• Genomics & Informatics
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• 제18권4호
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• pp.42.1-42.9
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• 2020

Chromatin immunoprecipitation coupled with high-throughput DNA sequencing (ChIP-Seq) is a powerful technology to profile the location of proteins of interest on a whole-genome scale. To identify the enrichment location of proteins, many programs and algorithms have been proposed. However, none of the commonly used peak calling programs could accurately explain the binding features of target proteins detected by ChIP-Seq. Here, publicly available data on 12 histone modifications, including H3K4ac/me1/me2/me3, H3K9ac/me3, H3K27ac/me3, H3K36me3, H3K56ac, and H3K79me1/me2, generated from a human embryonic stem cell line (H1), were profiled with five peak callers (CisGenome, MACS1, MACS2, PeakSeq, and SISSRs). The performance of the peak calling programs was compared in terms of reproducibility between replicates, examination of enriched regions to variable sequencing depths, the specificity-to-noise signal, and sensitivity of peak prediction. There were no major differences among peak callers when analyzing point source histone modifications. The peak calling results from histone modifications with low fidelity, such as H3K4ac, H3K56ac, and H3K79me1/me2, showed low performance in all parameters, which indicates that their peak positions might not be located accurately. Our comparative results could provide a helpful guide to choose a suitable peak calling program for specific histone modifications.

• 농업과학연구
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• 제24권1호
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• pp.11-15
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• 1997

태안해안(泰安海岸) 국립공원(國立公園) 지역의 곰솔나무림의 생태적인 특징을 밝히기 위하여 1996년 7월부터 9월 사이에 $relev{\acute{e}}$ method에 의하여 33개소를 선정하고 $10m{\times}10m$의 방형구를 설치하여 분석한 결과는 다음과 같다. 1 본 지역에서 중요치(重要値)가 높은 종(種)은 곰솔, 떡갈나무, 아까시나무, 굴피나무, 소사나무, 자귀나무, 중공솔, 졸참나무 등(等)의 순(順)이다. 2. 곰솔의 재적 성장률은 0.6%~10.5%로 평균 3.8%이었다. 3 토양의 화학적 특성은 pH는 4.8~6.3, 유기물함량은 1.51~11.79%, 유효인산은 2.5~14.5ppm, 치환성 Ca, Mg, K는 각각 1.3~6.6, 0.4~2.6, 0.23~1.89(me/100g)이다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제63권5호
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• pp.984-997
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• 2021

This study sought to evaluate DNA damage and repair in porcine postovulatory aged oocytes. The DNA damage response, which was assessed by H2A.X expression, increased in porcine aged oocytes over time. However, the aged oocytes exhibited a significant decrease in the expression of RAD51, which reflects the DNA damage repair capacity. Further experiments suggested that the DNA repair ability was suppressed by the downregulation of genes involved in the homologous recombination (HR) and nonhomologous end-joining (NHEJ) pathways. The expression levels of the cell cycle checkpoint genes, CHEK1 and CHEK2, were upregulated in porcine aged oocytes in response to induced DNA damage. Immunofluorescence results revealed that the expression level of H3K79me2 was significantly lower in porcine aged oocytes than in control oocytes. In addition, embryo quality was significantly reduced in aged oocytes, as assessed by measuring the cell proliferation capacity. Our results provide evidence that DNA damage is increased and the DNA repair ability is suppressed in porcine aged oocytes. These findings increase our understanding of the events that occur during postovulatory oocyte aging.

• 한국수정란이식학회지
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• 제20권2호
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• pp.137-145
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• 2005

본 연구는 NCSU-23과 PZM-3 배양액에 EGF, $\beta-ME$와 glucose의 첨가가 돼지 난자의 체외성숙에 미치는 영향과, 배양조건을 다르게 하여 계대배양한 섬유아세포를 이용한 핵이식 배를 다른 배양액과 산소조건에서 배양하였을 때 체외발생율에 미치는 영향을 조사하였다. 난자를 20ng/ml EGF를 첨가 또는 첨가하지 않은 NCSU-23 및 PZM-3 배양액에서 44시간 배양하였을 때 난자의 체외성숙율은 각각 $85.7\pm3.1\%,\;75.2\pm2.8\%,\;87.1\pm2.4\%$와 $78.2\pm2.6\%$였으며 EGF를 첨가한 배양액에서 배양한 난자의 체외성숙율은 EGF를 첨가하지 않은 배양액에서 배양했을 때의 난자보다 높은 체외성숙율을 나타냈다(p<0.05). 난자를 $25{\mu}M\;\beta-ME$를 첨가 또는 첨가하지 않은 NCSU-23 및 PZM-3 배양액에서 44시간 배양하였을 때 난자의 체외성숙율은 각각 $79.5\pm2.6\%,\;74.7\pm2.5\%,\;80.2\pm2.3\%,\;78.6\pm2.7\%$였고 $\beta-ME$를 첨 가한 PZM-3 배양액에서 배양한 난자의 체외성숙율이 가장 높게 나타났다. 난자를 1.5mM glucose를 첨가 또는 첨가하지 않은 NCSU-23 및 PZM-3 배양액에서 44시간 배양하였을 때 난자의 체외성숙율은 각각 $79.2\pm2.3\%,\;75.0\pm2.6\%,\;85.5\pm2.5\%$와 $78.9\pm2.7\%$였고, glucose를 첨가한 PZM-3 배양액에서 배양한 난자의 체외성숙율은 glucose를 첨가하지 않은 PZM-3 배양액에서 배양한 난자보다 높은 체외성숙율을 나타냈다(p<0.05). 핵이식 배를 20ng/m1 EGF, $25{\mu}M\;\beta-ME$ 및 1.5mM glucose를 첨가한 NCSU-23 및 PZM-3 배양액에서 48시간, 144시간 배양하였을 때 2세포기 및 배반포로의 체외발생율은 각각 $56.4\pm2.7\%,\;54.3\pm2.9\%,\;70.5\pm2.1\%,\; 69.6\pm1.5\%$ 및 $12.0\pm1.3\%,\;9.6\pml.7\%,\;10.9\pm2.1\%,\;11.9\pm1.8\%$였다.

• 한국토양비료학회지
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• 제6권4호
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• pp.205-211
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• 1973

화강암(花崗岩), 화강섬녹암(花崗閃綠岩), 섬녹암(閃綠岩), Arkose 질사암(質砂岩) 및 Tertiary 혈암(頁岩)등에 유래(由來)된 사과원(園) 11개처(個處)에서 층위별(層位別)로 토양(土壤)을 채취(採取)하여 그 리화학적성질(理化學的性質)을 조사한 결과(結果)는 다음과 같다. 1. 일반적(一般的)으로 토성(土性)은 사질(砂質)이고 pH($H_2O$)는 4.35~6.75로서 약산성(弱酸性) 내지(乃至) 중성(中性)이고, 표토(表土)의 부식함량(腐植含量)은 1.14~5.58%, 질소(窒素)는 0.065~0.209%이나 하층(下層)으로 내려갈수록 감소(減少)하고 있다. 2. 표토(表土)의 치환성염기함량(置換性鹽基含量)은 4.89~17.81me/100g로서 비교적(比較的) 적고(Ca>Mg>K>Na). 염기치환용량(鹽基置換容量)은 7.74~21.72me/100g 범위(範圍)이며 염기포화도(鹽基飽和度)는 22.52~94.62% 범위이다. 3. 표토(表土)의 인산(燐酸)은 35.5mg/100g 이하(以下)로서 매우 적고, 가리(加里)(79.2~7.2mg/100g), 유효태동 (有效態銅 )(1.0~16.9ppm), 수용성붕소(水溶性硼素)(0.18~0.72ppm) 등은 표토(表土)에 많고 하층(下層)으로 내려갈수록 감소(減少)되었으며 망간은 pH 에 따라 그 함량(含量)의 차이(差異)를 볼 수 있었든바 pH 4~6에서는 수용성(水溶性)망간이 0.42~17.8ppm. 치환성(置換性)망간이 9.82~66.83ppm이나 PH 6이상(以上) 되는 곳에서는 수용성(水溶性)망간이 0.70ppm 이하(以下), 그리고 치환성(置換性)망간이 22.25ppm 이하(以下)로서 현저히 적었다.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제24권3호
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• pp.431-439
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• 2017

생맥산 원료인 맥문동, 오미자 및 인삼의 최적 혼합비율을 설정하고자 맥문동, 오미자 및 인삼 혼합추출물을 제조하여 이화학적 특성 및 생리활성을 조사하였다. 맥문동, 오미자 및 인삼 혼합추출물의 추출수율은 25.33-33.87%이었으며, 총 폴리페놀 및 총 플라보노이드 함량은 오미자의 혼합비율이 높은 추출물(ME1)에서 각각 1.01 g/100 g 및 0.07 g/100 g으로 가장 높은 값을 나타내었고, 총 당 함량은 맥문동의 혼합비율이 높은 추출물(MEC)에서 22.83 g/100 g으로 가장 높은 값을 나타내었다. DPPH radical 및 ABTS radical 소거활성은 ME1 추출물에서 각각 26.79% 및 21.09%로 가장 우수한 radical 소거활성을 나타내었으며, superoxide radical 소거활성 및 FRAP 활성 또한 ME1 추출물에서 각각 67.83% 및 $295.47{\mu}M$로 가장 우수한 항산화 활성을 나타내었다. 맥문동, 오미자 및 인삼 혼합추출물의 생리활성을 확인한 결과, $H_2O_2$에 의해 산화적 손상된 폐상 피세포인 L-132 세포의 생존율은 51.43%를 나타낸 반면 ME1 추출물($1,000{\mu}g/mL$)은 81.22%로 가장 높은 세포보호 효과를 나타내었다. LPS로 자극을 유도한 대식세포주인 RAW264.7 세포는 인삼의 혼합비율이 높은 ME2 추출물($1,000{\mu}g/mL$)은 $7.48{\mu}M$로 가장 적은 nitric oxide 생성량을 나타내어 nitric oxide 생성을 억제하였다. 따라서 본 연구에서는 동의보감 및 일반적으로 많이 이용하고 있는 MEC 추출물보다 ME1 및 ME2 추출물에서 항산화 활성 및 면역조절능이 우수함을 확인하여, 새로운 생맥산 혼합비율을 이용한 항산화 활성 및 면역조절용 기능성 식품 소재 개발이 가능할 것으로 사료된다.

• Nuclear Engineering and Technology
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• 제38권5호
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• pp.405-410
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• 2006

Microstructural features and their related mechanical property changes in the 309L cladding and the heat affected zone (HAZ) of SA508 cl.3 steel were investigated through the use of TEM, tensile and small punch (SP) tests. The specimens were irradiated at 563 K up to the neutron fluences of $5.79{\times}10^{19}n/cm^2$ (>1MeV). The microstructure of the clad was mainly composed of a fcc ${\gamma}-phase$, a low percentage of bcc ${\delta}-ferrite$, and a brittle ${\sigma}-phase$. Along the weld fusion line there formed a heavy carbide precipitation with a width of $20{\sim}40{\mu}m$, showing preferential cracking during plastic deformation. The yield stress and ductile-to-brittle transition temperature (DBTT) of the irradiated clads increased. The origin of the hardening and the shift of the DBTT are discussed in terms of the irradiation-produced defect clusters of a fine size and brittle ${\sigma}-phase$.

• Applied Biological Chemistry
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• 제15권2호
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• pp.169-173
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• 1972

한국산(韓國産) 유자(柚子)의 지역별산물(地域別産物) 5종(種)에 대(對)하여 일반성분(一般成分)과 총산(總酸) 및 무기성분(無機成分)을 분석(分析)하여 부위별(部位別)로 함유량(含有量)을 조사검토(調査檢討)하였고 유자원토양(柚子園土壤)의 이화학적성질(理化學的性質)을 분석(分析)하여 토성(土性)을 조사(調査)하고 pH 및 유기물(有機物)을 비롯하여 몇 가지 성분(成分)을 분석비교(分析比較)하여 다음과 같은 결과(結果)를 얻었다. 1. 과피(果皮)와 과육(果肉)의 구성비율(構成比率)은 과피(果皮)가 49%로서 전과(全果)의 약(約) 반량(半量)을 점유(占有)하고 있으며 일반적(一般的)으로 타감귤류(他柑橘類)에 비(比)하여 과피율(果皮率)이 크다고 볼 수 있다. 2 총산(總酸)의 함유량(含有量)은 평균(平均) 과피(果皮)가29.29me, 과육(果肉)이 39.79me로서 과육(果肉)에 더 많이 함유(含有)되어 있다. 3. 과피(果皮), 과육중(果肉中)의 무기성분(無機成分)은 양자(兩者)가 다음과 같은 순위(順位)로 함유(含有)되어 있다. $CaO>K_2O>MgO>P_2O_5>SO_4$ 4. MgO와 $SO_4$ 함유량(含有量)이 많은 것은 조단백질(粗蛋白質)과 조지방(粗脂肪)의 양(量)이 많이 함유(含有)되어 있음을 알 수 있다. 5. 과피형성(果皮形成)에 토양중(土壤中) 가리량(加里量)이 크게 영향(影響)을 미친다는 것은 감귤(柑橘)에 뿐 아니라 유자(柚子)에도 해당(該當)됨을 확인(確認)하였다. 6. 유자(柚子)가 생육(生育)할 수 있는 조건(條件)은 여러 가지 환경조건(環境條件)에 따라 영향(影響)을 받으나 그 중(中) 토양(土壤)에 관(關)하여는 식양토(埴壤土)가 가장 적당(適當)함을 알았다. 7. 토양(土壤)의 pH는 범위(範圍)가 일정(一定)한 것이 아니나 분석결과(分析結果) $pH\;5.05{\sim}7.2$의 범위(範圍)로 대체(大體)로 미산성(微酸性)이었다. 8. 토양중(土壤中) 유기물(有機物)과 전질소(全窒素)의 함유량(含有量)이 많은 것은 유자일반성분중(柚子一般成分中) 조단백질(粗蛋白質)과 조지방(粗脂肪)의 양(量)이 많이 함유(含有)되어 있었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제30권3호
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• pp.386-391
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• 2017

Objective: Protein supplementation is costly and can result in excess nitrogen (N) excretion. The objective of this study was to evaluate the effects of feeding different levels of dietary protein on average daily gain, body size, rumen fermentation, and nitrogen excretion of 8 to 10 month-old Holstein heifers. Methods: Thirty-six Holstein heifers were divided into 12 blocks according to age ($273{\pm}6.2d$) and were randomly assigned to diets containing a low (10.2% dry matter [DM]), medium (11.9% DM), or high (13.5% DM) level of dietary crude protein (CP). All diets contained approximately 70% roughage and 30% concentrate with similar dietary metabolizable energy (ME) content (2.47 Mcal/kg). Results: Dry matter intake did not differ among the treatments, and average daily gain increased with the increasing dietary protein, 0.79, 0.95, 0.97 kg/d for low, medium, and high group, respectively. Body height increased linearly with increasing dietary CP but no other significant differences in body dimensions were found among the treatments. The increased ratios of dietary CP improved the rate of rear teat length growth remarkably (p<0.05). There was no difference in rumen pH or ruminal major volatile fatty acid (acetate, propionate, and butyrate) concentration among the 3 diets, but rumen ammonia-N concentration increased with the higher dietary CP (p<0.05). Increasing N intake led to increased total N excretion; urinary N excretion was significantly increased (p<0.05) but fecal N excretion was similar among the treatments. Conclusion: These data suggest that the diet containing 11.9% CP (ME 2.47 Mcal/kg) could meet the maintenance and growth requirements of 9 to 11 month-old Holstein heifers gaining approximately 0.9 kg/d.

• 치위생과학회지
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• 제10권5호
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• pp.365-372
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• 2010

본 연구는 brazilin의 항산화 효과 및 구강암세포에 대한 암세포 증식억제 효과를 확인하고자 활성산소 소거능력을 측정하고, KB cell에 brazilin을 처리하여 세포 성장억제 등을 측정하였다. 시행된 실험결과를 분석한 결과 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. Brazilin은 소목의 다른 유기용매 추출물에 비하여 최저 농도에서도 9%의 전자공여능 소거효과를 보이고 최고농도에서 90%의 소거효과를 나타내었다. 또한 리놀레산 자동 산화 방지 효과를 측정한 결과 26%에서 66%까지 억제하였다. Hydroxyl radical 소거효과 측정 결과 1 mg/ml에서 86%의 소거효과를 나타내었고, 0.001 mg/ml에서도 5%의 소거효과를 나타내었다. 2. Brazilin은 KB cell의 성장을 1시간 처리했을 경우 최저 5%에서 최대 23%까지 억제하였으며, 24시간 처리했을 경우 5%에서 최대 64%까지 억제하였고, 48시간 처리 후에는 최소 3%, 최대 79%까지 억제하였다. 3. KB cell에 LPS 처리 시 NO를 $250\;{\mu}M$ 이상 생성시켰으며, 세포증식률을 231% 증가시켰고, LPS를 처리한 KB cell에 brazilin을 처리한 결과 세포의 증식률을 -7%에서 78%까지 감소시켰다. 또한 KB cell에 $H_2O_2$를 처리한 결과 세포증식률이 감소되었으며, brazilin을 첨가하였을 때 $H_2O_2$에 대한 소거작용으로 인해 생존 억제율이 72%에서 58%로 감소하였다.