• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
• /
• 제7권2호
• /
• pp.181-189
• /
• 2003

We describe here the complete nucleotide sequence and the exon-intron structure of the luciferase gene of the firefly, Pyrocoelia rufa. The luciferase gene of the P. rufa firefly consisted of six introns and seven exons coding for 548 amino acid residues. From the translational start site to the end of last exon, however, the genomic DNA length of the P. rufa luciferase gene from the Korean and Chinese samples spans 1,968 bp and 1983 bp, respectively, and 3 amino acid residues were different to each other. Additionally, we also analyzed mitochondrial cytochrome oxidase I(COI) gene of the Chinese P. rufa fireflies. Analysis of DNA sequences from the mitochondrial COI protein-coding gene revealed 4 mitochondrial DNA sequence-based haplotypes with a maximum divergence of 0.7％. With the 20 P. rufa haplotypes found in Korea, phylogenetic analyses using PAUP and PHYLIP subdivided the P. rufa into three clades, termed clades A and B for the Korean sample, and clade C for the Chinese sample.

• Molecules and Cells
• /
• 제22권3호
• /
• pp.323-327
• /
• 2006

DNA barcoding, an inventory of DNA sequences from a standardized genomic region, provides a bio-barcode for identifying and discovering species. Several recent studies suggest that the sequence diversity in a 648 bp region of the mitochondrial gene for cytochrome c oxidase I (COI) might serve as a DNA barcode for identifying animal species such as North American birds, insects and fishes. The present study tested the effectiveness of a COI barcode in discriminating Korean bird species. We determined the 5' terminus of the COI barcode for 92 species of Korean birds and found that species identification was unambiguous; the genetic differences between closely related species were, on average, 25 times higher than the differences within species. We identified only one misidentified species out of 239 specimens in a genetic resource bank, so confirming the accuracy of species identification in the banking system. We also identified two potential composite species, calling for further investigation using more samples. The finding of large COI sequence differences between species confirms the effectiveness of COI barcodes for identifying Korean bird species. To bring greater reliability to the identification of species, increased intra- and interspecies sampling, as well as supplementation of the mitochondrial barcodes with nuclear ones, is needed.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
• /
• 제36권2호
• /
• pp.159-163
• /
• 2020

Parasesarma bidens(De Haan, 1835) has been designated as a marine protected species by the Act on conservation and management of marine ecosystems. This crab has been recorded only from Jeju-do and Geomun-do, Republic of Korea. In this study, we describe for the first time the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I(COI) sequences of P. bidens. The intra-specific genetic distance among the Korean populations and between the Korean and Chinese populations ranged from 0% to 0.9% and 1.9% to 2.7%, respectively. The inter-specific genetic distances among the four Parasesarma species ranged from 10.9% to 12.8%. The finding of this study will be helpful to better describe P. bidens using COI DNA barcodes and can be used as basic data for their restoration and conservation research.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제18권3호
• /
• pp.301-307
• /
• 2005

Genetic variants of Hanwoo mtDNA in the region of cytochrome oxidase subunit I, II and III complex were detected using restriction enzymes. PCR primers were designed based on the bovine mtDNA sequence, and 6 primer sets (Mt4, Mt5, Mt6, Mt7, Mt8 and Mt9) were used. A total of 20 restriction enzymes were used, and 6 restriction enzymes, which were Hinf I, Pvu II, Rsa I, Eco RI, Bgl II, and Msp I, showed genetic polymorphisms. Significant associations between genetic variants and weight traits were observed at WT15 (p<0.05) and WT18 (p<0.01) with Pvu II for Mt9, Bgl II for Mt6 and Rsa I for Mt8 segments in the region of cytochrome oxidase subunit complex. Significant associations were also observed at Mt9-Pvu II and Mt6-Bgl II segments for WT9 (p=0.01), WT12 (p=0.02), respectively. These results suggest that genetic variants of mtDNA in the region of cytochrome oxidase subunit complex may be candidate segments for improvement of animal growth as weight traits.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
• /
• 제23권1호
• /
• pp.75-85
• /
• 2007

A taxonomic study was carried out on the Perinereis nuntia species group of Korea by using morphological and molecular data (mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I: mtCOI). Two species, P. mictodonta (Marenzeller, 1879) and P. wilsoni (Glasby and Hsieh, 2006), are recognized and redescribed. In this study, mtCOI gene showed a good resolution as molecular marker for species identification of the P. nuntia species group of Korea.

• 한국양식학회:학술대회논문집
• /
• 한국양식학회 2004년도 수산관련학회 공동학술대회 발표요지집
• /
• pp.280-281
• /
• 2004

• Journal of Species Research
• /
• 제8권2호
• /
• pp.225-232
• /
• 2019

Two feather mites, Bychovskiata hypoleuci Mironov and Ddabert, 1997 and Phyllochaeta interifolia (Mégnin and Trouessart, 1884) are reported for the first time in South Korea. Specimens of these two species were collected from the common sandpiper Actitis hypoleucos. The genera Bychovskiata Dubinin, 1951 and Phyllochaeta Dubinin, 1951 are also new reports for South Korea. Here, we provide morphological descriptions and illustrations of these two species. Additionally, we provide partial sequences of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I(COI) as DNA barcodes.

• 한국해양학회지:바다
• /
• 제5권2호
• /
• pp.157-168
• /
• 2000

우리나라 동해안에 서식하는 새치성게(Strongylocentrotus intermedius)는 둥근성게과(Strongylocentrotidae)에 속하는 냉수성 해양 무척추동물이다. 둥근성게과에는 현재 9종의 성게가 속해 있으나, 아직 종간의 분류 기준, 계통 분류학적 유연관계, 진화과정 등이 잘 밝혀져 있지 않다. 본 연구는 유전자 염기서열이라는 분자형질을 이용하여 새치성게의 종 분류기준을 확립하고 이 종의 계통진화 및 분화 시기를 파악하고자 수행되었다. 이를 위하여 변화율이 빠르고 모계로만 유전되는 특성을 가진 미토콘드리아의 한 유전자인 cytochrome c oxidase subunit I(COI)을 분석하였다. 새치성게의 생식소에서 DNA를 추출하고 중합효소연쇄반응으로 COI 유전자 단편을 선택적으로 증폭하였으며, 클로닝과 시퀀싱 과정을 거쳐 COI 유전자의 단편 1077개 염기쌍 순서(염기서열)를 확정하였다. 이 염기서열과 유전자 데이터베이스(GenBank)에 들어있는 다른 성게 및 해삼, 불가사리의 유전자를 비교하고 그 분자 계통수를 작성함으로써 새치성게의 진화과정을 분석하였다. COI 유전자 계통수는 새치성게가 태평양 동쪽 연안에 서식하는 S. purpuratus와 계통적으로 자매군(sister species)의 관계에 있음을 보였다. 두 종의 분화 시기는 계통수 상 분지의 길이와 화석연대를 고려하여 산출했을 때 지구 온도의 변동이 심했던 약 890만년 전으로 추정되었다. 태평양의 동안과 서안으로 분리된 두 종의 현재 분포와 종분화 시기의 지구 환경조건은 두 종간의 분화가 환경변화에 따른 개체군의 지리적 분리(vicariance)에 의한 것임을 시사해 준다. 한편, 새치성게의 COI 유전자염기서열은 이 종을 대표하는 분자형질로서 둥근성게과의 성게들을 서로 구분할 수 있는 종분류의 기준이 될 것이다.

• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제35권4호
• /
• pp.277-282
• /
• 1997

만손열두조충과 북미열두조충 (Spirometra mansonoides)의 형태 차이점은 성숙편절의 자궁의 형대 가 전자근 차곡차곡 쌓인 꼴이고 후자는 알과벳 씨자 (C)형태이라는 점이다 이 비슷한 명태의 두 종 의 조충이 유전학적으로는 얼마나 차이가 있는지를 알기 위하여 중합효소연쇄반응-마디길이여러꼴 분석법(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism analysis)을 이용하여 유전 형질을 비교하였다. 충체로부터 285리넓솜 리보핵산 (285 rDNA), 사립체 cytochlmsc 산화 효소 아단위 I (mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1, mCOI) 및 리보솜 내부 전사된 영역 1 (ribosomal internal transcribed spacer 1, ITSI)에 대한 중합효소반응 산물을 구하였다. 이 산를은 Msp I. Hue III, Alu I, Cfo I, Rsc I의 4 염기 제한 효소로 잘라서, 전기영동하여 길과를 PAUP 3.1.1을 이용하여 분석 하였다. 285 리보솜 리보핵산과 리보솜 내부 전사된 영역 1 유진자에서는 두 충체 가 동일 한 분류가지에 묶였고 홀로서기수 (bootstrap number)는 94, 100이었다. 사립체 cytochrome c 산 화효소 아단위 1에서는 다른 분류가지에 묶였고 홀로서기수가 74이었다. 위 결과로 투 조충이 같은 조상에서 유래함과 진화 단계에서 매우 가까운 위치에 있음을 알 수 있었다.

• 한국가금학회지
• /
• 제36권1호
• /
• pp.85-88
• /
• 2009

조류에서 미토콘드리아내 유전자인 cytochrome c oxidase I(COI)는 종 구분을 위한 바이오마커로 많이 이용이 되고 있다. 본 연구는 이 유전자의 변이를 이용하여 닭의 품종 구분이 가능한지를 실험하기 위하여 실시하였다. 그 결과 한국 재래닭은 공시축으로 사용한 산란계인 White Leghorn과 육계인 Cornish가 가지고 있는 단일염기다형을 모두 가지고 있는 것으로 판명되어 품종구분을 위한 마커로 사용하기에는 적합하지 않은 것으로 확인되었다. 그러나 본 연구 결과를 통하여 한국재래계가 육계와 산란계의 특성을 모두 가지고 있다는 기존의 학설을 뒷받침하였으며, 품종 구분을 위하여 미토콘드리아와 genomic DNA 유래 단일염기다형 선발의 중요성을 확인할 수 있었다.