• 한국산림과학회지
• /
• 제95권4호
• /
• pp.435-442
• /
• 2006

국내 소나무 19개 집단을 대상으로 cpSSR 표지자 분석을 통해서 관찰된 28개 변이체로부터 총 167개의 독특한 haplotype이 확인되었고, 동일한 haplotype을 보인 13개체가 10집단에 고르게 분포하였으며, 각 집단에서 관찰된 유효 haplotype의 수는 평균 13.37개로 나타났다. cpSSR haplotype의 집단내 다양도(He)는 0.987로 계산되어 기존의 임목을 대상으로 한 연구에서 보고된 수치와 유사하거나 약간 높은 수치를 보였다. 각 haplotype을 구성하고 있는 cpSSR 변이체를 대상으로 각 집단에서의 다양성(S.I.)을 계산한 결과 강원도 영월집단이 1.109로 계산되어 가장 높은 수치를 보였으며, 경북 문경집단이 0.411로 가장 낮은 수치를 보였다(평균 0.887), 관찰된 cpSSR 변이체들의 대부분이 19개 집단에 공통적으로 존재하는 것으로 나타났으며(97.62%), 집단간에 cpSSR 변이체 분화는 미약한 것으로 나타났는데(${\Phi}_{ST}=0.024$) cpSSR 표지자의 높은 돌연변이 발생빈도가 주요 원인인 것으로 추정된다. 반면에 비교 가능한 173개 집단 쌍 간에 동일한 haplotype이 전혀 존재하지 않는 집단 쌍이 39쌍으로 나타나 집단간의 유전적 유연관계에 대한 직접적인 비교가 불가능했으며, 따라서 분석된 19개 집단간에 유전적 교류가 자유롭게 일어나지 않는 것으로 나타났다. cpSSR 표지자 변이체의 분포양상과 기존의 I-SSR 표지자 변이체의 분포양상을 비교 고찰해 볼 때 국내 소나무 유전자원의 효율적인 관리를 위해서는 분석된 소나무 집단의 현재 위치 정보와 유전정보가 함께 고려되어야할 것으로 생각된다.

• 한국산림과학회지
• /
• 제87권3호
• /
• pp.422-428
• /
• 1998

구상나무 개체목으로부터 채취한 48개의 배유조직을 이용해서 PCR 방법에 의해 생성된 inter-simple sequence repeats(I-SSR) 표지자를 분석했다. 예비실험에서 6개의 배유조직을 이용해서 35개의 primer를 검색했으며, 그들 중에서 PCR 반응이 가장 잘되는 19개 primer를 선정해서 48개 배유조직을 이용한 본 실험에 사용했다. 카이자승 검정 결과, 19개 primer에 의해 증폭된 51개의 증폭산물이 5% 유의 수준에서 멘델의 분리비(1:1)에 따라 차대에 유전됨을 확인할 수 있었다. 멘델 유전자좌로 확인된 51개 표지자들의 게놈내 분포양상을 확인하기 위해서 연관분석을 수행한 결과, 51개 유전자좌들이 상호간에 서로 연관되어있지 않은 것으로 확인되어 이들이 전체 게놈상에 고르게 분포하고 있음을 확인할 수 있었다. 본 연구에서 관찰된 51개 유전자좌들이 게놈상에 고르게 분포하고 있다는 특성 때문에 게놈상의 특정부위에 편중되지 않은 유전정보를 얻을 수 있다는 장점이 있다. 즉, 기존의 RAPD 표지자들 중 상당수가 독립적인 연관군을 형성하는 것으로 알려져 있기 때문에 이들 연관군이 위치한 특정 부위의 DNA를 증폭하여 분석하는 RAPD 표지자에 비해서 I-SSR 표지자들이 유전 다양성을 추정하는데 더 유용한 표지자로 활용될 수 있을 것으로 생각되며, 이들 표지자들이 독립적인 진화의 과정을 겪을 것으로 기대되기 때문에 cladistic 방법에 의해 진화적 유연관계를 추정하는데 더 적합한 표지자로 생각된다.

• 한국산림과학회지
• /
• 제102권1호
• /
• pp.59-65
• /
• 2013

대추나무는 우리나라에서 중요한 과수이다. 이전의 대추나무의 분류는 형태적 특성에 근거하였다. 그러나 표현형적인 특성은 환경의 영향 받아 정확한 품종 식별에 문제가 있다. 반면에 DNA 표지자는 빠르고 정확하게 식물종을 식별할 수 있다. I-SSR은 DNA를 이용한 분자표지의 하나로 유전적 유연관계와 가까운 관계에 있는 품종들의 식별에 유용하다. 본 연구에서는 16개의 I-SSR primer를 이용하여 5종의 한국 대추나무 품종과 중국에서 도입된 1종의 대추나무 품종을 분석하였다. I-SSR 분석을 통하여 primer당 6.25개인 100개의 증폭산물을 얻었고, 그 중 45개의 증폭산물(45%)이 다형성을 나타냈다. Primer별로 증폭된 밴드의 수는 2개에서 13개였다. 다형성 유전자좌의 비율은 10%에서 100%였다. I-SSR 지문분석 결과 '보은대추'와 '대리대추'는 분자수준에서 품종 특이적인 식별 가능한 DNA 패턴들이 나타났다. 군집분석결과 유전적 유사도지수는 0.68~0.92로 나타났다. '보은대추'와 '대리대추'가 독립적인 그룹들로 유집되었으며, '월출대추', '금성대추', '무등대추' 그리고 '복조대추'가 한 그룹으로 합쳐졌다. 이상의 결과로, I-SSR 표지를 이용한 분석방법은 '복조대추'와 '보은대추' 품종의 식별에 활용될 수 있음이 확인되었다.

• 한국산림과학회지
• /
• 제90권2호
• /
• pp.169-175
• /
• 2001

6개지역에 식재된 은행나무 182개체의 잎으로부터 DNA를 추출하여 I-SSR과 RAPD 표지자를 분석하였다. 15개 I-SSR primer를 사용하여 PCR을 수행해서 227개의 증폭산물 변이체를 확인하였고, 5개 RAPD primer를 사용하여 67개의 증폭산물 변이체를 확인했다. 6개 집단에 있어서 집단내의 유전적 다양성 정도는 유사한 것으로 나타났다(Shannon's Index, I-SSR : 0.35~0.40; 평균 0.38, RAPD : 0.31~0.38; 평균 0.35, 통합 : 0.35~0.40; 평균 0.37). 3개의 자료(I-SSR 표지자, RAPD 표지자 및 통합 자료)로부터 평가된 유전적 다양성 정도의 등급은 상호간에 일치하지 않았다. 유전적 다양성의 대부분이 집단내 개체간에 존재하는 것으로 나타났으며(I-SSR : 94.31%, RAPD : 93.62%, 통합 : 93.57%), 결과로써 집단간 분화정도는 상당히 낮게 나타났다. 수나무와 암나무 그룹간의 유전적 분화정도는 매우 낮았으며(I-SSR : 0.03, RAPD : 0.091, 통합 : 0.043), 수나무와 암나무들 동시에 채집한 3개 지역만을 대상을 분석했을 경우에는 약간의 변동이 있었다(I-SSR : 0.038, RAPD : 0.084, 통합 : 0.047). UPGMA법을 이용해서 분석한 집단간의 유전적 유연관계는 지리적 거리와 일치하지 않았는데, 이는 몇몇 지역들이 종자 공급원을 공유하고 있기 때문일 것으로 추정된다. I-SSR과 RAPD data를 성별로 재편성해서 유집분석을 수행한 결과, 모든 수나무 집단들과 암나무 집단들이 각각 별개의 성별 분지군을 형성하는 양상을 보였으나, 2개의 data를 통합해서 유집 분석을 수행했을 경우에는 성에 따른 명백한 분지군이 형성되지 않았다.

• 원예과학기술지
• /
• 제32권1호
• /
• pp.84-90
• /
• 2014

우리나라에서 먹넌출은 안면도 지역에서만 소나무 숲에서 제한적으로 분포하는 덩굴성 식물이다. 본 연구는 먹넌출 집단의 분포형태와 특성, 유전다양성 및 공간분포에 따른 유전구조를 파악하는데 있다. 선발된 8개 I-SSR primer에서 총 50개의 I-SSR 증폭산물을 얻었으며 37개의 단형성 증폭산물을 제외한 13개의 다형적 증폭산물을 분석에 이용하였다. 공간적 자기상관 분석을 위한 조사구 $90m{\times}70m$내에 총 39개체의 먹넌출이 자생하고 있었으며, 군집지수(aggregation index)는 0.706으로 집중분포(clumped distribution)하는 공간분포를 나타냈다. I-SSR 표지자 분석 결과 39개체 중 유전자형이 서로 다른 21개의 유성생식체(genet)가 식별되었으며, 유전자형 비율(G/N)은 53.8%, 유전자형 다양성(D)은 0.966, 유전자형 균등도(E)는 0.946으로 각각 나타났다. Shannon의 다양성지수(I = 0.598)는 적은 개체수와 제한적 분포에도 불구하고 다른 수종들에 비해 비교적 높은 유전다양성을 나타냈다. Tanimoto distance를 이용한 공간적 자기상관 분석 결과 안면도 먹넌출의 현지외 보존을 위한 표본 추출 전략은 6m 이상의 간격을 두고 개체를 선발하는 것이 타당한 것으로 나타났다.

• 한국자원식물학회지
• /
• 제19권1호
• /
• pp.189-195
• /
• 2006

본 연구는 우리나라 특산수종이며 조경 및 원예적 가치가 높은 노각나무 유전변이를 조사하기 위해 6개 천연집단을 선발하여 DNA I-SSR 표지자를 사용, 유전다양성 및 유전구조를 조사하였다. 5개의 I-SSR primer(#813, 815, 818, 820, 823)에서 총 61개의 증폭산물을 관찰할 수 있었으며, 유전 다양성을 나타내는 P(Percentage of polymorphic loci)값과S.I.(Shannon's information Index)가 남쪽에 분포하는 오봉산(P=88.5%, S.I.=0.467), 금산(P=86.9%, S.I.=0.427), 바랑산(P=83.6%, S.I.=0.425)집단이 높았으며, 북쪽(내륙)에 분포하는 소백산(P=80.3%, S.I.=0.396), 지리산(P=77.1%, S.I.=0.368), 가야산(P=75.4%, S.I.=0.358)집단은 낮았다. 전체 유전변이 중 11.8%만이 집단간에 기인하는 것으로 나타났고, 나머지 88.2%는 집단내 개체간의 차이에서 기인하였다. 유전거리를 이용하여 UPGMA법에 의한 유집분석을 실시한 결과 지리적 분포에 대한 뚜렷한 경향은 나타나지 않았다.

• 한국산림과학회지
• /
• 제98권1호
• /
• pp.1-7
• /
• 2009

본 연구에서는 눈측백나무(Thuja koraiensis Nakai) 4개 천연집단을 대상으로 84개체를 선발한 뒤 다형성을 보인 29개의 I-SSR amplicons를 이용하여 유전변이를 조사하였다. 6개의 I-SSR primer로 유전다양성을 추정한 결과 평균 유효대립유전자의 수($A_e$)는 1.44개, 이형접합도의 기대치($H_e$)는 0.258, Shannon의 다양성 지수(S.I.)는 0.385로 크게 높지는 않은 것으로 추정되었다. 이를 다양한 표지자를 이용하여 측백나무과(Cupressaceae)에 속하는 지금까지 연구된 수종들과 비교하여보면 국내의 눈측백나무는 유사하거나 다소 높은 유전변이량을 보유하고 있는 것으로 나타났다. 조사된 4개의 집단을 대상으로 AMOVA를 수행한 결과 전체 유전변이 가운데 13%가 집단간 차이로부터 기인하는 것으로 나타났고, 나머지 87%는 집단내 개체간 차이로부터 기인한 것으로 나타났다. 유전적 거리에 의한 UPGMA 유집분석을 실시한 결과 지리적인 경향은 나타나지 않았다. 유전변이량이 가장 높은 장산집단과 유전적 조성에서 가장 이질적인 방태산집단이 보전 가치가 큰 것으로 판단된다.

• 한국산림과학회지
• /
• 제94권4호통권161호
• /
• pp.209-213
• /
• 2005

희귀수종 들쭉나무(Vaccinium uliginosum L.)의 유전자원 보존을 위한 분자유전학적 정보를 제공하고자 한라산 및 설악산 정상부에 국소적으로 분포하고 있는 2개 집단을 대상으로 I-SSR 표지자 분석을 수행하였다. 증폭된 I-SSR 산물은 총 68개였고, 유전다양성은 한라산 집단이 0.539로 설악산 집단(0.401) 보다 높았으며, 동일한 표지자로 분석된 타 희귀수종에 비해 상대적으로 높은 유전적 다양성을 보였다. AMOVA 분석 결과 전체 유전변이 중 66.5%가 각 집단 내 개체 간에 공통적으로 존재하며, 33.5%는 집단간 유전적 차이에 기인하는 것으로 추정되어 분석된 두 집단 간에 매우 높은 유전적 분화가 관찰되었다. 지리적으로 격리된 이들 집단 간의 높은 유전적 이질성은 두 집단이 각각 별개의 조상집단으로부터 유래되었을 가능성과 빙하기 이후 급격한 환경변화와 지리적 격리 등으로 인해 각 집단이 유전적 부동과정을 거치며 유전적 이질성이 증가하였을 가능성 등에 의해 설명될 수 있을 것으로 생각된다.

• 한국산림과학회지
• /
• 제89권2호
• /
• pp.167-172
• /
• 2000

국내 5개 지역에서 채집한 비자나무(Torreya nucifera Siev. et Zucc.) 95개체를 대상으로 I-SSR 표지자를 분석하였다. 총 62개의 I-SSR 증폭산물(增幅産物)이 관찰되었으며, 그 중 7개의 증폭산물(增幅産物)은 분석된 95개 개체에서 단형성(單形性)이었다. 관찰된 전체 I-SSR 증폭산물(增幅産物)을 통합(統合)하여 분석한 결과 개체목에 대한 DNA지방판별(指放判別)이 가능하였다. 대부분의 유전다양성(遺傳多樣性)이 임분(林分)내의 개체목 간에 존재하는 것으로 나타났고(90.65%), 전체 5개 임분(林分)에서 유사한 수준의 유전다양성(遺傳多樣性)을 보였다. 집단간의 유전적(遺傳的) 분화(分化)정도는 심하지 않았다(${\phi}_{ST}=9.35%$). UPGMA법에 의한 유집분석(類集分析) 결과 각 집단의 유전적(遺傳的) 유연관계(類緣關係)는 임분(林分)의 지리적(地理的) 분포양상(分布樣相)과 일치(一致)하지 않았으며, 각 교점(交點)의 형성(形成)에 있어서 통계적 유의성이 없었고 따라서 전체 집단들이 유전적(遺傳的)으로 크게 분화(分化)되지 않았음을 알 수 있었다.

• 한국산림과학회지
• /
• 제103권1호
• /
• pp.59-64
• /
• 2014

본 연구에서는 물황철나무(Populus koreana Rehder) 집단을 대상으로 I-SSR 표지자를 이용해 유전다양성과 유전적 공간구조를 분석하였다. 물황철나무는 중국, 러시아 극동지역과 북한의 고산 계곡부 등에 서식하는 낙엽활엽 교목이다. 물황철나무는 남한에서 강원도 일대에 제한적으로 분포한다. 특히 오대산 집단은 물황철나무의 남방한계지로서 유전자원보존의 중요성이 강조된다. 8개의 I-SSR primer로 유전다양성을 추정한 결과, Shannon의 다양성 지수(I)는 0.230, 이형접합도의 기대치(He)는 0.151로 유사한 생활사를 갖는 타 수종에 비해 유전다양성이 매우 낮게 나타났다. 유전적 군락을 확인하기 위해 공간적 자기상관성 분석을 수행한 결과, 조사 지역 내의 물황철나무 집단은 400 m 이내에서 유전적으로 유사한 군락구조를 갖고 있는 것으로 나타났다. 물황철나무 집단의 현지외 유전자 보존을 위한 표본추출 시, 개체 간 거리를 400 m 이상으로 두는 것이 효율적일 것으로 판단된다.