• The Plant Pathology Journal
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• 제36권1호
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• pp.87-97
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• 2020

The development of reverse transcription-polymerase chain reaction using degenerate primers against conserved regions of most potyviral genomes enabled sampling of the potyvirome. However, these assays usually involve sampling potential host plants, but identifying infected plants when they are asymptomatic is challenging, and many plants, especially wild ones, contain inhibitors to DNA amplification. We used an alternative approach which utilized aphid vectors and indicator plants to identify potyviruses capable of infecting common bean (Phaseolus vulgaris). Aphids were collected from a range of asymptomatic leguminous weeds and trees in Iran, and transferred to bean seedlings under controlled conditions. Bean plants were tested serologically for potyvirus infections four-weeks postinoculation. The serological assay and symptomatology together indicated the presence of one potyvirus, and symptomology alone implied the presence of an unidentified virus. The partial genome of the potyvirus, encompassing the complete coat protein gene, was amplified using generic potyvirus primers. Sequence analysis of the amplicon confirmed the presence of an isolate of Wisteria vein mosaic virus (WVMV), a virus species not previously identified from Western Asia. Phylogenetic analyses of available WVMV sequences categorized them into five groups: East Asian-1 to 3, North American and World. The Iranian isolate clustered with those in the World group. Multiple sequence alignment indicated the presence of some genogroup-specific amino acid substitutions among the isolates studied. Chinese isolates were sister groups of other isolates and showed higher nucleotide distances as compared with the others, suggesting a possible Eastern-Asian origin of WVMV, the main region where Wisteria might have originated.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2008년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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• pp.171-171
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• 2008

We monitored the occurrence of human enteric viruses in urban rivers by cell culture-PCR and RT-nested PCR. Water samples were collected monthly or semimonthly between May 2002 and March 2003 in four urban tributaries. Enteric viruses were detected by RT-nested PCR and cell culture-PCR based on a combination of Buffalo Green monkey kidney (BGMK) and A549 cell lines, followed by phylogenetic analysis of amplicons. By RT-nested PCR analysis, 45 (77.6%), 32 (55.2%), 32 (55.2%), 26 (44.8%), 12 (20.7%), 2 (3.4%), 4 (6.9%), and 4 (6.9%) of 58 samples showed positive results with adenoviruses, enteroviruses, noroviruses (NV) genogroup I (GI) and II (GII), reoviruses, hepatitis A viruses, rotaviruses and sapoviruses, respectively. Adenoviruses were most often detected and only eight (13.8%) samples were negative for adenoviruses and positive for other enteric viruses in the studied sites. Thirty-one (77.5%) of the 40 samples were positive for infectious adenoviruses and/or enteroviruses based on cell culture-PCR, and the frequency of positive samples grown on A549 and BGMK (65.0%) was higher than that grown on BGMK alone (47.5%). The occurrence of each enteric virus, except reoviruses and hepatitis A viruses was not statistically correlated with the water temperature and levels of fecal coliforms according to Binary logistic regression model. By sequence analysis, most strains of adenoviruses and enteroviruses detected in this study are similar to the causative agent of viral diseases in Korea and most NV GI- and GII-grouped strains were closely related to the reference strains from China and Japan, and GII/4-related strains had similar sequences to strains recognized as a worldwide epidemic outbreak. Our results suggested that monitoring human enteric viruses is necessary to improve microbial quality and cell culture-PCR using the combination of A549 and BGMK cells and the adenovirus detection by PCR could be useful for monitoring viral contamination in the aquatic environment.

• 한국동물위생학회지
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• 제39권4호
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• pp.259-266
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• 2016

Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) causes an acute and lethal watery diarrhea in piglets that is great economic losses to the swine country worldwide. The spike (S) glycoprotein is an important determinant for PEDV biological properties. In the present study, we determined the full-length S gene sequences of five Chung-nam PEDV field isolates collected in 2016. The S gene was amplified by RT-PCR, purificated, sequenced, analyzed and then compared with published sequences of other PEDV strains. 5 field strains share 98.5%~99.9% homologies with each other at the nucleotide sequence level and 96.7%~99.9% homologies with each other at the amino acids sequence level. Most field strains have nucleotide insertions, deletions and mutation regions, and show lower homologies (93.1~93.8%) with classical and vaccine strains, however higher homologies (99.1%~99.5%) with US PEDV isolates in 2013. By phylogenetic tree analysis based on nucleotide sequence, five PEDV field isolates were clustered into Genogroup 2b but differ genetically from the vaccine strains (SM-98 and DR-13).

• 대한수의학회지
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• 제61권4호
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• pp.30.1-30.11
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• 2021

From April 2014 to September 2015, 153 piglets from 52 farms in Jeju were diagnosed with porcine epidemic diarrhea (PED). The major PED cases were focused on suckling piglets (144 piglets, 94.1%), particularly in 1-7-day-old piglets. Histopathologically, severe villous atrophy was observed in the small intestine, especially in the jejunum and ileum. The mean villous height to crypt depth ratios of the jejunum and ileum were 1.4:1 and 1.5:1, respectively. The major histopathologic findings of the small intestine were cytoplasmic vacuolation, cuboidalization, squamation, and exfoliation of the mucosal enterocytes in the villi. The cytoplasmic vacuolations in the enterocytes were the most prevalent lesions in the small intestine and were more severe in the ileum than in the jejunum. According to immunohistochemistry methods, the PED virus (PEDV) antigens were presented in the cytoplasms of the enterocytes, and were distributed more prevalently in the ileum than in the jejunum. PEDV antigens were also detected in the colon of 26 piglets (19.5%). Sequence comparison and phylogenetic analysis indicated that 12 PEDV had more than a 98.9% homology with each other. These PEDV strains were highly homologous with the genogroup 2 North American group.

• 생명과학회지
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• 제26권8호
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• pp.911-920
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• 2016

최근 4년 동안 부산지역에서 2인 이상 발생된 식중독 사례를 대상으로 급성 위장관염 증상을 보인 환자 472건와 조리종사자 109건을 대상으로 유전자 분석을 한 결과 총 581건 중 71건(12.2%)에서 노로바이러스를 확인하였다. 연도별 검출현황은 2012년 18.3%(30/164건), 2013년 5.6%(6/107건), 2014년 8.0%(6/75건), 2015년 12.3%(29/235)으로 2012년과 2015년이 Norovirus 식중독에 의한 유병률이 가장 높았다. 월별 발생양상은 2월에 20건(28.2%)으로 가장 많이 발생했으며, 11월 18건(25.4%), 12월 12건(16.9%) 순이었고, 5월~8월에는 노로바이러스 환자 발생이 없어, 비교적 추운 계절에 높은 검출율을 보이는 계절적인 특징을 나타내었다. 연령별 분포는 11세~20세의 검체가 269건으로 10대의 초, 중, 고등학생의 검체가 전체의 46.3%를 차지하였다. ANOVA Scheffe 검정 결과를 통해, Norovirus의 예방 및 확산 방지를 위해 10대를 위한 위생 교육 및 식중독 예방교육을 더욱 철저히 실시해야 할 시사점을 얻었다. Norovirus genotype 분석 결과, GI genogroup은 GI-1형, GI-2형, GI-3형, GI-5형, GII genogroup은 GII-1형, GII-4형, GII-5형, GII-6형, GII-17형으로 다양한 genotype이 분포되었다. 연도별 유행하는 유전형은 2012년 GII-6형(17건), 2013년 GII-6형(3건), 2014년 GII-4형(5건), 2015년 GII-6형(18건)이 가장 우세했다. 그러나 최근 국내 뿐 아니라 전 세계적으로 GII-4형이 매우 유행하고 있으나, 부산지역은 2014년을 제외하고는 GII-6형이 우세한 genotype이라는 매우 특징적 결과를 얻었다.

• 한국어병학회지
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• 제20권3호
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• pp.201-209
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• 2007

Viral Hemorrhagic Septicemia Virus (VHSV)는 유럽과 북미지역의 담수 무지개송어에 심각한 바이러스성 질병을 야기하는 원인체였으나 담수어류 뿐만 아니라 해산어류에서도 심각한 질병을 유발하며 최근 일본과 우리나라 양식 넙치에서 VHSV에 의한 대량 폐사 발생이 보고되고 있다. 본 연구는 VHS에 대한 예방학적 접근의 일환으로서 자연산 어류로부터의 VHSV 검출 및 지리적 분포, 보균 어종에 대한 유전학적인 조사를 목적으로 2003년과, 2005년도에 동중국해역 3지점, 서해안 5지점 그리고 남해안 5지점에서 어류를 채집하였다. RT-PCR을 이용한 연구결과 자연산 해산어류 160마리 중 12종 17마리에서 VHSV가 검출되어 검출율 10.6%를 보였으며 조사된 12종의 어류 중 특히 상어목에서 가장 높은 검출율을 보였다. VHSV G gene을 이용한 계통분류학적 분석결과 염기서열 분석에서 양식산어류의 분리주 (KVHS01-1)와 98.4%～99%, 아미노산 분석에서 97～99% 유사성을 나타내어 본 연구에서 조사되어진 자연산 어류에서 분리된 VHSV는 GenogroupⅠ에 속하였다.

• 생명과학회지
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• 제21권6호
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• pp.819-828
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• 2011

본 연구에서는 2009년부터 2010년까지 부산, 경남 및 울산 지역의 145 개 지하수 시료들을 대상으로 norovirus의 오염실태를 조사하였다. 먼저 norovirus의 검출을 위한 두 세트의 primer를 제작하였으며 이를 이용하여 최적 nested reverse transcription (RT)-PCR 조건을 확립하였다. 지하수의 norovirus 오염실태 조사에 의하면, 건기(4월~6월)와 우기(7월~8월)에 각각 21개(25.9%)와 15개(23.4%)의 시료에서 norovirus가 검출되었다. 부산, 울산 및 경상남도의 시료에서 각각 15%, 7% 및 32%의 norovirus가 검출되어 지역적인 차이를 나타내었다. norovirus 양성시료에서 GI과 GII가 각각 5개와 31개가 검출되어GI에 비하여 GII가 우세함을 알 수 있었다. norovirus 분리주들의 계통분류학적 분석 결과에 의하면, GI 분리주들은 모두 GI.5 유전자형으로 분류되었으며, GII 분리주들은 GII.3과 GII.4로 양분되었다. norovirus의 검출은 pH, 온도, 산화-환원전위 및 용존산소 등의 이화학적 인자들과 일반세균, 총대장균군 및 대장균과 같은 미생물 수질지표들과 통계적인 유의성이 있는 상관관계를 나타내지 않았다. 반면에 norovirus의 검출과 저탁도(<0.50 NTU) 사이에는 밀접한 상관성이 있음이 밝혀졌다. 본 연구를 통하여 지하수 중 norovirus의 분포실태를 어느 정도 파악할 수 있었으며 수인성 질병의 예방과 국민 보건위생을 위해서는 지하수의 주기적인 norovirus 모니터링이 필요함을 제시하였다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제30권2호
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• pp.150-158
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• 2015

본 연구는 다양한 식재료가 섞여있는 식품으로부터 노로바이러스를 효과적으로 검출하기 위한 시험법 개발에 관한 것이다. 각 식품이 가진 매트릭스가 매우 다르므로 모든 식품에 공통적으로 적용할 수 있는 표준화된 검출법이 현재로서는 없다. 본 연구에서는 발효식품(농후발효유, 된장), 절임식품(깻잎장아찌, 단무지)과 생식제품을 대상으로 실험을 진행하였다. PBS, beef extract, 아미노산-NaCl 용액 등을 이용하여 바이러스에 오염된 대상식품들로 부터 바이러스의 탈리율을 비교하였다. 이로부터 다양한 매트릭스가 혼합된 식품들에 적용 가능한 탈리용액을 선별하였다. 식품의약품안전처가 제안하여 현재 국내에서 굴, 야채, 과일 등을 대상으로 바이러스 농축에 널리 사용되고 있는 식중독 바이러스 검출법인 EPCP공정(탈리-PEG 침전-클로르포름 처리-PEG 침전)과 PEG 침전과정을 한번으로 줄인 수정된 ECP공정(탈리-클로르포름 처리-PEG침전)의 효능을 비교해 본 결과 ECP공정은 EPCP공정과 비슷하거나 나은 효율로 바이러스를 농축할 수 있었다. 또 바이러스 농축 후 QIAamp$^{(R)}$ Viral RNA Mini kit를 이용하여 RNA를 추출할 경우 식품에 존재하는 RT-PCR방해 물질들이 효과적으로 제거되어 추가적인 처리가 더 필요하지 않음을 알 수 있었다. 수정된 공정을 이용하여 무를 추가한 6가지 식품을 대상으로 검출한계를 조사해 본 바 10-25 g 식품으로부터 3.125-12.5 RT-PCR unit까지 검출이 가능하였다. 이는 기존에 보고된 방법들의 검출한계보다 더 우수한 것으로 장차 다양한 식품을 대상으로 효과적인 바이러스 검출이 가능할 것으로 기대된다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제28권4호
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• pp.287-292
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• 2013

오염된 식품으로부터 바이러스를 효과적으로 검출하기 위해서는 식품에 부착된 바이러스를 효과적으로 elute시키는 것이 결정적으로 중요하다. 본 연구에서는 채소류에 공통적으로 적용할 수 있는 elution용액을 찾기 위해 폴리오 바이러스를 인위적으로 오염시킨 1가지 엽채류 (깻잎) 와 3가지 근채류 (당근, 양파, 무) 로부터 바이러스 회수율을 조사한 후, 최적의 바이러스 회수조건을 찾기 위해 기보고된 상추와 양배추의 회수율을 함께 분석하였다. 바이러스의 회수율은 식품의 matrix와 사용된 elution용액의 종류에 따라 차이가 컸으나 0.25M threonine / 0.3M NaCl (pH 9.5) 또는 0.25M glycine / 0.14M NaCl (pH 9.5)을 사용하였을 때 6가지 채소 중 5가지로부터 폴리오바이러스를 효과적으로 elute 할 수 있었다. 0.25M threonine / 0.3M NaCl(pH 9.5)를 노로바이러스 검출에 적용해 본 결과 근채류인 당근보다 엽채류인 깻잎으로부터 노로바이러스 GII를 더 잘 검출할 수 있었다. 이 같은 공통 elution용액을 사용할 경우 다양한 종류의 채소류에 오염된 노로바이러스를 포함한 소화기바이러스의 검출을 용이하게 해 줄 것이다.

• 생명과학회지
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• 제26권9호
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• pp.999-1006
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• 2016

2016년 3월, 부산 D대학 인근 음식점에서 모임을 한 후, 설사, 구토를 호소하는 환자들이 발생하였다. 역학조사팀은 설사 환자 및 해당 음식점 조리종사자에 대한 분변 검체를 수집하였고 해당 음식점 주방에서 식품용수에 대한 채수도 진행하였다. 인체 검체 42건에서 노로바이러스 16건, 아스트로바이러스 8건이 검출되었으며, 노로바이러스의 경우는 GI, GII genogoup 모두 검출되었으며, GI.3, GI.4, GII.4, GII.13, GII.17, GII.21로 6가지 다양한 유전자형의 분포를 확인하였다. 아스트로바이러스의 경우 Type 5과 Type 2의 유전자형 분포양상을 확인하였다. 또한 노로바이러스와 아스트로바이러스가 복합 감염된 3 케이스도 포함되어 있었다. 노로바이러스는 전세계적으로 GII.4형이 유행하고 있고, 최근에는 GII.17형이 출현하고 급증하는 동향에 따라 본 연구에서도 GII.17형이 가장 우세하였으며, 아스트로바이러스 경우는 국내에서 우세한 유전자형인 Type 1인 것과는 차이가 있는 사례였다. 특히, 부산지역에서 아스트로바이러스가 식중독 발생의 원인이 된 경우는 이번이 첫 사례여서 본 연구를 통하여 부산지역의 식중독 발생에 새로운 발생 양상을 파악하는 매우 특징적 결과를 얻었다.