• 제목/요약/키워드: MS analysis

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Modeling Age-specific Cancer Incidences Using Logistic Growth Equations: Implications for Data Collection

  • Shen, Xing-Rong;Feng, Rui;Chai, Jing;Cheng, Jing;Wang, De-Bin
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제15권22호
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    • pp.9731-9737
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    • 2014
  • Large scale secular registry or surveillance systems have been accumulating vast data that allow mathematical modeling of cancer incidence and mortality rates. Most contemporary models in this regard use time series and APC (age-period-cohort) methods and focus primarily on predicting or analyzing cancer epidemiology with little attention being paid to implications for designing cancer registry, surveillance or evaluation initiatives. This research models age-specific cancer incidence rates using logistic growth equations and explores their performance under different scenarios of data completeness in the hope of deriving clues for reshaping relevant data collection. The study used China Cancer Registry Report 2012 as the data source. It employed 3-parameter logistic growth equations and modeled the age-specific incidence rates of all and the top 10 cancers presented in the registry report. The study performed 3 types of modeling, namely full age-span by fitting, multiple 5-year-segment fitting and single-segment fitting. Measurement of model performance adopted adjusted goodness of fit that combines sum of squred residuals and relative errors. Both model simulation and performance evalation utilized self-developed algorithms programed using C# languade and MS Visual Studio 2008. For models built upon full age-span data, predicted age-specific cancer incidence rates fitted very well with observed values for most (except cervical and breast) cancers with estimated goodness of fit (Rs) being over 0.96. When a given cancer is concerned, the R valuae of the logistic growth model derived using observed data from urban residents was greater than or at least equal to that of the same model built on data from rural people. For models based on multiple-5-year-segment data, the Rs remained fairly high (over 0.89) until 3-fourths of the data segments were excluded. For models using a fixed length single-segment of observed data, the older the age covered by the corresponding data segment, the higher the resulting Rs. Logistic growth models describe age-specific incidence rates perfectly for most cancers and may be used to inform data collection for purposes of monitoring and analyzing cancer epidemic. Helped by appropriate logistic growth equations, the work vomume of contemporary data collection, e.g., cancer registry and surveilance systems, may be reduced substantially.

Cometabolism of $\omega$-Phenylalkanoic Acids with Butyric Acid for Efficient Production of Aromatic Polyesters in Pseudomonas putida BM01

  • Song, Jae-Jun;Choi, Mun-Hwan;Yoon, Sung-Chul;Huh, Nam-Eung
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제11권3호
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    • pp.435-442
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    • 2001
  • Poly(3-hydroxy-5-phenylvalerate) [P(3HPV)] was efficiently accumulated from 5-phenylvalerate (5PV) in Pseudomonas putida BM01 in a mineral salts medium containing butyric acid (BA) as the cosubstrate. A nove aromatic copolyester, poly(5 mol% 3-hydroxy-4-phenylbutyrate-co- 95 mol% 3-hydroxy-6-phenylhexanoate) [P(3HPB-co-3HPC)] was also synthesized from 6-phenylhexanoate (6PC) plus Ba. The two aromatic polymers, P(3HPV) and P(3HPB-co-3HPC), were found to be amorphous and showed different glass-transition temperatures at $15^{\circ}C$ and $10^{\circ}C$, respectively. When the bacterium was grown ina medium containing 20 mM 5PV as the sole carbon source for 140 h, 0.4 g/l of dry cells was obtained in a flask cultivation and 20 wt% of P(3HPV) homopolymer was accumulated in the cells. However, when it was grown with a mixture of 2 mM 5PV and 50 mM BA for 40 h, the yield of dry biomass was increased up to 2.5 g/l and the content of P(3HPV) in the dry cells was optimally 56 wt%. This efficient production of P(3HPV) homopolymer from the mixed substrate was feasible because BA only supported cell growth and did not induce any aliphatic PHA accumulation. The metabolites released into the PHA synthesis medium were analyzed using GC or GC/MS. Two $\beta$-oxidation derivatives, 3-phenylpropionic acid and trans-cinnamic acid, were found in the 5V-grown cell medium and these comprised 55-88 mol% of the 5PV consumed. In the 6PC-grown medium containing Ba, seven ${\beta}$-oxidation and related intermediates were found, which included phenylacetic acid, 4-phenylbutyric acid, cis-4-phenyl-2-butenoic acid, trans-4-phenyl-3-butenoic acid, trans-4-phenyl-2-butenoic acid, 3-hydroxy-4-phenylbutyric acid, and 3-hydroxy-6-phenylhexanoic acid. Accordingly, based on the metabolite analysis, PHA synthesis pathways from the two aromatic carbon sources are suggested.

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NecroX-5 protects mitochondrial oxidative phosphorylation capacity and preserves PGC1α expression levels during hypoxia/reoxygenation injury

  • Vu, Thi Thu;Kim, Hyoung Kyu;Le, Thanh Long;Nyamaa, Bayalagmaa;Song, In-Sung;To, Thanh Thuy;Nguyen, Quang Huy;Marquez, Jubert;Kim, Soon Ha;Kim, Nari;Ko, Kyung Soo;Rhee, Byoung Doo;Han, Jin
    • The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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    • 제20권2호
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    • pp.201-211
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    • 2016
  • Although the antioxidant and cardioprotective effects of NecroX-5 on various in vitro and in vivo models have been demonstrated, the action of this compound on the mitochondrial oxidative phosphorylation system remains unclear. Here we verify the role of NecroX-5 in protecting mitochondrial oxidative phosphorylation capacity during hypoxia-reoxygenation (HR). Necrox-5 treatment ($10{\mu}M$) and non-treatment were employed on isolated rat hearts during hypoxia/reoxygenation treatment using an ex vivo Langendorff system. Proteomic analysis was performed using liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) and non-labeling peptide count protein quantification. Real-time PCR, western blot, citrate synthases and mitochondrial complex activity assays were then performed to assess heart function. Treatment with NecroX-5 during hypoxia significantly preserved electron transport chain proteins involved in oxidative phosphorylation and metabolic functions. NecroX-5 also improved mitochondrial complex I, II, and V function. Additionally, markedly higher peroxisome proliferator-activated receptor-gamma coactivator-$1{\alpha}$ ($PGC1{\alpha}$) expression levels were observed in NecroX-5-treated rat hearts. These novel results provide convincing evidence for the role of NecroX-5 in protecting mitochondrial oxidative phosphorylation capacity and in preserving $PGC1{\alpha}$ during cardiac HR injuries.

ERP로 확인되는 인지정보 처리에 대한 정서 점화효과 (Affective Priming Effect on Cognitive Processes Reflected by Event-related Potentials)

  • 김충명
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제16권5호
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    • pp.242-250
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    • 2016
  • 본 연구는 스트룹(Stroop)과제를 이용하여 정서가(affective valence)로 구성된 역하의 정서유발 점화자극이 인지과제 수행에 영향을 미치는지와 일반인에서도 정서장애 환자와 같은 지표가 나타나는지를 반응시간과 ERP(사건관련전위) 패턴으로 확인해 보고자 하였다. 측정된 데이터는 정서가(긍정 및 부정)와 일치여부로 수행되는 인지과제의 조합으로 제시되어 수집되었고, 전위변화의 특성인 진폭과 정점 잠복기를 기준으로 그 효과가 검증되었다. 먼저 반응시간 행동분석 결과, 중립 정서자극을 제외한 역하의 정서자극에 의해 목표과제의 반응을 촉진하는 결과를 확인할 수 있었다. 아울러 부가적으로 수집된 사건관련전위를 분석한 결과, 불일치 요인이 결합된 부정적 정서정보가 긍정적 정서정보에 비해 더 높은 음전위 및 지연된 잠복기를 보임으로써 표정과 관련된 정서유발-특정적인 N2효과를 확인하였다. 그리고 동일한 조건에서 긍정조건에 비해 유의한 차이의 양전위와 함께 더 짧은 잠복기를 보이는, 인지적 판단과정의 차이를 시사하는 P300의 효과도 관찰하였다. 이는 역하의 부정적 정서정보가 인지처리과정에서 자동적으로 억제되는 경향과 함께 해당 정서의 탐지를 가속시키는 한편, 주의자원의 적절한 재분배를 가능케 하여 목표자극의 반응을 촉진시킨 것으로 해석할 수 있으며, 기능적이고 인지적인 반응의 차이에서 역하효과를 비롯하여 과제 수행 정도에 영향을 끼치는 정서관련 재인과정의 중요성을 시사한다 할 수 있다.

국내산 참나무속 수종 수피의 추출성분 (Chemical Constituents of Domestic Quercus spp. Barks)

  • 김진규;권동주;임순성;배영수
    • Journal of the Korean Wood Science and Technology
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    • 제38권4호
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    • pp.359-374
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    • 2010
  • 국내산 낙엽성 참나무류인 신갈나무, 상수리나무, 떡갈나무, 졸참나무, 갈참나무 및 굴참나무 수피의 추출성분의 구조를 규명하고 수종 상호간 성분의 특성 및 연관성 등을 조사하였다. 그 결과 신갈나무에서 화합물 2(ellagic acid, 0.03 g), 4 ((+)-catechin, 4.59 g), 6 (taxifolin, 3.35 g) 및 7 (glucodistylin, 20.52 g)을 상수리 나무에서는 화합물 1 (gallic acid, 0.18 g), 4 ((+)-catechin, 8.52 g), 5 ((+)-gallocatechin, 0.09 g), 6 (taxifolin, 0.54 g) 및 7 (glucodistylin, 3.28 g)을 떡갈나무에서는 화합물 1 (gallic acid, 0.38 g), 2 (ellagic acid, 0.11 g) 4 ((+)-catechin, 2.01 g), 5 ((+)-gallocatechin, 0.12 g) 및 7 (glucodistylin, 0.39 g)을 갈참나무에서는 2 (ellagic acid, 1.51 g), 4 (+)-catechin, 21.91 g) 및 7 (glucodistylin, 3.91 g)을 졸참나무에서는 2 (ellagic acid, 0.84 g), 4 ((+)-catechin, 0.82 g), 6 (taxifolin, 4.02 g) 및 7 (glucodistylin, 21.50 g)을 굴참나무에서는 1 (gallic acid, 0.24 g), 3 (caffeic acid, 0.05 g), 4 ((+)-catechin, 0.32 g) 및 7 (glucodistylin, 0.65 g)을 분리하여 구조를 규명하였다. 국내산 참나무속 6 수종의 수피에서는 화합물 4 ((+)-catechin)와 7 (glucodistylin) 이 공통적으로 분리되었으며 두 성분 중 함유량이 상대적으로 높은 glucodistylin은 참나무류 수피의 지표성분 으로 이용될 수 있을 것이다.

은수원사시나무의 무기산 가수분해에 의해 생성된 고형 부산물의 화학 구조 (Chemical Characteristics of Solid Residues Produced from Acid Hydrolysis of Hybrid Poplar Wood)

  • 오신영;김재영;황혜원;이오규;최준원
    • Journal of the Korean Wood Science and Technology
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    • 제41권1호
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    • pp.1-11
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    • 2013
  • 본 연구에서는 은수원사시나무의 산 당화공정에서 생성되는 고형 부산물의 화학적, 구조적 특성을 관찰하였다. 산 가수분해는 황산과 염산을 사용하였고, 1차 가수분해농도를 72%, 36%, 18%로 변화를 주었고, 2차 가수분해에서 4%로 동일하게 희석하였다. 가수분해 후 액상 가수분해액과 고형 부산물을 각각 분리하였고 고형 부산물을 각각 RS72, RS36, RS18, RC36, RC18이라고 하였다. 황산의 농도가 높아짐에 따라 생성된 고형부산물은 감소(71.2~21.4%)하였지만, 염산의 농도는 고형 부산물의 생성량(65.0~67.0%)에 큰 영향을 주지 않았다. 또한 RS36과 RS18은 고형 부산물 질량 대비 23.6%, RC36과 RC18은 각각 25.6%, 27.3%가 리그닌으로 이루어져 있었다. 고형 부산물의 열분해산물 분석 결과 Levoglucosan, Furfural 등 탄수화물 유래 물질과 리그닌 유래 물질인 Guaiacol, Syringol 등이 검출되었지만 RS72에서는 리그닌 유래 물질만이 검출되었다. 또한 열중량분석결과 고형 부산물 내 리그닌 함량이 높아질수록 다량의 탄이 생성되고 최대 중량 감소율이 감소하여 염산에 비해 황산이, 또한 산의 농도가 높을수록 화학적으로 축합된 구조를 형성하는 것을 확인하였다.

지르코니아 블록과 CAM 종류에 따른 코핑의 변연적합도와 기계적 특성 비교 (Comparison on marginal fitness and mechanical properties of copings with zirconia block and CAM type)

  • 정인성;전병욱;김원영;강재민
    • 대한치과기공학회지
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    • 제39권2호
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    • pp.75-82
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    • 2017
  • Purpose: This study provided the basic data for selection the zirconia block and CAM by means of marginal fitness observations, flexural strength test and hardness test. Methods: Three dental zirconia blocks(ABCera, NaturaZ, ST98) and two dental milling machines(CAD/CAM MS, DWX-50) were used in this study. Metal abutment(diameter 10 mm, height 5 mm, inclined angle $3^{\circ}$ taper, 1 mm chamfer margin) was fabricated by Ti customized abutment, and then zirconia copings were fabricated for each ten specimens. Silicone replica technique was used to observe the marginal fitness of cross-sections with a stereomicroscope at ${\times}50$ magnification. The dental zirconia blocks was cut into 10 pieces each having a size of $25mm{\times}5mm{\times}1mm$, and fabricated according to the manufacturer's instructions, and flexural strength was measured using a universal testing machine. For hardness test, a micro Vickers hardness tester was used as it was in the flexural strength test. Statistical analysis was performed by one way ANOVA and post-test was performed by Scheffe test. Results: For marginal fitness of bucco-lingual axial, ZU group($59.7{\pm}10.3{\mu}m$) was the lowest, followed by RA, ZA, ZD, RD, RU. For marginal fitness of mesio-distal axial, ZU group($59.3{\pm}10.2{\mu}m$) was the lowest, followed by RA, ZA, RD, ZD, RU. One-way ANOVA showed statistically significant difference between groups(p<0.05). For flexural strength, ABCera block($718.0{\pm}57.2MPa$) was the highest, followed by NaturaZ, ST98. For hardness, ABCera block($1550.3{\pm}19.8Hv$) was the highest, followed by ST98, NaturaZ. There was no significant difference in flexural strength and hardness between blocks(p>0.05). Conclusion: Based on the results of this study, the type of dental zirconia block did influence the marginal fitness, and all dental zirconia blocks are expected to be suitable for clinical application. The highest flexural strength and hardness were ABCera block, and no statistically significant difference was observed.

Flavobacterium sp. Strain DS5에 의한 Oleic Acid로부터 산화불포화 지방산의 생산 및 분석 (Production and Analysis of Oxygenated Unsaturated Fatty Acids from Oleic Acid by Flavobacterium sp. Strain DS5)

  • 송병섭;한남수;이봉희;;김범수
    • KSBB Journal
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    • 제24권1호
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    • pp.41-46
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    • 2009
  • 식물성 오일은 다양한 생물제품 생산에 적합한 저가의 원료이다. 식물성 오일의 주성분인 oleic acid와 linoleic acid와 같은 불포화 지방산의 함량은 콩기름의 경우 각각 22%와 55%, 옥수수기름의 경우 26%와 60%, 유채기름의 경우 61%와 21%에 달한다. Hydroxy나 keto group으로 치환된 불포화 지방산들은 다른 지방산에 비해 높은 점도와 반응성 등의 특별한 화학적 특성 때문에 가소제, 계면활성제, 윤활유, 세제 등에 사용되는 유용한 산업 화합물이다. 본 연구에서는 Flavobacterium sp. strain DS5 (NRRL B-14859)를 oleic acid로부터 중간생성물로서 10-hydroxystearic acid (10-HSA)를 거쳐 10-ketostearic acid (10-KSA)로의 전환에 이용하였다. 두 개의 생물전환 생성물인 10-KSA와 10-HSA는 GC, GC-MS, $^1H-NMR$, $^{13}C-NMR$을 이용하여 정량 및 정성분석을 수행하였다. 플라스크 배양에서 10-KSA와 10-HSA의 최대 생산량은 각각 3.4 g/L와 0.5 g/L 이었다. 10-KSA 생산을 위한 최적 glucose 농도 yeast extract 농도, oleic acid 첨가시간, 첨가부피는 각각 20 g/L 이하, 5 g/L 이상, 접종 후 18 h, 0.3 ml/50 ml 이었다.

감나무 수령과 감꽃 기관에 따른 휘발성 향기성분 분석 (Analysis of the Volatile Organic Compounds of Persimmon Flower according to Tree Age and Floral Organ)

  • 김지혜;홍세진;신일섭;엄향란
    • 생물환경조절학회지
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    • 제23권4호
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    • pp.321-328
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    • 2014
  • 본 연구는 감꽃의 주요 향기성분을 알아보기 위해서 감나무 수령별로 감꽃의 향기성분을 SPME를 이용하여 분석하고, 기관을 꽃과 꽃받침으로 분류하여 향기성분을 비교하였다. 감나무 수령별 감꽃의 만개율은 15년생 이상, 10-14년생, 5-9년생 순으로 수령이 오래될수록 초기 만개율이 높았다. 감나무 수령에 따른 감꽃 향기성분 분석 시 동정된 주요 향기 성분은 a-pinene, butene, caryophyllene, cubebene, lavandulol, D-limoneneylangene, ylangene 등의 성분을 얻을 수 있었다. 대부분이 green향, fruit계, floral계의 옅은 향도 포함하고 있었다. 감꽃에 존재하는 휘발성 향기성분의 수는 5-9년생은 30종, 10-14년생은 24종, 그리고 15년생 이상에서는 32종으로 수령이 5년 미만과 15년 이상에서 많은 향기성분이 조사되었다. 감꽃을 꽃받침과 나누어 향기성분을 비교하면 단감 '부유' 품종 중 꽃의 향기 성분은 10개이고 상대적인 총 함량은 26.35%이며, 꽃받침은 향기 성분은 14개이고 상대적인 총 함량은 46.28%로 꽃에 비해서 더 다양한 향기성분이 존재하는 것으로 조사되었다. 반면 떫은감 '둥시' 품종은 꽃에서는 6개의 향기성분이 17.58%, 꽃받침에서는 9개의 향기 성분이 50.27%로, '부유' 품종에 좀더 다양한 향기성분이 존재하였다. 본 연구는 감꽃 향기를 이용하고자 하는 향기산업에 기초자료를 제공하는데 기여할 것이다.

유전자진단에 있어서 Multiplex Ligation Dependent Probe Amplification (MLPA)의 이론과 실제 (MLPA Applications in Genetic Testing)

  • 김구환;이범희;유한욱
    • Journal of Genetic Medicine
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    • 제6권2호
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    • pp.146-154
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    • 2009
  • Multiplex ligation dependent probe amplification (MLPA)은 탐침자를 표적지에 교잡시킨 후, ligation 시키고, 그 산물을 중합효소연쇄반응으로 증폭시킴으로써 표적지의 존재여부 또는 농도를 확인할 수 있는 방법으로, 그 원리가 소개된 이래로 여러 유전자들에 대한 거대결실 및 중복돌연변이에 대한 탐색에 이용되었다. 유전자진단은 질환에 관련된 유전자에 대한 돌연변이를 탐색함으로써 질환을 진단하는 방법으로, 단일유전자 결핍 질환에 대한 유전자진단은 주로 중합효소연쇄반응과 염기서열 분석 방법을 통한 점돌연변이의 탐색에 집중되어 있다. 거대결실 또는 중복돌연변이의 경우, 특히 이형접합자를 형성하게 되는 경우는 중합효소 연쇄반응을 통하여 결실 또는 중복돌연변이 여부의 확인이 힘들다. PCR 방법에 기초하여 유전자의 농도(gene dosage)를 알 수 있는 방법으로 MLPA 방법이 소개되면서 거대결실 또는중복돌연변이를 포함하고 있던 질병 관련돌연변이들의 규명이 한층 쉬워졌다. MLPA의 원리를 응용하여 단순한 유전자의 농도 측정뿐 아니라 유전자내의 메칠화양상의 차이를 확인하거나, 염색체의 배수체 이상 등 염색체이상의 돌연변이 규명과, 전체 유전자의 크기가 비교적 커서 거대결실 돌연변이를 많이 동반하는, 주로 우성유전의 암 관련 유전자 돌연변이의 규명에 유용하게 이용된다. MLPA는 상용적인 중합효소연쇄반응으로 확인할 수 없는 유전자의 농도를 효과적으로 규명할 수 있는 방법으로, 적은 양의 주형 DNA만을 사용하고, 한가지의 실험원리로 다양한 응용이 가능하며 high-throughput이 가능한 장점을 가지는 반면, 주형 DNA의 질에 결과의 의존도가 높고, 민족 또는 개인간의 차이를 보일 수 있는 표적 DNA 염기서열 내의 single nucleotide polymorphism (SNP) 등으로 인해 분석의 오류가 생길 수 있으며, 양적 차이를 규명하는 것이므로 수 차례의 대조군 검사가 함께 진행되어야 하는 단점이 있다. 여기서는 MLPA를 이용하여 질병유전자의 돌연변이를 밝힌 사례를 바탕으로 MLPA의 원리와 탐색할 수 있는 돌연변이의 종류, 그리고 이 방법의 장단점에 대해 고찰해 보고자 한다.

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