• 대한약학회:학술대회논문집
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• 대한약학회 2003년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2-2
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• pp.244.2-244.2
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• 2003

The objective of this study was to characterize the absorption and pharmacokinetic disposition of novel cyclic tetrapeptide, apicidin, in rats. Apicidin was administered to SD rats by i.v. bolus injection (1,2 or 4 mg/kg) and oral gavages (10 mg/kg). Serum levels of apicidin were monitored by LC/MS over 8 hours following each administration. Upon i.v. injection, serum levels of apicidin were best fit by a multi-exponential equation. The t$\frac{1}{2}$. Cl$\sub$s/ and V$\sub$ss/ ranged from 0.9-1.1 hr, 52.8-56.5 ml/min/kg, and 2.6-2.7 L/kg, respectively. (omitted)

• 대한약학회:학술대회논문집
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• 대한약학회 2002년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2
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• pp.323.1-323.1
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• 2002

Apicidin ［cyclo(N-O-methyl-l -tryptophanyl-L -isoleucinyl-D-pipecolinyl-L-2-amino-8-oxodecano y)］. a histone deacetylase inhibitor. has been shown to cause growth arrest and morphological change of cancer cells. resulting from the alternation of protein expression. such as p21WAF1/Cip1 and gelsolin. However. proteome of altered by apicidin are poorly studied. In this study. we used a functional proteornics approach to identify the proteome altered by apicidin in Hela cells at 24hr post-treatment. (omitted)

• 한국응용약물학회:학술대회논문집
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• 한국응용약물학회 2003년도 Annual Meeting of KSAP : International Symposium on Pharmaceutical and Biomedical Sciences on Obesity
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• pp.91-91
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• 2003

We have studied the mechanism of action of TCDD on CYP1A1 promoter activity in both Hepa I and MCF-7 cells using transient transfection system with plAl-Luc reporter gene. When HDAC inhibitors, such as trichostatin A, HC toxin and a novel HDAC inhibitor, IN2001 were cotreated with TCDD to the cells transfected with plAl-Luc reporter gene, the basal promoter activity of CYP1A1 was increased by HDAC inhibitors. Also, in MCF-7 human breast cancer cells, HDAC inhibitors, such as IN2001 and trichostatin A increased the basal activity of CYP1A1 promoter but TCDD stimulated CYP1A1 promoter activity was not changed by HDAC inhibitors. And, in stably-transfected Hepa I cells with plAl-Luc, HDAC inhibitors increased the basal promoter activity only.

• Biodesign
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• 제7권1호
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• pp.24-27
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• 2019

Pnc1 converts nicotinamide to nicotinic acid to generate NAD⁺ through the Preiss-Handler pathway that is one of the NAD⁺-salvage pathway. By reducing levels of nicotinamide, an inhibitor of the NAD⁺-dependent histone deacetylase Sir2, yeast Pnc1 contributes gene silencing. In this study, to understand the structural features and molecular mechanism of nicotinamidase Pnc1, we overexpressed, purified, and crystallized the N-terminally His₆-tagged Pnc1 protein from Kluyveromyces lactis and obtained X-ray diffraction data at a resolution of 2.2 Å. The crystals of the K. lactis Pnc1 (KlPnc1) belonged to space group P2₁2₁2₁ with unit cell parameters a=38.5, b=77.3, c=83.3, and α=β=γ= 90°. There is one molecule in the asymmetric unit.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제20권2호
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• pp.70-74
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• 2023

CCCTC-binding factor (CTCF) is a transcriptional regulator that binds to a complex DNA motif in various orientations and plays a crucial role in regulating gene expression, chromatin restructuring, and developmental processes. Mutations in the CTCF are associated with neurodevelopmental disorders. Here we report the first Korean case with a de novo heterozygous variant in the CTCF (c.1025G>A; p.Arg342His). She showed global developmental delay, failure to thrive, and dysmorphic face, which are phenotypes consistent with previous reports in the autosomal dominant intellectual developmental disorder 21 (MIM 615502). She also showed clinical features not previously reported, such as antral web and tracheobronchomalacia. Our case follows suit and expands understanding of this rare disorder by reporting common features and, on the other hand, unreported concomitant congenital anomalies.

• BMB Reports
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• 제56권12호
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• pp.633-644
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• 2023

Epigenetic mechanisms, primarily mediated through histone and DNA modifications, play a pivotal role in orchestrating the functional identity of a cell and its response to environmental cues. Similarly, the spatial arrangement of chromatin within the three-dimensional (3D) nucleus has been recognized as a significant factor influencing genomic function. Investigating the relationship between epigenetic regulation and 3D chromatin structure has revealed correlation and causality between these processes, from the global alignment of average chromatin structure with chromatin marks to the nuanced correlations at smaller scales. This review aims to dissect the biological significance and the interplay between the epigenome and 3D chromatin structure, while also exploring the underlying molecular mechanisms. By synthesizing insights from both experimental and modeling perspectives, we seek to provide a comprehensive understanding of cellular functions.

• Applied Biological Chemistry
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• 제23권1호
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• pp.23-30
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• 1980

분리된 간세포핵을 $[{\gamma}-32P]$ ATP와 5분간 $37^{\circ}C$ 에서 배양한 뒤 Chromatin 단백질의 32P labelling을 관찰했다. 32P labelling의 pattern을 48시간 단식상태 및 48시간 굶긴 쥐에게 탄수화물 농도가 높은 먹이를 준 다음 12시간 경과한 쥐와 streptozotocin으로 당뇨병을 유발시킨 쥐에 인슈린을 투여한 뒤 6시간 경과한 쥐의 세포핵으로부터 추출한 핵단백질을 sodium dodecyl sulfate 전기영동으로 조사하였다. 48시간 굶은 쥐의 간세포핵의 경우에서는 0.14M NaCl에 용해하는 단백질의 인산화 수준은 정상적으로 먹이를 준 쥐에 비하여 분자량이 $41,000{\sim}200,000$ daltons 사이의 단백질에서는 감소되었다. 48시간 굶긴 쥐에서 본 인산화 감소를 12시간 내에 역전시켜 정상적으로 먹이를 준 쥐에서 관찰한 인산화 수준에까지 끌어 올렸다. 폐놀용해성 핵단백질의 인산화 수준은 분자량이 59,000 daltons보다 큰 5단백질에서 48시간 굶긴 쥐에서 정상적으로 먹이를 준 쥐의 결과와 비교하였을 때 낮았다. 아울러 단식은 히스톤의 인산화도 감소되었다. Streptozotocin으로 당뇨병을 유발시킨 쥐에게 인슈린 주사를 준 다음 6시간 경과한 쥐의 인산화 수준은 0.14M NaCl 용해성 핵단백질중 분자량이 130,000 daltons 단백질과 페놀용해성 단백질의 경우에는 155,000 daltons 단백질에서 인슈린을 주지 않은 당뇨병을 가진 쥐와 비교하였을 때 증가를 보였다. 그러나 히스톤의 인산화 수준에는 큰 변화가 나타나지 않았다. 여기에 나타난 실험결과가 0,14M NaCl 용해성 핵단백질과 $H_1$ 히스톤의 인산화와 탈인산화가 다른 핵단백질에 선행해서 일어난다는 가능성을 시사해 주고 있다. 그리고 인슈린 신호가 핵단백질의 인산화와 관련이 있는 반면 그루카곤(glucagon)은 핵단백질의 탈인산화와 상관관계가 있음은 매우 흥미있는 사실이다.

• 대한핵의학회지
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• 제38권1호
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• pp.99-108
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• 2004

목적: 생체 내로 이식한 신경 줄기 세포의 이동과 증식을 비침습적으로 추적하는 것은 기초와 임상에서 중요한 것으로 알려져 있다. 신경줄기 세포주(F3)를 생체내로 이식 후, 비침습적으로 추적하기 위해 사람의 hNIS 유전자를 F3 세포에 안정적으로 형질 도입하여 세포 배양 시간 및 조건에 따른 F3-NIS 세포 내에서 hNIS 유전자의 발현 변화를 알아보았다. 방법: HB1.F3는 태아 종뇌에서 신경 줄기 세포를 분리한 후 v-myc유전자로 불멸화한 신경줄기 세포주이다. CMV 프로모터 조절 받도록 hNIS와 하이그로마이신 저항 유전자를 IRES(internal ribosomal entry site)를 이용하여 재조합하였다(pIRES-NIS/Hyg). pIRES-NIS/Hyg를 리포좀을 이용하여 HB1.F3 세포를 형질전환 하였다. 탈메틸화시약(5-Azacytidine)와 히스톤탈아실화효소저해제(trichostatin; TSA)을 세포주에 24시간 처리한 후, hNIS 발현을 I-125 섭취율과 역전사효소 중합효소연쇄반응(RT-PCR)으고 측정하였다. 결과: pIRES-NIS/Hyg 재조합 유전자를 HB1.F3에 형질도입 후, 2주 동안 하이그로마이신 B를 처리해 hNIS 유전자를 안정적으로 발현하는 HB1.F3 세포를 얻었다(F3-NIS III). I-125 섭취율은 HB1.F3에 비해 F3-NIS가 12.9배 높았으며, $KClO_4$를 처리 했을 때 F3-NIS의 I-125 섭취가 완전히 저해되었다. F3-NIS를 계대 배양하면 hNIS 유전자의 발현이 1.9배 까지 서서히 감소하였다. 5-Azacytidine과 TSA를 F3-NIS에 24시간 처리한 결과, I-125 섭취율이 5-Azacytidine과 TSA 농도에 따라 증가되었다. 또한 같은 방법으로 F3-NIS 세포에 5-Azacytidine과 TSA를 처리한 후 hNIS 프라이머로 RT-PCR을 수행한 결과 hNIS mRNA가 농도에 따라 증가 되었다. 결론: hNIS 유전자 이입된 F3 세포는 계대 배양하는 동안 생물학적인 특성이 변화되는 것으로 관찰되었으며, 이는 줄기 세포에 이입된 외래 유전자의 발현이 DNA 탈메틸화나 히스혼아세틸화를 통한 에피지네틱 조율 때문이라고 생각한다.

• 생명과학회지
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• 제29권9호
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• pp.1002-1009
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• 2019

생애 초기 유해 경험은 우울증의 위험성을 높이며, 성인기 스트레스의 민감성에 영향을 미칠 수 있다. 출생 후 모성 분리(MS)로 인한 성인기 스트레스(장기간 예측 불가능한 스트레스; CUS)의 취약성에 p11 유전자의 후성유전기전이 영향을 미치는 지를 확인하였다. 출생 직후부터 21일 동안 하루 3시간 동안 새끼 생쥐를 어미 생쥐로부터 분리시켜 새끼 생쥐가 성체가 되었을 때 CUS를 3주 동안 매일 적용하였다. Real time PCR기법으로 해마의 p11 발현 양을 측정하였고, 염색질 면역 침전 분석법으로 p11 promoter의 히스톤 H3 아세틸화 및 메틸화 양을 측정하였다. 강제수영검사에서 우울 유사 행동을 측정하였다. MS군 및 CUS군은 p11 mRNA 발현 양을 유의하게 감소시켰으며, MS+CUS군은 CUS군에 비해 p11 발현 양을 유의하게 증가시켰다. 또한 MS+CUS군은 CUS군에 비해 H3 아세틸화를 감소시켰다. 이러한 감소는 HDAC5 mRNA 발현 증가와 일치하였다. MS+CUS군은 CUS군에 비해 H3K4 메틸화를 감소시켰으며, H3K27 메틸화를 증가시켰다. 강제수영검사에서 p11 발현이 가장 많이 감소된 MS+CUS군이 대조군에 비해 더 긴 부동 시간을 나타내었다. 출생 후 모성 분리를 경험하고 성체 기간에 스트레스를 함께 받은 생쥐는 성체기간에만 스트레스를 받은 생쥐보다 훨씬 더 큰 후성유전 변화를 보여주었다. 생애 초기 유해 경험은 해마에서 p11 유전자의 히스톤 변형을 통해 성체 스트레스 효과를 더 악화시키는 것으로 생각된다.

• Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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• 제30권3호
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• pp.302-309
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• 2008

DNA 메틸화는 histone modification과 함께 DNA의 염기서열이 유지되면서 유전기능이 변화되고 자손까지 전달 될 수 있는 후생 유전의 중요한 한 부분이다. DNA 메틸화는 크로마틴의 구조를 변경시키는 과정을 통하여 유전자와 repetitive sequence의 표현을 억제시킬 수 있다. DNA 메틸화는 X-불활성화, 유전체 각인, 유전자 발현조절, 암 생성 등에 중요한 역할을 하는 것으로 밝혀졌고, DNA 메틸화 표지자 (DNA methylation marker)들은 종양의 진단과 치료에 대한 반응을 예측하는 지표로 활용되고 있다. 지금까지 많은 연구 성과에도 불구하고 DNA메틸화, 메틸화에 의한 gene silencing, DNA 메틸화의 표적부위 등에 대한 명확한 기전이 아직도 밝혀지지 않고 있어 향후 더 많은 기초적 연구가 필요할 것이다. 최근에는 후생 유전적 변화는 가역적이기 때문에 종양억제유전자를 억압하는 후생 유전적 변화를 제거한다면 그 종양억제유전자를 다시 활성화시킬 수 있다는 개념의 후생유전 치료법 연구로 DNA 메틸화 억제제와 histone deacetyaltion에 관여하는 HDAC의 억제제들이 항암제로서 개발되어 사용되고 있는데 향후 더 많은 약제 개발과 임상적 연구가 진행되어야 할 것이다.