• 제목/요약/키워드: ITS sequence

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능이버섯의 ITS염기서열과 유전적 변이 (The Base Sequence of ITS and Genetic Variation in Sarcodon Aspratus)

  • 김종봉
    • 생명과학회지
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    • 제14권6호
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    • pp.963-966
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    • 2004
  • 능이버섯의 16S ribosomal DNA일부분, IT1, 5.85 ribosomal DNA, ITS2의 전부분, 28S ribosomal DNA 일부분이 포함된 ITS영역의 염기서열을 분석하였다. 이 부분은 716개의 염기쌍으로 구성되었다. 이를 Sarcadon속에 속하는 종들과 비교분석한 결과 같은 능이버섯의 ITS에 관한 다른 분석결과 염기치환 및 결실을 근거로 하였을 경우 $1.8\%$의 차이를 나타내었다. 또한 S. imbricatus와는 $1.8\%$, S. sequamous와는 $10\%$차이를 나타내었다. 이는 능이버섯이 숙주, 서식지 환경 등의 특수성 때문에 자연상태에서 유전자교류가 일어나지 않기 때문인 것으로 생각된다.

Geographic Genetic Contour of A Leaf Beetle, Chrysolina aurichalcea (Coleoptera: Chysomelidae), on the Basis of Mitochondrial COI Gene and Nuclear ITS2 Sequences

  • Park, Joong-Won;Park, Sun-Young;Wang, Ah-Rha;Kim, Min-Jee;Park, Hae-Chul;Kim, Ik-Soo
    • International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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    • 제23권1호
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    • pp.155-166
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    • 2011
  • The leaf beetle, $Chrysolina$ $aurichalcea$ (Coleoptera: Chysomelidae), is a pest damaging plants of Compositae. In order to understand the genetic diversity and geographic variation we sequenced a portion of mitochondrial COI gene (658 bp) and complete nuclear internal transcribed spacer 2 (ITS2) of the species collected from seven Korean localities. A total of 17 haplotypes (CACOI01~CACOI17), with the maximum sequence divergence of 3.04% (20 bp) were obtained from COI gene sequence, whereas 16 sequence types (ITS2CA01~ITS2CA16), with the maximum sequence divergence of 2.013% (9 bp) were obtained from ITS2, indicating substantially larger sequence divergence in COI gene sequence. Phylogenetically, the COI gene provided two haplotype groups with a high nodal support (${\geq}87%$), whereas ITS2 provided only one sequence type group with a high nodal support (${\geq}92%$). The result of COI gene sequence may suggest the presence of historical biogeographic barriers that bolstered genetic subdivision in the species. Different grouping pattern between COI gene and ITS2 sequences were interpreted in terms of recent dispersal, reflected in the ITS2 sequence. Finding of unique haplotypes and sequence types only from Beakryeng-Islet population was interpreted as an intact remnant of ancient polymorphism. As more samples are analyzed using further hyper-variable marker, further fruitful inference on the geographic contour of the species might be available.

M-sequence and its applications to nonlinear system identification

  • Kashiwagi, Hiroshi
    • 제어로봇시스템학회:학술대회논문집
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    • 제어로봇시스템학회 1994년도 Proceedings of the Korea Automatic Control Conference, 9th (KACC) ; Taejeon, Korea; 17-20 Oct. 1994
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    • pp.7-12
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    • 1994
  • This paper describes an outline of pseudorandom M-sequence and its applications to measurement and control engineering. At first, generation and properties of M-sequence is briefly described and then its applications to delay time measurement, information transmission by use of M-array, two dimensional positioning, fault detection of logical circuit, fault detection of RAM, linear and nonlinear system identification.

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CDMA 시스템을 위한 정수론 접근 방법에 의한 주기이진부호의 사건?? 계산 (Periodic Binary Sequence Time Offset Calculation Based on Number Theoretic Approach for CDMA System)

  • 한영열
    • 한국통신학회논문지
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    • 제19권5호
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    • pp.952-958
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    • 1994
  • 본 논문에서 정수론에 기초한 이진수호와 이전된 이진부호 사이의 시간옵셉을 계산하는 방법을 제시한다. 이 방법을 이용하여 이진부호 사이의 시간옵셉을 계산할 수 있다. 모든 기지국은 동일한 확산부호를 사용하므로써 동기 부호분할 다원접속 시스템에서 기준(영 \ulcorner\ulcornerV)부호를 정의하는 것은 중요하다. 다른 기지국으로부터 이동국에 수신되는 신호를 구별하기 위하여 영옵셉부호에 대한 시간옵셉을 사용하고 있다. 본 논문은 기준부호를 정의하는 방법을 제시한다.

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Phase Offset Enumeration Method with Error Detection and Its Application to Synchronization of PN Sequences

  • Song Young-Joan
    • Journal of electromagnetic engineering and science
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    • 제5권1호
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    • pp.26-30
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    • 2005
  • It is important to know phase offsets of PN(Pseudo Noise) sequences in spread spectrum communications since the acquisition is equivalent to making a phase offset between a receiving PN sequence and a PN sequence of local PN generator be identical. In this paper, a phase offset enumeration method for PN sequences with error detection, and its application to the synchronization are proposed. The phase offset enumeration for an n-tuple PN sequence and its error detection are performed when one period of the sequence is received. Once the phase offset of the receiving sequence is calculated, we can easily accomplish the synchronization by initializing shift registers of a local PN generator according to the phase offset value. The mean acquisition time performance of the proposed scheme was derived analytically. Since this synchronization scheme can be realized by using simple circuit and acquires very rapid acquisition in high SNR but shows performance degradation in low SNR, it can be especially useful in indoor and office environments.

Sequence Analysis of the Internal Transcribed Spacer of Ribosomal DNA in the Genus Rhizopus

  • Park, You-Jung;Min, Byung-Re
    • Mycobiology
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    • 제33권2호
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    • pp.109-112
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    • 2005
  • The internal transcribed spacer (ITS) regions including the 3'-end of 18S rRNA gene, 5.8S rRNA gene and the 5'-end of the 28S rRNA gene of Rhizopus spp. were amplified by PCR and analyzed by DNASIS program. Length polymorphism of these region ranged from 564 bp in R. oryzae to 789bp in R. stolonifer. The length and sequence of 5.8S was very conserved with $154{\sim}155\;bp$. The sequence of ITS2 was more variable than that of ITS1. The base substitution rates were ranged from 0 to 0.6069 per site, and higher rate was found in R. stolonifer. In general, transition was usually more frequent than transversion. On the basis of sequencing results, four groups were clustered with value of 61.9% similarity; R. oryzae, R. micros pores, R. homothallicus, and R. stolonifer groups.

Detection of Laminariaceae Species Based on PCR by Family-specific ITS Primers

  • Choi, Chang-Geun;Kim, Jong-Myoung
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제15권2호
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    • pp.157-162
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    • 2012
  • To analyze nucleotide sequence encoding internal transcribed spacer (ITS) regions specific to the Laminariaceae family, genomic DNA was isolated from six brown algae species distributed along the east coast of Korea. These included three species from the Laminariaceae family (Agarum clathratum Dumortier, Costaria costata [C. Agardh] Saunders, and Saccharina japonica Areschoug) and two species from the Alariaceae family (Undaria pinnatifida [Harvey] Suringer and Ecklonia cava Kjellman), both in the order Laminariales, and one species from the family Sargassaceae in the order Fucales (Sargassum serratifolium). Based on a sequence analysis of ITS-1 and ITS-2 for A. clathratum, C. costata, and E. cava, oligonucleotides were designed from the regions that showed sequence conservation in Laminariaceae. Following polymerase chain reaction using three sets of primers, amplification of ITS-1 and ITS-2 was detected in reactions using genomic DNA isolated from the species belonging to Laminariaceae, but not from the species belonging to the other families. The results indicate that this method can be used for the detection and identification of Laminariaceae species.

선택시퀀스 기능을 위한 단일시퀀스의 시간지연에 관한 연구 (Study on the Time Delay of Single Sequence for Select Sequence)

  • 유정봉
    • 대한전자공학회:학술대회논문집
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    • 대한전자공학회 2009년도 정보 및 제어 심포지움 논문집
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    • pp.305-307
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    • 2009
  • When we design the control system used Programmable Logic Controller(PLC), we program the main algorithm by Ladder Diagram(LD) among the standard language. We can substitute the select sequence function by the unique sequence. We can implement this function by the delay time. Therefore this thesis show the select sequence function by the unique sequence and we confirmed its feasibility through actual example.

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자연산 다묵장어, Lethenterone reissneri에서 발생한 물곰팡이병 원인체의 동정 (Identification of water mold from wild brook lamprey, Lethenterone reissneri)

  • 김형준;박정수;김성연;구자근;방인철;권세련
    • 한국어병학회지
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    • 제26권1호
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    • pp.39-44
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    • 2013
  • 자연산 다묵장어, Lethenterone reissneri에서 발생한 물곰팡이병의 원인체를 형태학적 및 유전학적 연구를 통하여 동정하였다. 분리균주는 격벽이 없는 균사를 형성하였고, 가늘고 긴 모양의 유주자낭 내에 활발한 운동성을 보이는 유주자가 여러 줄로 배열되었다가 유주자낭의 선단에서 휴면하지 않고 한꺼번에 방출되는 특징을 보였다. 한편 유성생식기관인 조란기와 조정기는 관찰되지 않았다. 또한 분리균주의 ITS sequence를 분석하고 Saprolegnia 속의 다른 분리균주와 유전학적 상관관계를 조사한 결과, S. parasitica가 속해있는 clade I에 분류되는 것을 확인할 수 있었다. 무성생식기관의 형태, 유주자 방출방식 및 ITS sequence의 phylogenetic analysis에 근거하여 자연산 다묵장어에서 관찰된 물곰팡이병의 원인체는 S. parasitica인 것으로 동정되었다.

토종 갓끈동부의 ITS1, 5.8S 및 ITS2의 염기서열을 이용한 계통 분석 (Phylogenetic Analysis of Native Vigna sinensis in Korea Using DNA Sequence of Internal Transcribed spacer (ITS) Region)

  • 서필수;이숙영;신용국
    • 생명과학회지
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    • 제27권3호
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    • pp.351-354
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    • 2017
  • 본 연구에서 밝혀진 갓끈동부의 ITS1, 5.8S 및 ITS2의 염기서열은 NCBI (National Center for Biotechnology Information)의 GenBank에 Vigna sinensis AY195581로 등록하였다. ITS1, 5.8S 및 ITS2의 총 염기서열 507 염기서열을 이용한 Vigna sinensis (AY195581)의 분자계통분석에서 Vigna unguiculata 및 그 아종들과 98~100% 범위의 염기서열 상동성을 보였다. Vigna unguiculata는 계통분석에 이용된 다른 종들로부터 독립된 하나의 cluster로 그룹핑(grouping)이 됨을 확인하였다. 본 계통분석은 Vigna unguiculata가 Vigna 속의 다른 종에 비해 비교적 최근에 분화되었으며, 현재 유전적인 변화가 많이 일어나고 있음 보이고 있다. 또한, Vigna 속, Vigna longifolia, Vigna vexillata, Vigna membranacea, Vigna friesiorum, Vigna monophylla, Vigna schimperi, Vigna nigritia, Vigna lasiocarpa, Vigna trichocarpa, Vigna diffusa의 다른 종들과 비교하여 유전적으로 독립적인 종임을 확인하였다. 본 연구의 Vigna sinensis의 ITS1, 5.8S 및 ITS2를 이용한 계통분석은 Vigna sinensis를 Vigna unguiculata로 분류하는 것이 타당한 것으로 보여진다. 본 종은 국내에서 멸종된 것으로 알려져 있었으나 최근 토착 식물로써 발견되었고 이 갓끈동부의 관련 식물 종들과의 분자계통학적 위치를 명확히 밝힘에 의의가 있다고 하겠다.