• 제목/요약/키워드: Linear discriminate analysis

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Gut microbiota profiling in aged dogs after feeding pet food contained Hericium erinaceus

  • Hyun-Woo, Cho;Soyoung, Choi;Kangmin, Seo;Ki Hyun, Kim;Jung-Hwan, Jeon;Chan Ho, Kim;Sejin, Lim;Sohee, Jeong;Ju Lan, Chun
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제64권5호
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    • pp.937-949
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    • 2022
  • Health concern of dogs is the most important issue for pet owners. People who have companied the dogs long-term provide the utmost cares for their well-being and healthy life. Recently, it was revealed that the population and types of gut microbiota affect the metabolism and immunity of the host. However, there is little information on the gut microbiome of dogs. Hericium erinaceus (H. erinaceus; HE) is one of the well-known medicinal mushrooms and has multiple bioactive components including polyphenol, β-glucan, polysaccharides, ergothioneine, hericerin, erinacines, etc. Here we tested a pet food that contained H. erinaceus for improvement in the gut microbiota environment of aged dogs. A total of 18 dogs, each 11 years old, were utilized. For sixteen weeks, the dogs were fed with 0.4 g of H. erinaceus (HE-L), or 0.8 g (HE-H), or without H. erinaceus (CON) per body weight (kg) with daily diets (n = 6 per group). Taxonomic analysis was performed using metagenomics to investigate the difference in the gut microbiome. Resulting from principal coordinates analysis (PCoA) to confirm the distance difference between the groups, there was a significant difference between HE-H and CON due to weighted Unique fraction metric (Unifrac) distance (p = 0.047), but HE-L did not have a statistical difference compared to that of CON. Additionally, the result of Linear discriminate analysis of effect size (LEfSe) showed that phylum Bacteroidetes in HE-H and its order Bacteroidales increased, compared to that of CON, Additionally, phylum Firmicutes in HE-H, and its genera (Streptococcus, Tyzzerella) were reduced. Furthermore, at the family level, Campylobacteraceae and its genus Campylobacter in HE-H was decreased compared to that of CON. Summarily, our data demonstrated that the intake of H. erinaceus can regulate the gut microbial community in aged dogs, and an adequate supply of HE on pet diets would possibly improve immunity and anti-obesity on gut-microbiota in dogs.

Primary somatosensory cortex and periaqueductal gray functional connectivity as a marker of the dysfunction of the descending pain modulatory system in fibromyalgia

  • Matheus Soldatelli;Alvaro de Oliveira Franco;Felipe Picon;Juliana Avila Duarte;Ricardo Scherer;Janete Bandeira;Maxciel Zortea;Iraci Lucena da Silva Torres;Felipe Fregni;Wolnei Caumo
    • The Korean Journal of Pain
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    • 제36권1호
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    • pp.113-127
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    • 2023
  • Background: Resting-state functional connectivity (rs-FC) may aid in understanding the link between painmodulating brain regions and the descending pain modulatory system (DPMS) in fibromyalgia (FM). This study investigated whether the differences in rs-FC of the primary somatosensory cortex in responders and non-responders to the conditioned pain modulation test (CPM-test) are related to pain, sleep quality, central sensitization, and the impact of FM on quality of life. Methods: This cross-sectional study included 33 females with FM. rs-FC was assessed by functional magnetic resonance imaging. Change in the numerical pain scale during the CPM-test assessed the DPMS function. Subjects were classified either as non-responders (i.e., DPMS dysfunction, n = 13) or responders (n = 20) to CPM-test. A generalized linear model (GLM) and a receiver operating characteristic (ROC) curve analysis were performed to check the accuracy of the rs-FC to differentiate each group. Results: Non-responders showed a decreased rs-FC between the left somatosensory cortex (S1) and the periaqueductal gray (PAG) (P < 0.001). The GLM analysis revealed that the S1-PAG rs-FC in the left-brain hemisphere was positively correlated with a central sensitization symptom and negatively correlated with sleep quality and pain scores. ROC curve analysis showed that left S1-PAG rs-FC offers a sensitivity and specificity of 85% or higher (area under the curve, 0.78, 95% confidence interval, 0.63-0.94) to discriminate who does/does not respond to the CPM-test. Conclusions: These results support using the rs-FC patterns in the left S1-PAG as a marker for predicting CPM-test response, which may aid in treatment individualization in FM patients.

Ki-67, Proliferating Cell Nuclear Antigen, Flow Cytometry를 이용한 수막종의 증식력 분석 (Analysis of Proliferative Potentials in Meningiomas by Ki-67, Proliferating Cell Nuclear Antigen, and Flow Cytometry)

  • 안재성;김정훈;권병덕
    • Journal of Korean Neurosurgical Society
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    • 제30권7호
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    • pp.861-869
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    • 2001
  • Objective : In this study, we investigated the relationship between the histologic grading of meningiomas and proliferative potentials determined by the Ki-67, proliferating cell nuclear antigen(PCNA) and flow cytometry (FCM) with the aim of determining whether these potentials can be used as a parameter to the proliferative activity, in particular of atypical and malignant meningiomas. Methods : This study consisted of 47 meningiomas(6 malignant, 14 atypical, and random sampled 27 benign meningiomas). By immunohistochemical staining of Ki-67 and PCNA on formalin-fixed, paraffin-embedded sections, the anti-human rabbit polyclonal antibody against Ki-67 antigen and anti-PCNA monoclonal antibody(PC10) scores were counted. FCM was also performed on paraffin-embedded tissue using a selective staining technique for DNA. DNA ploidy, S-phase fraction, and proliferative index(PI)) were determined. Results : The results are summarized as follows ; 1) Proliferation rates as assessed by Ki-67 and PCNA closely correlated with the degree of anaplastic histologic features. 2) Proliferative potentials determined by FCM(S-phase fraction and PI) were not able to distinguish between benign and atypical/malignant meningiomas. 3) DNA ploidy was not a useful indicator of histologic grade in these tumors. 4) Proliferative potentials such as Ki-67 staining index(SI) and PCNA SI did not correlate with the ploidy pattern. 5) There was a linear correlation between Ki-67 SI and PCNA SI, but we could not find a correlation between Ki-67 SI and S-phase fraction or PI. Our results also did not show a statistically signficant correlation between PCNA SI and S-phse fraction or PI. Conclusions : We conclude that evaluation of the proliferative potentials with Ki-67 and PCNA is important as an additional factor for the prediction of malignancy in meningiomas. A dual study of Ki-67 and PCNA SIs on the same tissue might improve the accuracy with which the proliferative potential of a tumor can be predicted. We demonstrated that FCM in meningiomas is not valuable in predicting the behavior of these neoplasms, but we did observe a trend toward more malignancy with higher percent S-phase fraction and higher PI. Analysis of the S-phase fraction and PI might therefore be a useful tool to discriminate among histologic grades of meningiomas.

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한국과 영국 사이의 국립공원 자연 경관 특색의 판별 분석 - 내용기반 영상검색의 저단계 기능 측면에서 - (Discriminant Analysis of Natural Landscape Features in National Parks between Korea and Scotland - Using Low-Level Functions of Content-Based Image Retrieval -)

  • 이덕재
    • 한국환경생태학회지
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    • 제22권3호
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    • pp.289-300
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    • 2008
  • 질감, 모양, 색채 등 내용기반 영상검색(CBIR)의 기능을 이용하여 한국의 지리산 국립공원과 영국의 케이른고럼스 국립공원의 자연 경관에 있어서의 차이를 판별하는데 본 연구의 목적이 있다. 먼저 각 국립공원의 자연경관을 디지털 사진영상으로 촬영한 후, 전형적인 경관사진을 선별하였다. 사진영상의 저단계 기능(Low-level function)이 계량화되어 수직적으로 회전된 다섯 개의 요인으로 축약되었다. 이 중 유의한 차이를 보이지 않은 물 관련 요인이 제외된 나머지 네 개의 요인에 근거한 판별선이 케이른고럼스 경관과 지리산 경관 사이에서 도출되어, 판별함수가 두 그룹을 유의하게 분할하였다($x^2(4)$=61.433; p<0.001). 고유치 2.417과 월크스 람다 0.293에 의하여 전체 변이가 두 그룹의 판별함수 평균의 차이에서 대부분 산출되었음을 확인하였다. 또한, 네 개의 독립변수가 종속변수 전체 분산의 70.7%를 설명하는 것으로 추정되었다. 경관에 대하여 가장 큰 효과를 나타내는 변수는 원거리관련 변수(r=1.073)이며, 다음으로 근거리관련 변수(r=0.896)였으며, 전체적으로 90.7%가 타당하게 분류되었다. 이는 케이른고럼스 국립공원과 지리산 국립공원 자연경관 사이에서 사진영상의 근거리 요인뿐만 아니라, 원거리 요인이 보다 경관 차이에 유의한 판별력을 보이는 것으로 해석되므로, 국립공원의 경관정체성과 관련한 원거리 스카이라인의 시각적 중요성을 보여주는 것이라 하겠다.

솔수염하늘소(Monochamus alternatus) 성충의 형태 측정과 암수 구분 (Adult Morphological Measurements: An Indicator to Identify Sexes of Japanese Pine)

  • 이상명;정영진;김동수;최광식;김영걸;박정규
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제43권1호
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    • pp.85-89
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    • 2004
  • 2001년부터 2002년까지 소나무재선충의 매개체인 솔수염하늘소 성충의 생체중과 체장, 체폭, 두폭, 더듬이의 길이 및 색깔 등을 조사하였다. 소나무재선충에 감염되어 고사된 소나무를 일정한 길이로 잘라 우화망실 안에 두고 우화하는 솔수염하늘소 성충을 채집하여 조사하였다. 분산분석결과 생체중, 체장, 체폭의 측정치는 암컷이 수컷보다 높았고, 두폭은 암수간에 차이가 없었으며, 촉각의 길이는 수컷이 더 길었다. 암컷(n=563)과 수컷(n=601)의 평균 생체중은 각각 0.305g과 0.277g, 체장은 20.97mm와 19.93mm 체폭은 6.52mm 와 6.18mm, 두폭은 3.78 mm와 3.70mm, 촉각의 길이는 31.19mm와 45.49mm이었다. 촉각의 길이나 체장과 촉각 길이의 비율은 암수간에 중복되는 범위가 많아서 이것을 기준으로 암수를 구분할 수는 없었다. 그러나 성충(n=4,033) 촉각의 털 색깔을 조사한 결과, 예외 없이 암컷 촉각의 모든 편절 마디의 기부쪽 절반 정도가 회백색의 미모로 덮여 있으나, 수컷 촉각의 편절 마디는 전체적으로 흑갈색의 미모로 덮여 있었기 때문에, 이 특징으로 암수를 쉽게 구분할 수 있었다.

상류 오염원 추적을 위한 용존 유기물질 Synchronous 형광스펙트럼 분석 연구 (Analyses of Synchronous Fluorescence Spectra of Dissolved Organic Matter for Tracing Upstream Pollution Sources in Rivers)

  • 허진;김미경;박성원
    • 대한환경공학회지
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    • 제29권3호
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    • pp.317-324
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    • 2007
  • 형광측정법은 자연유기물질을 간편하고 신속하게 분석함으로써 타 분석법에 비해 현장에서 실시간으로 수질관리에 활용할 수 있는 월등한 장점을 가지고 있다. 본 연구에서는 버섯배지용 톱밥 침출수와 생활하수의 영향을 받는 부산지역 수영천 상류 소하천에서 채집한 제한된 수의 대표시료를 대상으로 synchronous 형광스펙트럼을 분석하고 오염원 추적 및 감시 모니터링 가능성 여부에 대한 예비 실험을 실시하였다. 형광스펙트럼 분석에는 오염원 상류 하천, 생활하수 2개 지점, 톱밥 침출수, 하류지점 하천의 5가지 현장 시료를 사용하였다. 사용된 시료 중에서 톱밥 침출수는 다른 시료와 뚜렷한 형광 스펙트럼 차이를 보여 synchronous 형광 스펙트럼 측정을 통해 톱밥 침출수에 의한 오염 추적 및 감시가 가능함을 보여 주었다. Synchronous 형광 스펙트럼에서 적용 가능한 오염원 식별지표(discrimination index)로는 ${\Delta}\lambda=30nm$의 경우 276 nm와 350 nm에서의 형광세기, 275 nm와 285 nm에서의 형광세기 1차 미분 값이 선택되었고, ${\Delta}\lambda=60nm$의 경우 239 nm, 275 nm, 347 nm에서의 형광세기와 315 nm에서의 형광세기 1차 미분 값이 포함되었다. 다양한 혼합비율을 가진 톱밥 침출수와 상류 하천수 혼합 시료를 사용하여 선택된 식별지표의 민감도를 다음의 두 가지 기준을 바탕으로 비교하였다 - (1)실측치와 두 시료 간 혼합 비율에서 예측되는 지표 값과의 차이와 (2)식별 지표와 혼합 비율 사이의 일차 상관관계 정도. 그 결과 276 nm(${\Delta}\lambda=30nm$ 조건)와 347 nm(${\Delta}\lambda=60nm$ 조건)에서의 형광 세기가 현장에서 톱밥 침출수 오염을 식별하는 가장 이상적인 식별지표로 밝혀졌다. 비록 이 연구가 제한된 대표시료와 오염원 종류에 국한되었지만 여기에 사용된 식별지표 평가 과정 및 구체적인 실험방법은 향후 형광측정을 이용한 실시간 오염원 추적 연구에 중요한 기초자료를 제공할 것으로 기대한다.

양측성 순구개열 신생아 환자의 수술전 비치조 정형장치 치료에 의한 치조골 조형(molding) 효과의 분석 (Analysis of alveolar molding effects in infants with bilateral cleft lip and palate when treated with pre-surgical naso-alveolar molding appliance)

  • 남동석;양원식;백승학;김석화
    • 대한치과교정학회지
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    • 제29권6호
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    • pp.649-661
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    • 1999
  • 본 연구의 목적은 1) 양측성 순구개열 신생아에 대한 수술전 비치조정형 장치 (Pre-surgical nasoalveolar molding appliance, PNAM) 치료를 소개하고, 2) 이 장치의 치조골 조형 (molding) 효과를 평가하는 것이다. 서울대학교병원 교정과에 내원하여 PNAM 장치를 사용하여 치료받은 8명의 양측성 순구개열 환자 (남자 7명, 여자 1명, 평균 초진 연령:61.6일)를 연구대상으로 하였으며, 치조골에서 전상악골의 치조능 좌우측 말단부와 양측 분절 치조능 최전방점까지의 파열부간 평균거리는 $8.09{\pm}5.03mm$였고 치조골 정형치료의 평균 기간은 $8.8{\pm}3.1$주였다. 초진시 (T0)와 성공적인 치조골 정형술이 완료된 시기(T1)에 인상을 채득하여 모형을 제작한 후, 사진 촬영과 digital caliper를 사용하여 20개의 길이항목과 14개의 각도항목을 계측하였다. Microsoft사의 Excel 97 program을 사용하여 각 항목의 계측치들을 통계 처리하였고, 치조골 정형술에 의한 치료전후의 차이를 비교하기 위하여 paired t-test를 사용하였다. PNAM 장치에 의한 치조골 조형 효과에 대한 결론은 다음과 같다. 1. 양측성 순구개열 파열부의 폐쇄가 성공적으로 이루어졌다. 2. 양측 분절의 측방 성장이 억제되어 내측 굴곡이 발생하였다. 3. 전상악골 후방부에 위치한 서골(vomer) 전방부의 굴곡에 의하여 전상악골의 후방이동과 회전이 발생하였다. 구순성형술을 시행하기 전에 PNAM장치를 사용하여 양측성 순구개열 신생아 환자의 파열부 폐쇄에 대한 좋은 결과를 얻을 수 있었다.

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수치표고모형 공간해상도에 따른 선구조 자동 추출 연구 (A Study on Automated Lineament Extraction with Respect to Spatial Resolution of Digital Elevation Model)

  • 박서우;김건일;신진호;홍상훈
    • 대한원격탐사학회지
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    • 제34권3호
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    • pp.439-450
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    • 2018
  • 선구조는 인접한 지형구조 사이의 구분이 명확한 직선 또는 만곡의 지형요소로서 일반지질, 광물탐사, 자연재해, 지구조 분석 등에 널리 활용된다. 과거에는 현장조사 혹은 지도를 이용하여 선구조를 추출하였으나, 현재는 원격탐사 기술의 발달로 인하여 넓은 지역에 대한 선구조를 효율적으로 추출할 수 있게 되었다. 선구조 추출을 위해서 항공기 혹은 인공위성 원격탐사 영상 혹은 지형표고모형의 육안판독 방법 이외에 보다 객관적인 결과 도출을 위한 자동화 방법이 개발되었다. 본 연구에서는 지형표고모형의 공간해상도 차이에 따라 자동 추출된 선구조의 특성을 분석, 평가하고자 한다. 연구 지역은 대한민국 경상도 언양, 모량 주변 지역으로 약 90 m (3초) 공간해상도를 갖는 Shuttle Radar Topography Mission(SRTM) Digital Elevation Model(DEM)과 12 m 공간해상도를 갖는 TerraSAR-X add-on for Global Digital Elevation Measurement(Global DEM) 자료를 사용하였다. 또한 Global DEM을 재배열(resampling)하여 30 m (1초) 간격의 공간해상도를 갖는 지형고도모형을 제작하였다. 다양한 각도의 태양고도와 태양방위각을 고려한 음영기복도를 제작하였으며, 선구조 자동 추출을 위해 PCI Geomatica 소프트웨어의 LINE 모듈을 이용하였다. 수치표고모형 공간해상도에 상관없이 선구조의 최빈값은 $N15-25^{\circ}E$로 북북동(NNE)의 방향성을 보였다. 그러나 공간해상도가 좋을수록 보다 많고 세밀한 선구조가 추출되었다. 본 연구 결과를 통해 선구조 밀도는 수치표고모형의 공간해상도에 비례함을 알 수 있었으며 연구 목적에 따라 적절한 공간해상도를 갖는 수치표고모형이 선택되어야 함을 알 수 있었다.