• 제목/요약/키워드: MAB

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수박 엘리트 계통의 GBS를 통한 마커이용 육종용 SNP 마커 개발 (Development of an SNP set for marker-assisted breeding based on the genotyping-by-sequencing of elite inbred lines in watermelon)

  • 이준우;손병구;최영환;강점순;이용재;제병일;박영훈
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제45권3호
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    • pp.242-249
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    • 2018
  • 본 연구는 국내 육종 회사에서 개발된 수박(Citrullus lanatus L.) 우량 육성계통 20종을 대상으로 Genotyping-by-sequencing(GBS) 분석을 통해 품종식별, 순도검정, 그리고 마커이용여교잡(Marker-assisted backcross, MABC)용 SNP 세트를 개발하고자 수행되었다. GBS 분석 결과 총 1,100,000천개 raw read 중 77%가 수박 유전체에 mapping되었으며 평균 mapping region은 약 4,000 Kb로 2.3%의 genome coverage를 보였다. Filtering을 통해 평균 depth 31.57의 SNP 총 2,670개를 얻었으며, 20개 계통에 대한 이들의 Polymorphic information content(PIC) 값의 범위는 0.1 ~ 0.38 였다. 이 중 PIC 값이0.3이상이며 각 염색체 별로 5개씩 균등히 분포된 SNP 총 55개를 최종 선발하였다. 사용된 20개 계통의 유연관계분석을 위해 선발된 55개 SNP를 기반으로 한 주성분 분석(Principle component analysis, PCA) 결과 주성분 1 (52%)과 주성분 2 (11%)를 기준으로 4개의 그룹으로 분류 되었으며 각 계통 간 유전자형에 따른 뚜렷한 식별이 가능하였다. 계층적 군집화(Hierarchical clustering) 분석에서도PCA에서와 유사한 분류양상을 관찰할 수 있었다. 따라서 본 연구에서 개발된 SNP 세트는 적용 가능성이 검증된 20개 계통뿐 만 아니라 향후 다양한 수박 육종소재 및 품종에 대한 품종식별, F1 순도검정 및 MABC에 활용될 수 있으리라 기대된다.

Sex-related Differences in Rat Hepatic Cytochromes P450 Expression Following Treatment with Phenobarbital or 3-Methylcholanthrene

  • Lee, Yoon-Sook;Park, Sang-Shin;Kim, Nak-Doo
    • Archives of Pharmacal Research
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    • 제15권1호
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    • pp.78-86
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    • 1992
  • The induction of hepatic cytochromes P450 and metabolic effects have been examined in male and female Sprague-Dawley rats following treatment with either phenobarbital or 3-methylcholanthrene. Hepatic cytochrome P450 levels were higher in males than in females by ~40%. Treatment of male and female rats with phenobarbital or 3-methylcholanthrene resulted in an ~1.6 and 2-fold increase, respectively, in heptic microsomal cytochrome P450 levels in both sexes, relative to untreated animals. Immunoblot analyses were performed to compare sex-related changes in P450 levels. Hepatic P45IIB1 levels in males were greater than those in females following phenobarbital treatment. 3-Methylcholanthrene-induced male hepatic microsomes exhibited greater levels of P450 females failed to exhibit a band. Mab PCN 2-13-1 against P-45-IIIA recognized an intense in uninduced microsomes from female rats. The levels of P450IIIA in males were increased 2 to 3-fold following treatment with phenobarbital, while the increase of IIIA levels in females by phenobarbital was minimal, as monitored by immunoblot analysis. Solid phase radiommunoassay using monoclonal antibodies supported the results of immunoblot analysis. Phenobarbital treatment caused a 6.5-fold increase in the monoclonal iantibody binding to IIBI in males, whereas treatment of females with phenobarbital resulted of IA levels by 3-methylcholanthrene was also greater in females than in males (10-vs. 8-fold) although the levels of induced IA were comparable inboth sexes, as assessed by radiommunoassay. Radioimmunoassay also showed that hepatic IIEI level was 1.5-fold higher in males than in females and that either phenobarbital or 3-methylcholanthrene treatment caused 80% to 40% decrease in IIEL levels, relative to control, in both sexes. Sex-related metabolic activities were examined in hepatic microsomes. Hexobarbital hydroxylase activity was 2-to 3-fold higher in uninduced microsomes from males than that from females. This hydroxylase activity was increased 2-and 3-fold in males and females, respectively, following phenobarbital treatment, as compared to controls. Addition females produced 64% and 84% inhibition of hexobarbital oxidation, respectively. Aryl hydrocarbon hydroxylase activity was increased -12 and 26-fold in males and females respectively. Following phenobarbital treatment, as compared to controls. Addition of anti-P450IIB1 antibody to phenobarbital-induced hepatic microsomes from males and females produced 64% and 84% inhibition of hexobarbital oxidation, respectively. Aryl hydrocarbon hydroxylase activity was increased -12 and 26 fold in males and females, respectively, following 3-methylcholanthrene treatment relative to controls. The anti-P-450IA antibody inhibitable rate of aryl hydrocarbon hydroxylase activity was comparable in both sexes following 3-methylcholanthrene treatment relative to controls. The anti-P450LA antibody inhibitable rate of aryl hydrocarbon hydroxylase activity was comparable in both sexes following 3-methylcholanthrene treatment (-70%). These results demonstrate that levels of hepatic P450IIB1 or P450IA are greater in male than in female for untreated, phenobarbital-or-3-methylcholanthrene treated rats. In addition, the relative for untreated phenobarbital-or 3-methylcholanthrene treated rats. In addition, the relative increase of phenobarbital-or 3-methylcholanthrene treated rats. In addition, the relative increase of phenobarbital-or 3-methylcholanthrene treated rats. In addition, the relative increase of P450IIB1 or IA phenobarbital or 3-methylcholanthrene is more significant in females.

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면역조직염색법으로 관찰한 스파르가눔 층체에서의 36, 29 kDa 항원 단백질의 생성위치 (Immunohistochemical Localization of 36 and 29 kDa proteins in sparganum)

  • 김이수;공윤;강신영;조승열
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제30권1호
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    • pp.25-32
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    • 1992
  • 스파르가눔증을 혈청학적으로 진단할 경우, 환자 혈청과 민감하고 특이하게 반응하는 단백질이 36. 29 kDa임은 SBS-PAGE/immunoblot을 이용하여 이미 밝혀졌다. 이 연구는 이 단백질이 스파르가눔 충체의 어느 부위에서 생성되는 것인지를 알아보기 위하여 실시하였다. 스파르가쑴 충체의 조직표본을 만들고 36 kDa와 29 kDa 단백질에 반응하는 단세포군항체를 1차항체로 사용하였다. 그리고 avidin-biotinylated conjugate와 AEC (3-amino, 9-ethylcarbasole)를 이용하여 면역조직화학염색법을 실시하였다. 아울러 스파르가눔증 환자 혈청, 스파르가눔 생리식염수추출액으로 면역시킨 마우스 항혈청을 사용하여 반응양상을 비교하였다. 대조 염색으로는 PBS, 정상 마우스 혈청 및 전상인(정상인) 혈청을 각각 사용하였다. 1. PBS, 전상 마우스와 정상인 혈청으로 처리한 군은 어느 조직에서도 반응이 없었다. 2. 마우스 면역혈청을 사용하였을 때에는 표피상층, 표피, 표퍼세포, 유조직 (유조직), 배설강에 반응이 있었고 근육, 칼숨소체의 일부에도 반응을 보였다. 3. 환자혈청은 표피상층이 표피세포보다 강한 양성반응을 보였고 유조직에서도 반응이 있었다. 배설강, 칼슘 소제의 일부에 반응을 나타냈으나 표피와 표피세포에서는 반응이 약한 환자혈청도 있었다. 4. 단세포군항체로 처치한 경우, 표피상층과 표피세포에 강하게 반응하였고 유조직의 일부에서 약한 반응을 보였다. 그러나 표피, 칼슘소체, 배설강 등에는 전혀 반응이 없었다. 이상의 결과는 스파프가눔에 존재하는 36, 29 kDa단백질이 표피세포에서 생성되어 표피상층으로 이동함을 시사하고 있었다.

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Application and utilization of marker assisted selection for biotic stress resistance in hybrid rice (Oryza sativa L.)

  • Song, Jae-Young;Ouk, Sothea;Nogoy, Franz Marielle;Nino, Marjohn C.;Kwon, Soon Wook;Ha, Woongoo;Kang, Kwon-Kyoo;Cho, Yong-Gu
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제43권3호
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    • pp.317-331
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    • 2016
  • Development of disease resistant plant is one of the important objectives in rice breeding programs because biotic stresses can adversely affect rice growth and yield losses. This study was conducted to identify lines with multiple-resistance genes to biotic stress among 173 hybrid rice breeding lines and germplasms using DNA-based markers. Our results showed that one hybrid rice line [IR98161-2-1-1-k1-3 (IR86409-3-1-1-1-1-1/IRBB66)] possessed 5 bacterial blight resistance genes (Xa4, xa5, Xa7, Xa13 and Xa21) while two hybrid rice lines [IR98161-2-1-1-k1-2 (IR86409-3-1-1-1-1-1/IRBB66) and 7292s (IR75589-31-27-8-33S(S1)/IR102758B)] possessed 3 bacterial blight resistance genes (Xa4, Xa7 and Xa21, and Xa3, Xa4 and xa5). Molecular survey on rice blast disease revealed that most of these lines had two different resistant genes. Only 11 lines possessed Pib, Pi-5, and Pi-ta. In addition, we further surveyed the distribution of insect resistant genes, such as Bph1, Bph18(t), and Wbph. Three hybrid breeding lines [IR98161-2-1-1-k1-3 (IR86409-3-1-1-1-1-1/IRBB66), IR98161-2-1-1-k1-2 (IR86409-3-1-1-1-1-1/IRBB66), and 7292s (IR75589-31-27-8-33S(S1) /IR102758B)] contained all three resistance genes. Finally, we obtained four hybrid rice breeding lines and germplasms [IR98161-2-1-1-k1-2 (IR86409-3-1-1-1-1-1/IRBB66), Damm-Noeub Khmau, 7290s, and 7292s (IR75589-31-27-8-33S(S1)/IR102758B)] possessing six-gene combination. They are expected to provide higher level of multiple resistance to biotic stress. This study is important for genotyping hybrid rice with resistance to diverse diseases and pests. Results obtained in this study suggest that identification of pyramided resistance genes is very important for screening hybrid rice breeding lines and germplasms accurately for disease and pest resistance. We will expand their cultivation safely through bioassays against diseases, pests, and disaster in its main export countries.

Bacillus subtilis을 이용한 Pasteurella haemolytica A1 leukotoxin 유전자의 cloning 및 발현 (Cloning and Expression of the Pasteurella haemolytica A1 leukotoxin Gene in Bacillus subtilis)

  • 유한상
    • 대한수의학회지
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    • 제36권3호
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    • pp.665-680
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    • 1996
  • Bovine Pneumonic Pasteurellosis는 수송열(輸送熱)로 일반적으로 알려져 있는 질병으로서, 여러가지 요인의 복합적(複合的)인 작용에 의해 발병하는 것으로 알려져 있으나, Pasteurella haemolytica A1이 가장 주요(主要)한 인자(因子)로 밝혀져 있다. P haemolytica A1은 leukotoxin(LKT), lipopolysaccharide(LPS), capsular polysaccharide 등 여러가지의 병원성인자(病原性因子)을 생성한다. 이들 인자중 LKT가 가장 중요한 병원성인자로 밝혀져 있다. 이에 본 실험은 P haemolytical A1의 LKT 유전자를 Bacillus subtilis에서 발현(發現)시킴으로서 LPS에 오염(汚染)되지 않은 LKT을 대량으로 생산할 목적으로 실시되었다. 실험의 첫 단계(段階)로서 pLKT52 plasmid을 Sau3 A1의 제한효소을 이용하여 부분소화(部分消化)시킨 후 이 부분 소화(消化)된 유전자들로부터 3~5kb 크기의 유전자들을 순수분리하여 pUC18와 결합시킨 후 E coli NM522에 형질전환(形質轉換)시켰다. 이때 형질전환된 균주들은 LKT에 대한 단크론 항체인 MAb601을 이용하여 colony blot 법에 의해서 LKT 유전자 보유 및 발현여부(發現與否)을 조사하였다. 이들 양성 clone들은 제한효소분석(制限酵素分析), 염기서열분석(鹽基序列分析) 및 Western blot 등에 의해서 재확인(再確認)하였다. 총 9개의 양성 clone중 위의 방법에 의해서 한 clone을 선택(選擇)하여 lktCA insert를 재분리하여 shuttle vector에 subcloning 하였다. Subcloning된 LKT 유전자들은 shuttle vector의 종류(種類)(pHPS9, p602/20, pHPS9-Sac)와 각기(各其) 다른 종류(種類)의 B subtilis(spoO12A, BR121, WB3O, Raj1105) 숙주내(宿主內)에서 발현정도를 Western blot 법에 의해서 비교(比較)하였다. 이때 최적발현조건(最適發現條件)은 p602/20와 pBL1의 dual plasmid system을 이용하여 B subtilis spoO12A에서 2시간동안 IPTG로 발현을 유도(誘導)하는 것이었다. B subtilis에서 발현된 LKT을 visual 법과 neutral red uptake 법을 이용하여 소 폐포(肺胞) 대식구(大食求)에 대한 biological activity를 확인하였다. 발현된 LKT에 대한 LPS 오염은 LKT을 SDS-PAGE 후 silver stain에 의해서 확인하였다. 본 실험을 통해서 볼 때에 lktCA 유전자를 보유(保有)하고 있는 p602/20는 B subtilis에서 매우 불안정(不安定)하였고, 발현된 LKT는 세균자체(細菌自體)에서 생성되는 protease들에 의해서 파괴(破壞)됨으로서 농도(濃度)가 매우 낮았다. 이러한 문제점들은 다음 단계(段階)의 실험에서 해결되어야할 문제들이다.

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만성 기도질환에서 흰쥐 뮤신에 대한 단 세포군 항체(RTO3)를 이용한 뮤신 측정에 관한 연구 (Measurement of Mucin Amounts Using RTO3 in Patients with Chronic Airway Disease)

  • 김도진;김기업;남궁은경;어수택;김용훈;신찬영;고광호;박춘식
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제47권6호
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    • pp.786-796
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    • 1999
  • 배 경: 만성 기도 질환자에서 유신 양의 증가와 생화학적 변화가 예상된다. 기도 질환자에서의 기도내 뮤신의 정량적 측정에 흰쥐 뮤신에 대한 단 세포군 항체(RTO3)의 임상적 유용성을 알아보고자 하였다. 방 법: 기도 질환자와 정상인에서 채취한 객담과 기관지 세척액으로부터 얻은 뮤신과 RTO3와의 교차반응을 확인하기 위하여 western blotting을 이용하였고 단 세포군 항체가 생체내의 기도 뮤신과의 특이적인 반응을 하는지를 면역조직화학적으로 검색 하였다. ELISA를 이용하여 정상인과 기도 질환자의 뮤신 양을 비교하여 보았고 또한 기도 질환에 따른 뮤신양의 변화도 관찰하였다. 결 과: 1) Western blot으로 두명의 기관지 천식환자에서 220kDa 이상에서 면역적으로 반응하는 뮤신을 관찰하였고 2) 사람의 주 기관지에서 상피 세포층의 배상 세포와 점막하층의 분비선에서 뮤신이 분비됨을 PAS 염색법으로 확인하였지만 RTO3를 이용한 면역조직 화학 염색에서는 양성 소견을 보이는 세포의 빈도가 적었다. 3) 뮤신의 양은 정상인에서는 평균 48ng/ml이하로 분비 되지만 기도 질환자에서는 정상인에 비해 뮤신 양의 분비가 증가됨을 알 수 있었다. 4) 기도 질환의 병기에 따른 뮤신 양의 변화는 기관지 천식환자에서 심한 발작시에 뮤신의 분비가 안정한 천식상태에서 보다 증가 됨을 알 수 있었다. 5) 폐암 환자의 기도 세척액에서 얻은 뮤신의 양도 정상인 보다 증가되어 있었다. 결 론: 만성 기도질환자의 뮤신 정량적 측정에 표식자로 단세포군 항체 RTO3를 이용한 ELISA의 시용 가능성을 보여 주었다.

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무안 창포호의 자연생태친수공간 조성을 위한 관리방안 기초 연구 (The Management Plan for the Ecological Waterfront Space of Muan Changpo Lake)

  • 서정영
    • 한국환경복원기술학회지
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    • 제22권3호
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    • pp.15-30
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    • 2019
  • Changpo Lake was created as a part of a land reclamation for refugee self-helping projects. It shows characteristics of a fresh water lake, and still retains the early appearance of reclamation that surrounding regions have not been developed into farm lands. Shallow wetland has formed around the lake, which provides great conditions for diverse lives, and surrounding earthiness is favorable for growth of vegetation and restoration of the ecosystem. However, as facilities of the Muan International Airport nearby Changpo Lake are expanding and barns are being constructed, artificialness is gradually increasing. Particularly, since pollution sources such as sport facilities, farm lands and barns are scattered around Changpo Lake, pollutants are flowing in constantly. Accordingly, the results for setting up management areas according to the spatial characteristics and creating natural ecological spaces near Changpo Lake, Taebongcheon stream and Hakgyecheon stream are as follows. First, the creation of a natural eco-friendly waterfront space should be promoted by securing the health of the aquatic ecosystem and restoring species and the ecosystem. In addition, a consultative body needs to be formed to lead local residents to participating in river investigation and monitoring, maintenance, and management through role sharing. Second, the basic direction of the spatial management plan is to keep the unique charm of Changpo Lake, maintain harmony with nature, create diverse waterfront areas, and secure the continuity of Changpo Lake and inflow streams. Moreover, the area should be divided into three zones such as a conservation zone, a restoration zone and a waterfront zone, and for each zone, the preservation of vegetation, the creation of ecological wetlands and restoration of the ecotone and ecological nature need to be promoted. Third, facilities and activity programs for each space of Changpo Lake should be operated for efficient management of protected areas. In order to suit the status of each space, biological habitats, water purification spaces, experiential and learning spaces, and convenience and rest spaces should be organized and designated as research, monitoring, education, and tourism areas. Accordingly, points of interest should be set up within the corresponding area. In this study, there are many parts that need to be supplemented for immediate implementation since the detailed plans and project costs for the promotion of programs by area are not calculated. Therefore, it is necessary to make detailed project plans and consider related projects such as water quality, restoration of habitats, nature learning and observation, and experience of ecological environments based on the categories such as research, monitoring, education and tourism in the future.

뇌 유구낭미충증 각자 혈청 및 뇌척수액에서의 유구낭미충 낭액항원의 측정 (Measurement of 150 kDa protein of Taenia solium metacestodes by antibody-sandwich ELISA In cerebrospinal fluld of neurocystlcercosls patients)

  • 조승열;공윤;김석일;강신영
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제30권4호
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    • pp.299-307
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    • 1992
  • 뇌 유구낭미충증 진단에는 영상진단을 가장 널리 이용하고 있으나 낭미충증의 영상진단은 감염충체수, 감염경과 기간, 감염위치 및 포도낭미충 존재여부 등에 따라 소견이 매우 다양하므로 감별진단에 도움이 되는 혈청학적 진단이 요구된다. 이때에 이용하는 혈청학적 진단 방법은 특이항체를 혈청이나 뇌척수액에서 증명하는 것이나 몇 가지 경우에 위음성 반응을 나타내어 민감도가 낮은 결점이 있다. 민감도가 낮은 경우를 해결하는 방법으로시, 또 기생충에서 유래하는 특이항원을 측정함으로써 항체측정 때 나타나는 교차반응을 최소화하고, 충체검 출에 준하는 진단방법으로서 유구낭미충 특이항원을 환자 혈청 및 뇌척수액에서 측정하는 연구를 시도하고 있다. 이 연구에서는 유구낭미층중 환자에서 이중항체-효소면역 측정 법을 실시하여 유구낭미충의 낭액 항원의 구성 단백질을 측정하였다. 항원반응용 항체로는 낭액으로 감작시킨 토끼혈청과, 낭액을 구성하는 단백질중 150 kDa 에만 반응하는 단클론항체를 이용하였다. 이중항체-효소면역측정 법으로는 150 kDa단백질을 8ng/ml까지 측정할 수 있었고, 61ng/m1 이상에서는 농도에 따른 흡광도 차이가 적었다. 이 방법으로 스파르가눔, 간흡충, 폐흡충, 요꼬가와흡충, 간질, 고래회충 제 3기유충 및 선모충 등의 생리식염수 추출액을 검색한 바 모두 음성반응이어서 특이도가 높다고 판단하였다. 뇌 유구낭미충증으로 진단한 환자 255명의 혈청 351개를 측정한 바 측정 가능범위 에 미치지 못하여 모두 음성이었다. 환자 212명에서 얻은 뇌척수액 276개 중 31개 (11.2%)는 양성이었다. 이와 같이 민감도가 낮아 항인측정법은 진단용으로 이용하기 어렵다고 생각하였다. 뇌척수액에서 150kDa단백질이 증 멸된 환자는 프라지관텐 치료 후 2일이 경과한 경우, 그리고 약제치료에도 불구하고 임상결과가 불량하여 결국 외과적으로 충체를 제거한 바 낭벽이 초점 성으로 변성된 포도낭미충에 감염되었던 환자의 뇌척수액에서 불규칙하게, 양적으로는 일정하지 않게 출현하였다. 150kDa 단백질은 뇌 낭종성 병변에서 채취한 낭미충 낭액에서도 측점할 수 있었다. 그리고 150kDa단백질의 농도가 61 ng/ml이상인 뇌척수액이나 외과적으로 얻은 낭액으로 SDS-폴리아크릴아미드 전기영동을 실시하여 150kDa 단백질의 subunit인 15, 10, 7kDa를 증명할 수 있었다.

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