• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권8호
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• pp.3721-3729
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• 2014

Background: Cancer is becoming the most important public health burden around the globe. As per the GLOBOCAN 2008 estimates, about 12.7 million cancer cases and 7.6 million cancer deaths were estimated to have occurred in 2008. The burden of cancer cases for India in the year 2020 is calculated to be 1,148,757 (male 534,353; female 614,404) compared to 979,786 in 2010. The pattern of cancer incidence is varying among geographical regions, esophageal cancer for example being high in China, lung cancer in USA, and gallbladder cancer in Chile. The question remains why? Is it due to the diversity in genome pool, food habits, risk factor association and role of genetic susceptibility or some other factors associated with it? In India, the North East (NE)-India region is seeing a marked increase in cancer incidence and deaths, with a very different cancer incidence pattern compared to mainland India. The genome pool of the region is also quite distinct from the rest of India. Northeastern tribes are quite distinct from other groups; they are more closely related to East Asians than to other Indians. In this paper an attempt was made to see whether there is any similarity among the pattern of cancer incidence cases for different sites of NE-India region to South or East-Asia. Materials and Methods: Principal Component Analysis (PCA), Hierarchical Cluster Analysis (HCA), Pearson Correlation coefficient test was assessed to evaluate the linkage of North-East India region to other regions. A p value <0.05 was considered as statistically significant. Results: The results clearly shows that there are similarities in occurrence of cancer incidence patterns for various cancer sites of NE-India with South and East-Asian regions, which may lead to the conclusion that there might be a genetic linkage between these regions.

• 대한본초학회지
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• 제30권3호
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• pp.41-47
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• 2015

Objectives : Due to the morphological similarity of the pericarp and description of multi-species in National Pharmacopoeia of Korea and China, the Zanthoxylum Pericarpium is difficult to authenticate adulterant in species levels. Therefore, we introduced the sequence analysis of DNA barcode and identification of single nucleotide polymorphism(SNP) to establish a reliable tool for the distinction of Zanthoxylum Pericarpium from its adulterants. Methods : To analyze DNA barcode region, genomic DNA was extracted from twenty-four specimens of authentic Zanthoxylum species and inauthentic adulterant and the individual internal transcribed spacer regions (rDNA-ITS and ITS2) of nuclear ribosomal RNA gene were amplified using ITS1, ITS2-S2F, and ITS4 primer. For identification of species-specific sequences, a comparative analysis was performed using entire DNA barcode sequences. Results : In comparison of four Zanthoxylum ITS2 sequences, we identified 16, 4, 6, and 4 distinct species-specific nucleotides enough to distinguish Z. schinifolium, Z. bungeanum, Z. piperitum, and Z. simulans, respectively. The sequence differences were available genetic marker to discriminate four species. Futhermore, phylogenetic relationship revealed a clear classification between different Zanthoxylum species showing 4 different clusters. These results indicated that comparative analysis of ITS2 DNA barcode was an useful genetic marker to authenticate Zanthoxylum Pericarpium in species levels. Conclusions : The marker nucleotides, enough to distinguish Z. schinifolium, Z. piperitum, Z. bungeanum, and Z. simulans, were obtained at 30 SNP marker nucleotides from ITS2 sequences. These differences could be used to authenticate official Zanthoxylum Pericarpium from its adulterants as well as discriminating each four species.

• 대한의생명과학회지
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• 제6권2호
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• pp.131-139
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• 2000

분리한 한국형 대장균파아지군($\phi$C1, $\phi$C2, $\phi$C3 및 $\phi$C4)과 잘 알려진 미국형 대장균파아지군($\phi$T2, $\phi$T4, $\phi$T5, $\phi$T7 및 ${\phi}{\lambda}$)의 유전적 유연관계를 조사하기 위하여 분자적 계통분류를 위한 방법인 RAPD-PCR을 실시하고 컴퓨터분석을 하였다. 그 결과, 9개의 대장균파아지들은 5개의 그룹으로 나위어지면서 한국형 대장균파아지들만이 그들간의 유전적 유사도가 매우 높으면서 하나의 클러스터를 형성하였다. 반면 이국형 대장균파아지들은 오직 하나의 서브클러스터를 가지며 나누어졌다. 즉, 미국형 대장균파아지 중 $\phi$T2와 $\phi$T4($T_{even}$ 파아지)만이 하나의 서브클러스터를 형성하면서 $\phi$T5, $\phi$T7 및 ${\phi}{\lambda}$들과 뚜렷히 구분되고 있었다. 그리고 한국형 대장균파아지들은 미국형 대장균차이지 중 오직 ${\phi}{\lambda}$와 유전적 유연관계를 갖고 있음을 확인하였다. 한편 한국형 대장균파아지의 게놈의 크기는 25,000 bp~35,000 bp 정도 였으며, 이 중 $\phi$C2가 그 크기가 가장 작고 $\phi$C1이 가장 컸다. 그리고 $\phi$C3과 $\phi$C4의 게놈은 중간 크기로 비슷하였다.

• 한국균학회지
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• 제26권4호통권87호
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• pp.466-477
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• 1998

진흙버섯류 22개 균주를 균총의 형태와 PCR 기법을 사용하여 종간의 구분 방법을 찾고자 하였다. PDA등 4가지 배지에서 균사생장 및 배지의 변색여부 등을 기준으로 특성을 구분할 때 목질진흙버섯의 균총 색깔은 진한 황색으로 균사생장이 늦고 배지를 푸르게 변색시켰다. rDNA 분석 결과 $ITSI{\sim}II$ 부위는 목질진흙버섯이 약 800 bp, 말똥진흙버섯은 약 700 bp였고, IGRI 부위는 목질진흙버섯은 약 700 bp, 말똥진흙버섯은 균주에 따라 약 500, 600, 700, 800 bp에서 4가지 각기 다른 밴드를 보였다. $ITSI{\sim}II$와 IGRI부위의 증폭된 DNA를 6개의 제한효소로 절단하여 다형성을 비교해 본 결과 $ITSI{\sim}II$의 HaeIII 절단으로 목질진흙버섯과 말똥진흙버섯을 구분할 수 있었으며 이들 밴드를 이용하여 유연관계를 조사한 결과 목질진흙버섯은 95%의 유사도를 보였으며, 말똥진흙버섯은 89%의 유사도로 complex를 형성하였다. 목질 진흙버섯은 RAPD 분석과 AP-PCR에 의한 밴드양상으로도 확실한 구분이 가능하였으며, $ITSI{\sim}II$ 부위의 HaeIII 제한효소 처리로 나타난 벤드는 이종의 특이적인 marker로 사용할 수 있을 것으로 본다.

• 한국균학회지
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• 제22권4호
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• pp.386-393
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• 1994

Fusarium 속내 종들의 분류학적 위치를 알아보기 위하여, 각 균의 $esterase-{\alpha},\;-{\beta},\;acid\;phosphatase,\;malate\;dehydrogenase,\;peroxidase,\;polygalacturonase$를 추출하여 전기영동의 방법으로 isozyme patterns를 비교하여 보았다. Banding patterns은 polygalacturonase만이 7종 모두에서 monozyme이었고, 나머지 효소는 종마다 약간씩 다르게 나타났다. Isozyme banding patterns을 바탕으로 genetic similarity를 산출하여 dendrogram으로 보았을 때, 동일한 section Liseola에 속하는 F. subglutinans와 F. moniliforme의 종간 유사도는 74.3%로 가장 높았으며, section Elegans와 section Liseola의 서로 다른 section 간의 유사도는 45.4%로 비교적 낮았다. F. napiforme와 F. nygamai의 유사도는 64.7%로 동일 section 내의 종간 유사도와 비슷한 수치를 나타내었다. 이들 두 종은 section Liseola에 대하여 55.2%, section Elegans에 대하여 45.4%의 유사도를 보여 분류학적 위치에 있어서 section Liseola에 더 가까운 경향을 나타내지만, 이는 다른 section 간의 유사도와 비슷한 수치로 하나의 독립된 section으로 추정된다. F. graminearum과 다른 6종 사이의 유사도는 28.2%의 낮은 수치를 나타내어 서로의 유사성이 매우 낮다는 것을 보여 주었다.

• 대한미생물학회지
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• 제35권2호
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• pp.171-180
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• 2000

Ninety two strains of Streptococcus pyogenes were isolated from patients with pharyngitis, scarlet fever, skin infection, and invasive streptococcal infections in Seoul, Korea from January to December, 1998. All isolates were epidemiologically characterized by T protein serotype, and serum opacity factor (OF) detection to phenotypes. To analyze the genetic relationship, fifty two isolates including 32 erythromycin-clindamycin (Em-Cm) resistant strains, 20 antimicrobial susceptible strains were attempted to the pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). T protein serotype showed 16 kinds in distribution including T12 and T4. Among the total isolates, 40 strains (43.5%) belonged to the T12 serotype and twenty strains (21.7%) to T4 serotype. On the other hand, when infection aspect of S. pyogenes isolates were analysed by T serotype distribution, T12 type was predominant for pharyngitidis which contributed to 21 strains (53%) and for skin infection isolates which contributed to 11 strains (28%), respectively. In case of T4 type, it was the most predominant pharyngitidis isolates which contributed to 8 strains (40%). In T serotype distribution of Em-Cm resistant strains, 27 strains (84%) of the thirty two showed T12 serotype. In minimum inhibitory concentration (MIC) values of Em-Cm resistance isolates, thirty two isolates showed resistant to erythromycin 27 strains (84%), had high MIC of >$128\;{\mu}g/ml$. And also to clindamycin, twenty two strains (69%) had high MIC of >$128\;{\mu}g/ml$. When OF detection of Em-Cm resistance of S. pyogenes isolates were analyzed by T serotype distribution, T12 serotype isolates revealed that all of the isolates except one strain were OF negative. In PFGE profile analysis to Em-Cm resistance isolates, of the twenty seven, Em-Cm resistance of T12 serotype isolates, 26 strains showed identical PFGE profile and all of these isolates revealed that OF negative. Eighty four percent of Em-Cm resistance S. pyogenes isolates had identical phenotype and PFGE profile. These results strongly suggested that the Em-Cm resistant S. pyogenes isolates from Seoul area showed close genetic correlation and PFGE could be available tool for molecular epidemiology.

• 한국작물학회지
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• 제53권2호
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• pp.137-143
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• 2008

조기 초관폐쇄성(rapid canopy closure, RCC) 또한 벼의 유전적인 잠재수량성을 향상시킬 수 있는 생리적 특성 중 하나이다. EGV(early growth vigor)가 상이한 22개 품종을 선정하여 EGV와 초관의 조기폐쇄성(RCC)과의 관계, RCC와 생육 및 수량간의 관계를 평가하고자 포장실험(이앙재배)을 실시하였다. 초관이 폐쇄되기 전의 생장은 $y\;=\;{\alpha}{\cdot}{\exp}({\beta}{\cdot}t)$와 같은 지수생장함수로 표현되는데, y는 엽면적지수(LAI) 또는 지상부건물중(DW)이고, t는 적산온도이며, $\alpha$는 지수생장초기의 LAI나 DW 값이고, $\beta$는 지수생장이 일어나는 시기의 LAI 또는 DW의 상대생장률(relative growth rate, RGR; $^{\circ}C^{-1}$)이다. 1. 벼의 지수생장 초기단계에는 품종의 LAI나 DW가 $\alpha$와 높은 정의 상관이 있었고 또한 종자 무게(천립중)와 정의 상관이 있어 종자무게에 의하여 생육이 크게 영향을 받았으며, 그 후의 시기는 품종의 LAI 및 DW가 $\beta$와 높은 상관을 보였다. 2. $\alpha$와 $\beta$는 모두 품종간에 유의적인 차이가 있었다. 3. $\beta$는 단위면적당 영화수 및 수량과 높은 정의 상관을 보였다. 4. 결론적으로 EGV 및 RCC는 상호 밀접한 관련이 있고, EGV가 크면, RCC도 커서 수량에 정의 방향으로 영향을 하는 것으로 판단되었다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제53권4호
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• pp.311-317
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• 2011

본 연구는 한우에서 소 염색체 14번(BTA14)에서 근내지방도 및 도체중과 관련성이 보고된 QTL영역(48-58cM) 내의 FABP5 유전자를 대상으로 SNP를 발굴하고 도체형질과의 관련성 분석을 위하여 수행하였다. PCR 및 염기서열결정법을 통해 FABP5 유전자내 4개의 SNP (-1141A>G, 949A>G, 969A>G, 1085C>G)를 발굴하였고, 이중 promoter 영역에 위치하는 SNP의 경우 미 보고된 신규 SNP로 확인되었다. 발굴된 4개의 SNP를 대상으로 표현형 기록치를 보유한 후대검정후 583두에 대하여 유전자형 분석 및 관련성 분석을 수행하였다. 분석 결과 4개의 SNP중 SNP1(-1141A>G)은 근내지방도에 있어서 G유전자형이 A유전자형에 비해서 근내지방도가 2.2 정도 높았고, SNP2 (949A>G)는 배최장근 단면적에 있어서 G유전자형이 A유전자형보다 배장근단면적에 있어서 3 $cm^2$ 만큼 높은 효과를 보였다. 본 결과에 대해 추후 지속적인 연구가 요구되어지며, FABP5의 SNPs은 한우의 도체 및 육질 관련 형질을 위한 유전자 마커로서 활용 가능할 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제53권4호
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• pp.297-302
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• 2011

본 연구는 지금까지 보증 및 후보씨수소로 선발된 씨수소에 대하여 연도별 평균 근교 및 혈연계수를 추정하고 씨수소의 유효집단크기를 추정하여 현재 한우개량 체계의 문제를 도출하여 발전된 대안을 제시하고자 실시하였다. 분석에 이용된 자료는 한우개량사업소로부터 1983년부터 2008년까지 1,128두의 당 후대검정 씨수소자료와 한국종축개량협회로부터 3,760두에 대한 혈통자료를 받아 이용하였다. 보증 및 후보씨수소의 평균 근교계수는 0.04에서 0.97%의 분포로 추정되었으며, 평균 혈연계수는 0.10에서 6.82%의 분포로 추정되었다. 유효집단 크기는 1983년부터 2008년까지 26년간 평균 근교비율을 이용하였을 때 220두로 추정되었다. 근교수준은 최근 2년간 급격히 증가하였고, 평균 혈연계수 역시 점차 증가하는 추세이다. 유효집단크기도 최근 5년의 근교비율로 추정하였을 때 47두로 작게 추정되었다. 보증씨수소 선발시 후대검정우의 도체성적에 의한 유전능력평가 자료의 활용뿐만 아니라, 근교 및 혈연계수를 고려하고 한우의 유전적 다양성의 보존과 근교를 피하기 위하여 현행의 보증씨수소 두수를 증가시켜 유효집단크기를 높여야 될 필요성이 있다고 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제26권10호
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• pp.1218-1223
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• 2016

전복은 전복과 전복속에 속하는 복족류 연체동물로, 전 세계적으로 어업에 의한 식용전복의 공급은 감소하고, 양식에 의한 전복생산은 증가하고 있다. 한국, 일본, 중국을 포함해 전 세계적으로 전복은 중요한 해양 식량자원이며, 양식 산업에 있어서도 그 비중이 증가되고 있긴 하나, 그 느린 성장 속도가 가장 큰 문제점 중의 하나로 여겨진다. 선별, 종내교잡, 종간교잡, 배수체 등과 같은 여러 진보된 기술의 도입을 통하여 전복의 주요 양식 품종을 개발하기 위한 연구가 시도되고 있다. 양식용 전복품종개발을 위하여, 한국 해안에 서식하고 있는 전복은 6종(Haliotis discus hannai, 북방전복; Haliotis discus discus, 둥근전복; Haliotis makada, 왕전복; Haliotis gigantea, 말전복; Haliotis diversicolor diversicolor, 마대오분자기; Haliotis diversicolor supertexta, 오분자기) 간의 교배를 통한 교배종 개발이 유용한 기술 중의 하나가 될 수 있으며, 한국, 중국, 그리고 일본에 서식하는 종 간의 교배종 연구가 활발히 진행 되어 오고 있다. 유용한 잠재적 형질을 가진 한국 산 전복들의 계통학적 관계와 이들의 종 판별에 대해서 살펴볼 것이며, 이들 종들로부터 개발된 분자 마커의 현황과, 성공적인 양식용 교잡종 개발에 있어서 고려해야 할 유전적 사항들에 대하여 알아보고자 한다.