• 한국어업기술학회:학술대회논문집
• /
• 한국어업기술학회 2002년도 추계 수산관련학회 공동학술대회발표요지집
• /
• pp.181-182
• /
• 2002

Expressed sequence tags (ESTs) are generated by single-pass DNA sequencing of clones obtained from cDNA libraries and are powerful tool in the genetic characterization of organisms, owing in large part to the speed and affordability of generating these sequences. Comparison of sequences obtained with those available in public sequence databases allows putative identification of many genes. (omitted)

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
• /
• 한국자원식물학회 2003년도 춘계 학술발표대회
• /
• pp.124-124
• /
• 2003

In order to study gene expression in a reproductive organ, we constructed a cDNA library of immature flower buds in Korean ginseng and generated expressed sequence tags (ESTs) of 3,360 clones randomly selected. The ESTs could be clustered into 1,844 non-redundant groups. Similarity search of the non-redundant ESTs against public non-redundant databases of both protein and DNA indicated that 1,254 groups show similarity to genes of known function. These ESTs clones were divided into sixteen categories depending upon gene function. The most abundant transcripts were unknown protein (72), chlorophyll a/b-binding protein (48), and stylar glycoprotein. There are no useful informations of gene expression during the development of flower bud in Korean ginseng. These results could help to understand the development of flower bud in Korean ginseng.

• 한국가금학회:학술대회논문집
• /
• 한국가금학회 2003년도 제20차 정기총회 및 학술발표회
• /
• pp.67-68
• /
• 2003

한국 재래 닭의 유전적 특성 규명 및 기능 유전체 연구의 기초재료를 확보하고자 대량 EST 염기서열 결정 및 생물정보학 분석을 실시하였다. 대량 EST 염기서열 분석을 위한 첫 번째 단계로 재래 닭의 뇌, 비장, 정소, 배아 생식기를 이용하여 cDNA library를 구축하였다. 각각의 library로부터 총 15,121개의 클론을 선정하여 염기서열을 결정하였다. 생물정보학 분석결과 15,121개의 염기서열은 총 10,353개의 contig로 정리되었다. 이들 염기서열을 기존 데이터베이스를 대상으로 tBlastX(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) 분석을 실시한 결과, 염기서열 중 56 ％가 기존 데이터베이스에 존재하는 유전자와의 상동성을 보였다. 상동성을 보이는 유전자들은 유전자의 구조 및 기능 분석에 이용될 것이고, 상동성을 보이지 않는 유전자들은 microarray와 같은 대량 유전자 발현분석 시스템을 이용하여 선별한 후 기능분석이 실시될 것이다.

• 한국잠사곤충학회지
• /
• 제38권1호
• /
• pp.13-18
• /
• 1996

곤충의 다양한 기능해석을 유전자 수준에서 수행하기 위하여 주요 익충인 누에를 대상으로 유전 자원 확보를 시도하였다. 우선 5령의 누에유충에서 cDNA 유전자 은행을 제작하여 1.3 X 106개의 cDNA 유전자원을 확보하였다. 누에유충의 cDNA 유전자 은행에서 무작위로 plaques을 선정하였고, 이를 플라스미드로 전환하여 SK primer를 이용한 부분 염기서열을 결정하였다. 결정된 cDNA 클론의 부분 염기서열을 GenBank 데이타베이스에서 검색하여 37개의 발현 유전자 꼬리표를 생산하였다. 이들 중 15개는 데이터베이스와의 비교부위가 150bp 이상이고 DNA 상동성이 약 60% 이상으로 비교적 높은 DNA 상동 유의성을 나타내는 것으로 혈림프에서 발견되는 수종의 저장 단백질, 곤충의 기동성, 체벽 형성, 효소 및 초파리의 돌연변이 유전자형과 유사한 종류들이었다. 또한 15개의 발현 유전자 꼬리표 중 누에에서 밝혀진 것은 3종이고 그 나머지는 누에에서 처음 밝혀진 것으로 이 클론에 대한 정확한 동정이 요구된다.

• 생명과학회지
• /
• 제24권11호
• /
• pp.1187-1192
• /
• 2014

고추는 한국, 중국, 멕시코를 포함한 온대 및 아열대 지역을 중심으로 전세계적으로 전형적인 향신료로 식용되고 있으며 그 생산량 및 사용량은 해마다 증가하는 추세에 있다. 고추역병균인 Phytophthora capsici는 고추의 생산에 있어, 질적, 양적으로 많은 피해를 야기하는 식물병원균으로 알려져 있다. 난균강에 속하는 이 병원균은 기주식물의 뿌리, 줄기, 잎과 함께 과실에 이르기까지 식물체 전체를 가해한다. 고추역병의 발병을 분자수중에서 이해하기 위해서는, 발병과정에서 발현되는 유전자에 대한 연구분석이 필수적이며, 이를 위해 최근 개발되어 응용되고 있는 발현서열표지(expressed sequence tags, ESTs)의 분석을 시도하였다. 고추역병균을 접종한후 3일째 발병초기의 고추잎으로부터 추출한 total RNA를 이용하여 고추-고추역병균 발병초기 cDNA library를 구축하였다. 이 cDNA library에서 무작위로 선발된 5,760 clone에 대하여 말단 염기서열 분석을 수행하여 5,148개의 양질의 염기서열을 확보하고 contig assembly에 적용한 결과, 2,990개의 unigenes을 확보하였다. 이들 2,990개의 unigenes에 대한 BLASTX를 이용한 상동성 분석결과, 2,409개가 기존에 알려진 서열과 matching을 보였으며, 이중 606개가 기능적으로 구분되었다.

• BMB Reports
• /
• 제39권2호
• /
• pp.183-188
• /
• 2006

Using the Phred/Phrap/Polyphred/Consed pipeline established in the National Livestock Research Institute of Korea, we predicted candidate coding single nucleotide polymorphisms (cSNPs) from 7,600 expressed sequence tags (ESTs) derived from three cDNA libraries (liver, M. longissimus dorsi, and intermuscular fat) of Hanwoo (Korean native cattle) steers. From the 7,600 ESTs, 829 contigs comprising more than two EST reads were assembled using the Phrap assembler. Based on the contig analysis, 201 candidate cSNPs were identified in 129 contigs, in which transitions (69%) outnumbered transversions (31%). To verify whether the predicted cSNPs are real, 17 SNPs involved in lipid and energy metabolism were selected from the ESTs. Twelve of these were confirmed to be real while five were identified as artifacts, possibly due to expressed sequence tag sequence error. Further analysis of the 12 verified cSNPs was performed using the program BLASTX. Five were identified as nonsynonymous cSNPs, five were synonymous cSNPs, and two SNPs were located in 3'-UTRs. Our data indicated that a relatively high SNP prediction rate (71%) from a large EST database could produce abundant cSNPs rapidly, which can be used as valuable genetic markers in cattle.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제18권2호
• /
• pp.170-178
• /
• 2005

An in silico approach was developed to survey the genes expressed in four internal organs of pig: liver, kidney, spleen and small intestine. The major procedures of the approach included: (1) BLAST searching against GenBank "est_others" database using human cDNA sequences as queries to screen the porcine orthologous expressed sequence tags (ESTs), (2) classifying the porcine ESTs records by resources according to certain criteria and (3) analyzing data for ESTs specifically expressed in each organ. In order to do so, four Java programs were developed. Based on the ESTs available in the GenBank database, it was found that there were at least 2,100 genes expressed in these four organs, including 128 in the liver, 81 in the kidney, 780 in the spleen, and 1,423 in the small intestine respectively (a few genes co-expressed in these tissues). Gene expression patterns, such as co-expressed genes, preferentially expressed genes and basic active genes were also compared and characterized among these organs. This study provides a comprehensive model on how to use the bioinformatics approach and Genbank databases to facilitate the discovery of new genes in livestock species.

• 한국해양바이오학회지
• /
• 제2권3호
• /
• pp.168-173
• /
• 2007

of expressed sequence tags (ESTs) is an efficient approach for gene discovery, expression profiling, and development of resources useful for functional genomics. To analyze the transcriptome of olive flounder, Paralichthys olivaceus, we have conducted EST analysis using cDNA libraries made from muscle of P. olivaceus. Redundant ESTs were assembled into overlapping contigs by using the assembly program ICAtools software. We found that the 221 ESTs were composed of 21 clusters and 35 singletons, suggesting that the overall redundancy of the library was 74.7%. Of the 221 clones, 218 clones (98.6%) were identified as known genes by BLAST searches and 3 clones (1.4%) did not match to any previously described genes. Based on major functions of their encoded proteins, the identified clones were classified into 13 broad categories. Sequence analysis of the ESTs revealed the presence of microsatellite-containing genes which may be valuable for further gene mapping studies. This study contributes to the identification of many EST clones that could be useful for genetics and developmental biology of olive flounder.

• 한국어병학회지
• /
• 제21권2호
• /
• pp.129-137
• /
• 2008

We constructed a black rockfish (Sebastes schlegeli) leukocyte cDNA library and a total of 386 expressed sequence tag (EST) clones were generated. Gene annotation procedures and homology searches of the sequenced ESTs were locally done by BLASTX for amino acid similarity comparisons. Of the 386 EST clones, 199 different ESTs showed significant homology to previously described genes while 97 ESTs were unidentified, hypothetical, or unnamed proteins. Encoding 38 different sequences were identified as putative bio-defense genes or genes associated with immune response.

• 한국패류학회지
• /
• 제30권2호
• /
• pp.155-163
• /
• 2014

동양달팽이의 EST 에서 serpin 유전자는 2가지 type이 추정되었다. Ns-serpin type 1 (partial) 서열의 코딩 영역은 총 819 bp 이었으며, 272개의 아미노산으로 이루어져 있었으며, Ns-serpin type 2 (partial) 의 코딩영역은 총 555 bp, 185개의 아미노산으로 이루어져 있었다. Laminarin 처리 전에는 Ns-serpin type 1이 2개 발현되었으며 처리 후에는 Ns-serpin type 2가 1개 발현되고 있었다. BLAST 결과를 바탕으로 유사도가 높은 17개의 참고 서열과 동양달팽이의 Ns-serpin type 1, 2의 아미노산 서열을 MEGA6 프로그램의 clustalW 엔진을 이용하여 multiple sequence alignment 를 수행한 결과, 척색동물의 포유강 9종, 조류강 1종, 양서강 1종과 척색동물인 해초강, 절지동물의 거미강 1종과 곤충강 1종이 같은 군으로 묶였으며, 연체동물문의 경우 동양달팽이의 두 가지 type 을 포함한 복족강 4종이 같은 군으로 묶이는 것을 확인하였다. Psipred 프로그램을 활용하여 예측한 2D 구조도 multiple align 및 phylodendrogram 결과와 연관이 있음을 확인할 수 있었다. EST를 통해 밝힌 동양달팽이의 두 가지 type의 Ns-serpin 서열은 Aplysia californica 등의 근연종들의 서열과 유사하였다. 본 연구에서는 무척추동물에서의 선천성 면역과 연관이 있는 것으로 잘 알려진 두 종류의 serpin 유전자 서열을 동양달팽이 EST 결과에서 발굴 하였으며, 동양달팽이에서도 여러 가지 type의 serpin 이 존재 할 수 있음을 입증하였다.