• 한국버섯학회지
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• 제3권2호
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• pp.52-59
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• 2005

국내유통약용버섯의 분류체계를 확립하고 이들 속 및 종간의 유연관계확립을 위하여 계통학적 정보를 지니고 있는 ITS부위의 염기서열을 밝히고 ITS1과 ITS2부위의 다양한 염기서열을 이용하여 분류학적 위치를 확립하였고, 시판 I. obliquus 종의 진위여부와 계통분류학적인 유연관계 확립 및 종 특이적인 유전자 탐침을 개발하였다. 본 연구의 조사결과에 의하면, 약용버섯으로 주로 시판되고 있는 국내유통균주는 총 6개의 속(Phellinus, Inonotus, Sparassis, Fomes, Ganoderma, Hericium)으로 나누어짐을 알 수 있었고 그 중에서 기존에 잘 알려진 상황버섯과 최근 들어 수입양이 급증하고 있는 차가버섯이 대부분을 차지하고 있는 것으로 확인되었다. 본 연구에 사용되어진 일명 차가버섯으로 유통 중인 15개 제품 중 중국에서 수입되어진 59번 균주가 P. pini로 확인되었으며 일본에서 수입되어진 51, 52번 균주가 P. baumii와 P. linteus와 유사종 혹은 동일종으로 확인되었다. 한편 I. rheades(AY237731)와 I. radiatus(AY354217) 및 F. fomentarius(AY354213)는 NCBI 등록 시 문제점이 있는 것으로 사료되며 본 실험에서 조사되어진 30번 균주 F. fomentarius가 정확한 말굽버섯인 것으로 사료된다.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제19권2호
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• pp.308-314
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• 2012

발암성 ethyl carbamate의 전구물질인 요소의 분해를 촉매하는 urease 생산 효모를 분리하고 그 특성을 조사하였다. 우리나라 전통 누룩으로부터 약 223주의 효모를 분리하고 이들 중 urease 활성이 있는 6 균주를 선별하였다. 분리된 6 균주는 ITS I-5.8S-ITS II 영역의 PCR-RFLP 분석 및 계통분석을 통하여 이 균주 모두가 $I.$ $orientalis$ ATCC 24210과 99.8% 이상의 염기서열 상동성을 나타내어 유전적으로 매우 가까운 근연관계에 있음을 확인하였다. 분리 효모 중 uresae 활성이 가장 강한 2 균주 JJ22와 SH10을 선정하여 형태학적, 생리학적 특성을 조사한 결과 $I.$ $orientalis$와 특성이 거의 유사하여 $I.$ $orientalis$로 동정하였다. 이 균주들은 온도 $20-40^{\circ}C$의 넓은 범위에서 생육이 양호하였으며 JJ22의 경우에는 $35^{\circ}C$, SH10의 경우에는 $30^{\circ}C$에서 urease 활성이 가장 높았다. pH의 영향을 조사한 결과 pH 2.0-6.0까지 넓은 범위의 산성 조건에서 생육이 매우 양호하여 호산성 효모로 생각된다. Urease 효소의 활성은 PH 5.0에서 최대치를 나타내었고 pH가 감소하거나 높아짐에 따라 활성이 감소하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제24권2호
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• pp.152-158
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• 2008

A peculiar virus-like disease of tomato showing yellow mosaic and necrotic spots on leaves and necrosis on veins, petioles and stems was observed at the Tomato Experimental Station (TES), Buyeo, Chungcheongnamdo, Korea. The disease incidence at TES fields ranged from 21 to 35% infecting different tomato cultivars. For this reason, to identify the virus infecting tomato and to characterize the virus based on biology, serology, cytology and at molecular level. Here, leaf samples were randomly collected from different infected tomato cultivars at TES fields and greenhouses and tested by ELISA using Pepper mottle virus (PePMoV) and Tomato mosaic virus (ToMV) antisera. Infected saps were mechanically inoculated in different host plants to test for pathogenicity, symptomatology and host ranges. Infected tissues and ultrathin sections were examined by electron microscopy. Finally, putative coat protein and 3'-untranslated region (CP/3'-UTR) fragment was amplified and cloned for sequence determination and analyzed its genetic relationship to existing PepMoV and PVY sequences at the Genbank. Results showed 69% of the samples were positive with PepMoV, 13% with ToMV and 19 % were doubly infected with PepMoV and ToMV. Symptoms greatly varied from different host plants inoculated with tomato leaf sap infected with PepMoV alone and discussed in detailed in this paper. Electron microscopy from infected tissues showed filamentous particles of 720-750nm in length, a typical morphology and size of PepMoV. In addition, cylindrical inclusion bodies, pinwheels, scrolls and laminates with masses of fibrillar inclusions were also found in ultrathin sections. Alignment of the sequences of the CP/3'-UTR revealed >96% sequence identity with PepMoV and only <61% with PVY. Taken together, all these evidences presented clearly indicated that the causal agent infecting tomato at TES was PepMoV and we designated this PepMoV infecting tomato as Tom-sd2 strain in this study.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제31권4호
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• pp.322-328
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• 2003

TAR(Transformation-Associated Recombination) cloning 법은 복잡한 고등생물의 게놈으로부터 유전자나 특정 염색체 부위를 선별적 분리를 가능하게 한다. 이 방법은 목적으로 하는 염색체 부위의 주변에 존재하는 비교적 짧은 게놈 염기서열에 대한 정보를 필요로 하며, spheroplast 형질전환 과정에서 게놈 DNA와 5'-와 3'-표적배열을 지닌 TAR vector 사이에서 일어나는 상동성 재조합과정에 의해 이루어진다. 본 연구에서는 single-copy 유전자의 클론닝에 필요한 specific hook의 최소 크기를 조사하였고, 서로 다른 TAR vector(radial과 unique vector)의 유용성을 조사하기 위해 동일한 single-copy 유전자의 클론닝을 통해 비교하였다. 그 결과, hHPRT 유전자에 대한 TAR cloning의 빈도는 hook의 길이가 750 bp∼63 bp의 범위에서 동일하게 나타났다. radial hook을 사용한 경우보다 unique hook을 사용하였을 경우 형질전환체의 수는 약 20배정도의 감소를 보였으나 목적으로 하는 재조합체의 분리 빈도는 두 배 이상 증가하였다. 그러므로 본 연구에서 two-unique TAR vector는 선별력이 높으므로 일반적 TAR cloning에 사용할 수 있으며, radial TAR vector의 경우는 병리학적 표본과 같이 제한된 게놈 DNA를 사용하는 경우에 더 적합하다고 볼 수 있다. 또한, single-copy 유전자의 분리에 필요로 하는 specific hoot의 최소 길이는 약 60 bp로도 가능하다는 것을 확인하였다.

• 터널과지하공간
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• 제8권3호
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• pp.209-225
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• 1998

최근터널 굴착 보조공법중의 하나인 강관 보강형 다단 그라우팀 공법(Umbrella Arch Method, UAM)은 지반을 보강하고 터널 막장의 안정성을 증진시키기 위해서 많은 현장에서 사용되고 있다. 이러한 UAM은 터널 보강목적의 forepoling과 차수목적으 grouting이 한 공정으로 구성되어 있다는 잇점 때문에, 최근 국내 지하철, 도로터널 및 전력구터널 등에서 많은 적용 사례를 찾아 볼 수 있다. 그러나 이 공법은 주로 현장 시공을 통해서 얻어진 경험적인 방법에 의해서 설계와 시공이 이루어지고 있기 때문에 본 공법에 대한 보다 정량적이고 체계적인 설계인자 평가 작업이 필요하다. 따라서, 본 연구에서는 수치해석 방법에 의한 체계적이고 정량적인 효과확인 과정을 제안하였고, 몇몇 설계인자에 대한 매개변수 변환연구를 수행하였다. 이를 위해서 먼저, UAM의 지반보강기구에 있어서 관련된 강관, 그라우트재 및 강지보재등의 역할을 밝히고자 하였고, 두 번째로 매개변수 변환연구를 통해 UAM의 설계 제요소들에 대한 영향을 평가하기 위해 1)지반조건별, 2) 토피고별, 3) 강관배치형상별, 4) 그라우트 영역별, 5)강관자체 특성별 해석을 수행하여 각 항목별로 상호 비교.분석하였다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제37권5호
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• pp.361-369
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• 1994

Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit(rbcS)의 광유도 발현과 엽록체로의 단백질 이동 메카니즘을 연구하기 위해 벼의 게놈으로부터 rbcS 유전자를 분리하여(GrbcS) 그의 염기서열을 결정하였다. GrbcS의 유전자 염기서열 결정 결과, 단백질 암호부위는 한 개의 intron과 두 개의 exon으로 이루어져 있고 이들은 47개의 transit peptide를 포함하는 175개의 아미노산을 암호화하는 것으로 밝혀졌다. GrbcS의 이러한 구조적인 성질은 다른 단자엽 식물의 그것과 비교적 일치하고 genomic Southern blot analysis 결과 rbcS 유전자는 벼의 게놈상에 상대적으로 적은 규모의 multigene family로 존재한다는 것이 밝혀졌다. GrbcS의 유전자 염기서열과 그로부터 유추된 아미노산의 염기서열은 벼로부터 분리된 다른 rbcS와 매우 유사함을 보였고 다른 식물체로부터 분리된 그것과도 높은 유사성을 보였다. GrbcS의 5’ 앞쪽 부분에는 G-box, 3AF1-binding site, GATA site와 같은 광유도 발현 유전자에 공통적으로 존재하는 염기서열을 지니고 있었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제58권6호
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• pp.653-660
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• 2020

Spirometra tapeworms (Cestoda: Diphyllobothriidae) collected from carnivorous mammals in Tanzania were identified by the DNA sequence analysis of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (cox1) and internal transcribed spacer 1 (ITS1), and by morphological characteristics. A total of 15 adult worms were collected from stool samples and carcasses of Panthera leo, Panthera pardus, and Crocuta crocuta in the Serengeti and Selous ecosystems of Tanzania. Three Spirometra species: S. theileri, S. ranarum and S. erinaceieuropaei were identified based on morphological features. Partial cox1 sequences (400 bp) of 10 specimens were revealed. Eight specimens showed 99.5% similarity with Spirometra theileri (MK955901), 1 specimen showed 99.5% similarity with the Korean S. erinaceieuropaei and 1 specimen had 99.5% similarity with Myanmar S. ranarum. Sequence homology estimates for the ITS1 region of S. theileri were 89.8% with S. erinaceieuropaei, 82.5% with S. decipiens, and 78.3% with S. ranarum; and 94.4% homology was observed between S. decipiens and S. ranarum. Phylogenetic analyses were performed with 4 species of Spirometra and 2 species of Dibothriocephalus (=Diphyllobothrium). By both ML and BI methods, cox1 and ITS1 gave well supported, congruent trees topology of S. erinaceieuropaei and S. theileri with S. decipiens and S. ranarum forming a clade. The Dibothriocephalus species were sisters of each other and collectively forming successive outgroups. Our findings confirmed that 3 Spirometra species (S. theileri, S. ranarum, and S. erinaceieuropaei) are distributed in the Serengeti and Selous ecosystems of Tanzania.

• 생명과학회지
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• 제21권10호
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• pp.1466-1472
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• 2011

본 연구에서는 누에의 초기 배아시기에 유전자 발현 조절이 가능한 EEG-704 promoter를 개발하고자 하였다. Promoter의 핵심 영역을 결정하기 위하여, 10개의 서로 다른 partial mutant clone들을 만들고 이를 Sf9 곤충세포주에 도입하여 luciferase assay 방법을 사용하여 각각의 clone의 활성을 분석하였다. Constitutive promoter인 BmA3 promoter에 의한 활성과 비교하였을 때, 약 1.5 kb의 promoter 염기서열을 포함하는 clone이 가장 높은 luciferase 발현율을 나타내었다. 특히 EEG-704 유전자의 경우 BLAST를 이용한 유전자 비교 분석의 결과 누에의 열충격 단백질20.8 (BmHsp20.8) 과 동일한 것으로 밝혀졌으며, 정상 온도조건과 비교하였을 때 열충격을 가한 조건하에서 발현율이 증가하는 현상을 나타내었다. 특이적으로 발생단계에서 직 간접적으로 발현 조절이 가능한 이러한 promoter는 여러 유용 재조합 단백질 생산을 위한 형질전환 누에 개발 시 매우 유용할 것으로 생각된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권11호
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• pp.1662-1669
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• 2007

The high mobility group AT-hook1 (HMGA1) proteins are known to be related to the regulation of gene transcription, replication and promotion of metastatic progression in cancer cells. The loss of expression by disrupting the HMGA1 gene affects insulin signaling and causes diabetes in the mouse. Previously identified single nucleotide polymorphism (SNP) of HMGA1 was significantly associated with fat deposition traits in the pig. In this study, we identified 3,935 bp nucleotide sequences from exon 5 to exon 8 of the bovine HMGA1 gene and its mRNA expression was observed by quantitative real-time PCR. Six single nucleotide polymorphisms in the bovine HMGA1 gene were detected and the allele frequencies of these SNPs were investigated using the PCR-RFLP method in nine cattle breeds including Limousin, Simmental, Brown Swiss, Hereford, Angus, Charolais, Hanwoo, Brahman and Red Chittagong cattle. The map location showed that the bovine HMGA1 gene was also closely located with a previously identified meat quality QTL region indicating this gene is the most likely positional candidate for meat quality traits in cattle.

• 한국균학회지
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• 제43권1호
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• pp.71-76
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• 2015

수생식물 샘플은 낙동강과 금호강이 만나는 달성습지에서 자라풀을 채집하였다. 자라풀의 뿌리에서 내생균류를 분리하고 형태가 다른 균주를 관찰하여 최종적으로 16개 균주를 선발하였다. 내생균류의 배양여과액은 식물생장촉진활성 검정을 위하여 난장이벼에 처리하여 스크리닝하였으며, HD1008 균주가 식물생장촉진활성이 가장 높은 것으로 확인되었다. HD1008 균주의 배양여과액을 HPLC와 GC/MS-SIM을 이용하여 분석하였고, HD1008 균주가 식물호르몬인 지베렐린 $GA_1$ (1.2 ng/100 mL)과 $GA_4$ (5 ng/100 mL) 를 생산하는 것을 정량분석을 통하여 확인하였다. 또한, HD1008균주의 beta-tubulin 유전자 염기서열을 이용하여 동정에 이용하였으며, 분자적인 방법과 형태적인 방법으로 관찰하였을 때, 지베렐린을 생산하는 새로운 P. trzebinskii로 동정되었다.