• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권2호
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• pp.829-834
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• 2013

Background: MicroRNAs are noncoding RNA molecules that posttranscriptionally regulate gene expression. The aim of this study was to determine the role of microRNA-21 in cholangiocarcinomas and its relationship to cholangiocarcinoma RBE cell capacity for invasion and metastasis. Methods: MicroRNA-21 expression was investigated in 41 cases of cholangiocarcinoma samples by in situ hybridization and real-time PCR. Influence on cholangiocarcinoma cell line invasion and metastasis was analyzed with microRNA-21 transfected cells. In addition, regulation of reversion-inducing-cysteine-rich protein with kazal motifs (RECK) by microRNA-21 was elucidated to identify mechanisms. Results: In situ hybridization and real-time quantitative PCR results for patients with lymph node metastasis or perineural invasion showed significantly high expression of microRNA-21 (P<0.05). There was a dramatic decrease in cholangiocarcinoma cell line invasion and metastasis ability after microRNA-21 knockdown (P<0.05). However, overexpression significantly increased invasion and metastasis (P<0.05). Real-time PCR and Western-blot analysis showed that microRNA-21 could potentially inhibit RECK expression in RBE cells. Survival analysis showed that patients with higher expression levels of microRNA-21 more often had a poor prognosis (P<0.05). Conclusions: MicroRNA-21 may play an important role in cholangiocarcinoma invasion and metastasis, suggesting that MicroRNA-21 should be further evaluated as a biomarker for predicting cholangiocarcinoma prognosis.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제17권7호
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• pp.3437-3445
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• 2016

Background: There is an increasing concern in the role of microRNA (miRNA) in the pathogenesis of bone metastasis (BM) secondary to prostate cancer (CaP). In this exploratory study, we hypothesized that the expression of vinculin (VCL) and chemokine X3C ligand 1 (CX3CL1) might be down-regulated in clinical samples, most likely due to the post-transcriptional modification by microRNAs. Targeted genes would be up-regulated upon transfection of the bone metastatic prostate cancer cell line, PC3, with specific microRNA inhibitors. Materials and Methods: MicroRNA software predicted that miR-21 targets VCL while miR-29a targets CX3CL1. Twenty benign prostatic hyperplasia (BPH) and 16 high grade CaP formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) specimens were analysed. From the bone scan results, high grade CaP samples were further classified into CaP with no BM and CaP with BM. Transient transfection with respective microRNA inhibitors was done in both RWPE-1 (normal) and PC3 cell lines. QPCR was performed in all FFPE samples and transfected cell lines to measure VCL and CX3CL1 levels. Results: QPCR confirmed that VCL messenger RNA (mRNA) was significantly down-regulated while CX3CL1 was up-regulated in all FFPE specimens. Transient transfection with microRNA inhibitors in PC3 cells followed by qPCR of the targeted genes showed that VCL mRNA was significantly upregulated while CX3CL1 mRNA was significantly down-regulated compared to the RWPE-1 case. Conclusions: The down-regulation of VCL in FFPE specimens is most likely regulated by miR-21 based on the in vitro evidence but the exact mechanism of how miR-21 can regulate VCL is unclear. Up-regulated in CaP, CX3CL1 was found not regulated by miR-29a. More microRNA screening is required to understand the regulation of this chemokine in CaP with bone metastasis. Understanding miRNA-mRNA interactions may provide additional knowledge for individualized study of cancers.

• Molecules and Cells
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• 제46권1호
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• pp.21-32
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• 2023

MicroRNAs (miRNAs) play cardinal roles in regulating biological pathways and processes, resulting in significant physiological effects. To understand the complex regulatory network of miRNAs, previous studies have utilized massivescale datasets of miRNA targeting and attempted to computationally predict the functional targets of miRNAs. Many miRNA target prediction tools have been developed and are widely used by scientists from various fields of biology and medicine. Most of these tools consider seed pairing between miRNAs and their mRNA targets and additionally consider other determinants to improve prediction accuracy. However, these tools exhibit limited prediction accuracy and high false positive rates. The utilization of additional determinants, such as RNA modifications and RNA-binding protein binding sites, may further improve miRNA target prediction. In this review, we discuss the determinants of functional miRNA targeting that are currently used in miRNA target prediction and the potentially predictive but unappreciated determinants that may improve prediction accuracy.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2004년도 The 3rd Annual Conference for The Korean Society for Bioinformatics Association of Asian Societies for Bioinformatics 2004 Symposium
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• pp.150-157
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• 2004

microRNA (miRNA)는 21-25 nucleotide (nt)의 single-stranded RNA 분자로서 mRNA의 3' untranslated region (3' UTR)에 상보적으로 결합하여 유전자 발현을 제어하는 새로운 조절물질이다. 지금까지 실험을 통해 수백 개의 miRNA가 알려져 있으나, miRNA에 의해 조절되는 target 유전자는 실험상의 어려움으로 아직까지 거의 알려지지 않았다. miRNA는 서열의 길이가 짧고 target과 느슨한 상보적 결합을 하기 때문에 기존의 서열 비교 방법으로 miRNA의 target을 찾는 것은 쉬운 일이 아니다. 본 논문은 신경망을 이용하여 Caenorhabditis elegans mRNA의 3' UTR에서 miRNA가 결합하는 영역을 예측하였다. 신경망은 복잡한 비선형 데이터를 잘 분리해내고 불완전하고 잡음이 많은 입력에 강하기 때문에 miRNA target 예측에 적합하다. miRNA와 mRNA의 결합 영역을 다양하게 분석하였고 민감도 0.59, 특수도 0.99의 성능을 갖는 신경망을 구현하였다. 신경망 입력 값을 달리하여 각각의 특성이 결과에 미치는 영향을 분석하였고 기존 예측 방법에 의한 결과와 비교하여 성능을 평가하였다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제47권4호
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• pp.292-297
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• 2015

우리나라의 경우 갑상선암, 간암, 폐암 관련 연구가 보고되었으나 다발성 골수종환자에 관한 microRNA 연구는 보고된 경우가 없어 알아보고자 하였다. 또한, 다발성 골수종 환자의 골수(bone marrow)에서 채취한 검체를 이용한 연구가 대부분 보고되고 있으며, 파라핀 포매 조직을 이용한 경우는 거의 없어 파라핀 포매 조직에서도 가능한지 알아보았다. 연구 대상은 2010년 1월부터 2012년 7월까지 충남대학교병원 진단검사의학과에 다발성 골수종 진단을 위해 골수검사를 의뢰한 8 검체를 대상으로 하였다. microRNA는 보고된 내용 중 관련성이 높다고 한 miR-15a와 miR-16, miR-21, miR-181a, miR-221를 시행하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 각 검체별 fold change 값이 1.5 이상 또는 -1.5 이하로 유의성을 보인 경우는 miR-15a에서 3예(37.5%)로 나타났다. Microarray 검사법으로 보고한 기존 연구와 비교한 결과, miR-15a의 경우 일치하는 결과로 한국인의 다발성 골수종 환자에서 진단에 활용할 수 있음을 확인하였다. miR-221은 상반된 결과를 얻었다. 이와 같이 miR-15a의 경우, 서양인과 일치하는 결과를 얻었으며, miR-221은 서양인과 상반된 결과로 좀 더 연구가 필요하리라 생각된다. 파라핀 포매 조직에서도 microRNA를 검출 할 수 있음을 확인하였다. 하지만 검체수가 적어 좀 더 정확한 확인 검사와 많은 검체를 이용한 연구가 더욱 필요하다.

• BMB Reports
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• 제47권8호
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• pp.417-423
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• 2014

MicroRNAs (miRNAs) are a large family of post-transcriptional regulators, which are 21-24 nt in length and play a role in a wide variety of biological processes in eukaryotes. The past few years have seen rapid progress in our understanding of miRNA biogenesis and the mechanism of action, which commonly entails a combination of target degradation and translational repression. The target degradation mediated by Argonaute-catalyzed endonucleolytic cleavage exerts a significant repressive effect on target mRNA expression, particularly during rapid developmental transitions. This review outlines the current understanding of the mechanistic aspects of this important process and discusses several different experimental approaches to identify miRNA cleavage targets.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권21호
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• pp.9059-9064
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• 2014

MicroRNAs (miRNAs) are ubiquitously expressed small, non-coding RNAs that negatively regulate gene expression at a post transcriptional/translational level. They have emerging as playing crucial roles in cancer at all stages ranging from initiation to metastasis. As a tumor suppressor miRNA, aberrant expression of microRNA-29b (miR-29b) has been detected in various types of cancer, and its disturbance is related with tumor development and progression. In this review, we summarize the latest findings with regard to the tumor suppressor signatureof miR-29b and its regulatory mechanisms. Our review highlights the diverse relationships between miR-29b and its target genes in malignant tumors.

• 대한임상검사과학회지
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• 제50권2호
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• pp.197-204
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• 2018

다발성 골수종(MM)은 혈액 종양의 주요 사망 원인이다. 최근에 다발성 골수종 진단에 microRNA를 이용한 실험이 보고되고 있다. 이에 우리는 다발성 골수종 진단 마커로 miR-221을 이용 할 수 있는지 확인하고자 하였다. 본 연구는 다른 혈액학적 질환이 없는 다발성 골수종 환자 20명을 대상으로 하였다. MicroRNA 추출은 다발성 골수종 환자의 파라핀 포매 조직을 이용하였다. 우리는 다발성 골수종의 microRNA 표적 유전자로 miR-15a, miR-16, miR-21, miR-181a 그리고 miR-221을 선택하였다. 유의성 검정은 fold change 값을 기준으로 1.5이상 또는 -1.5 미만의 결과를 유의성이 있는 경우로 하였다. Fold change 값은 인간 유전자 SNORD43에 의해 표준화된 데이터를 기준으로 하였다. Fold change 값이 1.5 이상은 "overexpression", -1.5 미만의 값은 "underexpression"으로 정의되었다. miR-221의 65.0% (13/20)에서 "overexpression"으로 유의성이 있음을 확인하였고, 다발성 골수종 환자에서 형질세포가 30% 이상인 그룹과 이하의 그룹은 유의성을 보이지 않았다. MiR-221은 서구인과 같은 결과를 얻었으며, 다발성 골수종 환자에서 miR-221이 다발성 골수종 환자 진단에 매우 중요한 지표가 될 수 있을 것으로 생각된다. 결론적으로 miR-221은 한국인의 다발성 골수종 진단 또는 예후 지표로 활용할 수 있음을 확인하였다.

• Journal of information and communication convergence engineering
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• 제21권4호
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• pp.294-299
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• 2023

Micro ribonucleic acids (miRNAs) can regulate the protein expression levels of genes in the human body and have recently been reported to be closely related to the cause of disease. Determining the genes related to miRNAs will aid in understanding the mechanisms underlying complex miRNAs. However, the identification of miRNA-related genes through wet experiments (in vivo, traditional methods are time- and cost-consuming). To overcome these problems, recent studies have investigated the prediction of miRNA relevance using deep learning models. This study presents a method for predicting the relationships between miRNAs and genes. First, we reconstruct a negative dataset using the proposed method. We then extracted the feature using an autoencoder, after which the feature vector was concatenated with the original data. Thereafter, the concatenated data were used to train a long short-term memory model. Our model exhibited an area under the curve of 0.9609, outperforming previously reported models trained using the same dataset.

• Journal of Nutrition and Health
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• 제55권1호
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• pp.36-46
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• 2022

Quercetin의 지질대사 개선 효과에 대한 작용기전을 확인하기 위해 C57BL/6J mouse를 사용하여 실험을 수행하였다. 고콜레스테롤혈증을 유도하기 위해 6주간 1% 콜레스테롤과 0.5% cholic acid를 함유하는 고콜레스테롤 식이를 급여하였으며, quercetin은 0.05%와 0.1%의 수준으로 고콜레스테롤 식이에 추가하여 같은 기간 동안 제공하였다. Quercetin은 혈청과 간의 중성지방 및 콜레스테롤 수준을 용량 의존적으로 감소하는 것으로 나타났다. 고콜레스테롤 식이를 섭취한 쥐의 간에서 지방 합성을 촉진하는 SREBP-1c, ACC1 및 FAS 유전자 발현이 quercetin 섭취에 의해 억제되는 것을 확인하였다. Quercetin은 간세포 내에서 에너지 대사를 조절하는 AMPK 활성을 증가시켰다. 이에 반해 암세포 증식을 촉진하고 지방간에서 높게 발현되는 miR-21 발현은 quercetin 섭취에 의해 감소되었다. 본 연구의 결과는 quercetin이 고콜레스테롤 식이 섭취 쥐에서 혈청과 간의 지질 수준을 낮추는 지질대사 개선 효과가 있으며, 이러한 효과의 일부는 간 내 지방합성 유전자 (SREBP-1c, ACC1 및 FAS) 발현, AMPK 활성 및 miR-21 조절을 통해 매개된다는 것을 시사한다.