• 제목/요약/키워드: Genetic evaluation

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정신분열병에서 연성 신경학적 징후의 가족내 전달에 관한 연구 (The Study About Intra-Familial Transmission of the Neurological Soft Signs in Schizophrenia)

  • 류수정;최영락;이상익;신철진;김시경;손정우
    • 생물정신의학
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    • 제15권2호
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    • pp.83-91
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    • 2008
  • 목 적 연성 신경학적 징후는 정신분열병의 유전과 관계되는 생물학적 표현형으로 여겨져 왔다. 본 연구에서는 연성 신경학적 징후가 유전적 하중과 관련해서 가족 내에서 연관성을 보이는지를 알아보고자 하였다. 대상 및 방법 정신분열병 환자로서 부모 중 한 명은 정신분열병의 가족력이 있고 나머지 한 명은 가족력이 없는 환자가(N=14) 모집되었다. 이들의 부모가 가진 가족력에 따라 유전적 하중을 정하였고 이를 위해 Family Interview for Genetic Studies(FIGS)로 직접 면담을 시행하였다. 환자의 부모에서 환자를 제외한 1차 혹은 2차 친척에서 정신분열병 환자가 있는 부모를 유전적 하중이 있는 '추정 보유자'(presumed carrier)(N=9)로, 그렇지 않은 부모를 '추정 비보유자' (presumed noncarrier)(N=11)로 구분하였다. 또한 정상 대조군은 1차 혹은 2차 친척에서 정신분열병의 가족력이 없는 일반인(N=12)이었다. 이들의 연성 신경학적 징후를 한국어판 신경학적 평가 척도(Neurological Evaluation Scale-Korean version)를 사용하여 평가하였으며 가족내 연관성에 대한 분석 방법으로 급내 상관계수법(Intra-Class Coefficients[ICC]) method)을 이용하였다. 결 과 연성 신경학적 징후의 하위 영역 중 운동 조정 영역에서 환자와 추정 보유자 간에 유의한 연관성이 존재하였고(ICC=.804, p=.016) 환자와 추정 비보유자와는 연관성이 존재하지 않았다. 운동 조정 영역 이외의 다른 하위 영역에서는 유전적 하중과 상관없이 가족내 연관성이 존재하지 않았다. 그러나, 환자군과 정상 대조군의 운동 조정 영역의 점수 간에는 통계적으로 유의한 차이가 존재하지 않았다. 결 론 이번 연구에서는 연성 신경학적 징후들이 정신분열병의 유전적 하중과 같이 유전되는 생물학적 표현형일 가능성이 입증되지 못하였다. 향후 보다 많은 수를 대상으로 한 추시 연구가 필요하다.

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산림유전자원보호구역의 관리효과성 평가를 위한 시스템 및 현장 수준의 평가틀 개발 (Developing System and Site Level Framework of Management Effectiveness Evaluation for the Forest Genetic Resources Reserve in Korea)

  • 이동호;강미희;김성일
    • 한국산림과학회지
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    • 제105권4호
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    • pp.472-485
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    • 2016
  • 이 연구는 산림유전자원보호구역의 관리효과성 증진을 위하여 보호구역 관리 시스템 수준과 현장 수준에서 활용할 수 있는 관리효과성 평가틀을 개발하기 위해 수행되었다. 시스템 수준의 관리효과성 평가틀 개발을 위해 IUCN WCPA에서 개발한 관리효과성 평가틀과 IUCN, 환경부, 국립공원관리공단이 공동 개발한 보호지역 관리효과성 평가틀을 준용하여 산림유전자원보호구역에 적용할 수 있도록 평가지표들을 수정하고, 일부 지표를 추가하였다. 설문조사를 통해 평가지표(안)에 대한 전문가 32명의 의견을 수렴하여 6개 카테고리, 39개 평가지표, 42개 세부 평가항목으로 구성된 시스템 수준의 관리효과성 평가틀을 개발하였다. 현장 수준의 관리효과성 평가틀은 IUCN, 환경부, 국립공원관리공단이 공동으로 개발한 보호지역 관리효과성 평가틀을 바탕으로 산림유전자원보호구역의 특성들에 대한 평가가 가능하도록 수정하고, 관련된 새로운 평가지표들을 추가하였다. 전문가 설문조사, 산림청 및 지방자치단체들의 산림유전자원보호구역 관리 담당 공무원들을 대상으로 워크숍과 설문조사를 통해 의견을 수렴하여 6개 카테고리, 16개 평가지표, 40개 세부 평가항목으로 구성된 현장 수준의 관리효과성 평가틀을 개발하였다.

유전자 알고리즘에 기반한 자연언어 문장의 정량적 질 평가 방법 (A Quantative Evaluation Method of the Quality of Natural Language Sentences based on Genetic Algorithm)

  • 양승현;김영섬
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제26권11호
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    • pp.1372-1380
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    • 1999
  • 본 논문에서는 자연언어 문장의 객관적 정량적인 질 측정 방법의 구축에 대해 설명하고, 이를 문장 퇴고 시스템의 사례에 적용해 본다. 문장의 질을 평가한다는 것은 본질적으로 주관적이고 정량화가 어려운 작업이기 때문에, 이 과정에서 질의 객관적 계량화가 가능한지 여부가 가장 중요한 문제가 된다. 이 논문에서는 이러한 문제를 해결하기 위해 유전자 알고리즘을 이용한 진화적 접근 방법을 통해 객관적이고 정량적인 질의 측정 공식을 유도하는 방법론을 제시하였다. 이 논문에서 제시한 방법론의 핵심은 간단히 말해서 사람이 행하는 정성적인 판단을, 이에 가장 근접하는 정량적 측정 체계로 전환시키는 것이라고 보면 된다. 이것을 위해 정량화 문제를 문장의 단순 언어 특징들의 변화값을 이용한 최적화 문제로 환원시키고, 다시 이 최적화 문제를 유전자 알고리즘을 이용해 해결함으로써 문제를 효과적으로 해결할 수 있었다. 실험 결과를 보면, 본 논문에서 제시한 최적화 방법은 주어진 훈련용 예제와 검증용 예제 중 각각 99.84%, 99.88%를 만족시키는 해를 찾아내었으므로 정량적 질 평가 공식의 유도에 매우 효과적임을 알 수 있었다. 또한 도출된 측정 공식을 이용해서 실제 퇴고 시스템 평가에 적용한 결과 문장 질의 측정에 매우 유용하게 이용될 수 있음을 알 수 있었다. 이와 같이 질의 정량적 평가가 가능하다는 사실이 갖는 또 한가지 중요한 의미는 최종 사용자의 구매 의사나 개발자의 공학적 의사 결정을 위한 객관적 성능 평가 자료의 제공에 이 방법이 유용하게 사용될 수 있다는 점이다.Abstract This paper describes a method of building a quantitative measure of the quality of natural language sentences, particularly produced by document revision systems. Evaluating the quality of natural language sentences is intrinsically subjective, so what is most important as to the evaluation is whether the quality can be measured objectively. To solve such problem of objective measurability, genetic algorithm, an evolutionary learning method, is employed in this paper. The underlying standpoint of this approach is that building the quality measures is a task of constructing a formulae that produces as close results as can to the qualitative decisions made by humans. For doing this, the problem of measurability has been simply reduced to an optimization problem using the change of the values of simple linguistic parameters found in sentences, and the reduced problem has been solved effectively by the genetic algorithm. Experimental result shows that the optimization task satisfied 99.84% and 99.88% of the given objectives for training and validation samples, respectively, which means the method is quite effective in constructing the quantitative measure of the quality of natural language sentences. The actual evaluation result of a revision system shows that the measure is useful to quantize the quality of sentences. Another important contribution of this measure would be to provide an objective performance evaluation data of natural language systems on a basis of which end-users and developers can make their decision to fit their own needs.

작물모형의 생물계절 및 잠재수량 예측력 개선 방법 탐색: I. 유전 모수 정보 향상으로 콩의 개화시기 및 잠재수량 예측력 향상이 가능한가? (Exploring Ways to Improve the Predictability of Flowering Time and Potential Yield of Soybean in the Crop Model Simulation)

  • 정유란;신평;서명철
    • 한국농림기상학회지
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    • 제19권4호
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    • pp.203-214
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    • 2017
  • 본 연구에서는 진주, 수원, 춘천의 정보로만 추정한 유전 모수(New1~New3)와 지역 조합으로 추정한 유전 모수(New4~New7), NICS (2010)와 Kim et al. (2004)의 유전 모수의 개화시기 및 잠재수량의 예측력을 평가하여 기존의 유전 정보와 새로운 유전 정보에 대한 불확실 정도를 알고 다음 후속 연구에 활용 가능성을 알아보고자 수행했다. 결과적으로, 개별 및 지역조합 유전 모수에서 모수 추정 지점 혹은 참여한 지점의 유전 모수의 평가 지표들은 비교적 좋은 결과를 보여 주었지만 뚜렷하게 나타나지 않았다. 대구, 밀양, 전주에서 New7 유전 모수의 개화시기의 예측력은 NICS (2010)나 Kim et al. (2004)의 유전 모수의 개화 시기 예측력보다 개선되지 않았다. 그러나 New7 유전 모수의 잠재수량의 예측력은 큰 차이는 아니지만 NICS (2010)나 Kim et al. (2004)의 유전 모수의 잠재 수량 예측력보다 개선되는 현상을 보였다. 예를 들면, 밀양에서 NICS (2010)와 Kim et al. (2004)의 유전 모수의 잠재수량 결정계수가 0.00과 0.01로 전혀 예측력이 없는 것으로 평가하였지만 New7 유전 모수의 잠재수량 결정계수는 0.31로 나타났다. 반면, 전주에서 NICS (2010)과 Kim et al. (2004)의 유전 모수의 잠재수량 결정계수는 0.66과 0.41로 평가되었는데, New7 유전 모수의 잠재수량 결정계수는 0.00으로 예측력이 없는 것으로 평가되었다. 새로운 유전 모수의 예측력(New1~New7)이 기존의 유전 모수(NICS (2010)과 Kim et al. (2004))의 예측력보다 크게 개선되지는 않았지만, 평가 결과가 좋은 지역 조합 유전 모수를 지역별 개화시기 및 잠재수량을 예측하는 데에는 활용할 수 있을 것으로 판단된다.

Evaluation of Cofactor Markers for Controlling Genetic Background Noise in QTL Mapping

  • Lee, Chaeyoung;Wu, Xiaolin
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제16권4호
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    • pp.473-480
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    • 2003
  • In order to control the genetic background noise in QTL mapping, cofactor markers were incorporated in single marker analysis (SMACO) and interval mapping (CIM). A simulation was performed to see how effective the cofactors were by the number of QTL, the number and the type of markers, and the marker spacing. The results of QTL mapping for the simulated data showed that the use of cofactors was slightly effective when detecting a single QTL. On the other hand, a considerable improvement was observed when dealing with more than one QTL. Genetic background noise was efficiently absorbed with linked markers rather than unlinked markers. Furthermore, the efficiency was different in QTL mapping depending on the type of linked markers. Well-chosen markers in both SMACO and CIM made the range of linkage position for a significant QTL narrow and the estimates of QTL effects accurate. Generally, 3 to 5 cofactors offered accurate results. Over-fitting was a problem with many regressor variables when the heritability was small. Various marker spacing from 4 to 20 cM did not change greatly the detection of multiple QTLs, but they were less efficient when the marker spacing exceeded 30 cM. Likelihood ratio increased with a large heritability, and the threshold heritability for QTL detection was between 0.30 and 0.05.

유전자 알고리즘을 통한 XML 군집화 방법 (XML Clustering Technique by Genetic Algorithm)

  • 김우생
    • 전자공학회논문지CI
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    • 제49권3호
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    • pp.1-7
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    • 2012
  • 최근 들어 인터넷에서 많이 사용되는XML 문서들을 효율적으로 접근, 질의, 관리하는 방법들이 연구되고 있다. 본 논문은 XML 문서들을 효율적으로 군집화 하는 새로운 기법을 제안한다. XML 문서의 원소는 대응하는 트리의 노드에 대응하며, 문서에서 내포 관계는 트리의 부모와 자식 노드간의 관계에 대응한다. 따라서 유사한 XML 문서들은 대응하는 트리들에서 노드의 이름과 레벨 등이 유사하다. 이러한 성질을 유전 알고리즘의 평가 함수로 만들어 군집화를 시도하였다. 실험 결과를 통하여 제안하는 기법이 기존 방법들보다 좋은 결과를 얻을 수 있음을 보였다.

구조적 방향성 그래프와 대화형 유전자 알고리즘을 이용한 3차원 꽃의 생성 (Creating 3D Artificial Flowers using Structured Directed Graph and Interactive Genetic Algorithm)

  • 민현정;조성배
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제31권3호
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    • pp.267-275
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    • 2004
  • 인공생명기법의 대표적인 응용분야 중 하나인 개체 생성을 위하여 크게 방향성 그래프와 L-system의 두 가지 방법이 사용되고 있다. 두 가지 방법 모두 각기 좋은 특성이 있지만 L-system은 사용자에 의해 내부적인 파라메터로 정의되기 때문에 전체적인 실제 모양을 구조적으로 정의하기 어렵다. 본 논문에서는 이런 단점을 극복하고자 실제 모양을 표현하는데 적절한 구조적 방향성 그래프를 도입하여 꽃을 구조적으로 표현함으로써 실제 개체와 유사한 모양을 생성하고, 이를 대화형 유전자 알고리즘에 적용하여 사용자가 생성하고자 하는 실제 모양의 자연스러운 꽃을 자동으로 생성하게 하였다. 실험결과 감성적인 평가로 자연스러운 모양의 꽃이 생성됨을 알 수 있었다.

Evaluation of genetic affinities among Fusarium oxysporum f. sp. fragariae by RAPD and rDNA RFLP

  • Gopal Nagarajan;Nam, Myeong-Hyeon;Lee, Yun-Soo;Lee, Woo-Chung;Yoo, Sung-Joon;Song, Jeong-Young;Kim, Hong-Gi
    • 한국식물병리학회:학술대회논문집
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    • 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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    • pp.116.1-116
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    • 2003
  • Fusarium oxysporum f. sp. fragariae is a fungal pathogen causing wilt disease on strawberry. The RAPD and RFLP of IGS region of rDNA were used to identify genetic affinity among 22 isolates of F. oxysporum f. sp. fagariae obtained from various location of major strawberry cultivating areas in Korea. Approximately 2.6kb DNA fragment was amplified with primer CNS1 and CNL12, and polymorphisms were observed with Avail and HinfI. A dendrogram was constructed using the UPGMA for cluster analysis. Eight distinct groups were clustered based on the banding pattern obtained from RAPD and rDNA RFLP. There was high level genetic variation among Korean isolates of Fusarium of sporum f. sp. fragariae.

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Evaluation of mycelial growth of Lentinula edodes and Ganoderma lucidum originated from South Korea and Brazil

  • Motta, Marcia Araujo;Jang, Jeonghwa;Kim, Mijeong;Choi, Eunsil;Kim, Jiyoung;Torracca-Rocha, Anna Carolina;Kong, Won-Sik;Urban, Arailde Fontes
    • 한국버섯학회지
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    • 제15권2호
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    • pp.94-97
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    • 2017
  • The choice of strain, substrate, and environmental conditions are fundamental factors that determine the ability of a fungus to develop and produce mushrooms with high quality. The objective of this study was to compare the strains of Lentinula edodes and Ganoderma lucidum originated from South Korea and Brazil in relation to their vegetative development in different culture media, to obtain isolates with high quality. The strains of the two mushroom species from Brazil and South Korea grew slowly, possibly because of abiotic factors or storage technique used. However, it may be concluded that temperature, humidity, light, pH, and nutrients from the substrate, if not regulated appropriately may affect the vegetative species.

Seed Purity Test and Genetic Diversity Evaluation Using RAPD Markers in Radish (Raphanus sativus L.)

  • Huh, Man-Kyu;Choi, Joo-Soo
    • 한국작물학회지
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    • 제54권4호
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    • pp.346-350
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    • 2009
  • The cultivated radish (Raphanus sativus L.) is a major vegetable crop in the world wide and fast-growing species that grows inhabitats of six continents. It is very important to determine hybrid seed purity in the production of hybrid Brassica vegetable seeds to avoid unacceptable contamination with self-inbred (sib) seeds. The use of random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers for evaluating seed purity in $F_2$-hybrid radish cultivars demonstrated. One hundred eighty seeds from the F1 male and female harvest were subsequently screened for seed purity using 13 primers. The 13 primers result in 17 cultivar-specific bands and 23 variable RAPD bands scored for cultivar. RAPD analysis of hybrid seeds from the harvest revealed 128 seeds tested except underdevelopment and decayed seeds were sibs. Especially, $F_2$ hybrids of radish, OPC13, OPD20 were presented clear hybrid bands. It maintains higher than average level of genetic diversity compared with their correspondent parents. RAPD amplification of DNA extracted from germinated individuals from the female harvest reveal that 10 of 208 seeds tested were self-inbred (4.8%). RAPD analysis of hybrid seeds from the male harvest revealed 7 of the 208 seeds tested were sibs (3.4%). The RAPD may lead to a better insight in to the hybrid seed purity.