• Molecules and Cells
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• 제21권1호
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• pp.21-28
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• 2006

The interferon-induced, double-stranded RNA (dsRNA)-dependent protein kinase PKR plays a key role in interferon-mediated host defense against viral infection, and is implicated in cellular transformation and apoptosis. We have isolated a cDNA of simian PKR encoding a product with 83% amino acid identity to the human homolog and showed that PKR expression is significantly attenuated in the Vero E6 African green monkey kidney cells devoid of type I interferon genes. A variant form of PKR lacking the exon 12 in the kinase domain is produced in these cells, presumably from an alternatively spliced transcript. Unlike wild type PKR, the variant protein named PKR-${\Delta}E12$ is incapable of auto-phosphorylation and phosphorylation of eIF2-${\alpha}$, indicating that the kinase sub-domains III and IV embedded in exon 12 are indispensable for catalytic function. PKR-${\Delta}E12$ had no dominant negative effect but was weakly phosphorylated in trans by wild type PKR.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제16권12호
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• pp.1716-1721
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• 2003

Steroid hormones and their receptors play an important role in reproductive process. Estrogen is intimately involved with pregnancy and its function is mediated through the estrogen receptor which has been chosen as a candidate gene to study litter size in pigs. In this study, we report that two estrogen receptor variants, designated pER-1 and pER-2 were co-expressed in the uteri of normal cycling Lan-Yu pig (Sus vittatus; a small-ear miniature in Taiwan) with the pER-1 expression level appeared to be several times higher than that of pER-2. These receptor variants were isolated using reverse transcription-PCR from the pig uteri and their sequences were determined. The pER-1 and pER-2 sequences, which are homologous to those found in other mammalian estrogen receptors, encode putative proteins consisting of 574 and 486 amino acids, respectively. A deletion in exon I was identified in both sequences, with deletion lengths of 63 bp in pER-1 and 327 bp in pER-2. The deletion in pER-1 is internal to that in pER-2 and both deletions resulted in a truncation of the B domain, which confers the transactivating activity of estrogen receptor protein. This result describes the existence of estrogen receptor variants with a deletion in exon I and implies the possibility that physiological functioning of an estrogen receptor may not require the presence of an intact B domain.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권5호
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• pp.2879-2883
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• 2013

Objective: To investigate differences in mutations of epidermal growth factor receptor (EGFR) gene and relationships with clinicopathological features in patients with non-small cell lung cancer (NSCLC) between Uygur and Han ethnic groups. Methods: The Scorpions amplification refractory mutation system (Scorpions ARMS) was used to measure mutations in exons 18, 19, 20 and 21 of the EGFR gene in paraffin-embedded tumor tissue from NSCLC cases, and statistical analysis was performed to investigate links with clinicopathological features in different histological types of NSCLC. Results: Results from ARMS testing showed EGFR mutations in tumor tissues from six (6) of 50 NSCLC patients of Uygur ethnic group, with a positive rate of 12.0%; four of them (4) had exon 19 deletion in EGFR, and two (2) had L858R point mutation in exon 21 of EGFR. Statistically significant difference was noted in EGFR genetic mutation between adenocarcinoma and non-adenocarcinoma (P < 0.05), but no differences with gender, age group, smoking status, or stage (P > 0.05). EGFR mutations were detected in tumor tissues from 27 of 49 NSCLC patients of Han ethnic group, with a positive rate of 55.1%; 19 of them had exon 19 deletions, seven (7) had L858R point mutations in exon 21 of EGFR and one (1) had mutations in both exon 18 G719X and exon 20 T790M of EGFR. Statistically significant differences were noted in EGFR genetic mutations between genders and between adenocarcinoma and non-adenocarcinoma (P<0.05), but not with age group, smoking status, or stage (P > 0.05). Conclusion: Statistically significant differences were noted in the positive rates of EGFR genetic mutations in NSCLC patients between Uygur and Han ethnic groups, with lower positive rates for the Uygur cases.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제5권1호
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• pp.15-20
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• 2008

목 적 : 듀시엔/베커형 근이영양증(Duchenne and Becker type muscular dystrophy; DMD/BMD)은 남아에게 나타나는 일반적인 X 염색체 연관 유전성 근육 질환으로 DMD(dystrophin) 유전자의 돌연변이로 인해 생긴다. 그 중 큰 exon 결실이 전체 DMD 환자의 약 50-60%에서 발견된다. 이 유전자의 돌연변이를 찾기 위해 여러 방법들이 사용되고 있지만 결실 돌연변이를 찾아내기 위한 가장 일반적인 방법으로 복합적 중합효소연쇄반응을 이용하고 있다. 하지만 이 방법의 단점은 하나의 시험관 안에 복합적인 시발체가 존재하여 정확한 반응 조건을 찾기 힘들 뿐 아니라 시발체 상호간의 간섭으로 중합효소 연쇄반응의 비특이적 생성물을 빈번하게 일으켜 잘못된 음성 또는 양성 결과를 가져올 수 있다. 이런 문제를 보완하고자 Dual Primer Oligonucleotide(DPO) 방법을 도입하였다. DPO는 polydeoxyinosine 연결에 의해 두 영역으로 분리된 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)로 표적 DNA 염기서열과의 교잡반응에 높은 특이적 반응을 보여 복합 중합효소 연쇄반응의 정확도를 높여준다. 본 연구에서는 3 그룹을 대상군으로 DMD 유전자의 결실돌연변이 검색을 위한 DPO-복합 중합효소 연쇄반응법의 특이성과 민감성을 알아보고자 하였다. 방 법 : 50명의 건강한 남자 대조군, 50명의 결실 돌연변이를 갖고 있는 양성반응 환자그룹 그리고 20명의 결실 돌연변이를 가지고 있지 않은 음성반응 환자 그룹으로 구성된 3 그룹을 대상으로 DPO-복합 중합효소 연쇄반응법을 이용하여 실험하였다. 이들 120명의 실험군 모두 PMter영역과 exon 3, 4, 6, 8, 12, 13, 17, 19, 43-48, 50-52, 60을 포함하는 18개의 exon에서의 결실의 여부와 결실 범위를 확인하였다. 결 과 : DPO-복합 중합효소 연쇄반응법은 결실 여부를 발견하는데 100%의 특이성과 민감성을 보였다. 하지만 결실 범위의 결정에는 97.1%의 민감성과 특이성을 보였다. 결 론 : DPO-복합 중합효소 연쇄반응법은 기존의 복합 중합효소 연쇄반응법 보다 높은 분석 확실성을 보일뿐 아니라 빠르고 저렴한 비용으로 쉽게 할 수 있기 때문에 듀시엔/베커형 근이영양증 환자의 DMD 유전자의 결실돌연변이 여부를 확인하는데 유용한 방법이다.

• 한국동물학회지
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• 제38권4호
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• pp.550-556
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• 1995

c-myc proto-oncogene은 여러 세포들의 분화와 형질전화에 뿐만 아니라 정상세포의 분열조절에도 관여한다고 알려져왔다. 특히 생쥐의 초기배아에서 c-myc mRNA가 발현되고 antisense c-myc oligomer의 미세주입에 의해 배발생이 억제된다는 연구결과는 c-myc이 초기배아의 발생 및 분열에 관여하는 것을 시사한다. 그러나 최근까지 초기배아에 존재하는 c-myc promoter의 기능적 활성화에 관한 연구는 미진하였다. 이를 위하여, c-myc promoter와 대장균의 lacZ 유전자를 결합시킨 두 종류의 vector(pcmyc-Gall, pcmyc-Ga12)를 만들어 수정란의 전핵에 미세주입한 후, 배 발생에 따른 c-myc promoter의 활성화를 lacZ 유전자의 산물인 $\beta$-galactosidase 에 의한 X-gal 염색으로 조사하였다. 미세주입된 초기 배아는 2세포기 배아를 포함하는 여러 발생단계에서 $\beta$-galactosidase 의 활성을 보였다. 이는 c-myc 유전자가 배아의 게놈유전자로부터 발현되며, 또한 궁극적으로 초기 배아의 발생과정에 중요한 역할을 하고 있음을 시사하고 있다.

• BMB Reports
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• 제45권1호
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• pp.32-37
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• 2012

Alternative splicing generates several interleukin-6 (IL-6) isoforms; for them an antagonistic activity to the wild-type IL-6 has been proposed. In this study we quantified the relative abundance of IL-6 mRNA isoforms in a panel of mouse tissues and in C2C12 cells during myoblast differentiation or after treatment with the $Ca^{2+}$ ionophore A23187, the AMP-mimetic AICAR and TNF-${\alpha}$. The two mouse IL-6 isoforms identified, IL-6${\delta}$5 (deletion of the first 58 bp of exon 5) and IL-6${\delta}$3 (lacking exon 3), were not conserved in rat and human, did not exhibit tissue specific regulation, were expressed at low levels and their abundance closely correlated to that of full-length IL-6. Species-specific features of the IL-6 sequence, such as the presence of competitive 3' acceptor site in exon 5 and insertion of retrotransposable elements in intron 3, could explain the production of IL-6${\delta}$5 and IL-6${\delta}$3. Our results argued against biological significance for mouse IL-6 isoforms.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제41권3호
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• pp.127-133
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• 2014

Bacillus thuringiensis 균주로부터 분리한 cry3A 유전자는 딱정벌레목 해충에 살충성을 가지고 있어서 효율적으로 딱정벌레목 해충을 방제 할 수 있다고 알려져 있다. 국립농업과학원에서는 cry3A 유전자 형질전환벼를 육성하였고, GMO 포장 생물검정 연구를 통해 벼물바구미에 대한 내충성을 확인하였다. 본 연구에서는 벼물바구미 내충성 벼 4 계통에 대한 도입유전자 특성을 분자생물학적 방법으로 검정하여 유전자의 도입 사본 수와 도입유전자의 염기서열 등의 분석결과를 제시하였다. BT12R1 계통은 염색체 10번의 exon 부위에 도입유전자가 단일 사본으로 삽입되었으며, BT12R2 계통은 두 개의 사본으로 삽입되었고, BT12R3 계통은 LB 인근의 염기서열만 확인되었다. BT12R4 계통의 경우 단일 사본의 도입유전자가 염색체 5번의 24,516,607 ~ 24,516,636 위치에 30개의 염색체 염기서열이 결실된 상태로 삽입되었다. 이 도입위치는 벼의 내재 유전자가 발현하지 않는 intergenic 부위로 판명되었으며, 도입유전자 이외의 벡터 염기서열이 삽입되지 않음을 확인하였다. 이러한 벼물바구미 내충성벼 BT12R4 계통에 대한 분자생물학적 분석 결과는 차후 GM 작물 실용화의 환경 위해성 및 안전성 평가에 대한 기초자료로 활용할 수 있을 것으로 생각된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제55권1호
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• pp.88-97
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• 2003

연구배경 : 90% 정도의 만성폐쇄성 폐질환(COPD) 환자들이 흡연력이 있으나 흡연자의 15~20%에서만 COPD가 발생하는 것은 유전자 감수성 등 다양한 다른 인자들의 영향이 있음을 암시한다. 담배 연기 속에 포함된 epoxide를 가수 분해하는 효소인 microsomal epoxide hydrolase(mEPHX)의 효소 활성은 두 개의 유전자 다형성 양상에 따라 서로 다르므로 이 다형성의 양상에 따라, 그리고 활성화된 유독 물질을 대사시키는 glutathione Stransferase의 M1 subunit 유전자 (GSTM1)의 homozygous deletion 여부에 따라 COPD의 발생 위험도 다를 것으로 예측된다. 대상 및 방법 : 전남 대학교 병원 호흡기 내과에 내원한 58예의 COPD군과 이와 연령이 비슷한 폐결핵 환자 59례 및 정상인들 20례로 구성된 대조군(79예)의 말초혈액 백혈구로부터 추출한 DNA를 이용하여 mEPHX 유전자의 다형성과 GSTM1 유전자의 결손 여부 그리고 임상 양상과의 관계를 관찰하였다. mEPHX 유전자의 exon 3과 exon 4를 각각 두 쌍의 primer를 이용하여 증폭하여 제한 효소 절단 양상으로 유전자 다형성 위치의 염기를 확인하였고 일부에서는 염기 서열을 직접 확인 하였다. 또한 GSTM1 유전자의 exon 4와 exon 5 부위를 PCR 증폭하여 homozygous deletion 여부를 혈액응고인자 V를 양성대조로 이용하여 확인하였다. 결 과 : COPD와 대조군 양군 간에 연령 ($63.7{\pm}10.9$ vs $60.4{\pm}8.1$세)은 차이를 보이지 않았고 흡연자는 COPD군(33/40, 82.5%)이 대조군(38/71, 53.5%)에 비하여 많았다(p<0.01). GSTM1은 73예가 결손되어 53.3%의 결손율을 보였는데 COPD군(32/58, 55.2%)과 대조군(41/79, 51.9%) 사이에 유의한 차이는 없었다. mEPHX는 29예(21.2%)가 slow, 73예(53.3%)가 normal, 32예(23.4%)가 fast enzyme activity를 보이는 유전자형이었는데, slow enzyme activity를 보이는 유전자형의 빈도가 COPD군(7/57, 12.3%)에서 대조군(22/77, 28.6%)보다 유의하게 낮았다(p<0.05). COPD 발생의 비교 위험도는 mEPHX의 낮은 효소 활성을 보이는 유전자형이 0.32 (95% 신뢰구간 0.14-0.75, p<0.01)를 보였으나, 흡연자들만을 이용하여 비교하였을 때는 mEPHX의 유전자형에 따른 COPD의 빈도는 차이가 없었다. 결 론 : 소수의 집단을 대상으로 한 본 연구에서 GSTM1 결손이나 mEPHX의 유전자형은 COPD 발생의 유의한 위험인자는 아니었다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제17권1호
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• pp.27-33
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• 2020

Purpose: Duchenne muscular dystrophy (DMD) is the most common lethal muscular dystrophy and is caused by the genetic variants of DMD gene. Because DMD is X-linked recessive and shows familial aggregates, prenatal diagnosis is an important role in the management of DMD family. We present our experience of prenatal molecular diagnosis and carrier detection based on multiplex polymerase chain reaction (PCR), multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA), and linkage analysis. Materials and Methods: During study period, 34 cases of prenatal diagnosis and 21 cases of carrier detection were performed at the Seoul National University Hospital. Multiplex PCR and MLPA was used to detect the exon deletions or duplications. When the DMD pathogenic variant in the affected males is unknown and no DMD pathogenic variant is detected in atrisk females, linkage analysis was used. Results: The prenatal molecular diagnosis was offered to 34 fetuses. Twenty-five fetuses were male and 6 fetuses (24.0%) were affected. Remaining cases had no pathogenic mutation. We had 24 (80.0%) cases of known proband results; exon deletion mutation in 19 (79.2%) cases and duplication in 5 (20.8%) cases. Linkage analysis was performed in 4 cases in which 2 cases (50.0%) were found to be affected. In the carrier testing, among 21 cases including 15 cases of mother and 6 cases of female relative, 9 (42.9%) cases showed positive results and 12 (57.1%) cases showed negative results. Conclusion: Prenatal molecular diagnosis and carrier detection of DMD are effective and feasible. They are useful in genetic counseling for DMD families.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권18호
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• pp.8177-8186
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• 2016

The present study was aimed at determining the effects of alkylating and oxidative stress inducing agents on a newly identified variant of DNA polymerase beta ($pol{\beta}{\Delta}_{208-304}$) specific for ovarian cancer. $Pol{\beta}{\Delta}_{208-304}$ has a deletion of exons 11-13 which lie in the catalytic part of enzyme. We compared the effect of these chemicals on HeLa cells and HeLa cells stably transfected with this variant cloned into in pcDNAI/neo vector by MTT, colony forming and apoptosis assays. $Pol{\beta}{\Delta}_{208-304}$ cells exhibited greater sensitivity to an alkylating agent and less sensitivity towards $H_2O_2$ and UV when compared with HeLa cells alone. It has been shown that cell death in $Pol{\beta}{\Delta}_{208-304}$ transfected HeLa cells is mediated by the caspase 9 cascade. Exon 11 has nucleotidyl selection activity, while exons 12 and 13 have dNTP selection activity. Hence deletion of this part may affect polymerizing activity although single strand binding and double strand binding activity may remain same. The lack of this part may adversely affect catalytic activity of DNA polymerase beta so that the variant may act as a dominant negative mutant. This would represent clinical significance if translated into a clinical setting because resistance to radiation or chemotherapy during the relapse of the disease could be potentially overcome by this approach.