Park, Sun-Jung;Park, Jin-Mo;Lee, Byeong-Jae;Min, Kyung-Hee
Journal of Microbiology
/
v.35
no.4
/
pp.300-308
/
1997
The catechol 2,3-dioxygenase (C23O) encoded by the Pseudomonas putida xylE gene was over-produced in Escherichia coli and purified to homogeneity. The activity of the C23O required the reduced form of the Fe(II) ion since the enzyme was highly susceptible to inactivation with hydrogen perocide but reactivated with the addition of ferrous sulfate in conjunction with ascorbic acid. The C23O activity was abolished by treatment with the chemical reagents, diethyl-pyrocarbonate (DEPC), tetranitromethane (TNM), and 1-cyclohexy1-3-(2-morpholinoethyl) car-bodiimidemetho-ρ-toluenesulfontate (CMC), which are modifying reagents of histidine, tyrosine and glutamic acid, respectively. These results suggest that histidine, tyrosine and glutamic acid residues may be good active sites for the enzyme activity. These amino acid residues are conserved residues may be good active sites for the enzyme activity. These amino acid residues are conserved residues among several extradion dioxygenases and have the chemical potential to serveas ligands for Fe(II) coordination. Analysis of random point mutants in the C23O gene derived by PCR technique revealed that the mutated positions of two mutants, T179S and S211R, were located near the conserved His165 amd Hos217 residues, respectively. This finding indicates that these two positions, along with the conserved histidine residues, are specially effective regions for the enzyme function.
Kim, Jun-Dae;Kim, Eunmi;Koun, Soonil;Ham, Hyung-Jin;Rhee, Myungchull;Kim, Myoung-Jin;Huh, Tae-Lin
Molecules and Cells
/
v.38
no.6
/
pp.580-586
/
2015
While increasing evidence indicates the important function of histone methylation during development, how this process influences cardiac development in vertebrates has not been explored. Here, we elucidate the functions of two histone H3 lysine 4 (H3K4) methylation enzymes, SMYD3 and SETD7, during zebrafish heart morphogenesis using gene expression profiling by whole mount in situ hybridization and antisense morpholino oligonucleotide (MO)-based gene knockdown. We find both smyd3 and setd7 are highly expressed within developing zebrafish heart and knock-down of these genes led to severe defects in cardiac morphogenesis without altering the expressions pattern of heart markers, including cmlc2, vmhc, and amhc. Furthermore, double knock-down by coinjection of smyd3 and setd7 MOs caused the synergistic defects in heart development. As similar to knock-down effect, overexpression of these genes also caused the heart morphogenesis defect in zebrafish. These results indicate that histone modifying enzymes, SMYD3 and SETD7, appear to function synergistically during heart development and their proper functioning is essential for normal heart morphogenesis during development.
Kim, Jae-Min;Shin, Il-Seon;Kim, Sung-Wan;Yang, Su-Jin;Park, Sang-Wook;Shin, Hee-Young;Yoon, Jin-Sang
Korean Journal of Biological Psychiatry
/
v.15
no.1
/
pp.29-34
/
2008
Objectives : This study aimed to test potential modifying effects of education on the association between apolipoprotein E ${\varepsilon}4$ (Apo E4) and cognitive decline. Methods : A community cohort(N=683) aged 65 or over completed the Korean version of Mini-Mental State Examination(MMSE-K) at baseline and two years later(1999-2001). Apo E polymorphisms were genotyped, and classified into that with or without Apo E4. Educational levels were categorized into people with or without education. Covariates included demographic(age, gender), life style(smoking, alcohol drinking), clinical (depression, sleep disorder, vascular risk factors) characteristics. Results : The association between Apo E4 and cognitive decline was significant only in the old persons with no education. The interaction term between education and Apo E4 on cognitive decline was significant(p=0.040). Conclusion : Elders with no education might be more vulnerable to the impact of Apo E4 on cognitive decline, which suggests gene-environment interaction.
Background: The prostaglandin-endoperoxide synthase 2 [PTGS2, commonly known as cyclooxygenase-2 (COX-2)] is an enzyme induced by proinflammatory stimuli that is often overexpressed in malignant tissue and involved in the synthesis of prostaglandins and thromboxanes, regulators of processes such as inflammation, cell proliferation, and angiogenesis, all relevant for cancer development. We investigated whether a functional genetic polymorphism, rs5277, in COX-2 may have a risk-modifying effect on sporadic colorectal cancer in an Iranian population. Materials and Methods: We conducted a case-control study on 167 patients with colorectal cancer and 197 cancer-free controls in Taleghani Hospital in Tehran, Iran, between 2007 and 2011. Peripheral blood samples of both groups were processed for DNA extraction and genotyping of the COX-2 gene polymorphism (rs5277) using PCR-RFLP. RFLP results were confirmed by direct sequencing. Logistic regression analysis was performed to calculate the adjusted odds ratio (OR) and 95% confidence interval (95% CI). Results: There was no significant difference in the distribution of COX-2 gene rs5277 polymorphism genotype and the allelic form, among CRC patients compared with the healthy control group (p: 0.867). Conclusions: Our results suggest that rs5277 polymorphism in COX2 could not be a good prognostic indicator for patients with CRC.
Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
/
2000.11a
/
pp.13-16
/
2000
Microorganisms have been widely employed for the production of useful bioproducts including primary metabolites such as ethanol, succinic acid, acetone and butanol, secondary metabolites represented by antibiotics, proteins, polysaccharides, lipids and many others. Since these products can be obtained in small quantities under natural condition, mutation and selection processes have been employed for the improvement of strains. Recently, metabolic engineering strategies have been employed for more efficient production of these bioproducts. Metabolic engineering can be defined as purposeful modification of cellular metabolic pathways by introducing new pathways, deleting or modifying the existing pathways for the enhanced production of a desired product or modified/new product, degradation of xenobiotics, and utilization of inexpensive raw materials. Metabolic flux analysis and metabolic control analysis along with recombinant DNA techniques are three important components in designing optimized metabolic pathways, This powerful technology is being further improved by the genomics, proteomics, metabolomics and bioinformatics. Complete genome sequences are providing us with the possibility of addressing complex biological questions including metabolic control, regulation and flux. In silico analysis of microbial metabolic pathways is possible from the completed genome sequences. Transcriptome analysis by employing ONA chip allows us to examine the global pattern of gene expression at mRNA level. Two dimensional gel electrophoresis of cellular proteins can be used to examine the global proteome content, which provides us with the information on gene expression at protein level. Bioinformatics can help us to understand the results obtained with these new techniques, and further provides us with a wide range of information contained in the genome sequences. The strategies taken in our lab for the production of pharmaceutical proteins, polyhydroxyalkanoate (a family of completely biodegradable polymer), succinic acid and me chemicals by employing metabolic engineering powered by genomics, proteomics, metabolomics and bioinformatics will be presented.
To optimize the expression and secretion of ferritin protein associated with ion storage in the mushroom, Pleurotus eryngii, a recombinant secretion vector, harboring the ferritin gene, was constructed using a pPEVPR1b vector under the control of the CaMV 35S promoter and signal sequence of pathogen related protein (PR1b). The ferritin gene was isolated from the T-Fer vector following digestion with EcoRI and HindIII. The gene was then introduced into the pPEVPR1b secretion vector, and it was then named pPEVPR1b-Fer. The recombinant vector was transferred into P. eryngii via Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation. The transformants were selected on MCM medium supplemented with kanamycin and its expression was confirmed by SDS-PAGE and western blotting. Expression of ferritin protein was optimized by modifying the culture conditions such as incubation time and temperature in batch and 20 L airlift type fermenter. The optimal conditions for ferritin production were achieved at 25℃ and after incubating for 8 days on MCM medium. The amount of ferritin protein was 2.4 mg/g mycelia, as measured by a quantitative protein assay. However, the signal sequence of PR1b (32 amino acids) seems to be correctly processed by peptidase and ferritin protein may be targeted in the apoplast region of mycelia, and it might not be secreted in the culture medium. The iron binding activity was confirmed by Perls' staining in a 7.5% non-denaturing gel, indicating that the multimeric ferritin (composed of 24 subunits) was formed in P. eryngii mycelia. Mycelium powder containing ferritin was tested as a feed additive in broilers. The addition of ferritin powder stimulated the growth of young broilers and improved their feed efficiency and production index.
Background: HER2/neu overexpression due to gene amplification is an important factor in breast cancer, modifying the sensitivity to anti-HER2 monoclonal antibody therapy. The clinical significance of HER2 expression in non small cell lung carcinoma (NSCLC) is currently under evaluation. The tumor suppressor gene PTEN negatively regulates the HER2/PI3K/Akt signalling pathway. The purpose of this study was to evaluate the role of simultaneous alteration in HER2 and PTEN protein expression in relation to biological behaviour of NSCLCs. Materials and Methods: Protein expression was determined by immunohistochemistry in sixty-one (n=61) NSCLC cases along with CISH for HER2 gene analysis and detection of chromosome 17 aneuploidy. Patients were followed-up for a period of 34 to 41 months after surgery. Results: HER2 overexpression (2+/3+score) was detected in 17 (27.9%) patients while loss of PTEN expression was observed in 24 (39.3%) cases, low expression in 29 (47.6%) and overexpression in 8 (13.1%). Simultaneous HER2 overexpression and PTEN low/loss of expression were correlated with metastasis (71.4% vs 36.2% p=0.03). Analysis in the subgroup of 22 patients of pTNM stage III with lymph node status N1 or N2 revealed that there was a relationship between the number of positive regional lymph node groups and simultaneous deregulation of the two genes (p=0.04). Multivariate analysis determined that HER2 overexpression was associated with an increasing risk of developing metastases (OR: 4.3; 95%CI: 1.2-15.9; p: 0.03) while PTEN overexpression was associated with lower risk (OR: 0.1; 95%CI: 0.1, 1.0; p: 0.05). Conclusions: Simultaneous HER2/PTEN deregulation is a significant genetic event that leads to a more aggressive phenotype of NSCLC.
Osteoprotegerin (OPG) is a secreted glycoprotein that regulates bone resorption by inhibiting differentiation and activation of osteoclast, thereby potentially useful for the treatment of many bone diseases associated with increased bone loss. In this study, we designed a novel cDNA expression cassette by modifying the potent and mammary gland-specific goat ${\beta}$-casein/hGH hybrid gene construct and examined human OPG (hOPG) cDNA expression in transgenic mice. Six transgenic mice all successfully expressed hOPG in their milk at the level of 0.06-2,000 ${\mu}g/ml$. An estimated molecular weight of the milk hOPG was 55 kDa in SDS-PAGE, which is the same as a naturally glycosylated monomer. This hOPG expression was highly specific to the mammary glands of transgenic mice. hOPG mRNA was not detected in any organs analyzed except mammary gland. Functional integrity of milk hOPG was evaluated by TRAP (tartrate-resistant acid phosphatase) activity assay in bone marrow cell cultures. OPG ligand (OPG-L) treatment increased TRAP activity by two fold but it was completely abolished by co-treatment with transgenic milk containing hOPG. Taken together, our novel cDNA expression cassette could direct an efficient expression of biologically active hOPG, a potential candidate pharmaceutical for bone diseases, only in the mammary gland of transgenic mice.
Completion of the human genome project has allowed a deeper understanding of molecular pathophysiology and has provided invaluable genomic information for the diagnosis of genetic disorders. Advent of new technologies has lead to an explosion in genetic testing. However, this overwhelming stream of genetic information often misleads physicians and patients into a misguided faith in the power of genetic testing. Moreover, genetic testing raises a number of ethical, legal, and social issues. Diagnostic genetic tests can be divided into three primary but overlapping categories: cytogenetic studies (including routine karyotyping, high-resolution karyotyping, and fluorescent in situ hybridization studies), biochemical tests, and DNA-based diagnostic tests. DNA-based testing has grown rapidly over the past decade and includes preandpostnatal testing for the diagnosis of genetic diseases, testing for carriers of genetic diseases, genetic testing for susceptibility to common non-genetic diseases, and screening for common genetic diseases in a particular population. Theoretically, once a gene's structure, function, and association with a disease are well established, the clinical application of genetic testing should be feasible. However, for routine applications in a clinical setting, such tests must satisfy a number of criteria. These criteria include an acceptable degree of clinical and analytical validity, support of a quality assurance program, possibility of modifying the course of the diagnosed disease with treatment, inclusion of pre-and postnatal genetic counseling, and determination of whether the proposed test satisfies cost-benefit criteria and should replace or complement traditional tests. In the near future, the application of genetic testing to common diseases is expected to expand and will likely be extended to include individual pharmacogenetic assessments.
Park, Jae Min;Lee, Jae Eun;Park, Chan Mi;Kim, Jung Hwa
Molecules and Cells
/
v.42
no.1
/
pp.17-27
/
2019
Ubiquitin-specific protease 44 (USP44) has been implicated in tumor progression and metastasis across various tumors. However, the function of USP44 in prostate cancers and regulatory mechanism of histone-modifying enzymes by USP44 in tumors is not well-understood. Here, we found that enhancer of zeste homolog 2 (EZH2), a histone H3 lysine 27 methyltransferase, is regulated by USP44. We showed that EZH2 is a novel target of USP44 and that the protein stability of EZH2 is upregulated by USP44-mediated deubiquitination. In USP44 knockdown prostate cancer cells, the EZH2 protein level and its gene silencing activity were decreased. Furthermore, USP44 knockdown inhibited the tumorigenic characteristics and cancer stem cell-like behaviors of prostate cancer cells. Inhibition of tumorigenesis caused by USP44 knockdown was recovered by ectopic introduction of EZH2. Additionally, USP44 regulates the protein stability of oncogenic EZH2 mutants. Taken together, our results suggest that USP44 promotes the tumorigenesis of prostate cancer cells partly by stabilizing EZH2 and that USP44 is a viable therapeutic target for treating EZH2-dependent cancers.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.