• Journal of Species Research
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• 제11권3호
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• pp.155-161
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• 2022

Acetic acid bacteria (AAB) convert ethanol to acetic acid through oxidation, and the fermentation pathway of AAB is important in the vinegar industry. The genus Acetobacter is the representative one of AAB, and several Korean traditional vinegars are produced using Acetobacter strains. Until now, four species in the genus Acetobacter were reported as native species in Korea. During the past two years, we isolated several AAB strains from fruits, flowers and fermented foods, and several AAB species unrecorded in Korea were found on the basis of 16S rRNA gene sequence analyses. In this study, we report eight Acetobacter species as native ones which are A. fabarum C10-3 (=KACC 21483) isolated from plumcot fruit (Naju-si), A. lovaniensis KDG-EC1 (=KACC 22697) isolated from diced radish kimchi (Naju-si), A. okinawensis GAM12-M2 (=KACC 22696) isolated from persimmon fruit (Sangju-si), A. orientalis FR32C4 (=KACC 22370) isolated from fruit of Cudrania tricuspidata (Jeonju-si), A. papaya FR35B3 (=KACC 22046) isolated from grape fruit (Yeongdong-gun), A. suratthaniensis GAM15-R2 (=KACC 22694) isolated from persimmon fruit(Gimje-si), A. syzygii C25-1 (=KACC 22048) isolated from peach fruit (Namwon-si) and A. thailandicus JDF1-M1 (=KACC 22693) isolated from plum fruit(Seoul).

• 동의생리병리학회지
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• 제36권6호
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• pp.229-234
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• 2022

Lung cancer is the leading cause of cancer-related deaths worldwide. Indigo Naturalis (IN) is a dark blue powder obtained by processing leaves or stems of indigo plants, its anticancer effects have been reported in several studies. However, the pharmacological mechanism of IN in small cell lung cancer (SCLC) is not elucidated. In this study, to investigate the anticancer efficacy of IN for SCLC, we presented potential active ingredients, SCLC-related targets, and pharmacological mechanisms of IN that are expected to have anticancer activity for SCLC using a network pharmacological analysis. The phytochemical compounds of IN have been collected through TCMSP, SymMap, or HPLC documents. The active ingredients of IN such as indirubin, indican, isatin, and tryptanthrin were selected through ADME parameters or literature investigations for each compound. Using the Compounds, Disease-Target associations Databases, 124 common targets of IN and SCLC were obtained. Gene Ontology (GO), Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) Pathway enrichment analysis was carried out. GO biological processes are associated with response to xenobiotic stimulus, positive regulation of protein phosphorylation, regulation of mitotic cell cycle, and regulation of apoptotic signaling pathway. KEGG disease pathways included Gastric cancer, Bladder cancer, SCLC, and Melanoma. The main anticancer targets of the IN for SCLC were analyzed in 14 targets, including BCL2, MYC, and TP53. In conclusion, the results of this study based on the network pharmacology of IN can provide important data for the effective prevention and treatment of SCLC.

• Korean Journal of Acupuncture
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• 제41권1호
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• pp.7-15
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• 2024

Objectives : This study aimed to predict the effectiveness and potential of Schizonepeta tenuifolia as an anticancer treatment for non-small cell lung cancer through network-based pharmacology and cellular experiment. Methods : To identify the major bioactive compounds in Schizonepeta tenuifolia, we used the Traditional Chinese Medicine Systems. The target genes for the cancer treatment were selected using the UniProt database and the networked using Cytoscape. We performed functional enrichment analysis based on the Gene Ontology Biological Process and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Pathways to predict the mechanisms. To investigate the effect of Schizonepeta tenuifolia on lung cancer cell growth, we treated A549 cells, a lung cancer cell line, with different concentrations of the drug and used the MTT assay for cell viability. Results : Research has shown that the most effective mechanism of active compounds from Schizonepeta tenuifolia is through the pathway of cancer. The results of the network pharmacology analysis indicate that Schizonepeta tenuifolia has potential medicinal value as an adjuvant in anticancer treatment. The concentration-dependent inhibition of cell viability was observed on A549 cells. Furthermore, synergistic anticancer activity with Doxorubicin was also observed. Conclusions : Through a network pharmacological approach, Schizonepeta tenuifolia was predicted to have potential as an anticancer agent, and its efficacy was experimentally demonstrated using A549 cells. These findings suggest that Schizonepeta tenuifolia is a promising candidate for future research.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권1호
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• pp.1-8
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• 2012

본 연구는 한국재래돼지의 MC4R 유전자 내의 단일염기변이들을 규명하고 그 유전자형 효과가 유전자표지인자를 이용한 선발(Marker assisted selection, MAS)에 활용 가능한지를 검증하기 위해서 수행되었다. 한국재래돼지의 MC4R 유전자 총 염기서열을 분석하기 위해 6개의 Primer들을 이용하여 증폭산물을 생성하였으며, 염기서열분석을 통해 총 6개(c.-780C>G, c-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His, c.892A>G-Asp298Asn, c.*430A>T)의 단일염기변이를 발견하였다. 한국재래돼지 MC4R 유전자내의 총 6개의 단일염기변이들간의 연관불균형과 반수체 분석을 통해 단일염기변이들간의 연관성을 분석하였으며, c.-780C>G, c-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His와 c.*430A>T는 완전한 연관불균형을 이루고 있었고, c.892A>G(Asp298Asn) 단일염기변이만 $r^2$-value가 0.028, D'-value가 0.348로 연관불균형 정도가 매우 낮았다. c.707A>G (Arg236His)와 c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이들을 선발하여 PCR-RFLP 유전자형 분석방법을 이용해 돼지 5품종간의 유전자형 빈도를 추정한 결과, c.707A>G (Arg236His) 단일염기변이는 요크셔 품종 집단에서 오직 A (His) 대립유전자를 관찰할 수 있었으며, 나머지 한국재래돼지, 랜드레이스, 버크셔와 듀록 품종에서는 G 대립유전자의 고정으로 나타났다. c.707A>G 단일염기변이와 육질형질을 484두에서 연관성 분석을 실시한 결과, 조지방, 등심 내의 수분, 육색, 적색도 그리고 황색도 등에서 유의적인 연관성을 관찰할 수 있었다. c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이의 유전자형 빈도는 품종별로 차이가 났으며, A (Asn) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 듀록으로 나타났고, G (Asp) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 한국재래돼지로 조사되었다. c.892A>G (Asp 298Asn) 단일염기변이와 돼지 4 집단의 육질형질을 1,126두에서 분석한 결과, 등지방두께에 고도의 유의적인 효과를 관찰할 수 있었다(P<0.002). AA 유전자형을 가진 개체가 AG나 GG 유전자형을 가진 개체보다 등지방두께가 두꺼운 것을 확인할 수 있었다. 본 연구의 결과를 통해 MC4R 유전자 내의 c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이는 돼지의 선발개량에 유전자표지인자로서 충분한 효과가 있음을 검증하였다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제58권4호
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• pp.367-374
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• 2005

연구배경 : 장기간 흡연을 하는 사람의 10-20%에서만 COPD가 발생한다는 사실은 COPD의 발생에 유전적 인자가 관여함을 시사한다. 최근 surfactant protein A가, COPD의 병인에 중요한 역할을 하는 것으로 알려진 MMP-9의 분비를 TLR2를 통해 증가시킨다고. 그러므로 COPD의 병인에 TLR2이 역할을 할 수 있을 것이라는 가정 아래, TLR2 유전자의 intron II에 존재하는 Guanine-Thymine (GT)의 반복으로 이루어진 유전자다형성과 한국인에서의 COPD의 발생과의 연관성을 규명하고자 하였다. 방 법 : 흡연력이 있는 남자 COPD 환자와 정상 폐기능을 보이는 남자 흡연자를 대상으로 하여, TLR2 유전자의 intron II의 GT 반복횟수를 확인하였다. 그 GT 반복이 3상성의 분포를 보여 이들을 다시 세 개의 맞섬 유전자 아형으로 분류하여 분석하였다. (12-16회 GT 반복: 짧은 아형; 17-22회 반복: 중간 아형; 23-27회 반복: 긴 아형) 결 과 : 각각의 맞섬유전자 아형의 분포는 125명의 COPD군과 144명의 대조군 사이에 유의한 차이는 없었다(P=0.75). 또한 각각의 맞섬유전자 아형의 유무에 따른 유전형의 빈도도 두 군간의 차이는 관찰할 수 없었다. 결 론 : TLR2 유전자의 intron II에 존재하는 GT 반복으로 이루어진 유전자다형성은 한국인에서 COPD의 발생과 연관되어 있지 않다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권8호
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• pp.1271-1283
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• 2007

A fibrinolytic protease (PoFE) was purified from the cultured mycelia of the edible oyster mushroom Pleurotus ostreatus, using a combination of various chromatographies. The purification protocol resulted in an 876-fold purification of the enzyme, with a final yield of 6.5%. The apparent molecular mass of the purified enzyme was estimated to be 32 kDa by SDS-PAGE, fibrin-zymography, and size exclusion using FPLC. The optimal reaction pH value and temperature were pH 6.5 and $35^{\circ}C$, respectively. PoFE effectively hydrolyzed fibrinogen, preferentially digesting the $A{\alpha}$-chain and the $B{\beta}$-chain over the ${\gamma}$-chain. Enzyme activity was enhanced by the addition of $Ca^{2+},\;Zn^{2+},\;and\;Mg^{2+}$ ions. Furthermore, PoFE activity was potently inhibited by EDTA, and it was found to exhibit a higher specificity for the chromogenic substrate S-2586 for chymotrypsin, indicating that the enzyme is a chymotrypsin-like metalloprotease. The first 19 amino acid residues of the N-terminal sequence were ALRKGGAAALNIYSVGFTS, which is extremely similar to the metalloprotease purified from the fruiting body of P. ostreatus. In addition, we cloned the PoFE protein, encoding gene, and its nucleotide sequence was determined. The cDNA of cloned PoFE is 867 nucleotides long and consists of an open reading frame encoding 288 amino acid residues. Its cDNA showed a high degree of homology with PoMEP from P. ostreatus fruiting body. The mycelia of P. ostreatus may thus represent a potential source of new therapeutic agents to treat thrombosis.

• 생명과학회지
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• 제26권4호
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• pp.406-413
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• 2016

전복은 전복속(Haliotis)에 속하며 전 세계적으로 식품산업에서 중요한 복족류 연체동물이다. 우리나라에는 6개종; 북방전복(Haliotis discus hannai), 둥근전복(Haliotis discus discus), 왕전복(Haliotis madaka), 말전복(Haliotis gigantea), 오분자기(Haliotis diversicolor diversicolor), 마대오분자기(Haliotis diversicolor supertexta)가 보고되어 있다. 이 연구에서는 우리나라 해역에 서식하는 중ㆍ대형 전복과 4종인 북방전복, 둥근전복, 왕전복, 말전복의 유전학적 유연관계를 분석하기 위하여 미토콘드리아의 cytochrome c oxidase subunit I (COI) 유전자와 Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) 분석법을 실시 하였다. 본 연구의 결과 COI 유전자 분석과 RAPD 분석을 활용하면 4종의 전복 중 북방전복, 둥근전복, 왕전복을 한 그룹으로 나머지 한 그룹을 말전복으로 구분하는 종 분류는 명확히 구분할 수 있었다. 이러한 결과는 전복 교잡육종을 이용한 수출용 전복 신종자 개발에 있어 주요 대상종인 전복과 4종에 대한 유전적 근연 관계를 규정함으로써 향후 교잡육종 연구의 기초 자료를 제공할 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국균학회지
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• 제43권3호
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• pp.200-205
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• 2015

경상북도 성주군의 농경지에서 자생하는 들깨를 채집하여 이로부터 형태학적으로 상이한 15개의 내생진균을 순수 분리하였다. 이들의 배양여과액을 이용하여 난장이벼의 유묘에 처리하여 식물생장촉진 활성을 조사한 결과, 이들 중 Y2H001균주가 식물생장활성이 가장 우수한 것으로 나타났다. Y2H001균주의 ITS영역 염기서열과 ${\beta}$-tubulin 유전자 염기서열을 사용하여 계통학적 유연관계를 확인하였으며, 이러한 분자계통학적 분석 및 형태학적 관찰을 통해 Aspergillus flavus로 동정되었다. 또한 A. flavus Y2H001균주의 배양여과액을 GC/MS를 통하여 분석하였고 식물생장을 촉진하는 원인물질로 $GA_3$ (1.954 ng/mL)를 생산하는 것을 확인하였다.

• 한국작물학회지
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• 제65권4호
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• pp.274-283
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• 2020

본 연구는 조평과 조운의 벼 출수 후 적산온도와 검정온도에 따른 수발아 발생 정도를 조사하고, RNA-sequencing 방법을 사용하여 수발아 발생 원인을 찾았다. 품종간 수발아성에 관여하는 생리적, 유전학적 요인을 구명하고자 수행하였으며 분석한 결과는 다음과 같다. 1. 출수 후 적산온도가 높아질수록, 검정온도가 높아질수록 수발아 처리시 수발아율이 높았고, 조운벼가 내수발아성이 강하고, 조평벼가 수발아성이 높은것으로 나타났다. 2. 수발아성이 높은 조평벼를 대상으로 한 RNA-sequencing 결과 ABA 생합성에 관여하는 OsNCEDs의 발현이 감소하고, ABA 분해에 관여하는 OsCYP707As의 발현이 증가하였다. 3. 조평과 조운의 OsNCEDs와 OsCYPY707As의 Quantitation Real-Time PCR 결과 조평보다 조운에서 OsNCEDs의 발현이 높게 나타나 수발성과 상관관계를 보였으나, OsCYP707As는 수발아성과 상관관계를 보이지 않았다. 4. 조운벼는 등숙기간중 종실내 ABA함량이 조평보다 높으며 수발아 처리시 남아있는 ABA함량이 높아 내수발아성이 상대적으로 강하게 나타났다.

• BMB Reports
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• 제37권3호
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• pp.376-382
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• 2004

The Epstein-Barr-transformed B lymphoblastoid cell lines, LCL, which express antigens, are potential antigen-presenting cells (APCs) for the induction of cytotoxic T lymphocytes in vitro. However, transfecting LCL with subsequent selection by antibiotics is notoriously difficult because the plating efficiencies of LCL are reported to be 1% or less. Therefore, this study investigated the optimal conditions for increasing the transduction efficiency of a recombinant adenovirus to LCL for use as a source of APCs. The transduction efficiencies were < 13% (SD $\pm$ 2.13) at a multiplicity of infection (MOI) of 100, while it was increased to 28% (SD $\pm$ 9.43) at an MOI of 1000. Moreover, its efficiencies to LCL that expressed the coxsackie adenovirus receptor were increased to 60% (SD $\pm$ 6.35) at an MOI of 1000, and were further increased to 70% (SD $\pm$ 4.56) when combined with the centrifugal method. The cationic liposome or anionic polymer had no effect on the transduction efficiency when compared to that of the centrifugal method. These results may be used as a convenient source of target cells for a CTL assay and/or autologous APCs for the induction of the in vitro CTL responses that are specific to viral and tumor antigens.