DNA methylation is involved in diverse processes in bacteria, including maintenance of genome integrity and regulation of gene expression. CcrM, the DNA methyltransferase conserved in Alphaproteobacterial species, carries out $N^6$-adenine or $N^4$-cytosine methyltransferase activities using S-adenosyl methionine as a co-substrate. Celeribacter marinus IMCC12053 from the Alphaproteobacterial group was isolated from a marine environment. Single molecule real-time sequencing method (SMRT) was used to detect the methylation patterns of C. marinus IMCC12053. Gibbs motif sampler program was used to observe the conversion of adenosine of 5'-GANTC-3' to $N^6$-methyladenosine and conversion of $N^4$-cytosine of 5'-GpC-3' to $N^4$-methylcytosine. Exocyclic DNA methyltransferase from the genome of strain IMCC12053 was chosen using phylogenetic analysis and $N^4$-cytosine methyltransferase was cloned. IPTG inducer was used to confirm the methylation activity of DNA methylase, and cloned into a pQE30 vector using dam-/dcm- E. coli as the expression host. The genomic DNA and the plasmid carrying methylase-encoding sequences were extracted and cleaved with restriction enzymes that were sensitive to methylation, to confirm the methylation activity. These methylases protected the restriction enzyme site once IPTG-induced methylases methylated the chromosome and plasmid, harboring the DNA methylase. In this study, cloned exocyclic DNA methylases were investigated for potential use as a novel type of GpC methylase for molecular biology and epigenetics.
Lee, Jae Yong;Cheon, Seon Hwa;Kim, Su-Ji;Lee, Hee-Min;Lee, Hae-Won;You, Su-Yeon;Yoon, So Ra;Hwang, In Min;Jung, Ji-Hye;Kim, Sung Hyun
Journal of the Korean Society of Food Culture
/
v.34
no.2
/
pp.224-232
/
2019
This study evaluated the physicochemical and microbial quality characteristic of seasonal commercial kimchi for hygienic safety levels. The pH of seasonal commercial kimchi was 3.84-6.36 and the titratable acidity and salinity of the samples were 0.21-1.16 and 1.19-1.54%, respectively. The content of nitrate and nitrite in the commercial kimchi were lower in the spring and summer, which was affected by acidic condition of the kimchi depending on fermentation. Heavy metal contents in commercial kimchi are not an issue because they were detected only at very low levels. The total aerobic bacteria and coliforms counts ranged from 5.25 to 8.44 Log CFU/g and 0.00 to 5.08 Log CFU/g, respectively. The total aerobic bacteria and coliforms were detected more in summer than in the other seasons. E. coli was detected in three of the samples tested. Food-borne pathogens were not detected in any of the samples except for B. cereus. B. cereus was detected in the fall in more than 70% of samples. These results suggest that commercial kimchi distributed in the fall maintain the quality properties and the microbiological safety of kimchi compared to the other seasons. Therefore, further studies as an effective distribution system for the particular seasons will be needed to guarantee the hygienic safety levels of commercial kimchi required by the consumers.
Emergence of drug resistant strains of Salmonella enterica threatens milk processing and related dairy industries, thereby increasing the need for development of new anti-bacterials. Developments of antibacterial drugs are largely aimed to target the bacterial envelope, but screening their efficacy on bacterial envelope is laborious. This study presents a potential biosensor for envelope-specific stress in which a gfp reporter gene fused to spy gene encoding a periplasmic chaperone protein Spy (spheroplast protein y) that can sense envelope stress signals transduced by two major two-component signal transduction systems BaeSR and CpxAR in Salmonella enterica serovars Enteritidis and S. Gallinarum. Using spy-gfp operon fusions in S. Enterititis and S. Gallinarum, we found that spy transcription in both serovars was greatly induced when Salmonella cells were forming the spheroplast and were treated with ethanol or a membrane-disrupting antibiotic polymyxin B. These envelope stress-specific inductions of spy transcription were abrogated in mutant Salmonella lacking either BaeR or CpxR. Results illustrate that induction of Spy expression can be efficiently triggered by two-component signal transduction systems sensing envelope stress conditions, and thereby suggest that monitoring the spy transcription by spy-gfp operon fusions would be helpful to determine if developing antimicrobials can damage envelopes of S. Enteritidis and S. Gallinarum.
In our previous study, pyrrolnitrin produced in Pseudomonas chlororaphis G05 plays more critical role in suppression of mycelial growth of some fungal pathogens that cause plant diseases in agriculture. Although some regulators for pyrrolnitrin biosynthesis were identified, the pyrrolnitrin regulation pathway was not fully constructed. During our screening novel regulator candidates, we obtained a white conjugant G05W02 while transposon mutagenesis was carried out between a fusion mutant $G05{\Delta}phz{\Delta}prn::lacZ$ and E. coli S17-1 (pUT/mini-Tn5Kan). By cloning and sequencing of the transposon-flanking DNA fragment, we found that a vfr gene in the conjugant G05W02 was disrupted with mini-Tn5Kan. In one other previous study on P. fluorescens, however, it was reported that the deletion of the vfr caused increased production of pyrrolnitrin and other antifungal metabolites. To confirm its regulatory function, we constructed the vfr-knockout mutant $G05{\Delta}vfr$ and $G05{\Delta}phz{\Delta}prn::lacZ{\Delta}vfr$. By quantifying ${\beta}-galactosidase$ activities, we found that deletion of the vfr decreased the prn operon expression dramatically. Meanwhile, by quantifying pyrrolnitrin production in the mutant $G05{\Delta}vfr$, we found that deficiency of the Vfr caused decreased pyrrolnitrin production. However, production of phenazine-1-carboxylic acid was same to that in the wild-type strain G05. Taken together, Vfr is required for pyrrolnitrin but not for phenazine-1-carboxylic acid biosynthesis in P. chlororaphis G05.
Oh, Han Jin;Kim, Kwon Jung;Bae, In Kyu;Yun, Won;Lee, Ji Hwan;Lee, Chang Hee;Kwak, Woo Gi;Liu, Shudong;An, Ji Seon;Yang, Seung Hun;Kim, Gok Mi;Choi, Yang il;Cho, Jin Ho
Korean Journal of Agricultural Science
/
v.46
no.2
/
pp.351-359
/
2019
The purpose of this study was to compare the growth performance, nutrient digestibility, fecal microflora, blood profiles and meat quality of broilers, Korean native chickens and white semi broilers under identical feeding conditions. Sixty 1-d chicks of each type were randomly placed into 12 pens per cage (5 chicks per cage) and fed commercial diets for 28, 49, and 28 days, respectively. The broilers showed a significantly higher (p < 0.05) growth performance from 0 to 4 weeks compared with the other types. Korean native chickens had a significantly higher (p < 0.05) digestibility of dry matter and nitrogen than that of the other species. The blood glucose was significantly higher in the Korean native chickens compared to the other species, and the blood cholesterol was significantly lower. The Lactobacillus content in Korean native chickens was significantly higher (p < 0.05) compared to the other species, and the E. coli content in the broilers was significantly higher (p < 0.05) than in the Korean native chickens and white semi broilers. In terms of meat quality, the breast meat of the broilers had a high water content and pH level. The breast meat of the white semi broilers had a significantly lower (p < 0.05) shear force than that of the other species. In conclusion, there was an interspecific physiological difference due to the age and body weight of the chickens. The broilers had a higher growth performance and meat quality compared to the Korean native chickens and white semi broilers.
Two α-ʟ-arabinofuranosidases (BfdABF1 and BfdABF3) and a β-ᴅ-xylosidase (BfdXYL2) genes were cloned from Bifidobacterium dentium ATCC 27679, and functionally expressed in E. coli BL21(DE3). BfdABF1 showed the highest activity in 50 mM sodium acetate buffer at pH 5.0 and 25℃. This exo-enzyme could hydrolyze p-nitrophenyl arabinofuranoside, arabino-oligosaccharides (AOS), arabinoxylo-oligosaccharides (AXOS) such as 32-α-ʟ-arabinofuranosyl-xylobiose (A3X), and 23-α-ʟ-arabinofuranosyl-xylotriose (A2XX), whereas hardly hydrolyzed polymeric substrates such as debranched arabinan and arabinoxylans. BfdABF1 is a typical exo-ABF with the higher specific activity on the oligomeric substrates than the polymers. It prefers to α-(1,2)-ʟ-arabinofuranosidic linkages compared to α-(1,3)-linkages. Especially, BfdABF1 could slowly hydrolyze 23,33-di-α-ʟ-arabinofuranosyl-xylotriose (A2+3XX). Meanwhile, BfdABF3 showed the highest activity in sodium acetate at pH 6.0 and 50℃, and it has the exclusively high activities on AXOS such as A3X and A2XX. BfdABF3 mainly catalyzes the removal of ʟ-arabinose side chains from various AXOS. BfdXYL2 exhibited the highest activity in sodium citrate at pH 5.0 and 55℃, and it specifically hydrolyzed p-nitrophenyl xylopyranoside and xylo-oligosaccharides (XOS). Also, BfdXYL2 could slowly hydrolyze AOS and AXOS such as A3X. Based on the detailed hydrolytic modes of action of three exo-hydrolases (BfdABF1, BfdABF3, and BfdXYL2) from Bf. dentium, their probable roles in the hemiceullose-utilization system of Bf. dentium are proposed in the present study. These intracellular exo-hydrolases can synergistically produce ʟ-arabinose and ᴅ-xylose from various AOS, XOS, and AXOS.
Kim, Bumjoon;Kim, Byeong Chan;Lee, Ho Joung;Lee, Sang Jun
Microbiology and Biotechnology Letters
/
v.49
no.4
/
pp.534-542
/
2021
Single-molecular guide RNA (sgRNA) plays a role in recognizing the DNA target sequence in CRISPR technology for genome editing and gene expression control. In this study, we systematically compared the length of the target recognition sequence in sgRNAs required for genome editing using Cas9-NG (an engineered Cas9 recognizing 5'-NG as PAM sequence) and gene expression control using deactivated Cas9-NG (dCas9-NG) by targeting the gal promoter in E. coli. In the case of genome editing, the truncation of three nucleotides in the target recognition sequence (TRS) of sgRNA was allowed. In gene expression regulation, we observed that target recognition and binding were possible even if eleven nucleotides were deleted from twenty nucleotides of the TRS. When 4 or more nucleotides are truncated in the TRS of the sgRNA, it is thought that the sgRNA/Cas9-NG complex can specifically bind to the target DNA sequence, but lacks endonuclease activity to perform genome editing. Our study will be helpful in the development of artificial transcription factors and various CRISPR technologies in the field of synthetic biology.
The effect of coated polyester (PET) textiles with metal oxide, chitosan, and copper ion on the antibacterial and antiviral activities was evaluated to investigate the applicability of multi-coated PET textiles as antiviral materials. Compared to coated PETs with a single agent, multi-coated PETs reduced the loading amount of coating materials as well as the contact time with bacteria for a bacterial cell number of < 10 CFU/mL, which was not detectable with the naked eyes. Metal oxides generate reactive oxygen species (ROS) such as free radicals by a catalytic reaction, and copper ions can promote contact killing by the generation of ROS. Chitosan not only enhanced antibacterial activities due to amine groups, but enabled it to be a template to load copper ions. We observed that multi-coated PET textiles have both antibacterial activities for E. coli and S. aureus and antiviral efficiency of more than 99.9% for influenza A (H1N1) and SARS-CoV-2. The multi-coated PET textiles could also be prepared via a roll-to-roll coating process, which showed high antiviral efficacy, demonstrating its potential use in air filtration and antiviral products such as masks and personal protective equipment.
Oh, Han Jin;Kim, Myung Hoo;Lee, Ji Hwan;Kim, Yong Ju;An, Jae Woo;Chang, Se Yeon;Go, Young Bin;Song, Dong Cheol;Cho, Hyun Ah;Jo, Min Seok;Kim, Dae Young;Kim, Min Ji;Cho, Sung Bo;Kim, Hyeun Bum;Cho, Jin Ho
Journal of Animal Science and Technology
/
v.64
no.1
/
pp.23-37
/
2022
Thirty-six weaned piglets with an initial body weight (BW) of 8.43 ± 0.40 kg (28 days of age, ([Landrace × Yorkshire] × Duroc) were randomly assigned to 6 treatments for a 2-week feeding trial to determine the effects of different inorganic zinc (IZ), organic zinc (OZ) or combination of low crude protein diet (LP) and Mixed feed additive (MFA) on diarrhea score, nutrient digestibility, zinc utilization, blood profiles, organ weight, and fecal microflora in weaned piglet diet. The pigs were individually placed in 45 × 55 × 45 cm stainless steel metabolism cages in an environmentally controlled room (30 ± 1℃). The dietary treatments included a negative control (NC), positive control (PC; zinc oxide, 1,000 mg/kg), T1 (IZ : OZ, 850 : 150), T2 (IZ : OZ 700 : 300), T3 (IZ : OZ, 500 : 500), and T4 (LP + MFA [0.1% Essential oils + 0.08% Protease + 0.02% Xylanase]). The daily feed allowance was adjusted to 2.7 times the maintenance requirement for digestible energy (2.7 × 110 kcal of DE/kg BW0.75). This allowance was divided into two equal parts, and the piglets were fed at 08 : 30 and 17 : 30 each day. Water was provided ad libitum through a drinking nipple. The diarrhea score was significantly increased (p < 0.05) in NC treatment compared with other treatments. The apparent total tract digestibility (ATTD) of dry matter (DM), nitrogen (N), and gross energy (GE) was significantly increased (p < 0.05) in the T2 treatment compared with the PC and NC treatments in week 1. In week 2, the ATTD of DM, N, and GE was significantly decreased (p < 0.05) in the NC treatment compared with other treatments. The T3 treatment had significantly higher (p < 0.05) ATTD and apparent ileal digestibility of zinc than the PC and T1 treatments. The Escherichia coli count in feces was significantly decreased in the T4 treatment compared with the NC and T2 treatments. The Lactobacillus count in feces was significantly increased in the T4 and T1 treatment compared with the T2 and T3 treatments. In conclusion, IZ : OZ 500 : 500 levels could improve nutrient digestibility and zinc utilization in weaned piglets, Moreover, MFA in LP diets could be used as a zinc alternative.
Kim, Sun Young;Yoo, Taeho;Ji, Sangmin;Song, Jeong-Hun;Kim, So-Yun;Chang, Gyu-Dong
Journal of Life Science
/
v.32
no.12
/
pp.997-1004
/
2022
To verify the nutritional superiority and safety of Protaetia brevitarsis larvae fed a food source containing soybean curd cake, the nutrients and harmful substances of larvae reared only with fermented oak sawdust and a food source containing soybean curd cake were comparatively analyzed. The crude protein content was 50.0% in the larvae fed with a food source containing soybean curd cake (SCC), which was 1.1 times higher than that of the larvae fed with fermented oak sawdust (FOS) at 44.7%. Potassium, which showed the highest content among macrominerals, was 2.5 times higher in SCC (3,169.6 mg/100 g) than in FOS (1,245.9 mg/100 g). Among trace minerals, zinc showed 12.6 times higher content than FOS (8.2 mg/100 g) in SCC (103.0 mg/100 g). As a result of the analysis of harmful substances, all heavy metals met the edible insect control standards, and pathogenic microorganisms, such as E. coli and Salmonella spp, were not detected. According to the above study, the larvae of P. brevitarsis fed soybean curd cake contain various nutrients, and safety has also been confirmed, so it is judged to be suitable for use as food.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.