• 대한본초학회지
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• 제25권4호
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• pp.47-54
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• 2010

Objectives : The original plant species of Schisandrae Fructus (O-mi-ja) is prescribed as Schisandra chinensis $B_{AILL.}$, in Korea, but S. chinensis $B_{AILL.}$ and S. sphenanthera $R_{EHD.}$ et $W_{ILS.}$ in China. Moreover, fruit of several other species in genus Schisandra also have been used as the same herbal medicines. To develop a reliable method for correct identification of Schisandrae Fructus and to evaluate the phylogenetic relationship of S. chinensis and its related species, we analyzed internal transcribed spacer (ITS) sequences of nuclear ribosomal DNA (nrDNA). Methods : Twenty-four plant samples of three Schisandra species and one Kadsura species, S. chinensis $B_{AILL.}$, S. spenanthera $R_{EHD.}$ et $W_{ILS.}$, S. nigra $M_{ax.}$ and Kadsura japonica $D_{UNAL}$ were collected from each different native habitate and farm in Korea and China. The nrDNA-ITS region of each samples were amplified using ITS1 and ITS4 primer and nucleotide sequences were determined after sub-cloning into the pGEM-Teasy vector. Authentic marker nucleotides were estimated by the analysis of ClastalW based on the entire nrDNA-ITS sequence. Results : In comparative analysis of the nrDNA-ITS sequences, we found specific nucleotide sequences including indels (insertions and deletions) and substitutions to distinguish C. chinensis, S. spenanthera, S. nigra, and K. japonica. These sequence differences at corresponding positions are avaliable nucleotide markers to determine the botanical origin of O-mi-ja. Moreover, we evaluated the phylogenetic relationship of four plant species by the analysis of nrDNA-ITS sequences. Conclusions : These marker nucleotides would be useful to identify the official herbal medicines by the providing of definitive information that can identify each plant species and distinguish it from unauthentic adulterants for O-mi-ja.

• ALGAE
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• 제28권3호
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• pp.213-231
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• 2013

Amphidinium massartii Biecheler is an epiphytic and toxic dinoflagellate. Prior to the present study, A. massartii has been reported in the waters off the Mediterranean, Australian, USA, and Canadian coasts. We isolated Amphidinium cells from the coastal waters of Jeju Island, Korea and their morphology and rDNA sequences indicated that they were A. massartii. Herein, we report for the first time the occurrence of A. massartii in the waters of the temperate region in the northwestern Pacific Ocean. The large subunit (LSU) rDNA sequences of the Korean strains were 0.7% different from those of an Australian strain of A. massartii CS-259, the closest species, but were 4.1-5.8% different from those of the other Australian strains and the USA strains of A. massartii and from those of Amphidinium sp. HG115 that was isolated from subtropical Okinawan waters. In phylogenetic trees based on LSU, internal transcribed spacer, small subunit rDNA, and cytochrome b sequences, the Korean strains belonged to the A. massartii clade, which was clearly divergent from the A. carterae clade. The morphology of the Korean A. massartii strains was similar to that of the originally described French strain and recently described Australian strain. However, we report for the first time here that scales were observed on the surface of the flagella. In conclusion, the Korean A. massartii strains have unique rDNA sequences, even though they have a very similar morphology to that of previously reported strains. This report extends the known range of this dinoflagellate to the temperate waters of the northwestern Pacific Ocean.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제40권4호
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• pp.287-295
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• 2012

부안갯벌에서 채집된 염생식물 칠면초와 해홍나물의 뿌리로부터 84종의 내생진균을 분리 및 동정하였다. 염생식물 샘플은 칠면초와 해홍나물이 부안갯벌로부터 분리되었다. 모든 내생진균류들은 ITS1, 5.8s와 ITS2를 포함하는 ITS영역의 서열에 의해 분석되었다. 내생진균류들은 Pleosporales (45%), Eurotiales (27%), Incertae sedis (11%), Dothideales (6%), Capnodiales (5%), Hypocreales (5%), 및 Agaricales (1%)에 해당하는 것을 확인하였다. 내생진균류는 자낭균문과 담자균문의 Alternaria속, Ascomycota속, Aspergillus속, Aureobasidium속, Cladosporium속, Eupenicillium속, Fusarium속, Gibberella속, Hocrea속, Lewia속, Macrophoma속, Penicillium속, Peyronellaea속, Phoma속, Pleospora속, Pleosporales속, Pseudeurotium속, Schizophyllum속, 그리고 Talaromyces속이 포함되는 것을 확인하였다. 그리고 alternaria (21%)와 Penicillium (13%)이 우점종인 것을 확인하였다. 본 연구에서는 칠면초와 해홍나물로부터 내생진균을 분리한 결과 Pleosporales 목과 Eurotiales 목의 Alternaria (21%)와 Penicillium (13%)이 가장 많이 분포하는 것으로 나타났다.

• 생명과학회지
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• 제27권6호
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• pp.661-672
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• 2017

내생균류는 숙주식물 내에서 생물학적 그리고 비생물학적 스트레스로부터 저항성을 갖는데 도움을 준다. 수생식물은 수생환경에 서식하며 육상식물보다 수분스트레스에 더 많이 노출되어있다. 본 연구에서는 제주에 있는 남생이못, 수장동습지, 용수저수지, 강정천 4개의 습지에서 11개의 수생 수변식물을 채집하여 연구하였다. 전처리를 통해 식물 외생균을 제거하고 뿌리에서 내생균류를 분리하였다. 남생이못에서 126균주, 수장동습지에서 22균주, 용수저수지에서 44균주, 강정천에서 32균주가 분리되어 총 224개의 내생균류를 분리하였다. 분리된 균은 ITS를 이용해 동정한 후, 다양성 분석을 하였다. 남생이못에서 분리된 내생균류는 4개 문(Phylum), 7개 강(class), 12개 목(order), 19개 과(family), 30개 속(genus)로 구분되었다. 수장동습지에서 분리된 내생균류는 4개 문, 5개 강, 6개 목, 11개 과, 11개 속으로 구분되었으며, 용수저수지에서 분리된 내생균류는 4개 문, 5개 강, 7개 목, 12개 과, 13개 속으로 구분되었다. 강정천에서 분리된 내생균류는 1개 문, 2개 강, 5개 목, 7개 과, 9개 속으로 구분되었다. 4개의 습지에서 공통으로 분리된 속은 Alternaria속, Colletotrichum속, Fusarium속이었다. 향후 내생균류의 다양한 생태학적 분포와 다양성 규명에 대한 연구에 기초자료로 이용될 것이다.

• 한국균학회지
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• 제48권1호
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• pp.15-27
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• 2020

본 연구에서는 methicillin resistant Staphylococcus aureus subsp. aureus (MRSA) KCCM 40510 및 Bacillus cereus KCTC 3624 균주에 대한 항균활성을 보유한 균류 Penicillium rubefaciens NNIBRFG5039를 경북 상주시 도남동 공기 중으로부터 분리·동정하였고, 배양조건에 따른 균사체 생육 및 항균활성을 비교하였다. 그 결과, P. rubefaciens NNIBRFG5039는 PDB 배지, 배양온도 30℃, 초기 pH 6.5로 배양하였을 때 항균활성이 가장 높게 나타나는 것을 확인하였다. 최적조건하에서 5L fermenter를 이용하여 배양시간에 따른 균사체 건조중량 및 항균활성을 비교한 결과, 배양 5일째에 생장 및 항균활성이 가장 높았다. P. rubefaciens NNIBRFG5039의 배양여액의 항균활성 스펙트럼을 조사한 결과, methicillin-resistant Staphylococcus aureus subsp. aureus CCARM 3089·3090·3091·3095와 KCCM 40510, Bacillus cereus KCTC 3624, B.subtilis KACC 10111, Filobasidium neoformans KCTC 7902, Enterococcus faecalis KCCM 11814에 대해서도 항균활성을 가지는 것을 확인하였다. 또한, P. rubefaciens NNIBRFG5039의 배양여액으로부터 항균활성 후보물질을 각종 크로마토그라피법으로 순수분리하고, NMR과 ESI-MS 등의 기기분석을 실시하여 구조를 (S)-6-hydroxymellein (1)으로 동정하였다.

• 식물병연구
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• 제19권3호
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• pp.226-228
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• 2013

2012년 경상남도 진주시 농산물도매시장에 판매중인 감귤에서 분홍빛열매썩음병이 발생하였다. 병징은 감귤 과실 표면이 수침상으로 물러지고 썩으면서 그 위에 분홍빛 곰팡이가 많이 형성되었다. 균총의 색깔은 처음에 흰색이고 배양기간이 경과됨에 따라 배지 표면에 분홍빛의 분생포자가 많이 형성되었다. 균사생육 적온은 $25^{\circ}C$이었다. 분생포자의 모양은 서양배형이며 좌우 zigzag로 부착하며 성숙한 분생포자는 2세포로 되어 있으며 크기는 $12-26{\times}8-12{\mu}m$이었다. 분생자경은 균사표면에 직립으로 형성하고, 폭이 4-5 ${\mu}m$이고 무색이었다. rDNA의 complete internal transcribed spacer(ITS) 영역의 염기서열을 분석하였고, 분석된 염기서열(613 bp)을 BLASTN 프로그램으로 확인한 결과, Trichothecium roseum와 99%의 상동성을 나타내었다. 이와 같이 감귤에서 발생한 병징과 병원균의 균학적 특징을 기초로 하여 이 병을 Trichothecium roseum(Pers.) Link ex Gray에 의한 감귤 분홍빛열매썩음병으로 명명하고자 제안한다.

• 생명과학회지
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• 제26권12호
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• pp.1446-1457
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• 2016

이 논문은 무제치늪에서 채집한 기장대풀(Isachne globosa Kuntze), 솔방울고랭이(Scirpus karuisawensis Makino), 이삭귀개(Utricularia racemosa Wall.), 좀개수염(Eriocaulon decemflorum Maxim.)등 4종의 식물 뿌리에서 서식하는 내생곰팡이의 분포 및 다양성을 확인하기 위해 조사하였다. 총 226 균주가 분리되었고, 3문(Phyla), 7강(Class), 10목(Order), 22과(Family), 31(genera)속으로 분리되었다. 내생진균에서 가장 많이 분리된 속은 Acephala (19.9%), Tolypocladium (16.3%), Neopestalotiopsis (11.5%), Perenniporia (7.1%) 순으로 확인하였다. 다양성지수 분석에 있어서, 이삭귀개(Ur)가 다른 식물 종에 비해 종 풍부도 (Menhinick's index = 2.37), (Margalef's index = 4.46)와, 종 균등도 (Simpson's index diversity = 0.91), 그리고 종 다양성(Shannon's indx = 2.57)로 높게 나왔다. 이러한 분석 결과를 봤을 때, 이삭귀개(Ur)에서 내생진균이 가장 다양하게 서식할 수 있는 것으로 보여진다.

• 생명과학회지
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• 제21권11호
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• pp.1619-1624
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• 2011

독도에 자생하고 있는 6 종류의 식물뿌리로부터 내생균을 분리하였다. 동도에서 갯제비쑥, 명아주, 까마중과 서도에서 도깨비쇠고비, 술패랭이 그리고 번행초를 연구재료로 사용하였다. 총 32 종의 내생균을 분리하였고, universal primers ITS1과 ITS4를 사용하여 ITS 영역을 PCR로 증폭하여 동정하였다. 염기서열 분석결과, 6 종류의 식물의 뿌리에서 모두 32종류의 다양한 내생균류를 분리 및 동정 할 수 있었다. 독도 자생식물인 갯제비쑥 4종, 명아주 8종, 까마중 3종, 도깨비쇠고비 3종, 술패랭이 3종, 번행초 11종의 내생균이 분리되었다. 내생균들의 배양여액은 식물생장촉진활성을 확인하기 위하여 난장이벼의 유묘에 처리되었다. 그 결과, 명아주에서 분리된 Ca-5-2-2 균주가 우수하게 식물생장촉진활성을 나타내었다. 그리고 독도에 자생하는 6종류의 식물에서 Penicillium sp.와 Fusarium sp. 그리고 Aspergillus sp.의 내생균이 가장 많이 존재함을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제23권1호
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• pp.95-101
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• 2013

본 연구에서는 독도에 자생하는 5종의 식물, 비짜루, 갯괴불주머니, 왕김의 털, 땅채송화, 갯강아지풀을 채집하였다. 독도의 자생식물 뿌리로부터 33 주의 내생진균을 분리하였다. 분리된 모든 내생진균류들은 ITS1, 5.8s와 ITS2를 포함하는 ITS영역의 서열에 의해 분석되었다. 그리고 내생진균류의 배양여과액을 이용하여 난장이벼 유묘에 처리하여 식물생장촉진활성을 확인하였다. 그 결과, 땅채송화로부터 분리된 D-So-1-1 내생진균이 가장 우수한 식물생장촉진활성을 나타내었다. 그리고 분리된 모든 내생진균는 자낭균문의 Eurotiales (86%), Capnodiales (3%), Hypocreales (4%), 및 Incertae sedis (7%)에 속하는 것을 확인하였다. 그리고 내생진균류를 속으로 분류하였을 때, Aspergillus (12%), Cladosporium (3%), Eurotium (3%), Fusarium (18%), Microsphaeropsis (6%), 및 Penicillium (58%)인 것으로 나타났다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제58권1호
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• pp.73-79
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• 2020

Echinostoma revolutum is a zoonotic food-borne intestinal trematode that can cause intestinal bleeding, enteritis, and diarrhea in human and birds. To identify a suspected E. revolutum trematode from a red-crowned crane (Grus japonensis) and to reveal the genetic characteristics of its mitochondrial (mt) genome, the internal transcribed spacer (ITS) and complete mt genome sequence of this trematode were amplified. The results identified the trematode as E. revolutum. Its entire mt genome sequence was 15,714 bp in length, including 12 protein-coding genes, 22 transfer RNA genes, 2 ribosomal RNA genes and one non-coding region (NCR), with 61.73% A+T base content and a significant AT preference. The length of the 22 tRNA genes ranged from 59 bp to 70 bp, and their secondary structure showed the typical cloverleaf and D-loop structure. The length of the large subunit of rRNA (rrnL) and the small subunit of rRNA (rrnS) gene was 1,011 bp and 742 bp, respectively. Phylogenetic trees showed that E. revolutum and E. miyagawai clustered together, belonging to Echinostomatidae with Hypoderaeum conoideum. This study may enrich the mitochondrial gene database of Echinostoma trematodes and provide valuable data for studying the molecular identification and phylogeny of some digenean trematodes.