• 대한환경공학회지
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• 제35권7호
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• pp.503-508
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• 2013

본 연구의 목적은 가축사체 매몰지 토양의 침출수 오염에 따른 병원성 미생물에 의한 잠재적 위해성을 평가하기 위하여 미생물 군집을 조사하는 것이다. 경기도 지역에 위치한 가축사체 매몰지 세 군데(A, B, C) 토양을 대상으로 DNA를 추출하여, 16S rRNA 염기서열을 분석을 통해 미생물 군집을 조사하였다. 연구결과를 문(phylum)별로 구분해보면, A 토양은 전체 토양미생물이 Proteobacteria (100%) 1개의 문으로 동정되었으며, B 토양은 Actinobacteria (66.4%) > Proteobacteria (31.1%) > Bacteriodetes (2.1%) > Acidobacteria (0.3%) 순으로, C 토양은 Actinobacteria (63.1%) > Proteobacteria (36.9%) 순으로 분포하였다. 속(genus)별로 구분해보면, A 토양에서는 Pseudomonas가 98% 비율로 나타났고，B와 C 토양의 경우 Arthrobacter이 각각 68, 61%로 우점하였다. 세 군데(A, B, C) 토양 미생물 군집의 종 다양성을 Shannon 지수에 근거하여 분석한 결과, B 토양(3.45)과 C 토양(3.43)은 유사한 수준이었으나, A 토양(2.37)은 가장 낮게 계산되었다. 또한, 분석결과 Salmonella, Campylobacter 그리고 Clostridium perfringens과 같은 병원균도 발견되지 않았으나, 세균혈증을 일으키는 Ralstonia pickettii가 높은 농도로 관찰되었다. 본 연구에 사용된 가축 매몰지 토양은 침출수에 의한 미생물학적 오염도가 낮은 것으로 판단되지만, 가축매몰에 따른 병원성 미생물에 의한 토양의 잠재적 위해성을 평가하기 위하여 지속적인 모니터링이 필요하다.

• 한국환경생태학회지
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• 제11권3호
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• pp.334-351
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• 1997

난대 상록활엽수림 복원 모형 연구의 사례지인 완도의 식생구조를 조사하였다. 완도의 사록활엽수림은 붉가시나무가 우점종이었으며, 수령 30여년 미만의 맹아림이 대부분이었다. 중복부와 산록부에는 조림식생과 낙엽활엽수림이, 능선부와 고지대에는 졸참나무, 개서어나무, 소사나무 등의 낙엽활엽수림이 발달하고 있었으며, 임상층에서 상록활엽수종이 활착하고 있었다. 47개 조사구에서 60% 이상의 상재도를 나타낸 상록활엽수종은 광나무, 마삭줄, 붉가시나무, 사스레피나무이었다. 본 조사지역 내에 출현한 관속식물상은 101과 321속 426종 56변종, 5품종 및 1교잡종 등 촌 488종류로 파악되었으며 이 중에서 상록성 수목은 23속 30종 2변종 등 32종류이었다. 12개 조사지역에서 100%의 상재도를 나타낸 종은 맥문동과 칡이었으며, 50% 이상인 종은 덜꿩나무, 마삭줄 등 40종류이었다. 한편 상재도가 8% 이하인 식물종은 가래나무, 말채나무, 병아리꽃나무 등 209종류이었다. 식물종 다양성은 장기간 인간간섭으로 조사지역간 특이한 사항은 보이지 않았으나, 곰솔림이 155종으로 가장 높은 값을 보인 반면에 생달나무-마삭줄군락은 23종으로 가장 낮은 값을 나타내었다.

• 한국환경과학회지
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• 제20권10호
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• pp.1319-1328
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• 2011

Rhododendron brachycarpum is a evergreen broad-leaved shrub and belongs to the Ericaceae family and the Rhododendron genus. It is well known for its beautiful leaves and flowers. There are 11 species of the Rhododendron genus in Korea. It includes 3 species - Rhododendron brachycarpum, Rhododendron aureum Georgi and Rhododendron brachycarpum var. roseum Koidz. They grow naturally over 1,000 meters above sea level of the Baekdu Mountain Range in Korea. These habitats, according to investigations of 9 Rhododendron brachycarpum natural habitats, are mostly located on the slope of mountains facing north at an altitude of 1,200 m to 1,526 m above sea level with angle of inclination from 30 degrees to 45 degrees. Based on the result of vegetation analysis of dominance species in the quadrates, there are Quercus aliena, Quercus mongolica Fisch. ex Ledeb, Abies holophylla in species of upper trees, and so on. Dominant species of woody plants in tree layer are Quercus aliena, Quercus mongolica Fisch. ex Ledeb, Abies holophylla, Betula platyphylla and Veeatrum patulum Loes. fil, Erythronium japonicum, Dryopteris crassirhizoma, Paeonia japonica var. glabra Makino are founded in herbaceous plants. And we can see another result of the investigation that the flowering rates of the plants with the buds are highly ranked mountains such as Mt. Hambaek 68%, Mt. Gyebang 40%, Mt. Yagksu 9%, Mt. Gaein 7% and Mt. Seolag 0%. The results show that there are 24 over 15-year-old Rhododendron brachycarpums in Mt. Odae and are 56 under 15-year-old trees in Mt. Hambaek and are no trees in Mt. Gyebang and are 9 over 30-year-dead trees only in Mt. Taebaeg. Out of found trees, the highest tree is 7 m in height and 0.6 m in diameter. Also this result shows what are the vulnerability factors of the natural habitats. They are as follows: indiscriminate trails in mountains, damages by mountain climbers, uncareful plant collecting, the fierce competitions with other plants such as Acer pseudosieboldianum var. ishidoyanum Uyeki, Quercus aliena, Celastrus orbiculatus and damages by disease and insect, unusual temperature in natural habitats, etc. Rhododendron brachycarpums have high ornamental value and excellent pharmaceutical effect. But the areas of its habitats decrease dramatically. So we need measures to protect and their natural habitats. It is necessary that we conductfurther investigations to designate conservation area for Rhododendron brachycarpums.

• Journal of Ginseng Research
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• 제40권2호
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• pp.127-134
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• 2016

Background: Rhizospheric fungi play an essential role in the plantesoil ecosystem, affecting plant growth and health. In this study, we evaluated the fungal diversity in the rhizosphere soil of 2-yr-old healthy Panax notoginseng cultivated in Wenshan, China. Methods: Culture-independent Illumina MiSeq and culture-dependent techniques, combining molecular and morphological characteristics, were used to analyze the rhizospheric fungal diversity. A diffusion test was used to challenge the phytopathogens of P. notoginseng. Results: A total of 16,130 paired-end reads of the nuclear ribosomal internal transcribed spacer 2 were generated and clustered into 860 operational taxonomic units at 97% sequence similarity. All the operational taxonomic units were assigned to five phyla and 79 genera. Zygomycota (46.2%) and Ascomycota (37.8%) were the dominant taxa; Mortierella and unclassified Mortierellales accounted for a large proportion (44.9%) at genus level. The relative abundance of Fusarium and Phoma sequenceswas high, accounting for 12.9% and 5.5%, respectively. In total,113 fungal isolates were isolated from rhizosphere soil. They were assigned to five classes, eight orders (except for an Incertae sedis), 26 genera, and 43 species based on morphological characteristics and phylogenetic analysis of the internal transcribed spacer. Fusarium was the most isolated genus with six species (24 isolates, 21.2%). The abundance of Phoma was also relatively high (8.0%). Thirteen isolates displayed antimicrobial activity against at least one test fungus. Conclusion: Our results suggest that diverse fungi including potential pathogenic ones exist in the rhizosphere soil of 2-yr-old P. notoginseng and that antagonistic isolates may be useful for biological control of pathogens.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제31권9호
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• pp.1464-1473
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• 2018

Objective: To describe in-depth sequencing, the bacterial community diversity and its succession during ensiling of whole-plant maize and subsequent exposure to air. Methods: The microbial community dynamics of fermented whole-plant maize for 60 days (sampled on day 5, 10, 20, 40, 60) and subsequent aerobic exposure (sampled on day 63 after exposure to air for 3 days) were explored using Illumina Miseq sequence platform. Results: A total of 227,220 effective reads were obtained. At the genus level, there were 12 genera with relative abundance >1%, Lactobacillus, Klebsiella, Sporolactobacillus, Norank-c-cyanobacteria, Pantoea, Pediococcus, Rahnella, Sphingomonas, Serratia, Chryseobacterium, Sphingobacterium, and Lactococcus. Lactobacillus consistently dominated the bacterial communities with relative abundance from 49.56% to 64.17% during the ensiling process. Klebsiella was also an important succession bacterium with a decrease tendency from 15.20% to 6.41% during the ensiling process. The genus Sporolactobacillus appeared in late-ensiling stages with 7.70% abundance on day 40 and 5.32% on day 60. After aerobic exposure, the Lactobacillus decreased its abundance from 63.2% on day 60 to 45.03% on d 63, and Klebsiella from 5.51% to 5.64%, while Sporolactobacillus greatly increased its abundance to 28.15%. These bacterial genera belong to 5 phyla: Firmicutes (relative abundance: 56.38% to 78.43%) was dominant, others were Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, and Actinobacteria. The bacterial communities clearly clustered into early-ensiling (d 5), medium-ensiling (d 10, d 20), late-ensiling (d 40, d 60), and aerobic exposure (d 63) clusters, with early- and late-ensiling communities more like each other than to the aerobic exposure communities. Conclusion: High-throughput sequencing based on 16S rRNA genes proved to be a useful method to explore bacterial communities of silage. The results indicated that the bacterial communities varied during fermentation and more dramatically during aerobic exposure. The study is valuable for understanding the mechanism of population change and the relationship between bacteria and ensilage characteristics.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제23권4호
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• pp.444-450
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• 2013

A Gram-negative, strictly aerobic, non-motile, non-spore-forming, and rod-shaped bacterial strain designated FW-$6^T$ was isolated from a freshwater sample and its taxonomic position was investigated by using a polyphasic approach. Strain FW-$6^T$ grew optimally at $10-42^{\circ}C$ and at pH 7.0 on nutrient and R2A agar. Strain FW-$6^T$ displayed ${\beta}$-glucosidase activity that was responsible for its ability to transform ginsenoside $Rb_1$ (one of the dominant active components of ginseng) to Rd. On the basis of 16S rRNA gene sequence similarity, strain FW-$6^T$ was shown to belong to the family Sphingomonadaceae and was related to Novosphingobium aromaticivorans DSM $12444^T$ (98.1% sequence similarity) and N. subterraneum IFO $16086^T$ (98.0%). The G+C content of the genomic DNA was 64.4%. The major menaquinone was Q-10 and the major fatty acids were summed feature 7 (comprising $C_{18:1}{\omega}9c/{\omega}12t/{\omega}7c$), summed feature 4 (comprising $C_{16:1}{\omega}7c/iso-C_{15:0}2OH$), $C_{16:0}$, and $C_{14:0}$ 2OH. DNA and chemotaxonomic data supported the affiliation of strain FW-$6^T$ to the genus Novosphingobium. Strain FW-$6^T$ could be differentiated genotypically and phenotypically from the recognized species of the genus Novosphingobium. The isolate that has ginsenoside converting ability therefore represents a novel species, for which the name Novosphingobium ginsenosidimutans sp. nov. is proposed, with the type strain FW-$6^T$ (= KACC $16615^T$ = JCM $18202^T$).

• Mycobiology
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• 제43권4호
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• pp.373-383
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• 2015

Five halophytic plant species, Suaeda maritima, Limonium tetragonum, Suaeda australis, Phragmites australis, and Suaeda glauca Bunge, which are native to the Muan salt marsh of South Korea, were examined for fungal endophytes by sequencing the internal transcribed spacer (ITS) region containing ITS1, 5.8S rRNA, and ITS2. In total, 160 endophytic fungal strains were isolated and identified from the roots of the 5 plant species. Taxonomically, all 160 strains belonged to the phyla Ascomycota, Basidiomycota, and Zygomycota. The most dominant genus was Fusarium, followed by the genera Penicillium and Alternaria. Subsequently, using 5 statistical methods, the diversity indices of the endophytes were determined at genus level. Among these halophytic plants, P. australis was found to host the greatest diversity of endophytic fungi. Culture filtrates of endophytic fungi were treated to Waito-C rice seedlings for plant growth-promoting effects. The fungal strain Su-3-4-3 isolated from S. glauca Bunge provide the maximum plant length (20.1 cm) in comparison with wild-type Gibberella fujikuroi (19.6 cm). Consequently, chromatographic analysis of the culture filtrate of Su-3-4-3 showed the presence of physiologically active gibberellins, $GA_1$ (0.465 ng/mL), $GA_3$ (1.808 ng/mL) along with other physiologically inactive $GA_9$ (0.054 ng/mL) and $GA_{24}$ (0.044 ng/mL). The fungal isolate Su-3-4-3 was identified as Talaromyces pinophilus.

• 한국조경학회지
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• 제13권1호
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• pp.79-94
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• 1985

이상과 같이하여 식물생태계분석기법을 실제 마산지역에 적용하여 보았다. 이 분석결과 및 이를 통한 환경보존지침을 요약해 보면 아래와 같다. 1) 주식생군집의 유형 마산지역의 식생은 주로 대상식생으로서 크게 10개의 군집으로 구분되는데 주요 군집은 곰솔군집, 곰솔-상수리군집, 상수리-갈참군집이다. 이 중에서 곰솔-상수리군집이 전체면적의 29.2%로서 가장 넓은 면적을 차지하고 있다. 2) 종구성의 다양도/유사도 식물군의 종다양도는 상수리-갈참군집, 상수리-곰솔군집과 같이 활엽수림위주의 수림이 높았으며 유사도는 곰솔과 곰솔위주 혼효림이 높은 값을 나타내었다. 3) 천이계열상 특성 곰솔군은 토지적 준극상림의 안정된 상해로 적극적 보호가 요구되나 토양상태가 좋은 곳에는 활엽수종을 도입할 필요가 있다. 곰솔-상수리군집은 상층 침엽수 불량목을 제거하고 활엽수에 의해 보식이 요망된다. 상수리-갈참군집은 천이계열상 전진적 양상을 보이므로 인간에 의한 간섭을 배제해야 한다. 4) 식생자연도 2차림, 자연도 7에 해당되는 지역이 52.8%로 가장 많인 분포되어 있으며 레크레이션적 도시림으로 적극적 보호책이 마련되어야 한다. 5) 식물현존량 및 생산량 고산식물현존량은 160,470.95ton으로 1인당 녹지량은 0.40ton이며 생산량은 32,920.64 ton으로 1인당 0.082ton이다. 이 식물생산량에 의한 $O_2$방출량은 34,396 ton/yr 로서 마산지역 전체인구 호흡량의 33.5% 수준 밖에 안되므로 적극적 녹지의 확보는 물론 순생산량을 높이는데 힘써야 할 것이다. 우리나라의 경우 이와같은 기초적연구가 극히 미미하여 실제 합리적인 자연환경보존정책의 수립이 곤란하다. 따라서 서울등을 비롯한 대도시는 물로 전국을 대상으로 이러한 기초적 연구가 수행되어야 할 것으로 본다.

• 미생물학회지
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• 제42권2호
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• pp.103-110
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• 2006

들잔디(zoysia japonica)에 제초제를 살포 한 다음, 아미노산을 포함한 액비(LFcAA)를 처리한 들잔디 토양의 미생물 군집구조 및 다양성을 비교하기 위하여 16S rDNA서열에 기초한 T-RFLP (terminal restriction fragment length polymorphism)분식과 클론의 염기서열 분석을 실시하였다. 제한효소 HaeIII을 이용한 T-RFLP 분석결과 아미노산 액비를 처리한 실험구 KD3과 KD4에서, 32, 38개의 유효한 피크를 가진 T-RFs가 나타났다. 23개를 나타낸 아미노산 무처리구인 KD2가 KD3,4에 비해 미생물군집구조가 단순한 것으로 조사되었다. 네 개의 실험구 KDl (대조구), KD2 (무처리구), KD3 (LFcAA 1X)., KD4 (LFcAA 2X)에서 각각 110개의 클론의 16S rDNA부분 염기서열 분석결과 대부분이 $91{\sim}99%$ 유사도 수준에서 GeneBank에 등록된 염기서열 중 대부분 uncultured bacterium으로 BLAST결과 조사되었다. 이외의 대부분의 클론들은 Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Sphingobacteria, Planctomycetes 그룹들의 클론들이 조사되었고, 특히 LEcAA 2X 처리구인 KD4에서는 KD2에서와는 다르게 Alphaproteobacteria의 Rhizobiales, Shigomonadales,그리고 Caulobacterales목에 속하는 미생물들의 클론이 조사되었으며, Gammaproteobactetia의 Pseudomonas 속의 세균들이 주로 나타났으며, Betaproteobaderia 의 Nitrosomonadales 목의 Nitrosospira 속들이 주로 조사되었다. 이 외에도 Acidobacteria 그룹, Actinobacteria 그룰, Planctomycetacia, Sphingobacteria 그룹들이 다양하게 조사되었다. 이러한 결과는 제초제를 살포한 미생물 군집구조가 LFcAA 첨가로 들잔디의 미생물 군집 구조에 큰 영향을 주고 있음을 시사하였다.

• 생명과학회지
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• 제31권4호
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• pp.377-384
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• 2021

진달래(Rhododendron mucronulatum)는 우리나라에서 어렵지 않게 볼 수 있는 개화식물로 꽃이 아름다워 관상목으로 이용되고 있고 생태학적, 약리적으로 잠재력이 있는 중요한 산림자원이다. 우리나라의 대표적 진달래나무군락지인 비슬산군립공원에서 진달래나무 아래의 토양을 채집하여 그 진균 군집의 특성을 조사하였다. 위치와 계절에 따른 진균 군집의 차이를 확인하기 위하여 토양 샘플은 총 3개의 위치에서 2월과 8월에 각각 한번씩 채집하였다. Pyrosequencing을 통해 총 454,157개의 서열을 얻을 수 있었다. 첫번째 채집포인트에서 얻은 샘플의 진균 군집이 6개 샘플 중 가장 종 풍부도가 높았고 가장 다양한 진균들로 구성되어 있음을 확인하였다. 분류 단위 별 분석으로는, Basidiomycota, Ascomycota, Mortierellomycota가 대표적인 문(phylum)으로 나타났으며, Agaricales_f, Mortierellaceae, Clavariaceae가 주요한 과(family)인 것으로 분석되었다. Mortierella 속(genus)은 모든 샘플중에서 가장 우점한 속이었다. 또한 총 진달래와 관련이 있는 것으로 추정되는 19개의 속이 확인되었다. 8월에 채집한 샘플에서 위치에 따라 각각 109개, 111개, 112개의 특이적인 속이 발견되었고, 2월의 샘플과 비교했을 때 2월의 샘플에는 존재하지 않는 28개의 공통된 속이 발견되었다. 이 연구는 추후 진달래나무에 특이적인 진균의 새로운 종을 규명하거나 토양 진균류와 식물의 상호작용을 규명하는 기초자료로 활용될 수 있다.