• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제37권4호
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• pp.289-292
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• 1999

BALB/c mice infected with a high virulent strain of Trypanosoma brucei gambiense IL3707 were treated intraperitoneally (ip) with either Melarsoprol （Mel-B) or PSG(+) buffer as controls. The mice were subsequently monitored regularly for parasites by direct microscopic examination of their tail blood or buffy coat and by polymerase chain reaction (PCR). Mel-B was found to be an effective drug for treatment against T.b. gambiense because at the end of the first treatment schedule, all treated mice were negative for parasites even by PCR, while all the control animals were positive. Three of the five Mel-B treated mice, while parasitologically negative, were PCR positive between 53 and 80 days post infection (DPI), indicating that they still harbored an infection. All treated mice were subsequently negative for parasites even by PCR at 88 DPI. A combination of conventional microscopic examination and PCR offers a good prediction of cure following treatment of trypanosomosis.

• 한국어업기술학회:학술대회논문집
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• 한국어업기술학회 1998년도 수산관련공동학술대회발표요지집
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• pp.365-366
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• 1998

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제22권4호
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• pp.248-256
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• 2007

돼지고기에 오염된 살모넬라의 수를 직접 측정하는 방법으로 경쟁적 PCR(competitive PCR)을 사용하였다. 세가지 DNA추출방법을 비교한 후 guanidine thiocyanate-phenol-chloroform 방법을 일부 수정하여 인위적으로 살모넬라를 오염시킨 돼지고기로부터 DNA를 직접 추출하는 방법으로 선택하였다. Rahn 등(Mol. Cell. Probes 1992년)이 이미 보고한 284-bp iuvA gene의 특이성을 평가하기 위해 살모넬라 57균주와 살모넬라가 아닌 균주 24개를 사용하였다. 시험해 본 모든 살모넬라 균주는 invA 양성으로 살모넬라가 아닌 모든 균주는 invA 음성으로 판명되었으며 살모넬라가 아닌 균주 중 양성으로 잘 못 판명된 경우는 없었다. 돼지고기 0.1 g을 사용할 경우 검출한계는 1,460 cfu였다. 경쟁적 PCR을 위해 invA gene중 82-bp를 결실시킨 DNA조각을 pGEM-4Z백터에 클로닝을 하였다. 인위적으로 오염된 돼지고기로부터 추출한 살모넬라 염색체 DNA와 이와 같은 primer결합자리를 가진 경쟁 DNA를 동시에 경쟁적 PCR로 증폭하였다. 경쟁적 PCR을 사용하여 결정한 균수와 MPN방법으로 결정한 균수는 거의 유사하였으며 전체 과정을 수행하는 데 약 5시간이 소요되었다.

• 한국산림과학회지
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• 제100권4호
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• pp.623-629
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• 2011

파이토플라스마에 감염된 뽕나무의 각 부위를 nested-PCR법과 경쟁 PCR법을 이용하여 파이토플라스마의 검출 범위 및 밀도 변화를 조사하였다. 파이토플라스마에 부분 감염된 뽕나무를 총 5부위(A. 빗자루병이나 오갈병 증상을 보인 잎의 엽병, B. 병징을 보인 잎이 있는 가지의 아래쪽 건전해 보이는 잎의 엽병, C. 병징을 보인 잎의 가지 부위, D. 병징을 보이지 않은 가지 쪽의 영병이나 가지, E. 잔뿌리)로 구분하였다. AS-1/AS-2 프라이머를 이용한 nested-PCR 결과, 파이토플라스마는 모든 시료에서 검출되었으며, 파이토플라스마의 검출범위는 P1/P7 프라이머를 이용한 direct-PCR 산물에서는 희석액이 $10^4$배까지 검출되었고, AS-1/AS-2 프라이머를 이용하여 nested-PCR를 수행한 결과, PCR 산물을 $10^{13}$배 희석한 시료까지 파이토플라스마가 검출되었다. 경쟁 PCR 결과, 뽕나무 파이토플라스마의 밀도는 $7.94{\times}10^{18}-10^{12}copies/{\mu}L$의 범위내에 존재하였으며, 년 중 파이토플라스마가 모든 시료에서 존재하였다. 초기생장시기에는 "B"부위와 "C"부위에서 파이토플라스마 밀도가 높게 나타났으나 "A"부위와 "D"부위에서는 이보다 낮게 나타났다. 휴면기에는 "C"부위와 "E"부위가 "D"부위보다 밀도가 높았다. 모든 시료 중 "C"부위와 "A"부위에서 년 중 파이토플라스마 밀도가 안전적으로 존재하였다. 본 연구 결과, nested-PCR 법과 경쟁 PCR법은 식물체내의 파이토플라스마의 정확한 검출과 밀도변화를 알아볼 수 있는 유용한 방법이다.

• 한국자원식물학회지
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• 제23권6호
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• pp.526-534
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• 2010

Genomes of clusters of related eukaryotes are now being sequenced at an increasing rate. In this paper, we developed an accurate, low-cost method for annotation of gene prediction and exon-intron structure. The gene prediction was adapted for delta 1-pyrroline-5-carboxylate-synthetase (p5cs) gene from China wild-type of the halophytic Leymus chinensis (Trin.), naturally adapted to highly-alkali soils. Due to complex adaptive mechanisms in halophytes, more attentions are being paid on the regulatory elements of stress adaptation in halophytes. P5CS encodes delta 1-pyrroline-5-carboxylate-synthetase, a key regulatory enzyme involved in the biosynthesis of proline, that has direct correlation with proline accumulation in vivo and positive relationship with stress tolerance. Using analysis of reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and PCR, and direct sequencing, 1076 base pairs (bp) of cDNA in length and 2396 bp of genomic DNA in length were obtained from direct sequencing results. Through gene prediction and exon-intron structure verification, the full-length of cDNA sequence was divided into eight parts, with seven parts of intron insertion. The average lengths of determinated coding regions and non-coding regions were 154.17 bp and 188.57 bp, respectively. Nearly all splice sites displayed GT as the donor sites at the 5' end of intron region, and 71.43% displayed AG as the acceptor sites at the 3' end of intron region. We conclude that this method is a cost-effective way for obtaining an experimentally verified genome annotation.

• 미생물학회지
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• 제42권1호
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• pp.19-25
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• 2006

치아우식중의 원인균 중 하나인 Streptococcus mutans를 종 수준에서 동정할 수 있는 중합효소연쇄반응 프라이머를 개발하기 위하여 본 연구를 시행하였다. 표준균주인 S. mutans ATCC $25175^T$및 본 연구에서 이용된 S. mutans 균주들의 16S rRNA 유전자 핵산염기서열을 바탕으로 S. mutans 종-특이 중합효소연쇄반응 프라이머(ChDC-SmF2와 ChDC-SmR2)를 설계 및 제작하였다. 프라이머의 특이도는 S. mutans 11균주와 구강 내 존재하는 12세 균 종(22균주)을 대상으로 실시하였다. 프라이머의 민감도는표준균주인 S. mutans ATCC $25175^T$의 유전체 DNA를 추출하여 실시하였다. 프라이머의 특이도 실험결과 10균주의 S. mutans 유전체 DNA에서만 종-특이 중합효소 연쇄반응 산물이 증폭되었고, 다른세균종의 유전체 DNA에서는 증폭되지 않았다. 또한 감수성 실험 결과 본 연구에서 사용된 프라이머는 direct PCR에 의해 S. mutans ATCC $25175T\^T$ 유전체 DNA 100 pg까지 검출 할 수 있었다. 또한 27F와 1492R 프라이머로 16S rDNA를 먼저 증폭한 다음, 이 증폭물 10배 회식한 것을 표적으로 해서 nested PCR을 시행한 결과 S. mutans ATCC $25175^T$ 유전체 DNA를 2 fg까지 검출할 수 있었다. 이상의 결과를 종합할 때, ChDC-SmF2와 ChDC-SmR2 프라이머들은 S. mutans 균주 유전체 DNA에 대한 높은 민감도를 가지고 있으며, 종-특이적으로 동정 및 검출하는 데 이용될 수 있을 것으로 생각된다.

• 식물병연구
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• 제8권2호
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• pp.92-100
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• 2002

한국산 땅콩에 감염되어 있는 바이러스를 동정하기 위하여 땅콩 재배지 에서 모자이크, 괴저를 동반한 얼룩무늬, 황화, 줄무늬, 엽맥녹대, 위축 등의 바이러스 감염 증상을 나타내는 땅콩잎 및 땅콩을 채집하였다. 이들 시료로부터 기주범위, 면역전자현미경(ISEM), 감염 세포내의 바이러스의 존재양식, direct immune staining assay(DISA), RT-PCR 등에 의하여 Bean common mosaic virus(BCMV-PSt)와 Peanut mottle virus(PeMoV)를 분리하였다. 이들 시료를 DN법에 의거하여 전자현미경으로 관찰한 바 길이가 약 780 nm의 사상형 입자와 세포질 봉입체를 관찰하였다. 초박절편의 시료 관찰에서도 길이 약 700 nm의 사상 입자가 엽육세포 등의 세포질과 액포에 산재 혹은 병행 배열로 존재해 있는 영상 및 세포질 봉입체가 반드시 확인되었다. 또한, 이들 시료를 BCMV-PSt와 PeMoV의 항혈청으로 ISEM을 실시한 결과, 두 항체에 모두 decoration 되었음을 확인하였다. 두 바이러스가 종자전염이 되는 지를 확인하기 위하여 땅콩을 직접 BCMV-PSt와 PeMoV의 항혈청으로 DISA를 실시하였다. 그 결과, BCMV-PSt 및 PeMoV 항혈청에 발색이 되었으며, 이들을 발아시켜 유식물체를 획득하였다. 이들 유식물체에서도 바이러스 감염 증상인 얼룩무늬 증상이 관찰되었고, 이들을 BCMV-PSt와 PeMoV의 항혈청으로 ISEM방법으로 검경한 결과, 두 항체에 모두 decoration 되었다. 또한, 자연감염 식물체 및 DISA에 의해 바이러스 감염이 확인된 종자를 발아시킨 2년생 식물체로부터 생물검정 법 및 ISEM에 의해 두 종의 바이러스가 검출되었다. Rl-PCR을 실시한 결과, 약 1.2Kb크기의 BCMV-PSt coat protein유전자가 증폭 되었다. 이 연구결과, 한국산 땅콩에 BCMV-PSt가 가장 많이 감염되어 있음을 확인하였다.

• 한국임상수의학회지
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• 제25권4호
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• pp.241-244
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• 2008

본 연구는 특이적인 임상증상이 없는 360두의 개를 대상으로 multiplex nested PCR 기법을 이용하여 Brucella spp. 및 Leptospira interrogans를 검출하였다. Brucella spp.는 총4두 (1.1%, 암컷 2두, 수컷 2두)가 검출되었고, Leptospira interrogans는 59두 (16.4%, 암컷31두, 수컷28두)에서 검출되었다. 결론적으로 Brucella spp.의 검출률은 낮은 반면 Leptospira interrogans는 높았다. 또한 multiplex nested PCR기법은 무증상의 개 혈액에서 Brucella spp. 및 Leptospira interrogans를 조기에 검출하는데 빠르고 편리한 기법으로 판단된다.

• 분석과학
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• 제33권1호
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• pp.42-48
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• 2020

Bromate is a disinfection by-product generated mainly from the oxidation of bromide during the ozonation and disinfection process in order to remove pathogenic microorganism of drinking water, and classified as a possible human carcinogen by International Agency for Research of Cancer (IARC) and World Health Organization (WHO). For the purpose of determining the trace level concentration of bromate, several sensitive techniques are applied mostly based on suppressed conductivity detection and UV/Visible detection after postcolumn reaction (PCR). In this study, the suppressed conductivity detection method and the PCR-UV/Visible detection method through the triiodide reaction were compared to analyze the trace bromate in water samples and estimated for the availability of these analytical methods. In addtion, the state-of-the-art techniques was applied for the determination of trace level bromate in various water matrices, i.e., soft drinking water, hard drinking water, mineral water, swimming pool water, and raw water. In comparison of two analytical methods, it was found that the conductivity detection had the suitable advantage to simultaneously analyze bromate and inorganic anions, however, the bromate might not be precisely quantified due to the matrix effect especially by chloride ion. On the other hand, the trace bromate was analyzed effectively by the method of PCR-UV/Visible detection through triiodide reaction to satisfactorily minimize the matrix interference of chloride ion in various water samples, showing the good linearity and reproducibility. Furthermore, the method detection limit (MDL) and recovery were 0.161 ㎍/L and 101.0-108.1 %, respectively, with a better availability compared to conductivity detection.

• The Plant Pathology Journal
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• 제16권5호
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• pp.252-256
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• 2000

The 16S-23S rRNA intergenic spacer regions (ISRs) were sequenced and analyzed to design specific primer for identification of Pectobacterium chrysanthemi. Two types ISRs, large and small ISRs, were identified from three strains (ATCC 11663, KACC 10163 and KACC 10165) of P. chrysanthemi and Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum ATCC 15713.Large ISRs contained transfer RNA-Ile(tRNA$^{Ile}$)and tRNA$^{Ala}$, and small ISRs contained tRNA$^{Glu}$. Size of the small ISRs of P. chrysanthemi ranged on 354-356 bp, while it was 451 bp in small ISR of P. carotovorum subsp. carotovorum ATCC 15713. From hypervariable region of small ISRs, species-specific primer for P. chrysanthemi with 20 bp length (CHPG) was designed from hypervariable region of small ISRs, which was used as forward promer to detect P. chrysanthemi strains with R23-1R produced PCR product of about 260bp size (CHSF) only from P. chrysanthemi strains, not from other Pectobacterium spp. and Erwinia spp. Direct PCR from bacterial cell without extracting DNA successfully amplified a specific fragment, CHSF, from P. chrysanthemi ATCC 11663. The limit of PCR detection was 1${\pm}10^2$ cfu/ml.