• 한국수산과학회지
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• 제36권6호
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• pp.654-660
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• 2003

To evaluate the biological diversity of fish pathogenic streptococci, 35 strains isolated from diseased olive flounder (Paralichtys olivaceus), were analyzed using a random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique with the oligonucleotide commercial primer 6 (Amersham Biosciences). Api 20 Strep test, drug resistance and artificial infection were carried out for further characterization of the isolates. RAPD fingerprints showed similar pattern in 25 strains (about $71.4\%$ of 35 isolates) and these strains were designed as RA group 1. Similarities greater than $44\%$ were obtained when the Dice coefficient was applied among the isolates of RA 1. On the other hand, the reference Streptococcus iniae showed a similar RAPD profile to the isolates with similarity levels of $40-93.3\%.$ Rh I was suggested to be the dominant group isolated from olive flounder suffering from streptococcosis. However, the isolates of Rh 1 group were not classified into the same species by the Api 20 Strep identification system. There was no peculiarity in drug resistance patterns of Rh I group isolates against 7 antibacterial agents. However, only 3 of 25 isolates $(0.12\%)$ showed oxytetracycline (OTC) resistance and OTC might be a useful chemotherapeutic agent in controlling the streptococcosis by strains of RA I group in olive flounder. Fish injected intraperitoneally with $10^5$ CFU of an isolate of Rh I and RA III group showed $60\%\;and\;50\%$ accumulative mortality for 20 days, respectively ($20\%$ in control or Rh II). However luther comparative studies about differences in virulence between isolates are needed.

• Genomics & Informatics
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• 제21권3호
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• pp.39.1-39.15
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• 2023

DNA barcoding without assessing reliability and validity causes taxonomic errors of species identification, which is responsible for disruptions of their conservation and aquaculture industry. Although DNA barcoding facilitates molecular identification and phylogenetic analysis of species, its availability in clariid catfish lineage remains uncertain. In this study, DNA barcoding was developed and validated for clariid catfish. 2,970 barcode sequences from mitochondrial cytochrome c oxidase I (COI) and cytochrome b (Cytb) genes and D-loop sequences were analyzed for 37 clariid catfish species. The highest intraspecific nearest neighbor distances were 85.47%, 98.03%, and 89.10% for COI, Cytb, and D-loop sequences, respectively. This suggests that the Cytb gene is the most appropriate for identifying clariid catfish and can serve as a standard region for DNA barcoding. A positive barcoding gap between interspecific and intraspecific sequence divergence was observed in the Cytb dataset but not in the COI and D-loop datasets. Intraspecific variation was typically less than 4.4%, whereas interspecific variation was generally more than 66.9%. However, a species complex was detected in walking catfish and significant intraspecific sequence divergence was observed in North African catfish. These findings suggest the need to focus on developing a DNA barcoding system for classifying clariid catfish properly and to validate its efficacy for a wider range of clariid catfish. With an enriched database of multiple sequences from a target species and its genus, species identification can be more accurate and biodiversity assessment of the species can be facilitated.

• 한국수산과학회지
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• 제27권1호
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• pp.83-88
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• 1994

연어, 산천어, 무지개송어 등 우리나라의 연어과 어류에 있어서 종의 식별 및 3배체 어류의 판정에 동위효소를 genetic marker로 활용할 수 있는지의 가능성을 타진하고자 LDH, MDH, IDH, a-GPDH, ME, 6-PGD, PGI 및 PGM 등 8개 동위효소에 대하여 골격근 조직을 중심으로 분석을 실시하였다. 이중 골격근 조직의 MDH-B와 IDH loci에서 종간에 뚜렷한 차이를 나타내었으며 특히 MDH-B loci의 b 유전자의 출현빈도는 연어나 산천어에서는 거의 나타나지 않았으나 무지개송어에서는 매우 높게 나타났다. 또한 IDH도 무지개송어와 산천어간의 genetic marker로 유용할 것으로 보인다. 한편, PGI는 3배체 어류 생산시 친어를 상호 대립유전자(allele)의 동형접합(homozygote)인 개체를 사용할 경우 이의 효율적인 판정을 위한 새로운 marker로 활용할 수 있는 가능성을 가지고 있는 것으로 나타났으며 다른 loci에서는 별다른 차이를 발견할 수가 없었다.

• 한국어류학회지
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• 제30권2호
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• pp.75-83
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• 2018

이 연구는 우리나라 고유종인 낙동납자루의 초기생활사를 연구하여 분류학적 연구의 기초자료로 이용하고자 한다. 낙동납자루는 수컷의 뒷지느러미 가장자리 검은색 띠가 짙고, 암컷의 산란관이 오렌지색을 띠는 것으로 알려져 있다. 난의 형태는 방추형이었고, 난경은(장경${\times}$단경) $4.41{\times}1.44mm$였다. 부화에 소요되는 시간은 수온 $21.0^{\circ}C$일 때 126시간이 소요되었다. 부화 직후의 자어는 난황을 가지고 있으며, 평균 전장은 $5.91{\pm}0.18mm$ (n=5)였다. 부화 후 18일째에는 꼬리지느러미가 발달하였고, 평균 전장은 $8.02{\pm}0.08mm$ (n=5)였다. 부화 후 41일째 자어는 난황을 대부분 흡수하였고, 평균 전장은 $8.70{\pm}0.23mm$ (n=5)였다. 부화 후 80일째 자어는 지느러미 기조 수가 정수에 달하였고, 평균 전장 $12.6{\pm}0.28mm$ (n=5)였다. 지느러미 기조 수는 등지느러미 ⅲ.8개, 뒷지느러미 ⅲ. 9~10개, 꼬리지느러미 19개, 측선비늘 수 32~35개로 어미와 유사하였다.

• 한국어병학회지
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• 제33권2호
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• pp.127-138
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• 2020

코끼리조개 성패 및 유생으로부터 잠재적 병원성 세균 분리 및 동정을 수행하였다. 분리된 균주는 분자생물학적 기법 및 생화학적 검사를 통해 동정하였으며, 명확한 동정 및 계통수 분석을 위해 16S rDNA와 하우스키핑 유전자 (pyrH, recA, rpoA)를 결합하여 분석하는 MLSA를 적용하였다. 총 141개의 균주가 분리되었으며, 건강한 성패에서는 10개, 수포 병변을 보이는 빈사 상태의 성패에서 52개, 유생에서 79개가 분리되었다. 이 중 빈사상태의 성패에서 46개, 유생에서 39개의 균주가 Vibrio 속 세균으로 동정되었으며, 나머지 균주들은 모두 일반해양세균으로 동정되었다. Vibrio 속 세균 중에서는 수포 병변을 보이는 성패에서 Vibrio splendidus가 가장 많이 분리되었으며 기존의 V. splendidus와 함께 동일한 클러스터를 형성하였다. 하지만, 인위감염실험을 실시하지 않았고 건강한 유생에서도 V. splendidus가 분리되어 성패에서 나타난 수포와 V. splendidus와의 관계는 확실하지 않으며, 차후 추가 연구가 필요할 것으로 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제27권11호
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• pp.1331-1339
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• 2017

미토콘드리아 게놈에 존재하는 시토크롬C 산화효소 서브유닛 I (cytochrome C oxidase subunit I, COI) 유전자의 DNA 염기서열을 기반으로 하는 종 판별은 수산물 자원의 지속적인 개발과 어류 다양성 보존을 위해 폭넓게 적용되고 있다. 본 연구에서는 한국에서 소비되는 옥돔과 가짜 옥돔으로 둔갑하는 옥두어의 종 판별을 위한 분석법을 개발하였다. 옥돔과 옥두어, 두 종의 종 판별과 검증을 위해 미토콘드리아 게놈의 DNA 염기서열 차이를 이용하여 real-time PCR법에 의해 분석하였다. 미토콘드리아 DNA 서열의 생물정복학적 분석에서 옥돔과 형태학적 옥돔 유사종인 옥두어, 두 종 사이에 COI 유전자 내에서 상당히 유사한 DNA 서열 부분과 일부 서열 변화 부분이 확인되었다. 명확하게 종 판별을 하기 위해 COI 유전자 내에서 일부 변화된 서열에서 종 특이적 프라이머를 디자인하였다. 10 개체의 옥돔과 옥두어에서 게놈 DNA을 추출하여 옥돔과 옥두어의 종 특이적 프라이머를 이용하여 real-time PCR 시스템에 의해 분석되었다. 이러한 real-time PCR 시스템을 이용한 genomic DNA 기반의 분자 기술은 동물 조직의 분류학적 분류를 위한 신뢰할 수 있는 방법을 제공한다. 옥돔판별을 위해, 옥돔 DNA에서 옥돔 종 특이적 프라이머를 이용한 Ct 평균값($21.85{\pm}3.599$)과 옥두어 DNA에서 옥돔 종 특이 프라아머를 이용한 Ct 평균값($33.49{\pm}1.183$) 차이를 나타내었다. 그리고 옥두어판별을 위해, 옥두어 DNA에서 옥두어 종 특이적 프라이머를 이용한 Ct 평균값($22.49{\pm}0.908$)과 옥돔 DNA에서 옥두어 종 특이 프라아머를 이용한 Ct 평균값($33.93{\pm}0.479$)을 통해 옥돔과 옥두어의 각 종 특이 프라이머의 효율성, 특이성 및 교차 반응성 측정은 통계적으로 유의한 차이를 보여 주었다. 제안된 방법은 10개의 상용 샘플로 검증이 되었다. 따라서, threshold cycle (Ct) value와 같은 real-time PCR 결과 분석에 의해 종 판별이 가능하였다.

• 환경생물
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• 제33권1호
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• pp.34-44
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• 2015

본 연구에서는 금강의 먹이망 연구를 위한 기초작업으로 금강 하류에서 출현한 어류만을 대상으로 어류상, 담수역과 해수역에 출현하는 어류의 안정동위원소 차이, 담수어류의 섭식길드에 대한 분석을 실시하였다. 금강 하류지역을 대상으로 2011년 연구를 진행하였으며, 하구둑 기준 상류 20 km, 하류 10 km 구간에서 채집된 어류를 분석에 사용하였다. 섭식길드의 분석은 담수어류만을 대상으로 시행하였으며, 문헌연구를 통해 보고된 섭식길드의 적절성 여부를 판별분석을 통해 확인하였다. 연구결과 하구둑 상류와 하구둑 하류의 어류상은 완전한 차이가 있는 것으로 확인되었으며, 일부 회유성 어종 (웅어, 가숭어)들만 양측에서 모두 출현하는 것으로 나타났다. 안정동위원소 분석에서도 하구둑을 기준으로 상류와 하류에 서식하는 종들의 수치가 완전히 다르게 나타났다. 하구둑 하류에서 채집된 개체들의 경우 기수 및 해양 기원의 먹이를 선호하고 담수종의 경우 담수 기원의 먹이를 선호하기 때문으로 판단된다. 일부 회유성 종의경우 담수에서는 해수 신호가 해수에서는 담수신호가 감지되었는데 이는 생태적 특성에 의한 것으로 사료된다. 판별분석 결과 섭식길드는 문헌과 약간 차이가 나타나는 것으로 확인되었는데 이는 개체 발생 단계에 의한 결과일 것으로 판단되며, 관련된 추가적인 연구가 필요한 것으로 판단된다. 특히 안정동위원소의 경우 지역, 시기, 발생단계에 따라 동일 종이라 할지라도 차이가 존재하기 때문에 이러한 부분을 항상 고려하여야 하며, 가능하다면 지역별로 개체를 분석하여 섭식길드를 제시하는것이 지역의 어류와 관련된 연구에 있어서 효율적일 것으로 판단된다.

• 한국어류학회지
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• 제32권3호
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• pp.117-129
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• 2020

생물의 종 구분에 이용하는 지표 중 체색은 특징이 뚜렷한 형태 지표로서, 어류의 종 동정에 유용한 형태형질이다. 개볼락은 한국 중부와 남부, 일본 홋카이도 남쪽 등지에 분포하는 상업적으로 중요한 어종으로, 피부에 반점의 유무 및 마킹이 있는 위치에 따라 4개의 아종으로 구분하는 복잡한 체색 특성을 갖는다. 그러나 개볼락의 다양한 체색 패턴과 관련된 유전자 탐색 및 유전자 변이 발굴 등 체색 형성에 관여하는 유전자 규명에 관한 연구는 없다. 이에 따라 본 연구에서는 개볼락의 체색 패턴 관련 유전자 발굴 및 유전자 발현 특성을 규명하기 위한 기초 연구로 체색 타입별 피부 전사체를 프로파일링하였다. 개볼락을 Wild type (반점과 marking 없음)과 Color type (반점과 마킹 모두 있음)으로 구분하였고, 피부 전사체를 RNA-seq 방법을 이용하여 분석하였다. 개볼락 피부 전사체의 발현량을 비교하여 체색 타입별 차등발현유전자 164개를 확보하였다. 이들 차등발현유전자의 기능을 Gene ontology(GO) 분석으로 확인한 결과, 2개는 molecular function, 46개는 biological process, 6개는 cellular component 기능그룹에 속하였다. 차등발현유전자 중 CTL (Galactose-specific lectin nattectin), CUL1 (Cullin-1), CMAS (N-acylneuraminate cytidylyltransferase), NMRK2 (Nicotinamide riboside kinase 2), ALOXE3 (Hydroperoxide isomerase ALOXE3), SLC4A7 (Sodium bicarbonate cotransporter 3) 등은 특정 체색 타입 특이적인 발현양상을 나타냈다. 이번 연구는 개볼락의 체색 패턴 형성에 관여하는 전사체를 탐색한 첫 번째 연구로, 체색 형성 관련 기능유전자 발굴을 위한 후보유전자로 개볼락의 체색 타입별 차등발현유전자를 확보한 것에 의의가 있다. 향후에는 이들 후보유전자의 발현양상 및 기능을 분석하여 개볼락의 복잡한 체색 패턴과 관련된 기능유전자의 특성을 밝히고자 한다.

• 한국어류학회지
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• 제34권2호
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• pp.119-126
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• 2022

본 연구는 동중국해에서 수집한 치어(체장 5.2 mm)의 종을 COI 바코딩을 통해 남방표문쥐치(Naso hexacanthus)로 동정하고, 형태를 처음으로 보고한다. 치어는 마름모꼴의 몸통으로 등지느러미와 뒷지느러미의 첫 극조는 길고 톱니가 나 있었다. 뒷지느러미 기저부에 네 개의 흑색소포, 미병부에 밀집한 흑색소포, 뇌 표면에 퍼져 있는 흑색소포가 있었다. 작은 가시 한 개가 각각 콧등과 눈 뒤에 있었고, 톱니 모양의 돌기가 머리, 눈 위, 전새개골 내부와 외부, 새개골 아래와 옆 부분에 발달하였다. COI 바코딩으로 동정한 남방표문쥐치 치어의 형태적 특징은 치어의 종 동정에 유용할 것이다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제36권4호
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• pp.331-341
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• 2021

본 연구에서는 DNA barcode 시험법을 이용하여 시중 유통 중인 도미와 옥돔 수산가공식품의 위변조현황을 분석하였다. 참돔 12건, 돌돔 4건, 황돔 7건, 감성돔 2건, 나일틸라피아 7건, 옥돔 6건, 옥두어 8건 총 46건의 시료에 대해 실험을 진행하였다. 생물 종 판별에 주로 이용되는 mitochondrial DNA의 COX I (cytochrome C oxidase subunit I) 유전자 영역을 분석하여 원재료의 종을 판정하였다. NCBI에서 제공하는 BLAST Search 프로그램을 이용하여 분석된 염기서열과 NCBI에 등록된 각각 어류의 유전자 염기서열을 비교하였다. 분석 결과 염기서열 상동성(identity)이 97% 이상인 종을 원재료 종으로 판별하였다. DNA barcode 시험법을 이용해 시중 유통되는 참돔, 돌돔, 황돔, 감성돔, 나일틸라피아, 옥돔, 옥두 수산가공품 46건에 대해 조사한 결과 위변조 사례는 나타나지 않았다. 그러나 시장에서 통용되는 일반명칭과 식품공전에 기술된 표준명칭이 상이하여 소비자의 혼란을 야기할 수 있어 수산물 가공식품 표기에 일반명칭과 더불어 표준명칭 또는 학명을 같이 기술하여야 할 것으로 판단되었다.