• 대한수의학회지
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• 제44권4호
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• pp.533-537
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• 2004

In this study, we performed a PCR-RFLP analysis of NADH oxidase gene(nox) for the characterization of porcine intestinal spirochetes isolated from Korea by the comparison with Brachyspira hyodysenteriae and B. pilosicoli reference strains. Eleven strains including four reference strains, B. hyodysenteriae B204, B234, B169, B. pilosicoli P43/6/78 and seven Korean isolates were used. PCR products of 939 bp were amplified using nox-specific primers and digested with two restriction enzymes, Bfm I and Dpn II. In study using Bfm I, both strains showed no difference in fragmented size(197 and 741 bp). When use Dpn II, B. hyodysenteriae showed two bands(209 and 684 bp), however B. pilosicoli showed a single band of 896 bp. Our results indicate that nox-specific PCR-RFLP could be used as a typing method of Brachyspira species and as an epidemiological method for identifying spirochetes isolated from swine.

• Journal of Microbiology
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• 제43권5호
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• pp.424-429
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• 2005

In previous studies, it has been reported that both S. enteritidis, the most common serotype, and S. enteritidis Phage Type 4 (SEPT 4) isolates were identified as the most prevalent PT in domestic poultry and also in humans in Korea until 2002. The aim of this study was to analyze the genetic diversity and epidemiological properties of both PT isolates, and also to trace the source of SEPT 4 isolates from domestic poultry and humans by Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). In order to understand the molecular epidemiologic properties of SEPT 4 isolates, which have very similar phenotypic properties to our preliminary investigations (serotyping, phage typing, large plasmids and antibiograms), PFGE analysis with XbaI enzyme was performed on the representative SEPT 4 isolates. Thirty-six SEPT 4 isolates were analyzed and differentiated with 10 pulsed-field profiles (PFP) expressing very high discriminative ability (SID: 0.921). In PFP, SEPT 4 isolates from human patients showed a perfect genetic match with those from broiler chickens and meats. Therefore, this study was able to successfully trace the major source of SEPT 4 isolates and also to determine the usefulness of the PFGE method for genetic analysis of epidemic strains.

• 대한임상검사과학회지
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• 제52권2호
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• pp.128-135
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• 2020

본 연구에서는 환자의 비강으로부터 분리 배양된 총 39건의 MRSA 분리 배양 균주를 이용해 mecA 유전자 검출, SCCmec typing과 mec complex typing을 분석해 보고자 하였다. 임상 환자의 비강으로부터 분리 배양된 MRSA 총 39주 중 SCCmec type-II가 24건, type-II/IVa가 2건, type-II/V가 1건, type-IVa가 1건, not-typeable이 11건으로 분석되었으며, mec complex type A가 29건, not-typeable이 10건이었으며, type B는 없는 것으로 분석 되었다. 결론적으로, 환자의 비강으로부터 분리된 MRSA 분리 배양 균주 중 SCCmec type-II와 mec complex type A 아형이 가장 많이 분포하고 있었으며, 이 결과는 의료기관 획득 MRSA에 관한 다른 연구결과와 유사한 결과를 나타냈다. 이후 환자의 비강으로부터 분리 배양된 not-typeable 아형의 MRSA 균주를 대상으로 국내에서 발견되는 새로운 MRSA 아형 규명에 관한 추가 연구가 필요할 뿐만 아니라, MRSA 분리 배양 균주의 아형을 분석함으로써 그 분자적 특성을 분석한 결과를 바탕으로 병원 감염관리를 위한 기초자료를 제공할 수 것으로 사료된다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제50권3호
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• pp.331-336
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• 2018

본 연구에서는 국내 대전 소재 3차 병원 임상에서 분리된 Candida albicans 40 균주를 대상으로 균주 분리원에 따라 7종류의 housekeeping gene에 대한 염기서열 변이를 확인하고 MLST 분석을 통해 균주간의 계통학적 연관성에 대한 연구를 수행하여 다음과 같은 결과를 얻었다. Phylogenetic tree 분석 결과 sub-cluster 1로 central line blood (2), others (5), sputum (4), urine (7)을 포함해 총 18개가 분류되었으며, sub-cluster 2로는 central line blood (1), others (5), peripheral blood (6), sputum (1), urine (1)을 포함해 총 14개가 분류되어 동일 채취 부위에서 분리된 균주는 유전학적으로 유사성을 가지고 있을 가능성이 있음을 확인하였다. 앞으로 분리지역과 상병 등에 따른 C. albicans 유전자들의 변이 추세에 대한 자료의 축적과 임상 검체에 따른 계통학적 관계를 추정하여 감염병 연구 및 역학적 감시체계 구축에 도움이 될 것으로 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제20권5호
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• pp.649-654
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• 2010

Streptococcus equi subsp. zooepidemicus는 말의 생식기 질환을 유발하는 중요한 병원체 중 하나로서 국내 말의 생산성 향상을 도모할 목적으로 제주도에서 사육중인 더러브렛 암말의 유산태아 및 그 말의 자궁내용물과 장수목장에서 암말의 교배전 생식기 질환이 의심되는 말의 질 내용물로부터 시료를 채취하여 Streptococcus equi subsp. zooepidemicus을 분리하여 그 분리균의 특성 및 항균제 감수성 검사를 실시한 결과, RAPD typing에서는 크게 4개의 cluster로 구분되었다. 특히 제주도에서 분리한 균주와 장수목장에서 분리한 하나의 균주가 동일한 pattern을 나타내었다. 항균제 감수성 검사에서는 대부분의 균주가 ampicillin 등의 약제에 감수성이 있음을 확인하였다. 본 연구의 결과는 국내에서 사육중인 암말의 생식기 질병의 예방 및 치료에 유용할 것으로 생각된다.

• Journal of Veterinary Science
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• 제22권5호
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• pp.68.1-68.15
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• 2021

Background: Colistin and carbapenem-resistant bacteria have emerged and become a serious public health concern, but their epidemiological data is still limited. Objectives: This study examined colistin and carbapenem resistance in Escherichia coli and Salmonella from pigs, pig carcasses, and pork in Thailand, Lao PDR, and Cambodia border provinces. Methods: The phenotypic and genotypic resistance to colistin and meropenem was determined in E. coli and Salmonella obtained from pigs, pig carcasses, and pork (n = 1,619). A conjugative experiment was performed in all isolates carrying the mcr gene (s) (n = 68). The plasmid replicon type was determined in the isolates carrying a conjugative plasmid with mcr by PCR-based replicon typing (n = 7). The genetic relatedness of mcr-positive Salmonella (n = 11) was investigated by multi-locus sequence typing. Results: Colistin resistance was more common in E. coli (8%) than Salmonella (1%). The highest resistance rate was found in E. coli (17.8%) and Salmonella (1.7%) from Cambodia. Colistin-resistance genes, mcr-1, mcr-3, and mcr-5, were identified, of which mcr-1 and mcr-3 were predominant in E. coli (5.8%) and Salmonella (1.7%), respectively. The mcr-5 gene was observed in E. coli from pork in Cambodia. Two colistin-susceptible pig isolates from Thailand carried both mcr-1 and mcr-3. Seven E. coli and Salmonella isolates contained mcr-1 or mcr-3 associated with the IncF and IncI plasmids. The mcr-positive Salmonella from Thailand and Cambodia were categorized into two clusters with 94%-97% similarity. None of these clusters was meropenem resistant. Conclusions: Colistin-resistant E. coli and Salmonella were distributed in pigs, pig carcasses, and pork in the border areas. Undivided-One Health collaboration is needed to address the issue.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제51권4호
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• pp.500-506
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• 2023

Carbapenem 내성 Klebsiella pneumoniae (Carbapenem-resistant K. pneumonia, CRKP)는 전 세계적인 공중 보건 문제로 대두되고 있다. 최근 Klebsiella pneumoniae carbapenemase-2 (KPC-2) 생성 sequence type (ST)307은 CRKP의 주요 클론으로 확인되었으며, 국내에서 ST307의 확산이 보고되었다. 본 연구에서는 2020년 3월부터 2021년 12월까지 대전지역의 3차 병원에서 분리된 CRKP 50균주를 대상으로, 분자 특성과 항균제 내성 양상을 조사하였다. 역학적 관계는 multilocus sequence typing (MLST)를 통해 분석하였고, 항균제 감수성 검사는 디스크 확산법을 통해 확인하였다. PCR과 DNA 염기서열분석은 carbapenemase 유전자 확인을 위해 수행하였다. CRKP감염은 남성과 60세 이상의 환자에서 훨씬 더 빈번하게 확인되었다. CRKP 50균주 중 46균주(92.0%)는 다제내성(MDR)을 보였고, 44균주(88.0%)는 carbapenemase-producing K. pneumoniae (CPKP)로 확인되었다. 주요 carbapenemase 유형은 KPC-2 (36균주, 72.0%)였으며, New Delhi metallo-enzyme-1 (NDM-1)과 NDM-5는 각각 7균주(14.0%)와 1균주(2.0%)에서 확인되었다. 특히, KPC-2 생성 K. pneumoniae의 88.9% (32/36)가 ST307에 속한 반면, NDM-1,-5 생성 K. pneumoniae의 87.5% (7/8)가 non-ST307에 속한 것을 확인하였다. 이러한 결과는 ST307의 확산 뿐만 아니라 non-ST307의 발달을 예방하기 위한 적절한 감염관리와 효과적인 감시체계가 필요하다고 사료된다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제10권2호
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• pp.178-185
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• 2003

목 적 : 소아과 의원을 방문한 인두염 환자에서 A군 연쇄구균 분리율을 살펴보고자 하였다. T 항원형과 emm 유전자형을 동정하여 역학적 특성을 살펴보고, 같은 지역의 보균자 결과와 비교하고자 하였다. 방 법 : 2001년 11월부터 2002년 5월까지 경남 진주시에 위치한 한 소아과 의원에서 인두염 환자 246명(남자 123명, 여자 123명)을 대상으로 인후배양을 시행하였다. 슬라이드 응집법으로 T 항원형을 결정하였고, emm 유전자 증폭 후 염기서열 분석을 시행하여 emm 유전자형을 동정하였다. 결 과 : 인두염 환자 246명 중 130명(52.8%)에서 베타용혈성 연쇄구균이 분리되었으며, 그 중 96.1%가 A군이었다. 연령별로는 4세에서 7세가 70.4%로 가장 많았다. T12가 35.2%로 가장 흔하였고, T non-typeable 30.4%, T28 14.4% 순이었다. emm12(28.5%)가 가장 많이 동정되었고, emm75(18.7%), emm22(13.0%), emm2(12.2%) 및 emm8(8.1%) 순이었다. 결 론 : A군 연쇄구균 인두염은 약 50%에서 분리될 정도로 흔하므로, 개인 소아과 의원에서 급성인두염 환자에 대해 항생제 처방 전에 인후배양이 필요할 것으로 사료된다. T항원 및 emm 유전자형은 급성 인두염 환자와 보균자에서 비슷한 분포를 보였다.

• 한국축산식품학회지
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• 제38권5호
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• pp.851-865
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• 2018

This study investigated the prevalence of Listeria monocytogenes in slaughterhouses, and determined serovars and genotypes, and antibiotic resistance of the isolates obtained from slaughterhouses and humans in Korea. Two hundred ninety samples were collected from feces (n=136), carcasses [n=140 (cattle: n=61, swine: n=79)], and washing water (n=14) in nine slaughterhouses. Eleven human isolates were obtained from hospitals and the Korea Center for Disease Control and Prevention. Listeria monocytogenes was enriched and identified, using polymerase chain reaction (PCR) and 16S rRNA sequencing. Serovars and presence of virulence genes were determined, and genetic correlations among the isolates were evaluated by the restriction digest patterns of AscI. Antibiotic resistance of L. monocytogenes isolates were examined against 12 different antibiotics. Of 290 slaughterhouse samples, 15 (5.17%) carcass samples were L. monocytogenes positive. Most L. monocytogenes isolates possessed all the virulence genes, while polymorphisms in the actA gene were found between carcass and human isolates. Serovars 1/2a (33.3%) and 1/2b (46.7%) were the most frequent in carcass isolates. Genetic correlations among the isolates from carcass and clinical isolates were grouped within serotypes, but there were low geographical correlations. Most L. monocytogenes isolates were antibiotic resistant, and some strains showed resistance to more than four antibiotics. These results indicate that L. monocytogenes are isolated from carcass and human in Korea, and they showed high risk serotypes and antibiotic resistance. Therefore, intensive attentions are necessary to be aware for the risk of L. monocytogenes in Korea.

• 대한수의학회지
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• 제40권3호
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• pp.505-514
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• 2000

This study was conducted to investigate the isolation prequency, serotypes, and related epidemiological properties of 341 Salmonella spp from domestic poultry and environmental samples during the period 1993-1995. A total of 1,918 samples was collected during the three years period in nationwide. Most of Salmonella spp were isolated from the intestinal contents of poultry, especially cecal(46.0%) and rectal(35.8%) contents. Among the tested samples, rat(28.5 %) was the most predominant Salmonella reservoirs and followed by duck(24.8%), broiler(18.8%), layer(14.8%) and feed(7.1%), in order. More than twelve Salmonella serovars were identified among the 341 Salmonella isolates. The most prevalent serotypes isolated from non-human sources were S enteritidis (22.3%) and S pullorum (21.9%), S muenchen (13.9%), S typhimurium (12.6%), S gallinarum, S meleagridis, S heidelberg, and S senftenberg were followed, in order. In layer chickens, S pullorum (26.0%) was the most predominant serotype but S muenchen (33.0%) was in broiler chickens, S enteritidis (28.4%) was in ducks, and S typhimurium (60.0%) was in rats, respectively. As a results, S enteritidis was identified as the most prevalent serotype in non-human Salmonella isolates in Korea during the period 1993-1995. A preliminary study on the phage typing of 19 S enteritidis selected from the nationwide scale was shown that S enteritidis phage type(PT) 4 was the most predominant PT, and SEPT 1, SEPT 6a, SEPT 7 and SEPT 7a variant were also found in the same period.