• 한국가금학회지
• /
• 제37권4호
• /
• pp.355-360
• /
• 2010

본 연구는 국내에 보급되고 있는 대표적인 토종닭 브랜드인 한협3호와 농촌진흥청에서 개발된 브랜드인 우리맛닭, 두 브랜드 집단 간의 유전적 특성을 분석하여 향후 브랜드간의 차별화 전략을 구체화 하는데 있어 기초 자료로 활용하고자 실시하였다. 토종닭 실용계인 우리맛닭(W) 152수와 한협3호(H) 150수, 총 302수를 선발하여 공시재료로 활용하였으며, 다형성이 확인된 10종의 MS marker를 선발하여 활용하였다. 분석 결과, 두 브랜드의 평균 대립유전자의 수는 9.3으로 확인되었으며, 우리맛닭의 평균 대립유전자의 수는 8.4개, 한협3호는 7.2개로 우리맛닭이 보유한 대립유전자의 수가 많은 것으로 확인되었다. 반면, 기대되는 이형접합도(Ex H)와 관측된 이형접합도(Ob H)는 한협3호가 우리맛닭에 비해 높은 것으로 확인되었다. 두 브랜드 집단을 대상으로 각각의 MS marker의 유전자형을 분석하여 브랜드별 기대되는 이형접합도(expected heterozygosity: Ex H)와 관측된 이형접합도(observed heterozygosity: Ob H) 및 PIC(polymorphism information content)값을 계산하였다. 두 브랜드 집단 간의 유전적 유연관계를 분석 결과, DA distance는 0.132, 그리고 standard genetic distance는 0.199로 확인되었다. 두 브랜드 집단 간의 유전적 구조에 따라 각 개체들이 어떻게 분포되어 있는가를 확인한 결과, 두 집단에 속한 개체들은 크게 두 개의 그룹으로 나뉘어 분포하고 있음을 확인할 수 있었다. 두 집단 간의 유전적 거리는 비교적 가깝지만 각 개체들간의 유전적 구조를 분석한 결과, 확연히 구분되는 유전적 특성을 지니고 있음을 확인하였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제27권7호
• /
• pp.926-931
• /
• 2014

Pork from Jeju black pig (population J) and Berkshire (population B) has a unique market share in Korea because of their high meat quality. Due to the high demand of this pork, traceability of the pork to its origin is becoming an important part of the consumer demand. To examine the feasibility of such a system, we aim to provide basic genetic information of the two black pig populations and assess the possibility of genetically distinguishing between the two breeds. Muscle samples were collected from slaughter houses in Jeju Island and Namwon, Chonbuk province, Korea, for populations J and B, respectively. In total 800 Jeju black pigs and 351 Berkshires were genotyped at thirteen microsatellite (MS) markers. Analyses on the genetic diversity of the two populations were carried out in the programs MS toolkit and FSTAT. The population structure of the two breeds was determined by a Bayesian clustering method implemented in structure and by a phylogenetic analysis in Phylip. Population J exhibited higher mean number of alleles, expected heterozygosity and observed heterozygosity value, and polymorphism information content, compared to population B. The $F_{IS}$ values of population J and population B were 0.03 and -0.005, respectively, indicating that little or no inbreeding has occurred. In addition, genetic structure analysis revealed the possibility of gene flow from population B to population J. The expected probability of identify value of the 13 MS markers was $9.87{\times}10^{-14}$ in population J, $3.17{\times}10^{-9}$ in population B, and $1.03{\times}10^{-12}$ in the two populations. The results of this study are useful in distinguishing between the two black pig breeds and can be used as a foundation for further development of DNA markers.

• 생명과학회지
• /
• 제25권6호
• /
• pp.624-630
• /
• 2015

본 연구는 microsatellite marker를 이용하여 국내에서 사육되고 있는 칡소 9지역 간의 유전적 거리 분석 및 계통 지도 작성 등의 계통유전학적 분석을 실시하였다. 11종의 MS 마커를 이용하여 대립유전자의 수(No. of allele)를 확인한 결과 8에서 24개로 확인되었으며, 기대이형접합율(expected heterozygosity, H_exp)은 0.672에서 0.834 범위 안에 나타났으며, 관측이형접합율(observed heterozygosity, H_obs)은 0.687에서 0.886, 다형성정보지수(Polymorphism information content, PIC)은 0.638에서 0.876로 확인되었다. 무작위 교배집단(Random)으로 가정하였을 경우 동일개체 출현빈도는 11개의 marker를 사용하였을 때, 5.24×10⁻¹⁹ 빈도로 출현하는 것을 확인 할 수 있었으며, 반형매 교배집단(Half-sib)과 전형매 교배집단(sib)으로 가정했을 경우에는 2.63×10⁻⁰⁶, 2.63×10⁻⁰⁶으로 각각 확인되었다. 이러한 결과는 칡소의 개체식별 및 친지확인 marker로 11종의 MS marker가 충분히 활용 가능할 것으로 사료된다. Phylogenetic tree (Neighbor-Joining tree), Principle Component Analysis (PCA) 그리고 Factorial Component Analysis (FCA) 분석을 통해 9 지역의 칡소 집단 간의 유연관계를 확인하였다. 이러한 결과는 칡소 품종을 중요한 가축유전자원으로써 인식하고 국내 타 품종과의 유전적 차별화와 순수성 보존과 능력을 개량하는데 있어 기초 자료로 활용 가능할 것으로 사료된다.

• 한국가금학회지
• /
• 제35권4호
• /
• pp.361-366
• /
• 2009

본 연구는 한국재래닭의 유전적 특성과 차별성을 검증하기 위하여 microsatellite(MS) marker를 이용한 타품종들과의 유전적 유연 관계를 분석하였다. 분석을 위해 7개 계통의 닭 317수(백색레그혼: 79, 로드아일랜드레드: 40, 코니쉬: 37, 적갈재래닭: 44, 황갈재래닭: 39, 흑색재래닭: 39, 오골계: 39)를 대상으로 7개의 MS marker들을 이용해 대립 유전자 및 유전자형을 분석하였다. 7개의 집단간의 유전적 유연 관계를 알아보기 위해 각 MS marker별 대립 유전자의 빈도를 산출하여 이를 근거로 집단간의 유전적 거리에 대한 추정 결과 KY와 KL간의 유전적 거리는 0.074로 가장 가까운 것으로 나타났으며, KR과 KY(0.101), KR과 KL(0.173) 역시 가까운 유전적 거리를 나타내고 있음을 확인하였다. 로드아일랜드의 경우, 한국재래닭 3계통과의 유전적 거리가 평균 0.233으로 타품종에 비해 비교적 가까운 것으로 나타났다. 레그혼은 다른 모든 품종들과의 거리가 가장 먼 것으로 확인되었다. 또한, 산란종인 백색레그혼과 육용종인 코니쉬 간의 유전적 거리는 가장 먼 것으로 확인되었다. 분석된 집단간의 유전적 구조에 따라 각 개체들이 어떻게 분포되어 있는가를 확인하기 위하여 각 개체들간의 유전적 거리를 분석하였다. 분석 결과, 백색레그혼의 경우 하나의 큰 그룹으로 분포하고 있음을 확인하였다. 또한, 로드아일랜드레드, 코니쉬 및 오골계 역시 각각 그룹을 형성하여 분포하고 있음을 확인하였다. 한국 재래닭 3계통은 각각 그룹을 이루지 못하였으며, 3계통이 합쳐져 넓게 분포하고 있음을 확인하였다. 재래닭의 경우 넓게 분포되어 있기는 하지만 다른 품종들과의 분포의 차이가 있음을 확인할 수 있었다.

• Animal Bioscience
• /
• 제35권8호
• /
• pp.1121-1128
• /
• 2022

Objective: This study aimed to identify the genetic diversity and population structure of Mongolian horse populations according to the province of residence (Khentii, KTP; Uvs, USP; Omnogovi and Dundgovi, GOP; Khovsgol, KGP) using 14 microsatellite (MS) markers. Methods: A total of 269 whole blood samples were obtained from the four populations (KTP, USP, GOP, KGP) geographically distinct provinces. Multiplex polymerase chain reaction (PCR) was conducted using 14 MS markers (AHT4, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, and VHL20), as recommended by the International Society for Animal Genetics. Capillary electrophoresis was conducted using the amplified PCR products, alleles were determined. Alleles were used for statistical analysis of genetic variability, Nei's DA genetic distance, principal coordinate analysis (PCoA), factorial corresponding analysis (FCA), and population structure. Results: On average, the number of alleles, expected heterozygosity (H_Exp), observed heterozygosity (H_Obs), and polymorphic information content among all populations were 11.43, 0.772, 0.757, and 0.737, respectively. In the PCoA and FCA, GOP, and KGP were genetically distinct from other populations, and the KTP and USP showed a close relationship. The two clusters identified using Nei's DA genetic distance analysis and population structure highlighted the presence of structurally clear genetic separation. Conclusion: Overall, the results of this study suggest that genetic diversity between KTP and USP was low, and that between GOP and KGP was high. It is thought that these results will help in the effective preservation and improvement of Mongolian horses through genetic diversity analysis and phylogenetic relationships.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제53권1호
• /
• pp.29-34
• /
• 2011

본 연구에서는 Landrace, Large White와 Duroc 3품종의 3원 교잡 시스템으로 비육돈을 생산하는 9개 농가를 대상으로 Landrace와 Large White 교배를 통해 생산된 $F_1$ 모돈과 Duroc 웅돈 그리고 비육돈을 이용하여 기 보고한 바 있는 돼지 이력추적 및 브랜드육 식별을 위한 13종의 MS marker의 개체판별능과 혈연관계 추정 효율을 실증하였다. 우선 $F_1$ 모돈과 웅돈 즉 부모 집단을 대상으로 API-CALC version 1.0 프로그램을 이용하여 무작위 교배집단, 반형매 교배집단 그리고 전형매 교배집단으로 가정시 개체 판별능이 각 각 $4.94{\times}10^{-34}$, $8.16{\times}10^{-23}$ 그리고 $2.01{\times}10^{-08}$으로 추정되었으며, 비육돈을 포함한 추정치는 $3.74{\times}10^{-35}$, $5.48{\times}10^{-25}$ 그리고 $2.96{\times}10^{-11}$으로 추정되었다. 또한 Cervus version 2.0을 이용하여 친자감별률을 추정한 결과 100% 인 것으로 추정되었다. 이론적으로 산출된 상기의 수치들을 검증하기 위해 PAPA version 2.0 프로그램을 이용하여 비육돈 전체 452두에 대한 친자감별을 실시한 결과 100% 친부모를 확인 할 수 있었으며, Cervus 프로그램을 이용하여 전체 축군에서 동일한 대립유전자형을 가진 개체의 출현을 조사한 결과 동일개체는 존재하지 않는 것을 확인하였다. 비록 개체 판별능에 대한 실증은 제시한 이론적 판별능에 상응하는 두수를 검증하지는 못하였으나, 친자확인의 경우는 제시한 이론적 효율성 100%는 실증적으로 검증되었다. 따라서 현재 국내에서 행해지는 3 품종 교잡에 의한 비육돈 생산 시스템의 경우 본 연구의 결과로 비추어 볼 때 13 MS marker를 이용하여 체계화된 전산정보와 병행하여 계열화된 생산체계하의 브랜드 단위 또는 지역별 권역으로 구분하는 이력추적이 충분히 가능하다고 사료된다.

• 농업생명과학연구
• /
• 제44권6호
• /
• pp.91-99
• /
• 2010

한우 이력추적제에 적용되는 11개의 MS marker (TGLA227, BM2113, TGLA53, ETH10, SPS115, TGLA126, TGLA122, ETH3, ETH225, BM1824 and INRA23)와 성감별을 위한 2개의 sexing primer로 조합된 하나의 Multiplex PCR set를 이용하여 모근에서 추출한 genomic DNA를 이용해 3510두의 대량 시료를 분석한 결과 3.93%의 genotyping 실패율로 성공적인 분석결과를 얻었다. 무작위교배집단으로 가정 시 동일개체출현확률 (PI)은 $1.31{\times}10^{-23}$, 반형매교배집단으로 가정 시 동일개체출현확률 ($PI_{half-sibs}$)은 $2.52{\times}10^{-16}$ 그리고 전형매교배집단으로 가정 시 동일개체출현확률 ($PI_{sibs}$)은 $1.09{\times}10^{-6}$으로 나타나 현재 사용 중인 11종의 MS marker는 범용적으로 사용하여도 무방할 것으로 재확인 되었다. 또한 생산 및 사육단계의 생우의 경우 모근을 이용하여 DNA를 추출하는 것은 시료 채취 시 소에게 주어지는 스트레스를 최소화 시킬 수 있을 뿐만 아니라 대립유전자형 분석에 있어서 시간적, 경제적인 효율성을 높일 수 있었다. 또한 모근 채취 부위 중 등, 배, 꼬리상부와 꼬리하부를 이용하여 검정한 결과 꼬리하부의 모근을 이용하여 5~13가닥을 사용했을 때 최적의 분석결과를 보였다. 최종적으로 한우의 사육단계 대량 유전자형 분석에 적용 가능한 96 well 단위를 기본으로 하는 모근 DNA분리 체계를 확립하였다.

• 생명과학회지
• /
• 제18권9호
• /
• pp.1225-1229
• /
• 2008

본 연구는 한우의 5번 염색체 내에 존재하고 있는 10개의 microsatellite marker의 대립유전자 빈도를 이용하여 한우의 경제형질과의 연관성을 지닌 좌위를 탐색하기 위하여 실시하였다. 한우 326두를 대상으로 10개의 유전좌위를 분석한 결과 총 169개의 대립유전자가 검출되었다. 모든 유전좌위에서 다형성이 검출되었으며 각 유전좌위 별 대립유전자의 수는 9에서 28개로 나타났으며 평균 16.9로 나타났다. 가장 높은 PIC 값을 가진 유전좌위는 DIK2400(0.908)이었으며 가장 낮은 유전좌위는 DIK2718 (0.603)으로 검출되었다. 관측된 이형접합도에서는 DIK1048 (0.655)가 가장 높게 나타났으며, DIK2400 (0.906)은 가장 낮은 것으로 검출되었다. 분석된 MS marker들의 대립유전자의 빈도를 이용하여 경제형질과의 연관성을 탐색하기 위하여 각 경제형질별 육종가를 대상으로 상위그룹과 하위그룹으로 나누어 Chi-square검정을 실시하였다. 분석결과 DIK2828의 239 대립유전자는 근내지방도에서 상위그룹과 하위그룹의 빈도차가 유의적인 차이를 보이는 것으로 나타났다. BMC1009의 279 대립유전자는 도체중과 등지방두께에서 유의적인 차이를 확인하였으며 285대립유전자는 도체중, 등지방두께 그리고 근내지방도에서 유의적인 차이가 확인되었다. DIK4329의 200대립유전자는 등심단면적과 등지방두께에서 유의적인 차이가 확인되었다. 본 연구에서 유의적인 차이가 확인된 유전자좌위는 5번 염색체 내 20 (DIK2828), 41 (BMC1009) 그리고 95 (DIK4329) cM로 나타났다.

• 한국동물생명공학회지
• /
• 제36권2호
• /
• pp.76-81
• /
• 2021

Halla horse is crossbreed between Jeju and Thoroughbred horses and is used for riding, racing and meat production. Thus, molecular genetic studies are needed to establish and preserve the industrially valuable Halla horses. This study aimed to analyses the genetic diversity and population structure through 12 microsatellite (MS) markers for Halla and putatively related 3 breeds (Jeju, Mongolian and Thoroughbred horses). On average, the number of alleles, observed heterozygosity (H_obs), expected heterozygosity (H_exp), and polymorphic information content (PIC) among all horses were 10, 0.767, 0.799, and 0.771, respectively. Neighbor-joining tree and STRUCTURE analysis showed that Halla horses were between Thoroughbred and Jeju horses, tend to more influenced by Thoroughbred horses. Therefore, these results could be considered for use as the basic genetic breed relationships resource among the horse breeds (Jeju, Mongolian, and Thoroughbred horses) related to the origins of the Halla horse.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제21권11호
• /
• pp.1535-1543
• /
• 2008

Microsatellites (MS) are useful for quantifying genetic variation within and between populations and for describing the evolutionary relationships of closely related populations. The main objectives of this work were to estimate genetic parameters, measure genetic distances and reconstruct phylogenetic relationships between Australian Angora/Angora_Aus/ and Cashmere/Cashmere_Aus/ populations and three Mongolian Cashmere goat (Bayandelger/BD/, Zavkhan Buural/ZB/, and Gobi Gurvan Saikhan/GGS/) populations based on variation at fourteen MS loci. The level and pattern of observed and expected heterozygosity and polymorphic information content of the fourteen loci studied across the populations were quite similar and high. Except for SRCRSP07, all studied microsatellites were in Hardy-Weinberg Equilibrium (p<0.001). Moderate genetic variation (7.5%) was found between the five goat populations with 92.5% of total genetic variation attributable to diversity existing between the individuals within each population. The greatest Nei's genetic distances were found between the Angora and four Cashmere populations (0.201-0.276) and the lowest distances were between the Mongolian Cashmere goat populations (0.026-0.031). Compared with other Cashmere goat populations, the GGS (crossbred with Russian Don Goats) population had the smallest pairwise genetic distance from the Australian Angora population (0.192). According to a three-factorial correspondence analysis (CA), the three different Mongolian Cashmere populations could hardly be distinguished from each other.