• 한국버섯학회지
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• 제7권4호
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• pp.150-155
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• 2009

최근들어 수입량이 급증되고 있는 차가버섯의 분류체계를 확립하고, 이들 종 및 계통간의 유연관계 확립과 품종 구분을 위해 계통학적 정보를 지닌 ITS 영역의 염기서열, PCR-RFLP 및 STS 프라이머를 사용하여 종 특이적인 마커를 개발하였다. 시베리아 캄차카 반도에서 수집된 74008 균주의 염기서열을 이용하여 Inonotus spp.의 유연관계를 분석한 결과 2개의 그룹으로 나뉘어 졌고, I. obliquus DSM 856P균주와 약 98%의 가장 높은 유사성을 나타내어 차가버섯임이 확인되었다. 또한 ITS 증폭산물을 제한효소로 처리하여 밴드 패턴을 비교하였을 때 종 및 계통에 따라 밴드가 다르게 나타났으며, STS primer를 이용하여 증폭산물을 비교하였을 때 종간에는 밴드패턴이 다르나 계통내에서는 동일한 밴드패턴을 보였다. 따라서 차가버섯의 품종 구분을 위해서는 STS 마커와 PCR-RFLP를 동시에 사용함으로서 품종 구분이 좀 더 명확하리라 사료된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제39권6호
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• pp.517-525
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• 1992

연구배경 : 1985년 Saiki등에 의해, 특정한 DNA를 연속적으로 복제할 수 있는 방법인 polymerase chain reaction (PCR)이 개발된 이래, PCR은 검체내에 극미량으로 존재하고 있는 병원체의 진단에 큰 도움을 줄 것으로 기대되었다. 결핵균의 진단방법중, 도말염색 방법은 감수성이 낮아서 문제가 되고 있으며, 배양은 감수성은 높으나 기간이 오래 걸려서 임상적으로 도움을 주지 못하는 경우가 많다. 이에 저자들은 Mycobacterium tuberculosis의 특이 단백질인 65 kD mycobacterial antigen을 encoding하는 2520 base pair DNA중, 383 base pair DNA를 이용한 PCR과 IS6110 fragment의 일부인 123 base pair DNA를 이용한 PCR을 시행하여, 이의 감수성과 특이도를 알아보고 폐결핵 환자의 객담을 검체로한 결핵의 조기진단 방법을 개발하고자 하였다. 방법 : M. tuberculosis (H37Rv, H37Ra), M. avium, M. intracellulare, M. scrofulaceum 균주와 환자의 객담에서 DNA를 추출하여, 383 base pair DNA 양끝의 20 base pair DNA primer (TB-1, -2)와 IS6110 fragment 일부의 DNA 양끝의 20 base pair DNA primer (Sal I-1, -2) 로 PCR을 시행하였으며, 전기 영동후 자외선 발광으로 확인하였다. 결과 : 1) Ethidium bromide 염색후 발광경하에서, Mycobacterium tuberculosis (H37Rv, H37Ra)와 Mycobacterium bovis는 TB-1, -2 primer와 Sal I-1, -2 primer를 이용한 PCR에서 모두 양성을 보였고 Mycobacter intracellulare와 Mycobacterium scrofulaceum은 TB-1, -2 primer를 이용한 PCR에서만 양성을 보였다. 2) Southern Blot 분석에는 두쌍의 primer 모두에서 Mycobacterium tuberculosis (H37Rv, H37Ra)와 Mycobactgerium bovis만이 양성을 나타내었으며 Mycobacterium intracellulare 와 Mycobacterium scrofulaceum은 음성을 나타내었다. 3) Mycobacterium tuberculosis (H37Rv)를 순차적으로 희석하여 시행한 PCR에서 두쌍의 primer 모두에서 Mycobacterium 균 1개체에 해 당되는 1 fg DNA까지 양성을 나타내었다. 4) 임상적으로 진단받은 결핵환자의 시행한, Sal I-1, -2 primer를 이용한 PCR에서 도말 검경 양성군의 객담 29예중 28예인 96.6%에서 양성을 나타내었으며, 도말 정경 음성-배양 양성군에서는 5예중 4예(80.0%), 그리고 도말 검경 음성-배양 음성군에서는 26예중 6예(23.1%)가 양성을 나타내었고 음성 대조군 검체 16예에서 2예(12.5%)에서 양성을 나타내였다. 결론 : 이상의 결과로, PCR은 객담에서의 결핵균의 진단에 있어, 배양과 견줄 수 있는 특이도와 예민도를 보이고 있어, 특정한 경우 진단에 도움을 줄 수 있을 것으로 기대되며, 추후 방법의 개선을 위한 연구가 계속 필요할 것으로 사료된다.

• 환경생물
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• 제20권2호
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• pp.109-117
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• 2002

이 연구에서는 해산 연체동물의 폐사를 유발하는 기생성 원생동물인 Perkinsus를 신속하고 특이적으로 검출하기 위하여 PCR 진단법을 개발하였다. 이를 위해 Perkinsus 속 4종을 공통적으로 증폭하거나 P. atlanticus만을 특이적으로 증폭할 수 있는 두 가지의 primer를 제작하였다. PCR분석은 기존 Perkinsus 진단법인 fluid thioglycollate medium (FTM) 방법과 2 M NaOH 기법을 병행하여 실시하였다. 실험구로서 전라남도 완도산, 제주도 김녕산, 제주도 서귀포산, 제주도 성산산 바지락과 in vitro 배양된 바지락포자충이 이용되었으며, 대조구로서 전라남도 강진에서 채집된 꼬막, T. granosa을 사용하였다. 실험 결과 Perkinsus특이성 DNA band가 전남 완도산과 제주도 성산산 바지락, in vitro 배양된 바지락 포자충에서 확인되었으나, 대조구였던 꼬막과 제주도 서귀포산, 제주도 김녕산 바지락에서는 나타나지 않았다. 이같은 진단 결과는 FTM과 2M NaOH 진단 결과와 일치하였다. 한편 P. atlanticus에 특이적인 primer에 의해 증폭된 band가 확인됨에 따라 국내산 바지락에서 검출되는 바지락포자충은 P. atlanticus와 동일 종임이 확인되었다. 결론적으로, 본 연구를 통하여 개발된 PCR을 이용한 진단법은 해산 연체동물내 Perkinsus 속 기생충과 P. atlanticus의 감염을 신속하고도 종 특이적으로 진단할 수 있어 수ㆍ출입 수산물의 검역과 바지락 포자충의 생태학적 특성을 규명하는데 효과적으로 이용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 환경생물
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• 제20권1호
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• pp.109-109
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• 2002

이 연구에서는 해산 연체동물의 폐사를 유발하는 기생성 원생동물인 Perkinsus를 신속하고 특이적으로 검출하기 위하여 PCR 진단법을 개발하였다. 이를 위해 Perkinsus 속 4종을 공통적으로 증폭하거나 P. atlanticus만을 특이적으로 증폭할 수 있는 두 가지의 primer를 제작하였다. PCR분석은 기존 Perkinsus 진단법인 fluid thioglycollate medium (FTM) 방법과 2 M NaOH 기법을 병행하여 실시하였다. 실험구로서 전라남도 완도산, 제주도 김녕산, 제주도 서귀포산, 제주도 성산산 바지락과 in vitro 배양된 바지락포자충이 이용되었으며, 대조구로서 전라남도 강진에서 채집된 꼬막, T. granosa을 사용하였다. 실험 결과 Perkinsus특이성 DNA band가 전남 완도산과 제주도 성산산 바지락, in vitro 배양된 바지락 포자충에서 확인되었으나, 대조구였던 꼬막과 제주도 서귀포산, 제주도 김녕산 바지락에서는 나타나지 않았다. 이같은 진단 결과는 FTM과 2M NaOH 진단 결과와 일치하였다. 한편 P. atlanticus에 특이적인 primer에 의해 증폭된 band가 확인됨에 따라 국내산 바지락에서 검출되는 바지락포자충은 P. atlanticus와 동일 종임이 확인되었다. 결론적으로, 본 연구를 통하여 개발된 PCR을 이용한 진단법은 해산 연체동물내 Perkinsus 속 기생충과 P. atlanticus의 감염을 신속하고도 종 특이적으로 진단할 수 있어 수ㆍ출입 수산물의 검역과 바지락 포자충의 생태학적 특성을 규명하는데 효과적으로 이용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 식물병연구
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• 제30권1호
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• pp.78-81
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• 2024

This study aims to isolate and identify the fungal pathogen responsible for gummosis disease affecting Thanh Tra pomelo in Vietnam. Through molecular identification utilizing primer pairs ITS5 and ITS4, the analysis pinpointed Lasiodiplodia theobromae as the specific fungal pathogen. Notably, the fungal colonies exhibited vigorous growth on potato dextrose agar. Initially, these colonies appeared whitish-grey, transforming into a black-grey hue within 5-7 days at a temperature of 30℃. According to previous reports, Phytophthora spp. was the most common pathogenic genus causing gummosis on Thanh Tra pomelo in Vietnam. To our knowledge, this is the first report on L. theobromae causing gummosis on Thanh Tra pomelo in Vietnam.

• 대한본초학회지
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• 제29권3호
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• pp.19-26
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• 2014

Objectives : Aucklandiae Radix (Muxiang) one of important herbal medicines in oriental medicine, is defined as the dried root of Aucklandia lappa (Asteraceae). Owing to the similarities in the morphology and name, Inulae Radix (Tu-Muxiang) and Vladimiriae Radix (Chuan-Muxiang) as well as Aristolochiae Radix (Qing-Muxiang) originated from other medicinal plants are often used as substitutes and/or adulterants of Aucklandiae Radix. Therefore, a reliable authentication of these herbal medicines is necessarily for the public health and prevention of misuse. Methods : 32 samples of medicinal plants supplying Aucklandiae Radix, Inulae Radix, Vladimiriae Radix, and Aristolochiae Radix were collected in Korea and China. The ITS (Internal transcribed spacer) nucleotide sequences of samples were determined. The PCR primers to amply DNA marker of each herbal medicine were designed basing on the specific ITS regions showing differences in the sequences among medicinal plants. Results : Primer set Al R/IS F designed in this work amplified 220 bp PCR product only in samples of Aucklandiae Radix. In contrast, primer set Ih F/IS R, Vs R/IS F, and AcR F1/Ac R amplified 250 bp product, 356 bp prouct, and 516 bp product respectively to identify Inulae Radix, Vladimiriae Radix, and Aristolochiae Radix. Conclusions : The primers designed basing on the nucleotide sequences of ITS regions appearing differenced in the sequences among medicinal plants amplified the DNA markers for the identification of Aucklandiae Radix, Inulae Radix, Vladimiriae Radix, and Aristolochiae Radix. These herbal medicines were more efficiently identified by multiplex PCR method using all primers in a single PCR process.

• 식물병연구
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• 제10권1호
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• pp.53-57
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• 2004

CGMMV는 한국에서 수박의 주요 병원균이고, 수박 생산에 심각한 영향을 미친다. 이 연구에서는 박 종자의 CGMMV를 RT-PCR을 이용하여 신속하고 민감하게 검정하는 진단방법을 개발하였다. CGMMV-W의 외피 단백질 유전자 sequence에서 제작된 CGMMV에 특이적인 primer인 Wmfl과 Wmrl은 RT-PCR에 의해 420 bp의 증폭산물을 증폭하였다. RT-PCR에 의한 진단을 위하여 바이러스 추출과정을 간소화하고 종자 추출물의 반응 억제물질을 감소시키기 위해 ethanol 침전, double filtration, PEG 침전, phenol/chloroform/isoamyl alcohol에 의한 추출법을 비교하였으며 phenol/chloroform/isoamyl alcohol에 의 한 추출법이 민감성이 강한 방법으로 선발되었다. RT-PCR을 위해 선발된 primer들과 추출법은 1,000립의 건전 종자에 1립의 이병 종자를 혼합한 수준까지 판별이 가능하였다. 신속하고 민감한 RT-PCR에 의한 본 검정방법은 높은 반응 억제물질을 함유하는 박 종자에서 CGMMV의 특이적인 진단을 위해 유용한 방법이다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제51권4호
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• pp.365-370
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• 2012

콩과(Fabaceae) 작물 해충인 팥나방(Matsumuraeses phaseoli)과 어리팥나방(M. falcana) (나비목: 잎말이나방과)은 형태적으로 매우 유사하여 종 구별이 힘든 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 PCR-SSP(PCR with Sequence Specific Primers) 방법으로 두 종을 빠르고 정확하게 구별할 수 있는 판별법을 찾고자 두 종의 미토콘드리아 시토크롬 옥시다제 I(mtCOI) DNA 부분영역(439 bp)의 염기서열을 해독하였다. 그리고 다른 나방 종의 mtCOI 염기서열과 함께 나열하여 비교한 후 팥나방과 어리팥나방에서 종 특이적으로 차이가 나는 단일 뉴클레오티드를 프라이머의 3' 말단으로 하는 염기서열 특이 프라이머 조합을 만들었다. PCR 산물들을 전기영동 한 결과, 어리팥나방은 245 bp, 팥나방은 409 bp와 245 bp의 특이적 밴드 패턴을 보여 두 종을 구별할 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권3호
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• pp.468-473
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• 2007

White rot fungi, Phanerochaete chrysosporium and Phanerochaete sordida, have been mostly studied in a variety of industrial processes like biopulping and pulp bleaching as well as in bioremediation. Whereas P. sordida is widely distributed in the North Temperate Zone, P. chrysosporium is reported in the restricted area and hundreds of reports have been described from a few strains of P. chrysosporium, which are deposited at various fungal collections in the world. The isolates of two species are not easily discriminated because of their morphological and molecular similarity. Through the ITS sequence analyses, a region containing substantial genetic variation between the two species was identified. PCR amplification using two specific primers was successfully used to differentiate P. chrysosporium from P. sordida. These results were supported by cultural studies. The growth rates at $37^{\circ}C$ on PDA, MEA, and Cza and the microscopic features of conidia on PDA and YMA were also very useful to differentiate those two species.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제31권4호
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• pp.421-428
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• 2003

길항미생물을 이용한 항곰팡이성 퇴비의 개발을 목적으로 공시 식물로써 Spinacia oleracea L과 식물 병원균 Rhizoctonia solani Kuhn O-28을 모델로 사용하여 수행 되었다. 다양한 음식쓰레기를 일년동안 숙성시킨 퇴비로부터 80 균주를 분리하였고, 그 중 No.15-2 균주가 R. solani Kuhn O-28에 대해 가장 높은 항곰팡이 활성을 보였다. 16S rDNA sequencing과 primer pair PCR에 의해 표현형과 분류학적으로 거의 독성이 없는 것으로 밝혀진 Burkholderia cepacia genomoval V로 분류되었다. 이 B. cepacia No. 15-2가 퇴비화 중에 우점하였으며 그 균수는 15일 동안 거의 $10^{13}$ cfu/g을 유지하였다. S. oleracea L을 배양 했을 경우 R. solani Kuhn O-28에 의한 발병율은 B. cepacia No.15-2를 첨가함으로써 40% 감소하였다. 결론적으로 B. cepacia No.15-2는 다양한 식물의 곰팡이 유래의 병을 방제하는 데 이용 가능할 것으로 사료된다.