• 식물분류학회지
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• 제45권2호
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• pp.158-168
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• 2015

한국산 물통이(Pilea)속 식물의 분자계통학적 연구를 통해서 총 1속 5분류군으로 정리하였다. 물통이속은 모두 1년생 초본으로, 그늘지고 습기가 있는 지역에서 서식하며, 여름에 꽃이 피고, 가을에 열매를 맺는다. nrDNA의 ITS regions과 cpDNA의 psbA-trnH regions의 DNA 염기서열의 분석 결과, 산물통이, 물통이는 분계조를 각각 형성하였다. 하지만 제주 산방산의 제주큰물통이는 내륙지역의 지리산에서 자생하는 제주큰물통이와 같은 분계조를 형성하지 못하고 큰물통이, 모시물통이와 섞여 분계조를 형성하였다. ITS1, 4 regions에서만 DNA 염기서열이 분석된 지리산의 제주큰물통이 역시 완전히 다른 분계조를 형성하였다. 단순히 지리적인 차이로 인해 형성되었다고 보기에 무리가 있을 것으로 생각되어지며, 후에 좀 더 많은 연구가 이루어져야 할 것으로 생각되어진다.

• Mycobiology
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• 제47권2호
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• pp.191-199
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• 2019

Most of lichens are formed by Ascomycota, less than 1% are lichenized Basidiomycota. The flora investigation of lichenized Ascomycota of South Korea has been well studied in the past three decades; however, prior to this study, none of basidiolichens was discovered. During the recent excursion, an unexpected clavarioid basidiolichen, Sulzbacheromyces sinensis was collected. Morphology and ecology has been recorded in detail. DNA was extracted, and ITS, 18S, 28S nuclear rDNA were generated. In order to further confirm the systematic position of the Korean specimens, maximum likelihood and Bayesian inference analysis including all the species of the order Lepidostromatales were conducted based on the ITS. As a result, the phylogenetic tree of the order Lepidostromatales was reconstructed, which differed from the previous studies. The inferred phylogenetic tree showed that species of Sulzbacheromyces in three different continents (Asia, South Africa and South America) were separated into three clades with support. In this study, the species worldwide distribution map of Lepidostromatales was illustrated, and S. sinensis had a widest distribution range (paleotropical extend to the Sino-Japanese) than other species (paleotropical or neotropical). Prior to this study, the range of distribution, southernmost and northernmost points and the fruiting time of S. sinensis were recorded, and the genus Sulzbacheromyces was firstly reported from Korean peninsula and Philippines.

• 한국균학회지
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• 제47권1호
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• pp.83-88
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• 2019

한국 학자들에 의해 머귀나무의 녹병균이 Coleosporium phellodendri로 보고되었으나, 추가적인 연구 없이 외국 학자들에 의해 이 녹병균이 C. zanthoxyli로 기록되었다. 한국에서 머귀나무 녹병균의 정체를 밝히기 위하여, 한국에서 채집되어 고려대학교 진균표본보관소에 보존된 8개 시료를 형태적으로 검경하고 대표적인 3개 시료의 internal transcribed spacer (ITS) 및 28S large subunit (LSU) rDNA 의 염기서열을 분석하였다. 그 결과, 한국의 머귀나무 녹병균은 형태적으로나 분자적으로 C. zanthoxyli로 동정하는 것이 옳다고 결정되었다. 따라서 이 연구를 통하여 머귀나무에 녹병균 C. zanthoxyli가 존재한다는 사실을 처음으로 보고한다.

• 생명과학회지
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• 제32권8호
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• pp.659-665
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• 2022

Chlorella vulgaris는 인간과 동물에서 주요한 식품의 원료로 이용되는 수 조류이다. 최근 클로렐라는 어류 양식, 생물연료 및 영양물질과 치료용 단백질의 생산을 위한 이용 가능성과 관련하여 많은 관심을 받고 있다. 최근 본 연구실에서는 빠른 성장, 배양의 용이성, 암 조건에서의 배양성을 특징으로 하는 새로운 C. vulgaris PKVL7422균주를 분리하였으나, 이 균주의 질소 이용에 관련된 유전자에 대하여는 보고된 바가 없다. 본 연구에서는 cDNA 말단의 신속 증폭과 genome walking을 이용하여 C. vulgaris PKVL7422의 질산환원 효소(nitrate reductase, NR)를 동정하였다. C. vulgaris PKVL7422 NR 유전자는 약 8 kb이며, 18개의 인트론과 877개의 아미노산을 암호화 하는 19개의 엑손으로 되어 있다. 기존의 알려진 NR 단백질과의 비교 분석 결과 C. vulgaris PKVL7422 NR 단백질은 식물의 NR에 존재하는 5개의 도메인과 다수의 비변이성 아미노산 잔기를 가지고 있는 것으로 확인되었으며, 이러한 결과는 조류 NR 유전자의 분자생물학적 구조에 대한 새로운 정보를 제공한다.

• Journal of Ecology and Environment
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• 제46권1호
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• pp.76-84
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• 2022

Background: Climate and livestock grazing are key agents in determining current Mongolian steppe vegetation communities. Together with plant coverage or biomass, palatability of steppe community is regarded as a useful indicator of grassland degradation, in particular, at grazing hotspots in arid and semi-arid grasslands. This study analyzed relationships between livestock grazing pressure and steppe vegetation palatability at three summer pastures with different aridity (dry, xeric, and mesic) and livestock numbers (1,100, 1,800, and 4,100 sheep units, respectively). At each site, it was surveyed coverage, biomass, and species composition of different palatability groups (i.e., palatable [P], impalatable [IP], and trampling-tolerant [TT]) along a 1-km transect from grazing hotspots (i.e., well) in every July from 2015 to 2018. Results: In results, total vegetation coverage increased with wetness, 7 times greater at mesic site than dry one in averages (33.1% vs. 4.5%); biomass was 3 times higher (47.1 g m^-2 vs. 15.7 g m^-2). Though P was the dominant palatability group, the importance of IP in total coverage increased with aridity from mesic (0.6%) to dry (40.2%) sites. Whereas, TT increased with livestock numbers across sites. Locally, IP was observed more frequently near the wells and its spatial range of occurrence becomes farther along the transects with aridity across sites from mesic (< 100 m) to dry (< 700 m from the well). Conclusions: Our results showed that the importance of IP and its spatial distribution are different at both local and regional scales, indicating that the palatability parameters are sensitive to discern balance between selective-grazing demand and climate-driven foraging supply in Mongolian rangelands.

• ALGAE
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• 제38권1호
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• pp.1-22
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• 2023

An enormous body of research is focused on finding ways to commercialize carotenoids produced by the unicellular green alga, Haematococcus, often without the benefit of a sound phylogenetic assessment. Evidence of cryptic diversity in the genus means that comparing results of pigment studies may be confounded by the absence of a phylogenetic framework. Moreover, previous work has identified unnamed strains that are likely candidates for species status. We reconstructed the phylogeny of an expanded sampling of Haematococcus isolates utilizing data from nuclear ribosomal markers (18S rRNA gene, 26S rRNA gene, internal transcribed spacer [ITS]-1, 5.8S rRNA gene, and ITS-2) and the rbcL gene. In addition, we gathered morphological, ultrastructural and pigment data from key isolates of Haematococcus. Our expanded data and taxon sampling support the concept of a new species, H. privus, found exclusively in North America. Despite overlap in numerous morphological traits, results indicate that ratios of protoplast length to width and akinete diameter may be useful for discriminating Haematococcus lineages. High growth rate and robust astaxanthin yield indicate that H. rubicundus (SAG 34-1c) is worthy of additional scrutiny as a pigment source. With the description of H. privus, the evidence supports the existence of at least five, species-level lineages in the genus. Our phylogenetic assessment provides the tools to frame future pigment investigations of Haematococcus in an updated evolutionary context. In addition, our investigation highlighted open questions regarding polyploidy and sexuality in Haematococcus which demonstrate that much remains to be discovered about this green flagellate.

• The Plant Pathology Journal
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• 제40권2호
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• pp.171-191
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• 2024

Identification of Helicotylenchus species is very challenging due to phenotypic plasticity and existence of cryptic species complexes. Recently, the use of rDNA barcodes has proven to be useful for identification of Helicotylenchus. Molecular markers are a quick diagnostic tool and are crucial for discriminating related species and resolving cryptic species complexes within this speciose genus. However, DNA barcoding is not an error-free approach. The public databases appear to be marred by incorrect sequences, arising from sequencing errors, mislabeling, and misidentifications. Herein, we provide a comprehensive analysis of the newly obtained, and published DNA sequences of Helicotylenchus, revealing the potential faults in the available DNA barcodes. A total of 97 sequences (25 nearly full-length 18S-rRNA, 12 partial 28S-rRNA, 16 partial internal transcribed spacer [ITS]-rRNA, and 44 partial cytochrome c oxidase subunit I [COI] gene sequences) were newly obtained in the present study. Phylogenetic relationships between species are given as inferred from the analyses of 103 sequences of 18S-rRNA, 469 sequences of 28S-rRNA, 183 sequences of ITS-rRNA, and 63 sequences of COI. Remarks on suggested corrections of published accessions in GenBank database are given. Additionally, COI gene sequences of H. dihystera, H. asiaticus and the contentious H. microlobus are provided herein for the first time. Similar to rDNA gene analyses, the COI sequences support the genetic distinctness and validity of H. microlobus. DNA barcodes from type material are needed for resolving the taxonomic status of the unresolved taxonomic groups within the genus.

• 생명과학회지
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• 제17권3호통권83호
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• pp.318-327
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• 2007

본 연구는 여수연안해역에서 채 집 한 보름달 둥근 물해파리를 대상으로 ITS 부위와 미토콘드리아 유전자 염기서열을 이용하여 계통유연관계를 보왔다. ITS 부위를 증폭시키 기 위하여 F5와 R5 primer, 미토콘드리아 COI 유전자 증폭을 위하여 LCO1490과 HCO2198 primer를 사용했다. 증폭은 ITS에서 267 bp, COI에서 643 bp로 나타났다. 한국산 물해파리와 미국 캘리포니아에서 채집한 Aurelia sp.가 유전적 거리가 가장 짧은 0.023을 보인 반면에, 한국산과 미국산, 스웨덴산 물해파리는 동일한 종이지만 유전적 거리가 0.393에서 0.395로 매우 먼 것으로 나타났다. COI유전자의 경우 한국산과 영국산, 터어키산, 스웨덴산, 미국산 물해파리의 유전적 거리 범위는 0.201에서 0.205로 나타났다. 그러나 한국산과 미국산의 bootstrap은 100% 자매군으로 보였다. COI 유전자에 대한 한국산과 미국산 2차 RNA folding 구조를 볼 때 동일한 에너지 하에서도 상이한 2차 folding을 보였다. 따라서 ITS1과 COI 유전자는 보름달 둥근 물해파리 개체군의 생물지리학적 분포 조사를 위하여 유용한 도구로 활용될 것으로 추측된다.

• 생명과학회지
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• 제19권3호
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• pp.311-316
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• 2009

갈조류 모자반과 Pelvetia속은 다세포 조류로 많은 해조류를 포함하고 있으며 북반구 태평양과 대서양에 분포되어 있다. Pelvetia속에 속하는 우리나라의 동종 및 근연한 같은 속내 종에 대해 유전자은행을 통해 밝혀진 ITS에 의한 서열을 이용하여 계통관계를 조사하였다. 한국의 P. babingtonii은 북미의 P. babingtonii AF102957과 유사한 핵산서열로 계통도 분석에서 같은 분지군을 형성하였다. 한국의 P. siliquosa은 역시 북미의 P. siliquosa AF102958과 유사한 핵산서열로 계통도 분석에서 같은 분지군을 형성하였다. Pelvetia 속 내 여러 종간은 결실이나 삽입에 의한 indel이 많은 반면 같은 종내 계통은 치환에 의한 차이가 현저하였다. 이 속은 NJ분석에서 크게 두 분지군으로 나뉘는데 한 그룹은 P. canaliculata와 P. limitata이며 나머지 그룹은 P. siliquosa, P. compressa, P. babingtonii을 포함하고 있었다. ITS 서열로 한국 내 분류군과 북미 간 분류군이 잘 구분되었다. MP 분석에서도 높은 지지도로 잘 구분되었다. 따라서 ITS 서열로 종 동정에 이용할 수 있었으며, 종의 보전이나 생식질 보전에 기초로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국균학회지
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• 제27권3호통권90호
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• pp.191-197
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• 1999

The phylogenetic position of Gliocladium and its related taxa were investigated, using the neighbor-joining method of the sequences from internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) and 5.8S ribosomal DNA (rDNA). It was focused especially on the generic concept by comparing with the related genera such as Trichoderma, Hypocrea, Verticillium, Penicillium and Talaromyces. Gliocladium species and its related genus were divided into three groups by the phylogenetic analysis using the neighbor-joining method. The first group includes Penicillium-like strains such as Penicillium, Tararomyces, Verticillium and one species of Gliocladium (G. cibotii JCM 9203 and JCM 9206). Especially, Gliocladium cibotii JCM 9203 is thought to be the similar species with Verticillium bulbillosum JCM 9214. Between these two species, Gliocladium cibotii and Verticillium bulbillosum, the intraspecies concept needs to examined with culture condition. and morphological properties. The second group includes two species Verticillium, Verticillium tricorpus and Verticillium albo-atrum which extracted from the GenBank database in NCBI (National Center for Biotechnology Information). Trichoderma-like strains, such as Trichoderma, Hypocrea and several species of Gliocladium are included in the third group. Also, Gliocladium penicillioides IFO 5869 and Gliocladium catenulatum ATCC 10523 formed the subgroup of Trichoderma-like strains. The species of Gliocladium were dispersed in Trichoderma-like and Penicillinum-like group, and only one species of Gliocladium cihotii used in our study was located in Penicillium-like genus group. The species of Verticillium appeared in all three groups and the species of Trichoderma formed the monophylogeny with Hypocrea (telemorph). Also, Gliocladium virens was grouped with Trichoderma harzianum with a high bootstrap value, supporting that Gliocladium virens is to be placed in Trichoderma. The results suggest that Gliocladium is polyphyletic, and is more Trichoderma-like than Penicillium-like.