• 대한치과교정학회지
• /
• 제34권6호
• /
• pp.537-543
• /
• 2004

Microsatellite market는 유전연관분석을 위한 매우 유용한 유전표지이다. 그러나 대부분의 market들은 서양인의 정보를 이응하고 있으므로 다른 종족에서 사용할 때는 종족간에 존재할 수 있는 유전 변이의 현저한 차이를 검증해야 한다. 한국인과 일본인 집단에서 종족간 유전 변이를 조사하기 위하여, 각각 96명의 비 혈연관계의 한국인과 일본인 개체들에서 DNA를 채취하였다 그리고 microsatellite set(ABI PRISM Linkage Mapping Set- HDS, Applied Biosystems, Foster City, CA, USA)을 이용하여 1번 인간 염색체 전 부위에 걸쳐 51개의 microsatellite marker들을 배열하고 부착된 marker들의 위치를 분석하여 대립유전자 빈도와 이형질성을 결정하였다 그 결과, 한국인과 서양인 집단 사이에는 현저한 차이를 보였으나 한국인과 일본인 집단 사이에서는 매우 유사하였다. 본 연구의 결과는 유전 연관 연구에 앞서 일반적으로 상용되는 microsatellite marker에 관한 광범위한 검증을 반드시 시행하여야 한다는 것을 나타낸다. 또한 한국인과 일본인 집단 사이에서 유사하게 나타난 대립유전자 빈도와 이 형질성은 두 민족간의 동질성이 높다는 것을 의미하므로 두 민족을 대상으로 한 1번 인간염색체와 관련된 유전 질환의 유전 연관 연구를 시행할 때 동일한 microsatellite marker의 이용 가능성을 제시하였다.

• 대한두경부종양학회지
• /
• 제17권2호
• /
• pp.148-154
• /
• 2001

Objectives: This study was designed to investigate the significance of serum SCC antigen, CA 19-9, CA 125 level and DNA microsatellite alterations (MSA) as prognostic factors and indicators for recurrences in the pre-treatment and post-treatment state, respectively in head and neck cancer patients. Materials and Methods: 120 patients who received curative treatment for head and neck cancer from 1995 to 2000 were followed up successfully, and were analyzed retrospectively. Thirty healthy subjects served as normal controls. Serum SCC Ag levels were measured by microparticle enzyme immunoassay technique via IMX SCC assay, CA 19-9 levels were measured by CA 19-9 RIA test kit, and CA 125 levels were measured by CA 125 IRMA kit. MSA were identified after PCR amplification. Heterozygosity was considered lost if the ratio of one allele was significantly decreased (>50%) in serum DNA compared with normal DNA from lymphocytes. Results: Preoperative tumor markers were higher in cancer patients than control, but not significant. Postoperative SCC Ag levels were lower than preoperative levels. The SCC Ag levels were remained low in no evidence of disease (NED) group, but increased in locoregional recurrence and distant metastasis group. CA 19-9 and CA 125 levels showed no correlation between levels and recurrences and were not decreased significantly after primary tumor removal. MSA were detected in five out of 21 cases, and highly detected in distant metastasis group. Conclusion: SCC Ag seems to be a helpful serum tumor marker for early detection of recurrence and distant metastasis of head and neck cancer after curative treatment. But, CA 19-9 and CA 125 were not reliable markers for head and neck tumors. MSA were not statistically significant because of the small number of study group. However they may be helpful for screening serum molecular markers for early detection of distant metastasis of head and neck cancers.

• 한국가금학회지
• /
• 제43권2호
• /
• pp.63-76
• /
• 2016

The genetic diversity of Korean native chicken is important for conservation of native chicken breeds and developing economically valuable traits in Korea. In this review, various types of genetic markers using Korean native chickens were investigated, which are mtDNA variations, microsatellite markers, markers in Major Histocompatibility Complex (MHC), and single nucleotide polymorphisms (SNPs). These genetic markers are suitable for breed discrimination and diversity studies because of their high polymorphism status. Thus, the purpose of this study was to summarize the genetic markers developed in the Korean native chickens and diversity studies using these breeds. Ultimately, these markers can be used for the future studies for understanding of genetic characteristics.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제21권7호
• /
• pp.947-953
• /
• 2008

We studied genetic diversity and relationships among Mongolian goat populations on the basis of microsatellite DNA polymorphisms. DNA samples from eight populations (Bayandelger, Ulgii Red, Zavkhan Buural, Sumber, Zalaajinst White, Erchim Black, Dorgon, and Gobi Gurvan Saikhan) from geographically distinct areas of Mongolia were analyzed by using 10 microsatellite DNA markers. Since the 10 markers were highly polymorphic, the genetic characteristics of these native goat populations could be estimated. Genetic diversity within populations, as estimated by the expected heterozygosities, was high, ranging from 0.719 to 0.746, but genetic differentiation between populations was low, representing only 1.7% of the total genetic variation. The results suggest that Mongolian native goat populations still have a semi-wild genetic structure reflecting traditional Mongolian nomadism and the short history of artificial selection. The genetic relationships among the populations were not clear in the neighbor-joining tree generated from the modified Cavalli-Sforza chord genetic distances. By using principal components analysis, the five core populations of Mongolian native goats (Bayandelger, Ulgii Red, Zavkhan Buural, Sumber, and Dorgon) and the populations crossed with Russian breeds (Zalaajinst White, Erchim Black, and Gobi Gurvan Saikhan) were distinguished. There was no correlation between genetic relationships among the populations and the geographical distribution of the populations.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제18권11호
• /
• pp.1513-1518
• /
• 2005

The work reported here is an attempt to explore the possibility of DNA microsatellite loci transfer (cross-species amplification) to other economically important aquacultured catfish species other than its source species. A total of 25 new microsatellite loci developed for riverine catfish, Mystus nemurus were successfully cross-amplified in two distantly related catfish species within the suborder Siluroidei. Five out of the 19 loci that successfully cross-amplified in Pangasius micronemus were polymorphic, while for Clarias batrachus, cross-amplification was successful using 17 polymorphic loci. The observed heterozygosities were high for all the three catfishes. The results indicated that microsatellite loci could be as polymorphic in non-source species as in the source species.

• Journal of Yeungnam Medical Science
• /
• 제22권2호
• /
• pp.166-182
• /
• 2005

정상인의 말초혈액 림프구 DNA를 주형으로 사용하여 DNA PCR을 시행하였다. 그 결과 5례 모두에서 예상되는 167bp 크기의 CDKN2 genomic DNA 단편이 증폭됨을 관찰할 수 있었다. 정상인의 말초혈액 림프구로부터 분리한 mRNA를 사용하여 cDNA를 합성하고 이를 주형으로 사용하여 RT-PCR와 시행하였다. 그 결과 예상되는 355bp 및 468bp의 CDKN2 및 ${\alpha}$-actin의 mRNA 전사산물이 전례에서 발현됨을 관찰할 수 있었다. 또한 CDKN2 mRNA의 RT-PCR 산물을 Sal I 제한효소로 절단하여 252bp와 103bp의 두 단편으로 나뉘어짐을 관찰하였다. 총 5례의 후두 편평상피세포암 세포주에서 CDKN2가 발현되는지를 RT-PCR로 관찰하였으며 각 세포주로부터 mRNA의 분리가 잘되었는지는 ${\alpha}$-actin의 발현을 통하여 RT-PCR로 관찰하였다. 5례의 세포주에서 모두 ${\alpha}$-actin의 발현을 관찰할 수 있었으며 이들의 mRNA를 사용하여 CDKN2 RT-PCR와 시행한 결과 총 4례(80%)의 세포주에서 CDKN2의 발현이 상실되어 있음을 알 수 있었다. CDKN2 발현의 이상이 있는 후두 편평상피세포암 세포주 및 발현이 정상인 후두 편평상피 세포암 세포주 모두에서 CDKN2 유전자의 존재를 DNA-PCR로 관찰하여 총 5례의 세포주 중 2례(40%)에서 CDKN2 유전자의 결손을 관찰할 수 있었다. 이 2례의 후두 편평상피세포암 세포주는 CDKN2의 발현이 일어나지 않은 것으로 RT-PCR의 결과와 일치하였다. 총 8례의 후두 편평상피세포암세포들에서 CDKN2의 이종접합성의 상실이 발견되는지를 DNA-PCR로 관찰하여 7례(87.5%)에서 최소한 한 개 이상의 microsatellite marker에 대한 이종접합성의 상실이 발견되었으며, 6례(75%)에서 최소한 한 개 이상의 microsatellite marker에 대한 증폭이 발견되었다. 또한 2례에서 최소한 한 개 이상의 microsatellite marker에 대한 microsatellite의 불안정이 발견되었다. 이종접합성의 상실, 증폭 또는 microsatellite의 불안정의 세 가지 모두를 보면 전례에서 한가지 이상의 CDKN2의 이상이 발견되었다. 이상의 결과로 볼 때 CDKN2가 후두암의 발생에 중요한 역할을 하고 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Gastric Cancer
• /
• 제5권4호
• /
• pp.260-265
• /
• 2005

목적: Chk1 kinase는 세포 내 DNA 손상에 따른 세포주기의 저지에 관여하며 G2/M checkpoint에서 중요한 역할을 한다. 연구자들은 위암에서 현미부수체 불안정성과 Chk1 유전자의 격자이동 돌연변이와의 연관성을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 95예의 위암조직에서 레이저를 이용하여 정상과 암세포를 미세절제한 다음 6개의 현미부수체 표식자를 이용하여 현미부수체 불안정성을 조사하였다. 현미부수체 불안정이 있는 예에서 single strand conformational polymorphism과 염기서열 분석으로 Chk1 유전자의 격자이동 돌연변이를 조사하였다. 결과: 현미부수체 불안정성은 95예의 위암 중 19예 (20%)에서 발견되었는데 고빈도와 저빈도의 현미부수체 불안정성은 각각 13예와 6예였다. 고빈도의 현미부수체 불안정성이 있는 13예 중 2예에서 Chk1 유전자의 격자이동 돌연변이가 발견되었는데 이는 아미노산의 격자이동으로 truncated 단백을 형성하였다. 결론 : 이러한 결과는 현미부수체 불안정성은 Chk1 유전자의 격자이동 돌연변이를 유도하여 세포주기 조절 기능을 상실하게 함으로써 위암의 발생에 관여한다는 것을 의미한다.

• 원예과학기술지
• /
• 제33권5호
• /
• pp.737-750
• /
• 2015

국내에서 시판되고 있는 수박 102 품종에 대한 DNA 프로 파일 데이터베이스를 구축하기 위하여 genomic microsatellite(gMS)와 expressed sequence tag(EST) microsatellite(eMS) 마커의 다형성 정도의 비교와 유전적 연관성 분석을 통한 품종식별력 검정 등에 대한 일련의 연구를 수행하였다. 수박 gMS 마커를 이용하여 국내에서 시판되고 있는 수박 102 품종을 검정하였을 때 마커당 3.63개의 평균 대립유전자가 검출되었으며, 평균 PIC 값은 0.479로 나타났다. 이에 반해 eMS 마커는 평균 대립유전자의 수가 2.50개, PIC 값이 0.425로 나타나 gMS 마커보다 다형성 정도가 낮게 나타났다. gMS와 eMS 및 이들 두 종류의 마커를 병합하여 작성된 계통도는 microsatellite 마커의 다형성에 따라 수박 102개 품종을 6-8개의 그룹으로 구분하였고 대부분의 품종의 식별이 가능하였다. 3가지 마커 유형에 따라 작성된 계통도를 Mantel test에 의해 상관 정도를 분석하였을 때 높은 상관($r{\geq}0.80$)을 나타내었다. 따라서 본 연구에 활용된 microsatellite 마커는 수박 유전자원의 특성평가, 순도검정 및 품종의 지문화 작업의 수단으로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제19권4호
• /
• pp.463-467
• /
• 2006

Genetic profiles of Iranian Holstein young bulls at the national artificial insemination station were determined on the basis of individual genotypes at 13 ISAG's recommended microsatellites, the most useful markers of choice for parentage identification. In the present study a total of 119 individuals were genotyped at 13 microsatellite loci and for possible parent-offspring combinations. A high level of genetic variation was evident within the investigated individuals as assessed from various genetic diversity measures. The mean number of observed alleles per microsatellite marker was 9.15 and the number of effective alleles as usual was less than the observed values (4.03). The average observed and expected heterozygosity values were 0.612 and 0.898, respectively. The mean polymorphic information content (PIC) value (0.694) further reflected a high level of genetic variability. The average exclusion of probability (PE) of the 13 markers was 0.520, ranging from 0.389 to 0.788. The combined exclusion of probability was 0.999, when 13 microsatellite loci were used for analysis in the individual identification system. Inbreeding was calculated as the difference between observed and expected heterozygosity. Observed homozygosity was less than expected which reflects inbreeding of -3.7% indicating that there are genetic differences between bull-sires and bull-dams used to produce young bulls. The results obtained from this study demonstrate that the microsatellite DNA markers used in the present DNA typing are useful and sufficient for individual identification and parentage verification without accurate pedigree information.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제19권5호
• /
• pp.622-626
• /
• 2006

Molecular characterization of Hallikar, the native cattle breed of Karnataka, was undertaken using 19 cattle specific, highly polymorphic microsatellite markers recommended by FAO. The genomic DNA was subjected to PCR amplification and alleles were resolved through six per cent denaturing PAGE with a 10 bp DNA ladder followed by silver staining. Genotyping of animals was done based on allele size. The number of alleles ranged from three to nine with allele sizes ranging from 102 bp to 294 bp. These alleles were distributed in the frequency range between 0.0306 and 0.8673 in the population. The mean observed number of alleles was $6.368{\pm}1.4225$. The mean observed and expected heterozygosities were $0.7515{\pm}0.1734$ and $0.7850{\pm}0.1381$, respectively. The high heterozygosity observed implies presence of higher genetic variability within Hallikar breed. The PIC (Polymorphism Information Content) values ranged from 0.2322 (ETH152) to 0.8654 (ETH225). The percentage of polymorphic loci obtained was 100 as all the 19 microsatellite markers were found to be polymorphic. Except for ETH152, all the other loci had high PIC values, indicating that these markers are highly informative for characterization of Hallikar breed. The population was tested for Hardy-Weinberg equilibrium at 19 microsatellite loci, and at 74 per cent of the loci the population was found to be in disequilibrium.