• 한국미생물·생명공학회지
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• 제47권2호
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• pp.278-288
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• 2019

In the present investigation, we attempted to design a protocol to develop a hybrid protein with better bioremediation capacity. Using in silico approaches, a Hybrid Open Reading Frame (Hybrid ORF) is developed targeting the genes of microorganisms known for degradation of organophosphates. Out of 21 genes identified through BLAST search, 8 structurally similar genes (opdA, opd, opaA, pte RO, pdeA, parC, mpd and phnE) involved in biodegradation were screened. Gene conservational analysis categorizes these organophosphates degrading 8 genes into 4 super families i.e., Metallo-dependent hydrolases, Lactamase B, MPP and TM_PBP2 superfamily. Hybrid protein structure was modeled using multi-template homology modeling (3S07_A; 99%, 1P9E_A; 98%, 2ZO9_B; 33%, 2DXL_A; 33%) by $Schr{\ddot{o}}dinger$ software suit version 10.4.018. Structural verification of protein models was done using Ramachandran plot, it was showing 96.0% residue in the favored region, which was verified using RAMPAGE. The phosphotriesterase protein was showing the highest structural similarity with hybrid protein having raw score 984. The 5 binding sites of hybrid protein were identified through binding site prediction. The docking study shows that hybrid protein potentially interacts with 10 different organophosphates. The study results indicate that the hybrid protein designed has the capability of degrading a wide range of organophosphate compounds.

• 자연과학논문집
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• 제9권1호
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• pp.25-29
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• 1997

Glucocorticoid에 의한 항염증 작용의 second messenger로 생각되어지는 annexin superfamily중 하나인 37 kDa의 단백질, lipocortin-1의 작용기작을 이해할 목적으로 in vivo에서 protein-protein interaction을 인식하는 yeast-based genetic assay인 yeast two assay를 통하여 lipocortin-1과 결합하는 단백질 유전자를 분리하여 조사하였다. 이 방법으로 실험을 수행한 결과 분리된 유전자가 human serine proteinase 유전자와 homology가 있는 것으로 밝혀졌다.

• 미생물학회지
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• 제55권3호
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• pp.199-205
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• 2019

Yeast two-hybrid는 특정 단백질에 대한 상호작용 파트너 단백질의 선별을 위한 방법으로 개발되었다. 하지만 대규모 단백질 상호작용체 분석을 수행하기에 요구되는 노동과 대량의 한천배지 사용에 따른 문제에 의해 널리 사용되지 못하고 있다. 따라서 본 연구에서는 새로운 리포터 시스템을 yeast two-hybrid 방법에 도입하여 fluorescence-activated cell sorting (FACS) 또는 magnetic-activated cell sorting (MACS)를 이용하여 상호작용 파트너 단백질을 포함하는 효모 클론을 손쉽게 선별할 수 있도록 하였다. 새로운 리포터 시스템은 c-myc 항원 결정기가 총 10번 반복되는 형태로 효모 표면에 발현되도록 하였으며, p53과 SV40 T항원을 이용한 실험을 통하여 리포터 단백질의 정상적인 발현을 flow cytometry 분석을 통하여 확인하였다. 따라서, 새로운 리포터 시스템을 도입한 yeast two-hybrid 방법은 대규모 상호작용체 분석을 위해 필요한 노력을 현저히 줄일 수 있을 것으로 기대한다.

• Journal of Microbiology
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• 제38권2호
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• pp.113-116
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• 2000

Escherichia coli F plasmid partition apparatus is composed of two trans-acting proteins (SopA and SopB) and one cis-acting DNA sequence (sopC). The SopB-sopC complex has been suggested to serve a centromere-like function through its interaction with chromosomally encoded proteins which remain to be identified. In this paper, we are introducing a new yeast 1.5-hybrid system which assembles the two-hybrid and one-hybrid system as a mean to find and additional component of the F plasmid partition system, interacting with DNA (sopC)-bound SopB protein. The results indicates that this system is a promising one, capable of selecting an interacting component.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제9권6호
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• pp.1795-1799
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• 2008

hnRNP K 단백질은 hnRNP 복합체를 구성하는 핵단백질들 중의 하나이며 시토신이 많은 RNA/DNA sequence에 잘 결합한다. 이 단백질은 핵 내에서만 머무르지 않고 핵과 세포질을 왕복하는 특징을 지니고 있다. hnRNP K의 기능을 조사하기 위하여 우선 hnRNP K와 상호 결합하는 세포내 단백질을 찾아내고자 하였다. 이를 위하여 본 연구에서는 이스트 two-hybrid 시스템을 사용하여 HeLa CDNA librar를 탐색하였다. 그 결과 얻은 클론들 중에는 사람의 hnRNP E1 (poly(rC) binding protein 1) cDNA (GenBank accession number XM_031585) 클론이 포함되어 있었다. 본 논문에서는 이스트 two-hybrid 시스템과 in vitro에서의 생화학적 실험을 통하여 hnRNP E1은 hnRNP K와 특이적으로 상호 결합한다는 것을 밝혔다.

• 한국잡초학회지
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• 제15권3호
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• pp.206-213
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• 1995

Glyphosate를 토마토의 동화산물 공급부위에 처리하였을 때, 제초제결합 단백질인 QB 단백질을 Escherichia coli 내에서 ${\alpha}$-galactosidase가 발현되기 위해 lac Z 유전자의 3' 말단에 cloning된 시금치 psb A 유전자에 의해 발현되는 hybrid 단백질에 대한 항체를 형성시킨 후 이것을 이용하여 immunoblotting을 실시하였다. G1yphosate는 thylakoid 막의 Photosystem II내에 있는 D1 단백질의 붕괴에 영향을 주었다. LHC II 복합체내의 D1 단백질의 기능 이상은 glyphosate 의 다면발현적 효과였다.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제40권1호
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• pp.27-32
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• 1998

One indigenous polyvoltine strain (Nistari) and two bivoltine strains viz. P5 and NB18 along with one bivoltine hybrid (P5$\times$NB18) were subjected for studies on the differences on some physiologically important biomolecules like protein, nucleic acids and cholesterol. Ovarian protein and RNA content remained significantly high in the bivoltine races and their hybrid over multivoltine breed, while, DNA and cholesterol content remained significantly low in all the breeds and the hybrid as compared to Nistari strain. However, the ovarian weight was higher in both the bivoltine breeds and their hybrid than that of Nistari. Higher ovarian weight together with more protein and RNA concentrations reflect the preparatory phase for production of diapausing eggs by the bivoltine silknoths and their hybrid. The variations in biochemical parameters studied herein, thus establish a distinct difference in the overt reproductive physioiogy between multivoltine and bivoltine silkworms.

• 자연과학논문집
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• 제10권1호
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• pp.27-32
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• 1998

HIV-1 gp41의 세포내 부분과 상호작용하는 단백질 유전자를 분리할 목적으로 yeast two hybrid system을 사용하여 검색하였다. 전체 $1.4 \times 10^6 colony를 검색하여 최종적으로 20개의 colony를 얻었다. 이들 colony로부터 분리된 유전자의 염기배열을 결정하여 본 결과, acidic ribosomal protein P0, beta tubulin, alpha catenin등의 세가지 종류임을 밝혔다. 이들은 yeast system 내에서 매우 특이적으로 gp41과 상호작용하고 있음을 알았다.

• 생명과학회지
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• 제23권11호
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• pp.1311-1316
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• 2013

hnRNP L은 pre-mRNA에 결합하는 단백질들 중에서 핵심이 되는 단백질이다. hnRNP L은 양이 아주 많은 핵 단백질로서 핵과 세포질을 왕복하는 특성을 지니고 있다. 이 단백질은 염색질 변형(chromatin modification), pre-mRNA 스플라이싱, 인트론이 없는 유전자들에서 유래한 mRNA들의 세포질로의 반출(export), IRES-매개성 번역, mRNA의 안정성 조절, 정자형성과정 등, 세포 내의 여러 가지 과정에 관여하고 있는 것으로 알려져 있다. 이 논문에서는 hnRNP L과 결합하는 세포 내 단백질을 찾아내기 위하여 사람의 간세포 cDNA library를 사용하여 이스트 two-hybrid 탐색 실험을 수행하였다. 그 결과 사람의 간세포에서 IGFBP-4가 hnRNP L과 상호결합하는 새로운 파트너라는 것을 발견하였다. 본 연구를 통하여 hnRNP L이 이스트 two-hybrid 시스템에서 IGFBP-4와 특이적으로 상호 결합한다는 것을 처음으로 발견하였다. 본 연구에서는 또한 이스트 two-hybrid 시스템에서 hnRNP L이 IGFBP-4와 상호결합한다는 점을 in vitro pull-down 실험을 통하여 재확인하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제36권2호
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• pp.149-157
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• 2008

Many proteins consist of distinctive domains that can act independently or cooperatively to achieve a unique function. As these domains evolve from a naturally existing repertoire of functional domains, this implies that domain organization is an intrinsic element involved in building the complex structure and function of proteins. Thus, identifying functional domains would appear to be critical to the elucidation of questions related to protein evolution, folding, and the engineering of hybrid proteins for tai- lored applications. However, the simple application of "Lego-like assembly" to the engineering of hybrid proteins is an oversimplification, as many hybrid constructs lack structural stability, usually due to unfavorable domain contacts. Thus, directed evolution, along with computational studies, may help to engineer hybrid proteins with improved physico-chemical properties. Accordingly, this paper introduces several approaches to functional hybrid protein engineering that potentially can be used to create modulators of gene transcription and cell signaling, and novel biosensors to analyze biological functions in vivo.