 이러한 결과들은 KIF1A는 SCG10와 결합하여 SCG10이 포함된 소포를 미세소관을 따라 이동시킴을 시사한다.
We investigated the fluidic gas-driven carbon-nanotube motor based on multi-wall carbon nanotubes and fluidic gas flow. Since the origination of the torque was the friction between the carbon nanotube surface and the fluidic gases, the density and the flow rate of the working gas or liquid were very important for the carbon nanotube motor. Molecular simulation results showed that multi-wall carbon nanotubes with very low rotating energy barriers could be effectively used for fluidic gas-driven carbon-nanotube motors.
분자 운동 단백질은 신경세포 내의 세포체에서 특정 목적지까지 소포를 이동시키는데 관여한다. 오징어의 거대 축삭은 간단한 제거조작으로 축삭을 분리 가능하기 때문에 신경세포내 물질이동기전 연구의 좋은 모텔로 활용 가능하다. 이전연구에서 오징어 거대축삭의 소포들은 미세소관을 따라 이동하는 키네신 항체에 의하여 운반됨이 확인되었다. 본 연구는 오징어 뇌에 존재하는 키네신들을 크로닝하고, 분리된 유전자의 분석을 행하기 위하여 키네신 운동 도메인에서 잘 보존된 아미노산 배열에 해당되는 영역에 DNA primer을 이용하여 새로운 6종류의 키네신을 분리하였다. 오징어의 키네신들과 생쥐의 키네신들의 motor 영역의 아미노산분석에서 보존된 영역이 존재하며, Maximum Parsimony (MP) 방법, Neighbor-Joining (NJ) 방법, Minimum Evolution (ME) 방법, 그리고 Maximum likelihood (ML) 방법을 기초로 한 계통분석에서 생쥐의 키네신과 높은 상동성을 나타내었으며, 또한 계통수에서도 높은 상관관계가 확인되었다.
탄소나노튜브의 응집력을 완화하기 위한 표면 개질과 고분자 소재와의 상용성을 유도하기 위하여, 친수성 고분자를 도입하는 연구를 진행하였다. 산처리를 통한 표면 기능화를 시행하였으며, 카복실기 도입 탄소나노튜브를 thionyl chloride을 사용하여 acyl chloride로 치환한 후 저분자량의 아민 말단 poly(ethylene oxide)를 공유결합으로 도입하였다. TGA를 통하여 탄소나노튜브 표면에 도입된 고분자의 함량을 계산하였으며, 탄소나노튜브 표면에 도입된 고분자의 표면 형상을 SEM과 TEM을 통하여 직경이 증가하는 것을 확인할 수 있었다.
With the goal of enhancing the creep resistance of ultra-high molecular weight polyethylene (UHMWPE), we performed gamma irradiation and post-irradiation annealing at a low temperature, and investigated the crystalline structures and mechanical properties of the samples. Electron spin resonance spectra reveal that most of the residual radicals are stabilized by annealing at 100$^{\circ}C$ for 72 h under vacuum. Both the melting temperature and crystallinity increase after increasing the dose and by post-irradiation annealing. When irradiated with the same dose, the quenched sample having a higher amorphous fraction exhibits a lower swell ratio than does the slow-cooled sample. The measured tensile properties correlate well to the crystalline structure of the irradiated and annealed samples. For enhancing creep resistance, high crystallinity appears to be more critical than a high degree of crosslinking.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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