Data on 1,037 Nili-Ravi buffaloes from four institutional herds were used to study lifetime milk yield, herd life, productive life and breeding efficiency. A general linear model was used to study the environmental effects while an animal model having herd, year of birth and age at first calving (as covariate) along with random animal effect was used to estimate breeding values. The lifetime milk yield, herd life, productive life and breeding efficiency averaged $7,723{\pm}164$ kg, $3,990{\pm}41$ days, $1,061{\pm}19$ days and 64 percent, respectively. All the traits were significantly (p<0.01) affected by the year of birth and herd of calving, while the herd life was also affected (p<0.01) by the age at first calving. The heritabilities for lifetime milk yield, herd life, productive life and breeding efficiency were $0.093{\pm}0.056$, $0.001{\pm}0.055$, $0.144{\pm}0.079$ and 0.001, respectively. The definition for productive life, where each lactation gets credit upto 10 months had slightly better heritability and may be preferred over the definition where no limit is placed on lactation length. The genetic correlation between productive life and lifetime milk yield was low but high between productive life and herd life. The selection for productive life will increase herd life while lifetime milk yield will also improve. The overall phenotypic trend during the period under the study was negative for lifetime milk yield (-280 kg/year), herd life (-93 days), productive life (-42 days/year) and breeding efficiency (-0.36 percent/year), whereas the genetic trend was positive for lifetime milk yield (+15 kg/year) and productive life (+4 days/year).
The objective of this study was to estimate genetic parameters for racing performance traits of thoroughbredracehorses, using a total of 58,124 racing records of 4,200 horses at Gwacheon Racing Park collected from January 2002 to December 2006. This study measured start one furlong time, last three and last one furlong times, and the resulting furlong time averages were 14.2 seconds, 39.9 seconds and 13.9 seconds, respectively. Furlong time means a split time measured based on a 1/8-mile (or approximately 201 m) distance and finished time means total racing time measured from start position to finish line. In the shortest distance races of 1,000 m, the average last three and last one furlong time was fastest at 38.7 seconds and 13.6 seconds, respectively. The correlation between finished time and start one furlong time decreased as the race distance increased, and the same trend was recognized from the correlation between finished time and last three furlong time. In short distance races of 1,400 m or less, the starting ability was found to be an important trait. The average speed was highest at 56 km/h for a 1,000 m race and lowest at 53.2 km/h for a 1,700 m race. Heritabilities of the start one furlong time, the last three and last one furlong time were estimated to be 0.337, 0.245 and 0.210, respectively; and repeatabilities for them were 0.452, 0.353 and 0.309, respectively. Phenotypic and genetic correlations between the start and the last one furlong time were negative at -0.141 and -0.155, respectively.
Joon-Ki Hong;Yong-Min Kim;Eun-Seok Cho;Jae-Bong Lee;Young-Sin Kim;Hee-Bok Park
Animal Bioscience
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제37권4호
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pp.622-630
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2024
Objective: Pig breeders cannot obtain phenotypic information at the time of selection for sow lifetime productivity (SLP). They would benefit from obtaining genetic information of candidate sows. Genomic data interpreted using deep learning (DL) techniques could contribute to the genetic improvement of SLP to maximize farm profitability because DL models capture nonlinear genetic effects such as dominance and epistasis more efficiently than conventional genomic prediction methods based on linear models. This study aimed to investigate the usefulness of DL for the genomic prediction of two SLP-related traits; lifetime number of litters (LNL) and lifetime pig production (LPP). Methods: Two bivariate DL models, convolutional neural network (CNN) and local convolutional neural network (LCNN), were compared with conventional bivariate linear models (i.e., genomic best linear unbiased prediction, Bayesian ridge regression, Bayes A, and Bayes B). Phenotype and pedigree data were collected from 40,011 sows that had husbandry records. Among these, 3,652 pigs were genotyped using the PorcineSNP60K BeadChip. Results: The best predictive correlation for LNL was obtained with CNN (0.28), followed by LCNN (0.26) and conventional linear models (approximately 0.21). For LPP, the best predictive correlation was also obtained with CNN (0.29), followed by LCNN (0.27) and conventional linear models (approximately 0.25). A similar trend was observed with the mean squared error of prediction for the SLP traits. Conclusion: This study provides an example of a CNN that can outperform against the linear model-based genomic prediction approaches when the nonlinear interaction components are important because LNL and LPP exhibited strong epistatic interaction components. Additionally, our results suggest that applying bivariate DL models could also contribute to the prediction accuracy by utilizing the genetic correlation between LNL and LPP.
우리나라 특산식물인 매미꽃(Coreanomecon hylomeconoides Nakai) 집단의 유전적 다양성 및 구조를 조사하기 위해 8집단 224개체에 대한 ISSR(Inter Simple Sequence Repeat) 분석이 수행되었다. 총 8개의 ISSR 프라이머를 이용하여 50개의 증폭산물을 관찰하였으며 집단 수준에서의 유전적 다양성의 평균은 P (Percentage of polymorphic loci) = 47.3%, SI(Shannon's information index) = 0.218, h (Nei's genetic diversity) = 0.142로 다년생 초본류의 평균보다는 월등히 낮게 나타났다. 집단별로는 분포의 중심에 해당하는 산청(SI=0.233, h=0153), 광양(SI=0.263, h=0.171), 순천(SI=0.241, h=0.159) 집단이 남해(SI=0.183, h=0.116)나 광주(SI=0.181, h=0.121)의 변두리 집단보다는 비교적 높은 유전다양성을 유지하는 것으로 나타났다. AMOVA 분석 결과 전체 유전변이의 약 18%가 지역 간에 나머지 82%가 집단 내 개체간의 차이에 기인하는 것으로 나타났는데 이는 집단 간에 유전자 교류가 원활히 이루어지기 때문으로 판단된다. 유전적 거리를 이용한 UMGMA 유집분석과 Bayesian cluster 분석 결과, 매미꽃 집단은 동서 두 지역으로 구조화 되는 경향을 보여 주었는데 이는 집단의 지리적 분포 패턴의 영향인 것으로 추정할 수 있다. 본 연구 결과, 조사된 다른 집단보다 풍부한 개체수와 높은 유전 다양성을 유지하고 있는 지리산 및 백운산의 산청, 광양 집단들에 대한 적극적인 현지 내(in situ) 보전대책 수립이 요구된다.
Xin, Li;Hao, Zhang;Yong, Wang;Yanyan, Li;Youli, Wang;Jiangjiang, Zhu;Yaqiu, Lin
Animal Bioscience
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제36권1호
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pp.144-155
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2023
Objective: Adipocyte differentiation is regulated by a variety of functional genes and noncoding RNAs. However, the role of miRNAs in lipid deposition of goat white adipose tissue is still unclear. Therefore, this study revealed the miRNA expression profile in goat subcutaneous adipocytes by sRNA-seq. Methods: The miRNA expressed in goat subcutaneous preadipocytes and the mature adipocytes were sequenced by sRNA-seq. The differentially expressed miRNAs (DEm) were screened and gene ontology (GO) and Kyoto encyclopedia for genes and genomes (KEGG) analyses were performed. Gain-of-function and loss-of-function combined with oil red O staining, Bodipy staining, and quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction (qPCR) were utilized to determine the effect of miR-133a-3p on adipocyte differentiation. Results: A total of 218 DEm were screened out. The target genes of these DEm were significantly enriched in GO items such as biological regulation and in KEGG terms such as FAK signaling pathway and MAPK signaling pathway. qPCR verified that the expression trend of miRNA was consistent with miRNA-seq. The gain-of-function or loss-of-function of miR-133a-3p showed that it promoted or inhibited the accumulation of lipid droplets, and CCAAT enhancer binding protein α (C/EBPα) and C/EBPβ were extremely significantly up-regulated or down-regulated respectively (p<0.01), the loss-of-function also led to a significant down-regulation of peroxisome proliferator activated receptor gamma (PPARγ) (p<0.01). Conclusion: This study successfully identified miRNAs expression patterns in goat subcutaneous adipocytes, and functional identification indicates that miR-133a-3p is a positive regulator of the differentiation process of goat subcutaneous adipocytes. Our results lay the foundation for the molecular mechanism of lipid deposition in meat-source goats from the perspective of miRNA.
Pangmao, Santi;Thomson, Peter C.;Khatkar, Mehar S.
Animal Bioscience
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제35권10호
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pp.1499-1511
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2022
Objective: This study was aimed to estimate the genetic parameters, including genetic and phenotypic correlations, of milk yield, lactation curve traits and milk composition of Thai dairy cattle from three government research farms. Methods: The data of 25,789 test-day milk yield and milk composition records of 1,468 cattle from lactation 1 to 3 of Holstein Friesian (HF) and crossbred HF dairy cattle calved between 1990 and 2015 from three government research farms in Thailand were analysed. 305-day milk yield was estimated by the Wood model and a test interval method. The Wood model was used for estimating cumulative 305-day milk yield, peak milk yield, days to peak milk yield and persistency. Genetic parameters were estimated using linear mixed models with herd, breed group, year and season of calving as fixed effects, and animals linked to a pedigree as random effects, together with a residual error. Univariate models were used to estimate variance components, heritability, estimated breeding values (EBVs) and repeatability of each trait, while pairwise bivariate models were used to estimate covariance components and correlations between traits in the same lactation and in the same trait across lactations. Results: The heritability of 305-day milk yield, peak milk yield and protein percentage have moderate to high estimates ranging from 0.19 to 0.45 while days to peak milk yield, persistency and fat percentage have low heritability ranging from 0.08 to 0.14 in lactation 1 cows. Further, heritability of most traits considered was higher in lactation 1 compared with lactations 2 and 3. For cows in lactation 1, high genetic correlations were found between 305-day milk yield and peak milk yield (0.86±0.07) and days to peak milk yield and persistency (0.99±0.02) while estimates of genetic correlations between the remaining traits were imprecise due to the high standard errors. The genetic correlations within the traits across lactation were high. There was no consistent trend of EBVs for most traits in the first lactation over the study period. Conclusion: Both the Wood model and test interval method can be used for milk yield estimates in these herds. However, the Wood model has advantages over the test interval method as it can be fitted using fewer test-day records and the estimated model parameters can be used to derive estimates of other lactation curve parameters. Milk yield, peak milk yield and protein percentage can be improved by a selection and mating program while days to peak milk yield, persistency and fat percentage can be improved by including into a selection index.
In an attempt to analyze the characteristics of domestic pathogenic strains of S. pneumoniae, the basic epidemiological charactristics of pathogenic strains such as their serotypes and frequency of penicillin resistance, and pattern of chromosomal DNA from PFGE(pulsed-field gel electrophoresis) were observed. For this study,56 strains of S. pneumoniae isolated from inpatients and outpatients in the four domestic university hospitals were collected from January to December in 1998. Among those strains, a total of 56 pathogenic strains from blood(39 isolates), cerebrospinal fluid(8 isolates) and other specimen(9 isolates) were selected and isolated. The penicillin resistance frequency of those 56 strains was identified with disk diffusion method with 66.1%. From the invasive strains, predominant serotypes were isolated in the order of 19F(12.5%), 23F(10.7%), 14(10.7%) and 9V(10.7%), totalling 45 percent. This experiment also used PFGE patterns to compare the correlations among genetic subtypes in several serotypes. The DNA fragments digested with Sma I and Apa I were resolved by PFGE. The PFGE patterns digested with Sma I were better than Apa I for analysis. In the DNA fragments digested with Sma 1, PFGE analysis of 56 S. pneumoniae isolates showed 25 different patterns. As a result, serotype was on the whole correlated to PFGE pattern on the ground that each different PFGE pattern by serotype was observed. This study can be utilized not only fur the study of incidence trend of domestic pneumococcal diseases but also as a useful basic data for the development of identification tool and treatment.
본 연구에서는 등각, 등간격 및 측지선 돔 (geodesic dome)형태로 배열된 곡면 배열 트랜스듀서에 대해서, 음원 간격, 음원 개수 등과 같은 배열 구조 변수들에 따른 방사패턴의 변화 경향성을 분석하였다. 또한 그 결과를 바탕으로 통계적 기법인 다중 회귀 분석을 이용하여 부엽의 크기 및 빔 폭을 설계 변수들의 함수로 도출하였다. 나아가 최적화 기법인 GA (genetic algorithm)법을 이용하여 각 방향에 대한 빔폭이 주어진 조건을 만족하며 가장 작은 부엽의 크기를 가지도록 설계 변수들의 최적화를 수행하였다. 최적화 결과를 바탕으로 세 가지 곡면 배열 구조 가운데 곡면 배열 트랜스듀서의 최적 배열 구조로 등간격 배열구조를 선정하였다.
The present trend of increasing the penetration levels of Distributed Generator (DG) in the distribution network has made the issue of Islanding crucial for the reliable operation of the network. The islanding, if not detected early may lead to the collapse of the system as it can drive the distribution system to the cascaded failure. In this paper, an extensive study of the effect of DG placement and sizing is performed by dividing the system into different zones to obtain a reduced effect of islanding. The siting and sizing of DG is carried out to improve the overall voltage profile or/and reduction in active power loss using two stage Genetic Algorithm (GA). In the first stage a basic knockout selection is considered and the best population is taken for next stage, where roulette selection for crossover and mutation is performed for optimal placement and sizing of DGs. The effect of the islanding, due to load variations is reduced by optimal siting and sizing of DG. The effectiveness of the proposed scheme is tested on the IEEE 33 and 69 radial bus systems and the results obtained are promising.
Strength prediction and correlation of concrete is done using experimental and analytical methods. Main objective is to correlate the experimental and simulated values of compressive strength of concrete mix using Fly Ash (FA) and Silica Fume (SF) by partial replacement of cement in concrete. Mix proportion was determined using IS method for M40grade concrete. Hundred and forty-seven cubes were cast and tested using Universal Testing Machine (UTM). Genetic Algorithm (GA) model was developed using C++ program to simulate the compressive strength of concrete for various proportions of FA and SF replacements individually at 3% increments. Experiments reveal that 12 percent silica fume replacement produced maximum compressive strength of 35.5 N/mm2, 44.5 N/mm2 and 54.8 N/mm2 moreover 9 percent fly ash replacement produced a maximum strength of 31.9 N/mm2, 37.6 N/mm2 and 51.8 N/mm2 during individual material replacement of concrete mix. Correlation coefficient for each curing period of fly ash and silica fume replaced mix were acquired using trend lines. The correlation coefficient is found to be approximately 0.9 in FA and SF replaced mix irrespective of the mix proportion and age of concrete. A higher and positive correlation was found between the experimental and simulated values irrespective of the curing period in all the replacements.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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