• 제목/요약/키워드: Interaction Matrix

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Cloning, Over-expression, and Characterization of YjgA, a Novel ppGpp-binding Protein

  • Gnanasekaran, Gopalsamy;Pan, SangO;Jung, Wontae;Jeong, Kwangjoon;Jeong, Jae-Ho;Rhee, Joon Haeng;Choy, Hyon E.;Jung, Che-Hun
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제34권8호
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    • pp.2419-2424
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    • 2013
  • Guanosine-5'-diphosphate 3'-diphosphate (ppGpp) serves as alarmone in bacterial stringent responses. In this study, an affinity column was constructed by immobilizing ppGpp to NHS-Sepharose for isolating ppGpp-binding proteins. A novel ppGpp-binding protein, YjgA, was isolated and characterized by MALDI-TOF MS (matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry) coupled with two-dimensional gel electrophoresis. YjgA and truncated forms of YjgA were cloned and over-expressed in BL21 (DE3). The binding affinity of YjgA to ppGpp was determined by equilibrium dialysis. The interaction of YjgA with ppGpp was very specific, considering that the dissociation constant of YjgA with ppGpp was measured as $5.2{\pm}2.0{\mu}M$, while the affinities to GTP and GDP were about 60 and 30 times weaker than ppGpp. Expression of yjgA gene in Escherichia coli K-12 MG1655 was examined by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). RT-PCR results revealed that yjgA was expressed from early to late stationary phase. The yjgA deletion mutant exhibited decreased cell number at stationary phase compared to parent strain and the over-expression of YjgA increased the cell number. These results suggested that YjgA might stimulate cell division under stationary phase. In most prokaryotic genome, about half of the protein candidates are hypothetical, that are expected to be expressed but there is no experimental report on their functions. The approach utilized in this study may serve as an effective mean to probe the functions of hypothetical proteins.

형광체 결합형 X선 영상검출기의 공간 해상력 몬테카를로 시뮬레이션 (Optical Monte Carlo Simulation on Spatial Resolution of Phosphor Coupled X-ray Imaging Detector)

  • 강상식;김소영;신정욱;허승욱;김재형;남상희
    • 한국전기전자재료학회:학술대회논문집
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    • 한국전기전자재료학회 2007년도 하계학술대회 논문집 Vol.8
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    • pp.328-328
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    • 2007
  • Large area matrix-addressed image detectors are a recent technology for x-ray imaging with medical diagnostic and other applications. The imaging properties of x-ray pixel detectors depend on the quantum efficiency of x-rays, the generated signal of each x-ray photon and the distribution of the generated signal between pixels. In a phosphor coated detector the light signal is generated by electrons captured in the phosphor screen. In our study we simulated the lateral spread distributions for phosphor coupled detector by Monte Carlo simulations. Most simulations of such detectors simplify the setup by only taking the conversion layer into account neglecting behind. The Monte Carlo code MCNPX has been used to simulate the complete interaction and subsequent charge transport of x-ray radiation. This has allowed the analysis of charge sharing between pixel elements as an important limited factor of digital x-ray imaging system. The parameters are determined by lateral distribution of x-ray photons and x-ray induced electrons. The primary purpose of this study was to develop a design tool for the evaluation of geometry factor in the phosphor coupled optical imaging detector. In order to evaluate the spatial resolution for different phosphor material, phosphor geometry we have developed a simulation code. The developed code calculates the energy absorption and spatial distribution based on both the signal from the scintillating layer and the signal from direct detection of x-ray in the detector. We show that internal scattering contributes to the so-called spatial resolution drop of the image detector. Results from the simulation of spatial distribution in a phosphor pixel detector are presented. The spatial resolution can be increased by optimizing pixel size and phosphor thickness.

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불균형 자료 분석과 가설 검정에 관한 연구 (Study on the analysis of disproportionate data and hypothesis testing)

  • 장석환;송규문;김장한
    • 응용통계연구
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    • 제5권2호
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    • pp.243-254
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    • 1992
  • 불균형 자료 분석에 대해서는 일찍이 Brown(1932)과 Yates(1934)의 연구 이에 Finney(1948), Stevens(1948), Henderson(1953), Kramer(1955)등 많은 사람들이 관심을 가지고 연구하였고 Searle(1971, 1977, 1981)은 R(v) 표기법으로 모형식의 상수적합에 의한 변동을 나타내었으며 Hocking과 Speed(1975), Speed와 Hocking (1976)이 사용한 제한들을 $\Sigma$ -, W-, O-restrictions라고 하였다. 또한 Speed등(1978)은 비가중평균법(method of unweighted means), 평균의 가중제곱법(method of weighted squares of means), 상수적합법 (method of fitting constants), Overall- Spiegel법, Henderson방법 등을 비교설명하고 Burdick 등(1974)은 각 변동을 기하학적으로 해석하려 하였다. 백(1987a,1987b)은 SAS 팩키지에 의한 변동을 설명하였고 장(1988)도 Searle(1977, 1981)의 방법을 이용하여 가설검정과 변동을 검토한바 있다. 본 연구에서는 여러 가지 모형에 대하여 $n_{ij} > 0, 또는 n_{ij} \geq 0$ 인 경우에 변동계산과 W-, $\Sigma$-, O- 제한 조건하에서의 변동과 가설을 재조명해 보고져 한다.

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하이알로매트릭스를 이용한, 두개골결손을 동반한 선천성피부무형성증의 치료: 1례 보고 (Treatment of Aplasia Cutis Congenita on Scalp using Hyalomatix$^{(R)}$: A Case Report)

  • 이석현;홍종원;노태석;김영석;나동균
    • Archives of Plastic Surgery
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    • 제37권4호
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    • pp.469-472
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    • 2010
  • Purpose: Aplasia Cutis Congenita (ACC) is a rare disease characterized by the focal defect of the skin at birth, frequently involving scalp, but it may affect any region of the body. There are no etiology known but some conditions such as intrauterine vascular ischemia, amniotic adherences and viral infections are associated. The ideal treatment for the ACC is not known. Superficial and relatively small sized defects (< $3{\times}5\;cm$) may heal spontaneously and large defects related with risks of infection and bleeding may require aggressive surgical treatment. Hyalomatrix$^{(R)}$ is a bilayer of an esterified hyaluronan scaffold beneath a silicone membrane. It has been used as a temporary dermal substitute to cover deep thickness skin defect and has physiological functions derive from the structural role in extracellular matrix and interaction with cell surface receptor. This material has been used for the wound bed pre-treatment for skin graft to follow and especially in uncooperative patient, like a newborn, this could be a efficient and aseptic way of promoting granulation without daily irritative wound care. For this reason, using Hyalomatrix$^{(R)}$ for the treatment of ACC was preferred in this paper. Methods: We report a case of a newborn with ACC of the vertex scalp and non-ossified partial skull defect. The large sized skin and skull defect ($6{\times}6\;cm$) was found with intact dura mater. No other complications such as bleeding or abnormal neurologic sign were accompanied. Escharectomy was performed and Hyalomatrix$^{(R)}$ was applied for the protection and the induction of acute wound healing for 3 months before the split-thickness skin graft. During the 3 months period, the dressing was renewed in aseptic technique for every 3 weeks. The skin graft was achieved on the healthy granulation bed. Results: The operative procedure was uneventful without necessity of blood transfusion. Postoperative physical examination revealed no additional abnormalities. Regular wound management was performed in out-patient clinic and the grafted skin was taken completely. No other problems developed during follow-up. Conclusion: Hyalomatrix$^{(R)}$ provides protective and favorable environment for wound healing. The combination of the use of Hyalomatrix$^{(R)}$ and the skin graft will be a good alternative for the ACC patients with relatively large defect on vertex.

우루시올을 활용한 폴리우루시올(PUOH)제조 및 LDPE/PUOH 복합필름 특성에 관한 연구 (Preparation of Polyurushiol (PUOH) Using Urushiol and Property of LDPE / PUOH Composite Films)

  • 김도완;김인수;서종철;서정상
    • 공업화학
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    • 제23권6호
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    • pp.546-553
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    • 2012
  • 옻나무에서 추출한 우루시올은 우수한 열안정성, 항균성 및 항산화 특성을 가지고 있으나, 알러지를 유발한다고 알려져 있다. 본 연구에서는, 알러지 유발원을 가지고 있는 우루시올을 안전하고 편리하게 사용하기 위하여 폴리우루시올 (Polyurushiol, 이하 PUOH) 분말을 제조하였다. 우선, 제조한 분말에 대한 FTIR, SEM, 항산화 및 항균성에 대한 테스트를 실시하였다. Twin screw extruder system을 이용하여 PUOH 분말의 함량 변화에 따른 LDPE/PUOH 복합필름을 제조하였고 액티브 패키징(active packaging) 소재로서의 실현 가능성을 확인하였다. 제조한 LDPE/PUOH 복합필름에 대한 화학적 구조, 모폴로지, 열적특성, 광학적 특성 그리고 항균성 테스트를 PUOH함량 변화에 따라 실시하였다. FTIR과 SEM 결과 PUOH 분말의 함량이 증가할수록 LDPE와 PUOH 분말 사이에 화학적 결합이나 상호작용이 약하며, 분산성 및 혼화성이 좋지 않음을 확인하였다. 열적특성은 PUOH의 함량이 3%까지만 향상시켰다. Pure LDPE와 비교해보면, PUOH의 함량이 증가할수록 LDPE/PUOH 복합필름의 자외선 흡수성과 E. coli에 대한 항균성이 증가하는 것을 확인하였다. LDPE/PUOH 복합필름을 패키징 소재로서 성능을 극대화하기 위해서는 PUOH 분말과 필름의 분산성 향상에 관한 추가적인 연구가 필요하다는 것을 확인하였다.

대면적 용융탄산염 연료전지 시스템 동특성 분석 (Analyses of Larg Cell Area MCFC System Dynamics)

  • 강병삼;고준호;이충곤;임희천
    • 에너지공학
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    • 제8권4호
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    • pp.592-604
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    • 1999
  • 대면적 용융탄산염 연료전지 운전 시 스택에서 발생하는 스택내 온도차와 극간 차압의 문제점을 해결하기 위하여 정상상태특성 및 동특성을 분석하였다. 두가지 용융탄산염연료전지 스택(5 kW(3,000$\textrm{cm}^2$, 20장), 3kW(6,000$\textrm{cm}^2$, 5장) 의 운전결과를 통하여 스택성능에 중요한 영향을 미치는 조작변수(전류밀도 , 연료 이용률, 공기 이용률)와 조절변수(스택 온도차, 연료극 차압, 공기극 차압)를 결정하였다. 조작변수들에 대한 조절변수들의 변화량인 스택의 정상상태 이득률을 구하여 시스템의 안정성을 분석하고 동특성을 나타내는 전달함수를 구하였따. 전달함수는 3$\times$3 행렬로 시간 지연항이 없는 전형적인 1차 시스템으로 표현되었다 동특성 분석에 의해 대면적 용융탄산염 연료전지 시스템의 최적 운전 조건을 설정할 수 있었다. 5 kW 스택의 경우 전류밀도가 150mA/$\textrm{cm}^2$ 일 때 스택 출구 온도를 68$0^{\circ}C$ 이하로 유지하기 위해서는 공기극 가스 recycle 에 의한 가압 운전이 필요하였으며, 효과적으로 용융탄산염 연료전지 시스템을 제어하기위해서는 조작변수의 조절변수상호간의 연계성을 제거하기위한 다중 입.출력 제어 및 연계 제거기가 필요함을 확인하였다. 이 결과는 향후 대면적 용융탄산염을 연료전지 시스템의 제어구조 설계와 운전모드설정에 중요한 자료로 사용될 것이다.

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Analysis on the post-irradiation examination of the HANARO miniplate-1 irradiation test for kijang research reactor

  • Park, Jong Man;Tahk, Young Wook;Jeong, Yong Jin;Lee, Kyu Hong;Kim, Heemoon;Jung, Yang Hong;Yoo, Boung-Ok;Jin, Young Gwan;Seo, Chul Gyo;Yang, Seong Woo;Kim, Hyun Jung;Yim, Jeong Sik;Kim, Yeon Soo;Ye, Bei;Hofman, Gerard L.
    • Nuclear Engineering and Technology
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    • 제49권5호
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    • pp.1044-1062
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    • 2017
  • The construction project of the Kijang research reactor (KJRR), which is the second research reactor in Korea, has been launched. The KJRR was designed to use, for the first time, U-Mo fuel. Plate-type U-7 wt.% Mo/Al-5 wt.% Si, referred to as U-7Mo/Ale5Si, dispersion fuel with a uranium loading of $8.0gU/cm^3$, was selected to achieve higher fuel efficiency and performance than are possible when using $U_3Si_2/Al$ dispersion fuel. To qualify the U-Mo fuel in terms of plate geometry, the first miniplates [HANARO Miniplate (HAMP-1)], containing U-7Mo/Al-5Si dispersion fuel ($8gU/cm^3$), were fabricated at the Korea Atomic Energy Research Institute and recently irradiated at HANARO. The PIE (Post-irradiation Examination) results of the HAMP-1 irradiation test were analyzed in depth in order to verify the safe in-pile performance of the U-7Mo/Al-5Si dispersion fuel under the KJRR irradiation conditions. Nondestructive analyses included visual inspection, gamma spectrometric mapping, and two-dimensional measurements of the plate thickness and oxide thickness. Destructive PIE work was also carried out, focusing on characterization of the microstructural behavior using optical microscopy and scanning electron microscopy. Electron probe microanalysis was also used to measure the elemental concentrations in the interaction layer formed between the U-Mo kernels and the matrix. A blistering threshold test and a bending test were performed on the irradiated HAMP-1 miniplates that were saved from the destructive tests. Swelling evaluation of the U-Mo fuel was also conducted using two methods: plate thickness measurement and meat thickness measurement.

온라인 과학 수업에서 실험 활동과 상호작용의 개선을 위한 실행연구 (Action Research to Improve Experimental Activities and Interactions in Online Science Class)

  • 노자헌;손준호;김종희
    • 대한지구과학교육학회지
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    • 제14권2호
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    • pp.159-172
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    • 2021
  • 이 연구는 온라인 과학 수업에서 실험 활동과 상호작용의 개선을 위한 수업 전략을 계획하고 그 결과를 바탕으로 개선 방안을 제시한 실행연구이다. 이를 위해 2020년 7월7일부터 9월 9일까지 G광역시에 위치한 초등학교 6학년 학생 20명을 대상으로 '지구와 달' 단원 수업을 실행하였다. 수업을 위해 실험 활동 범주에서 스마트 기기와 대체 실험, 상호작용 범주에서 온라인 대화방과 질의응답 전략을 계획하였다. 수집한 자료 중 수업 활동지, 과제물, 성찰 일지, 온라인 대화 내용, 질의응답 내용을 주요 자료로 하여 매트릭스에 입력하고 분석적 텍스트를 작성하여 그 의미를 분석하였다. 실행 결과 스마트 기기와 대체 실험은 탐구의 기회를 제공하였으나 오개념 형성에 대한 위험이 있었고 실험 활동을 방해하기도 하였다. 온라인 대화방과 질의응답은 소통의 기회와 과학 개념의 점검과 피드백 기회를 제공하였다. 본 실행연구를 통해 연구자는 수업 반성 노트를 작성하며 수업을 반성할 수 있었고, 과학 수업의 효과성과 효율성 측면에서 스마트 기기의 역할을 제안하였다.

Identification of genes involved in inbreeding depression of reproduction in Langshan chickens

  • Xue, Qian;Li, Guohui;Cao, Yuxia;Yin, Jianmei;Zhu, Yunfen;Zhang, Huiyong;Zhou, Chenghao;Shen, Haiyu;Dou, Xinhong;Su, Yijun;Wang, Kehua;Zou, Jianmin;Han, Wei
    • Animal Bioscience
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    • 제34권6호
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    • pp.975-984
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    • 2021
  • Objective: Inbreeding depression of reproduction is a major concern in the conservation of native chicken genetic resources. Here, based on the successful development of strongly inbred (Sinb) and weakly inbred (Winb) Langshan chickens, we aimed to evaluate inbreeding effects on reproductive traits and identify candidate genes involved in inbreeding depression of reproduction in Langshan chickens. Methods: A two-sample t-test was performed to estimate the differences in phenotypic values of reproductive traits between Sinb and Winb chicken groups. Three healthy chickens with reproductive trait values around the group mean values were selected from each of the groups. Differences in ovarian and hypothalamus transcriptomes between the two groups of chickens were analyzed by RNA sequencing (RNA-Seq). Results: The Sinb chicken group showed an obvious inbreeding depression in reproduction, especially for traits of age at the first egg and egg number at 300 days (p<0.01). Furthermore, 68 and 618 differentially expressed genes (DEGs) were obtained in the hypothalamus and ovary between the two chicken groups, respectively. In the hypothalamus, DEGs were mainly enriched in the pathways related to vitamin metabolism, signal transduction and development of the reproductive system, such as the riboflavin metabolism, Wnt signaling pathway, extracellular matrix-receptor interaction and focal adhesion pathways, including stimulated by retinoic acid 6, serpin family F member 1, secreted frizzled related protein 2, Wnt family member 6, and frizzled class receptor 4 genes. In the ovary, DEGs were significantly enriched in pathways associated with basic metabolism, including amino acid metabolism, oxidative phosphorylation, and glycosaminoglycan degradation. A series of key DEGs involved in folate biosynthesis (gamma-glutamyl hydrolase, guanosine triphosphate cyclohydrolase 1), oocyte meiosis and ovarian function (cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1, structural maintenance of chromosomes 1B, and speedy/RINGO cell cycle regulator family member A), spermatogenesis and male fertility (prostaglandin D2 synthase 21 kDa), Mov10 RISC complex RNA helicase like 1, and deuterosome assembly protein 1) were identified, and these may play important roles in inbreeding depression in reproduction. Conclusion: The results improve our understanding of the regulatory mechanisms underlying inbreeding depression in chicken reproduction and provide a theoretical basis for the conservation of species resources.

신경병증성 통증의 처리 과정에 있어 중추신경계의 가소성 변화 비교 (Comparisons of the Plastic Changes in the Central Nervous System in the Processing of Neuropathic Pain)

  • 권민지
    • 감성과학
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    • 제24권2호
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    • pp.39-48
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    • 2021
  • 국제통증연구학회(IASP)에 따르면, 신경병증성 통증은 정상 조건에서 중추신경계에 유해한 정보를 전달하는 신경계 기능 장애로 특징 지워진다. 이런 통증은 말초 혹은 중추 신경계에 확인 가능한 병변이 있는 질환과 어떠한 신경에도 병변이 없는 상태에서 발생하는 상황으로 나누어 볼 수 있다. 두 가지 상황 모두 장기적이고 만성적인 변화과정을 겪게 되며, 결과적으로 신경계가 부적절하게 적응하여 치유되기 어려운 만성통증 증후군으로 발전할 수 있다. 그러나 이러한 통증 치료는 진단에서부터 치료까지의 과정이 어려운 탓에 현재까지도 특별한 해결방안이 부족한 실정이다. 최근 자기공명영상(fMRI), 양전자방출단층촬영법(PET), 광영상(optical imaging) 등 영상분석기술이 발달함에 따라 통증을 유발할 수 있는 유해 자극에 대한 중추신경계의 반응을 영상화하는 연구가 증가하고 있다. 이러한 영상 기법들을 통해 통증을 해석하고 처리하는 뇌 영역에서 시냅스 간 가소성 변화가 일어나고 있음을 확인하였으며, 신경병증성 통증을 비롯한 만성통증과 학습과의 상호 작용을 이해하는 데 많은 도움을 주고 있다. 본 연구는 병리적 통증의 기전과 통증 자극에 따른 뇌의 구조적, 기능적 변화에 대해 최근까지 밝혀진 연구들을 소개하고자 한다. 만성적 통증의 정의와 발생기전을 되짚고 새로운 연구 동향을 살펴보는 것은 통증을 완화할 수 있는 방안을 강구하는 데 도움이 될 것으로 사료된다.