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Identification of SNPs Related to 19 Phenotypic Traits Using Genome-wide Association Study (GWAS) Approach in Korean Wheat Mini-core Collection

  • Yuna Kang;Yeonjun Sung;Seonghyeon Kim;Changsoo Kim
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2020년도 춘계학술대회
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    • pp.120-120
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    • 2020
  • Based on the simple sequence repeat (SSR) marker, a Korean wheat core collection were established with 616 wheat accessions. Among them, the SNP genotyping for the entire genome was performed using DNA chip array to clarify the whole genome SNP profiles. Consequently, a total of 35,143 SNPs were found and we re-established a mini-core collection with 247 accessions. Population diversity and phylogenetic analysis revealed genetic diversity and relationships from the mini core set. In addition, genome-wide association study (GWAS) was performed on 19 phenotypic traits; ear type, awn length, culm length, ear length, awn color, seed coat color, culm color, ear color, loading, leaf length, leaf width, seeding stand, cold damage, weight, auricle, plant type, heading stage, maturation period, upright habit, and degree of flag leaf. The GWAS was performed using the fixed and random model circulating probability unification (FarmCPU), which identified 14 to 258 SNP loci related to 19 phenotypic traits. Our study indicates that this Korean wheat mini-core collection is a set of germplasm useful for basic and applied research with the aim of understanding and exploiting the genetic diversity of Korean wheat varieties.

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CNN기반 굴삭기용 부하 측정 시스템 구현을 위한 연구 (A Study of Weighing System to Apply into Hydraulic Excavator with CNN)

  • 정황훈;신영일;이진호;조기용
    • 드라이브 ㆍ 컨트롤
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    • 제20권4호
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    • pp.133-139
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    • 2023
  • A weighing system calculates the bucket's excavation amount of an excavator. Usually, the excavation amount is computed by the excavator's motion equations with sensing data. But these motion equations have computing errors that are induced by assumptions to the linear systems and identification of the equation's parameters. To reduce computing errors, some commercial weighing system incorporates particular motion into the excavation process. This study introduces a linear regression model on an artificial neural network that has fewer predicted errors and doesn't need a particular pose during an excavation. Time serial data were gathered from a 30tons excavator's loading test. Then these data were preprocessed to be adjusted by MPL (Multi Layer Perceptron) or CNN (Convolutional Neural Network) based linear regression models. Each model was trained by changing hyperparameter such as layer or node numbers, drop-out rate, and kernel size. Finally ID-CNN-based linear regression model was selected.

갱년기장애 및 폐경기 후 증후군 변증진단 도구의 변증분류 조정과 진단의 간의 진단일치도 연구 (A Study on Aadjustment of the Patterns, and the Correlation between the Diagnostic Tool for Climacteric and Postmenopausal Syndrome Pattern Identification (CaPSP) and Korean Medicine Doctors' Diagnosis)

  • 이인선;김종원;전수형;지규용;강창완
    • 대한한방부인과학회지
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    • 제34권1호
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    • pp.1-14
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    • 2021
  • Objectives: We studied for the adjustment of the patterns of 'The Diagnostic Tool for Climacteric and Postmenopausal Syndrome Pattern Identification (hereinafter CaPSPI)' (studyI) and the correlation between CaPSPI and Korean medicine doctors' diagnosis which was carried out without knowing the results of CaPSPI (studyII). Methods: The studyI followed the previous study method in 2018 (2018-3). The studyII was conducted from June 1, 2019 to July 10, 2020 with ◯◯ University Korean Medicine Hospital IRB's approval (2019-4). Doctors' diagnosis was conducted face-to-face with the subjects. Doctors' diagnosis was carried out based on the Kupperman's questionnaire, 'Diagnosis System of Oriental Medicine (hereinafter DSOM)' and four examinations (四診) records. The diagnosis was marked with 0 for 'no', 1 for 'somewhat', 2 for 'yes' and 3 for 'very yes'. The correlation between CaPSPI and the mean of doctors diagnostic scores were investigated statistically. Results: The studyI showed that heart-heat (心火) pattern was added. The Factor loading coefficient for heart-heat was 0.551 to 0.789, and the Cronbach's coefficient was 0.896. The studyII showed that the diagnosis (Kappa statistic) of two doctors showed statistically significant concordance (all eight patterns), with correlation of them were 0.3 or higher. And the correlation between the CaPSPI score and the mean of doctors' diagnostic score showed a statistically significant correlation, with liver qi depression (肝鬱) being the highest at 0.552 and dual deficiency of the heart-spleen (心脾兩虛) being the lowest at 0.301. Conclusions: Since the diagnosis results of CaPSPI showed a significant correlation with the diagnosis of Korean traditional medicine experts, it was believed that the CaPSPI results can be trusted and used for clinical purposes.

호흡률 및 송풍기 제어 기반 포기조 최적 DO 농도 설정과 전력 비용 절감 연구 (Optimal DO Setpoint Decision and Electric Cost Saving in Aerobic Reactor Using Respirometer and Air Blower Control)

  • 이광수;김민한;김종락;유창규
    • Korean Chemical Engineering Research
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    • 제52권5호
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    • pp.581-586
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    • 2014
  • 하수처리장을 운영함에 있어 안정적인 방류수질 확보와 이에 따른 처리 비용을 최소화하는 것이 주요 목적이다. 하지만 유입수 유량 및 성분 농도의 변화와 미생물의 비선형적인 동특성, 기타 환경 요인에 의해서 최적의 운전 제어를 하기가 쉽지 않기 때문에, 기존의 하수처리장에서는 필요한 양 이상의 폭기 및 화학물질을 과량 주입하는 방법 등을 사용하였다. 본 연구에서는 포기조에서 미생물에 필요한 용존산소농도는 유지하면서 과폭기로 인한 전력 비용을 감소하는 최적 제어 방법을 제안하였다. 하수조성와 포기조 미생물의 호흡률은 실시간 미생물 호흡률 측정기(Oxygen uptake rate, OUR)를 이용하여 측정하였고, 실시간 호흡률 측정값을 바탕으로 현재 미생물에 필요한 최적 DO 농도를 제안하였다. 유입수 부하변동에 따라 변화하는 미생물 호흡에 필요한 산소량 만큼만 폭기하도록 구성함으로써, 방류수 수질기준을 만족함과 동시에 전력 비용을 최소화할 수 있는 방안을 제시하였다.

소포 자동식별을 위한 바코드 관심영역 고속 추출에 관한 연구 (A Study on High-Speed Extraction of Bar Code Region for Parcel Automatic Identification)

  • 박문성;김진석;김혜규;정회경
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제9D권5호
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    • pp.915-924
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    • 2002
  • 현재, 컨베이어 벨트 시스템에 소포를 적재하고, 우편번호를 입력하여 구분한다. 구분된 소포 중에서 기록관리 대상의 경우에는 바코드를 판독하여 처리하고 있다. 본 논문에서는 2m/sec 이내로 이송되는 소포를 라인 CCD(Charged Coupled Device) 카메라를 통해 이미지를 획득(4,096$\times$4,096)한 후, 바코드 ROI(Region of Interest)의 추출을 위해 32$\times$32 크기의 미세블록의 검사방법을 적용하였다. ROI 추출 단계는 미세블록(128$\times$128)들의 최대 및 최소값의 차이 분포를 이용하여 컨베이어 벨트 영역과 소포의 바탕면은 제거하였다. 그리고 문자열과 바코드 영역을 검출하기 위해 대각선(diagonal) 검사방법을 사용하였으며, 바코드 ROI 만을 분리하기 위해 미세블록의 중앙에 5개의 수평라인으로 스캔하여 에지 수와 크기에 대한 변화량을 검사하였다. 검출된 영역 중에서 잘못 검출된 영역을 그룹의 라벨링 과정에서 그룹의 크기를 비교하여 제거하였다. 미세블록 검사과정에서 누락된 바코드 영역을 보정하고 바코드의 정보 해석을 위해 추출된 ROI의 외곽좌표들과 기울기 분포를 이용하여 중심 축 라인과 ROI 영역의 기울기에 따라 중심축을 보정하는 방법 등을 적용하였다. 이와 같은 방법에 의해 바코드의 ROI 추출과 중심축 생성은 60~180msec이내에 가능하게 되었으며, ROI 추출의 정확도는 99.44% 이상이 달성되었다.

토양으로부터 Cellulose 분해효소를 생산하는 미생물의 분리, 동정 및 최적배양조건의 결정 (Isolation and Identification of Cellulase-producing Microorganism, and Determination of Optimal Culture Condition)

  • 함병권;김윤근;유주현;배동훈
    • 한국식품과학회지
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    • 제29권5호
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    • pp.1028-1032
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    • 1997
  • Cellulose를 효과적으로 분해하는 효소를 생산하는 미생물인 strain No. 33 균주를 토양으로부터 분리하였다. 본 균주의 배양상등액을 2.0%의 CMC가 함유된 agar 평판배지에 paper disc법을 이용하여 loading 후 cellulose 분해활성을 검토하였을 때, disc 주위로 노란색의 환이 형성되는 것을 확인할 수 있었다. 본 균주를 동정하기 위하여 전자현미경으로 그 형태를 관찰한 결과 본 균주는 간균의 형태였으며, 생리학적 특성을 검토한 결과 Bacillus속으로 동정되었다. 이에 본 균주를 Bacillus sp. No. 33으로 명명하였다. 본 균주는 1.0% glucose, 3.0% yeast extract, 0.5% $KH_2PO_4$, 0.02% $MgSO_4{\cdot}7H_2O$가 함유된 pH 7.0의 배지에서 $30^{\circ}C$로 39시간 동안 진탕배양하였을 때 최대 균체생육을 나타내었다. 효소생산은 4.0% CMC, 2.0% yeast extract, 0.5% $KH_2PO_4$, 0.04% $MgSO_4{\cdot}7H_2O$, pH 7.0의 조건에서 $30^{\circ}C$, 42시간 동안 진탕배양하였을 때 최대 효소생산을 나타내었다.

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항해용선계약상 도착선의 판단기준에 관한 연구 (A Study on the Judgement Criterion of Arrived Ship under Voyage Charterparty)

  • 한낙현;이재성
    • 한국항만경제학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.167-192
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    • 2012
  • 본 연구는 항해용선계약상 목적지표시의 원칙과 그 운용에 대해 Merida호 사건을 중심으로 분석하는 것에 목적이 있다. 선박이 항에 있거나 용선자의 자유재량으로 선박의 도착이 즉각적 또는 효과적으로 용선자의 이용에 맡길 수 있는 선석으로 즉각 도달하거나 또는 그와 같은 위치에 있는 선박은 도착선이 된다. 선박이 용선계약의 조건에 의해 화물을 선적 또는 양하할 의무가 있는 장소에서 지연이 발생한 경우 선박이 선석 또는 항에 있는지의 여부에 불구하고 특정 목적지의 식별표시는 화물의 선적 또는 양하함에 있어 지연에 의해 발생한 손해사고에 대해 영향을 미친다. Merida호 사건은 2009년 4월 20일 용선자가 2명의 저명한 중재인의 최종중재재정에 대해 상소한 사안이다. 2007년 2월 5일 본선 Merida호에 대해 용선자와 선박소유자 간에 체결한 항해용선계약은 Berth Charter이기 보다는 Port Charter이었다. 선주와 용선자 간에 이 차이에 대한 기본적인 관련성은 선적항과 양륙항에서 선박혼잡에 의해 발생한 지연위험의 분담이다. 이 상소에서 제기된 법적 쟁점으로서 중재인이 이 용선계약은 Port Charter이며 Berth Charter가 아니라는 판정을 내릴 수 있는 권리가 있는지 여부이었다. 중재인은 용선자가 하역준비완료통지서의 유효성에 대해서는 논쟁하지 않았다는 것을 판정하면서 따라서 본 용선계약은 Port Charter라고 판정하였다.

하수처리장의 포기조 최적 DO 농도 산정 및 공기송풍량 자동제어를 통한 에너지 절감 효과 도출 (A Study on Energy Saving Effect from Automatic Control of Air Flowrate and Estimation of Optimal DO Concentration in Oxic Reactor of Wastewater Treatment Plant)

  • 김민한;지승희;장정희
    • 에너지공학
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    • 제23권2호
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    • pp.49-56
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    • 2014
  • 생물학적 하수처리공정에서 안정적인 방류수질 확보와 처리 비용을 적게 하는 것은 매우 중요하다. 하지만 유입수 유량 및 성분 농도의 변화와 미생물의 비선형적인 동특성, 기타 환경 요인에 의해서 최적의 운전 제어를 하기가 쉽지 않기 때문에, 기존의 하수처리장에서는 필요한 양 이상의 폭기 및 화학물질을 과량 주입하는 방법 등을 사용하였다. 본 연구에서는 포기조에서 미생물에 필요한 용존산 소농도를 유지함과 동시에 과폭기로 인한 전력 비용을 감소할 수 있는 최적 제어 방법을 제안하였다. 최적 제어를 위하여 실시간 미생물 호흡률 측정기(Oxygen uptake rate, OUR)을 이용하여 측정하였고, 실시간 호흡률 측정값을 바탕으로 현재 미생물에 필요한 최적 DO 농도를 제안하였으며, 이에 따라 공기송풍기가 자동제어될 수 있도록 구성하였다. 최적 제어 방법을 통하여 하수처리장 포기조의 공기 송풍량에 소요되는 전력비용을 절감할 수 있었다.

Application of Gel-based Proteome Analysis Techniques to Studying Post-mortem Proteolysis in Meat

  • Hwang, I.H.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제17권9호
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    • pp.1296-1302
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    • 2004
  • This study was conducted to evaluate the possible application of 2 D-SDS-PAGE (2 DE)-based proteome analysis techniques to the assessment of extreme proteolysis in postmortem skeletal muscle. Eight Hanwoo longissimus muscles were incubated immediately after slaughter for 24 h at 5$^{\circ}C$, 15$^{\circ}C$ or 36$^{\circ}C$. Warner Bratzler (WB)-shear force and ultrastructural configuration were determined at 24 h, and rate of proteolysis to 24 h was determined by 1 D-SDS-PAGE (1 DE) and 2 DE. In addition, tentative protein identification was performed from peptide mass fingerprints of MALDI-ToF analysis of major protein groups on 2 DE profiles. The result showed that although ultrastructural configuration was similar between the 5$^{\circ}C$ and 36$^{\circ}C$ treatments, meat at 5$^{\circ}C$ had higher WBshear force (approximately 5 kg greater). A higher rate of protein degradation at 36$^{\circ}C$ was observed based on Troponin-T degradation, 1 DE, and 2 DE analysis. This indicates that proteolysis during the early postmortem period was a significant determinant of shear force at 24 h. Little difference in proteolysis between 5$^{\circ}C$ and 15$^{\circ}C$ treatments was found based on classic 1 DE profile assessment. Meanwhile, considerable differences in the 2 DE profiles between the two treatments were revealed, with substantially higher rate of proteolysis at 15$^{\circ}C$ compared to 5$^{\circ}C$. Nuclease treatment improved 2 DE profile resolution. 400 ${\mu}$g and 600 ${\mu}$g of sample loading appeared to be appropriate for 24 cm pH 3-10 and pH 5-7 IPG strips, respectively. Protein detection and quantification of the 5$^{\circ}C$, 15$^{\circ}C$ and 36$^{\circ}C$ 2 DE profiles revealed 78, 163 and 232 protein spots respectively that were differentially modified in terms of their electrophoretic properties between approximately pI 5.3-7.7 with the molecular weight range of approximately 71-12 kDa. The current results demonstrated that 2 DE was a superior tool to 1 DE for characterising proteolysis in postmortem skeletal muscle.

강재판형 이력댐퍼 연결부재와 RC벽체의 접합상세에 따른 구조거동 (Structural Behavior of Joints between the Hysteretic Steel Damper Connector and RC Wall Depending on Connection Details)

  • 강인석;허무원
    • 콘크리트학회논문집
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    • 제24권6호
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    • pp.737-744
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    • 2012
  • 강재형 댐퍼는 주로 철골구조에서 많이 사용되어 왔으나 최근에 들어 철근콘크리트 건물에도 사용빈도가 증가하는 추세이다. 철근콘크리트 건물에 강재이력댐퍼를 적용하기 위해서는 댐퍼의 접합부재가 댐퍼의 지지능력을 보 및 벽체로 전달하기에 적합한 강도와 강성을 지녀야만 한다. 하지만 균열로 인한 철근콘크리트 요소의 손상은 부득이한 것으로, 댐퍼로부터 지지부재로의 하중전달 메커니즘과 댐퍼 지지부재 이력특성의 규명은 이러한 댐퍼의 거동을 평가하는데 매우 중요하다. 이에 이 연구에서는 EaSy 댐퍼와 같은 강재판형 이력댐퍼의 지지부재와 RC벽체와의 접합상세를 대상으로 실험을 실시하였다. 실험 결과 전단과 관련된 균열의 양과 패턴을 제외하고는 모든 실험체의 파괴패턴은 거의 동일한 것으로 나타났으며, 잘 분산된 균열을 지닌 HD-3 실험체가 에너지소산능력, 강성저하 그리고 강도저하 측면에서 좋은 거동을 보여주었다.