• 제목/요약/키워드: Direct Comparison Method

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Sensitive High-Resolution Melting Analysis for Screening of KRAS and BRAF Mutations in Iranian Human Metastatic Colorectal Cancers

  • Niya, Mohammad Hadi Karbalaie;Basi, Ali;Koochak, Aghigh;Tameshkel, Fahimeh Safarnezhad;Rakhshani, Nasser;Zamani, Farhad;Imanzade, Farid;Rezvani, Hamid;Adib sereshki, Mohammad Mahdi;Sohrabi, Masoud Reza
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제17권12호
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    • pp.5147-5152
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    • 2016
  • Background: Investigations of methods for detection of mutations have uncovered major weaknesses of direct sequencing and pyrosequencing, with their high costs and low sensitivity in screening for both known and unknown mutations. High resolution melting (HRM) analysis is an alternative tool for the rapid detection of mutations. Here we describe the accuracy of HRM in screening for KRAS and BRAF mutations in metastatic colorectal cancer (mCRCs) samples. Materials and Methods: A total of 1000 mCRC patients in Mehr Hospital, Tehran, Iran, from Feb 2008 to May 2012 were examined for KRAS mutations and 242 of them were selected for further assessment of BRAF mutations by HRM analysis. In order to calculate the sensitivity and specificity, HRM results were checked by pyrosequencing as the golden standard and Dxs Therascreen as a further method. Results: In the total of 1,000 participants, there were 664 (66.4%) with wild type and 336 (33.6%) with mutant codons 12 and/or 13 of the KRAS gene. Among 242 samples randomly checked for the BRAF gene, all were wild type by HRM. Pyrosequencing and Dxs Therascreen results were in line with those of the HRM. In this regard, the sensitivity and specificity of HRM were evaluated as 100%. Conclusion: The findings suggest that the HRM, in comparison with DNA sequencing, is a more appropriate method for precise scanning of KRAS and BRAF mutations. It is also possible to state that HRM may be an attractive technique for the detection of known or unknown somatic mutations in other genes.

구치부 제2급 와동에서 고흐름성 복합레진을 이용한 적층 충전술식의 미세누출에 미치는 영향 (THE EFFECT OF SANDWICH TECHNIQUE USING FLOWABLE COMPOSITE RESIN BASE ON THE MICROLEAKAGEIN CLASS II CAVITIES OF MOLAR)

  • 이강;홍찬의
    • Restorative Dentistry and Endodontics
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    • 제27권5호
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    • pp.502-514
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    • 2002
  • The aim of this study was to evaluate the marginal adaptation of direct class II sandwich restoration with packable composites(P-60), resin modified glass ionomer cement(Fuji-II LC), flowable compomer(Dyract Flow), flowable composites(Filtek Flow) in comparison with total bond restorations. In addition, for sandwich restorations, influence of different sandwich techniques was also evaluated. Large butt-joint box typed class II cavites with cervical margins 1mm below the cemento-enamel junction were cut into 70 extracted human molars. The cavities(7 groups, n=10) were filled using a closed/open sandwich restoration or total bond restoration technique with materials according to the manufacturer's recommandation using the single-component bonding agent for each system. Teeth were thermocycled 500 times between 5$^{\circ}C$ and 55$^{\circ}C$ with 30-second dwell time. The teeth were then coated with nail polish 1mm short of the restoration, placed in a 2% methylene blue for 24 hours, and sectioned with diamond wheel. Sections were examined with a stereoscope to determine the extent of microleakage. Dentine /Cementum margins were analyzed for microleakage on scale of 0(no leakage) to 4(entire axial wall) and interface between materials, on scale of 0(no leakage) to 3(axial wall). Results were evaluated with Kruskal Wallis Test, corrected for ties, to determine whether there were statistically significant differences among the seven groups. Pairs of groups were analyzed using the Student-Newman-Keuls Method and Dunn s Method. The results were as follows : 1. All groups showed some micoleakage in cervical portion. But there were no microleakage in interface between materials. 2. Closed sandwich restorations with Fuji-II LC and Filtek Flow had significantly lower leakage rating than total restorations with only P-60. However, open sandwich restorations with Dyract Flow showed significantly higher (P<0.05) 3. Closed sandwich restorations had significantly lower leakage rating than total restorations. However open sandwich restoration s showed significantly higher (P<0.05). 4. Sandwich restorations with Fuji-II LC were iou$.$or leakage than only P-60. Filtek Flow, Dyract Flow. But there were no statistically differences among the materials. From the results above, it could be concluded, closed sandwich restorations was effective in reducing microleakage of class II restorations. The best results showing the least microleakage were for the closed sandwich technique with Fuji-II LC and Filtek Flow.

정상 개의 관절액에서 TRAP(Tartrate resistant acid phosphatase)농도 측정 (The Concentration of Tartrate Resistant Acid Phosphatase in Synovial Fluid of Canine Stifle Joint)

  • 이해범;알람;최성진;박상렬;이영훈;전승기;최익혁;김남수
    • 한국임상수의학회지
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    • 제22권3호
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    • pp.190-193
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    • 2005
  • 본 연구에서는 십자인대 손상견의 무릎관절액의 TRAP의 농도와 비교 할 수 있는 정상 관절액의 TRAP 농도의 지표를 제시 하기 위하여, 정상 무릎 관절액의 TRAP의 농도를 측정하였다. 십자인대 손상이 없는 23두 건강한 잡종견(14두 노령견과 9두 성견)을 실험견으로 선택하고 성별, 나이, 몸무게로 구별하였다. 무릎 관절액을 채취 한뒤, Lang method로 관절액의 TRAP을 측정하였다. 측정된 TRAP의 농도를 성별, 나이, 몸무게 등으로 구별하여 $Mean{\pm}SD$로 표시 하였으며, 유의성 차이를 T-test로 구별하였다. 노령견(14두, 2년이상) TRAP의 농도는 $0.083{\pm}0.039\;IU/ml(mean{\pm}SD$, 성견(9두, 2년 이하) $0.064{\pm}0.023\;IU/ml$, 대형견(15두, >22 kg) $0.075{\pm}0.028\;IU/ml$, 소형견(8두, <22 kg) $0.076{\pm}0.046\;IU/ml$, 중성화견(15두) $0.085{\pm}0.036\;IU/ml$, 중성화 되지 않은견(8두) $0.056{\pm}0.022\;IU/ml\;(Mean{\pm}SD)$로 나타났으며, 중성화 견과 중성화 되지 않은 견에서만 유의성 있는 차이 (P<0.05)가 보였다. 본 연구의 정상견에서 TRAP 농도는 십자인대의 손상견과 비교할수 있는 지표로 활용할 수 있을 것으로 사료된다.

전기화학적 증착법에 의한 직접 메탄올 연료전지(DMFC)용 메조포러스 백금-금 합금전극제조 (Synthesis of Mesoporous Pt-Au Alloy Electrode by Electrodeposition Method for Direct Methanol Fuel Cell)

  • 박은경;안재훈;김영수;김경화;백성현
    • Korean Chemical Engineering Research
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    • 제46권4호
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    • pp.727-731
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    • 2008
  • 계면활성제(P123)를 주형물질로 사용하여 메조포러스 구조의 Pt-Au 합금박막을 전기화학적 증착법에 의해 ITO가 코팅된 유리 위에 합성하였다. 전해질은 각각 10 mM의 $H_2PtCl_6$$HAuCl_4$의 혼합용액에 일정량의 계면활성제를 첨가하여 사용하였다. TEM(Transmission Electron Microscopy) 분석을 통하여 기공구조를 확인하였고, SEM(Scanning Electron Microscopy) 분석을 통하여 합성된 박막의 표면입자의 형태를 확인하였다. 합성된 메조포러스 구조의 Pt-Au 합금박막의 입자 함량비는 EDS(Energy Dispersive X-ray Spectroscopy) 분석으로 조사하였다. 메탄올 산화에 대한 전기화학적 촉매활성과 박막의 안정성을 평가한 결과 메조포러스 구조일 때, 넓은 표면적으로 인해 산화전류밀도가 월등히 증가함을 알 수 있었으며, 순수한 Pt박막과 비교하였을 때 소량의 Au입자의 첨가로 촉매적 안정성이 향상됨을 확인하였다.

레이더 영상의 수문학적 활용을 위한 벡터 변환방법 연구 (A Study on Vector-based Converting Method for Hydrological Application of Rainfall Radar Image)

  • 지계환;오경두;안원식
    • 한국수자원학회논문집
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    • 제45권7호
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    • pp.729-741
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    • 2012
  • 수문학적 해석에 필요한 기본 자료인 강우 자료의 취득 방법 중 지상관측소는 강우량을 직접 관측하기 때문에 실측 강우량 정보를 얻는 장점이 있으나, 현업에서 필요한 면적강우량을 얻기 위해서는 다수의 관측소를 설치해야 하는 단점이 있다. 한편, 강우레이더는 넓은 범위의 강우량을 실시간으로 취득할 수 있으며, 특히 공간적으로 한정되어 발생하는 국지성 돌발홍수의 원인이 되는 단기 집중 호우를 추적하기 용이한 장점이 있다. 따라서 본 연구에서는 기상청에서 편차 보정과 품질 관리가 이루어지고 있어 상당한 신뢰 수준을 확보하고 있고, 현장에서 쉽게 제공 받을 수 있는 강우레이더 영상인 CAPPI (Constant Altitude Plan Position Indicator) 합성영상으로부터 유역평균 강우를 추출하는 방법으로서 기존의 연산방법인 레스터 방식에서 벗어나 소유역에도 적용될 수 있는 벡터 방식의 영상 추출 기법 CIVCOM을 제시하고 추출된 자료의 타당성을 비교 검토하였다.

차량용 미세먼지 센서용 소형 축류팬의 유동과 소음 성능 개선 (Improvement in flow and noise performances of small axial-flow fan for automotive fine dust sensor)

  • 송영욱;유서윤;정철웅;이인혁
    • 한국음향학회지
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    • 제42권1호
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    • pp.7-15
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    • 2023
  • 최근 차량 내 공기 질에 대한 관심이 증가함에 따라 공기 질 측정을 위한 미세먼지 감지 센서의 사용이 보편화되고 있다. 차량 내 에어컨 시스템에 설치되는 미세먼지 감지 센서 내에는 센서에 직접적으로 먼지가 가라앉지 않도록 하기 위한 축류팬이 삽입되어 있다. 센서 작동 시 축류팬의 회전으로 인한 유동 소음은 미세먼지 감지 센서의 주요 소음원으로 작용한다. 차량의 전동화가 급격화가 진행되면서 이러한 유동소음은 미세먼지센서의 제품 경쟁력의 하나로 인식되고 있다. 본 연구에서는 이러한 미세먼지센서용 소형 축류팬의 유동 성능을 개선하여 동일 유량에서 소음을 점감하였다. 먼저 대상 소형 축류팬의 공기역학적 성능을 분석하기 위해 약 2000만 개의 격자로 구성된 가상 팬 성능시험기를 구축하였다. 또한, 유량의 정확한 예측 뿐만 아니라 유동소음의 직접 계산을 위하여 압축성 대와류모사법을 사용하여 유동장을 모사하였다. 수치방법의 유효성은 예측결과와 실험 결과와의 비교를 통하여 확인하였다. 유효성이 검증된 수치 기법을 이용하여 피치각이 유동 성능에 미치는 영향을 분석하였고, 유량을 최대화할 수 있는 피치각을 도출하였다. 최적 피치각을 적용한 축류팬을 사용했을 때 유량은 8.1 % 증가하고 동일 유량에서 소음이 0.8 dBA 감소함을 확인하였다.

육계에서의 회장 조단백질 소화율 가산성 평가 및 방법론적 소화율 비교 (Additivity of Ileal Crude Protein Digestibility and Comparison of Digestibility with Methodological Consideration in Broilers)

  • 이진영;공창수
    • 한국가금학회지
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    • 제44권4호
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    • pp.253-258
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    • 2017
  • 본 연구의 목적은 옥수수와 대두박 배합사료에서의 직접법 또는 간접법으로 구한 조단백질 소화율을 비교하는 것과 조단백질 소화율의 가산성을 평가하는 것이다. 총 525수의 18일령 육계를 공시하여 체중을 기준으로 7개의 그룹으로 나눈 후, 6개의 처리구를 각 그룹에 난괴법으로 배치하였다. 기초사료(사료3)는 옥수수 65%와 대두박 28%를 포함하게 배합하였고, 사료1과 사료5는 옥수수와 대두박을 유일한 단백질의 공급원으로 하는 원료가 되게 배합하였다. 차이법을 사용하기 위하여 사료2와 사료4를 사료1과 사료5로부터 기초사료(사료3)를 옥수수와 대두박의 일부와 각각 대치시켜 배합하였다. 사료2는 옥수수 79%와 대두박 14%가 되게 배합하였고, 사료4는 옥수수 32.5%와 대두박 34%가 되도록 배합하였다. 가산성을 평가하기 위해, 사료2~4에서 측정한 값을 사료1과 사료5를 이용해 구한 옥수수와 대두박의 조단백질 소화율을 이용하여 계산한 예측값과 비교하였다. 직접법과 간접법으로 구한 소화율 값은 옥수수에서는 유의한 차이를 보이지 않았지만, 대두박에서는 직접법과 간접법 간의 유의한 차이를 보여주었다. 추가적으로 사료2와 사료3에서는 외관상 회장 소화율과 표준 회장 소화율 간에 유의적 차이를 보여 소화율의 가산성이 부족함을 보인 반면, 대두박의 조단백질 함량이 옥수수에 비해 더 높아 기초 내생 조단백질의 영향을 덜 받아서, 사료4의 외관상 및 표준 회장 조단백질 소화율 간의 유의적 차이가 나타나지 않았고, 소화율의 가산성을 만족함을 보여주었다. 본 실험을 통해 원료사료의 단백질 함량에 따른 소화율 값의 차이가 소화율 측정방법에 따라 다름을 확인되었으며, 이러한 결과는 육계 사료배합의 정밀성을 높이는데 이용될 수 있을 것으로 기대된다.

광릉숲, 태화산, 가리왕산 활엽수림에서 낙엽에 의한 수종별 엽면적지수 추정 (Estimation of Specific Leaf Area Index Using Direct Method by Leaf Litter in Gwangneung, Mt. Taewha and Mt. Gariwang)

  • 권보람;전지현;김현석;이명종
    • 한국농림기상학회지
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    • 제18권1호
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    • pp.1-15
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    • 2016
  • 광릉숲, 태화산 서울대 학술림, 가리왕산의 낙엽활엽수림에서 연간 낙엽 낙지 생산량과 가을철 낙엽에 의한 수종별 엽면적지수를 산출하고, 간접적인 방법의 것과 비교하였다. 연간 낙엽 낙지 생산량은 천이 단계 증가에 따른 임분의 바이오매스 축적량이나 수종구성 등에 따라 그 양과 비율이 다르게 나타났으며(Table 2), 특히 수종마다 낙엽의 양에 차이는 있지만 모든 임분에서 여름철 이후에 집중되는 경향을 보여(Fig. 1), 가을철의 한시적인 낙엽 수집만으로도 최대 엽면적지수의 추정은 유효한 것으로 나타났다. 더욱이, 이러한 낙엽의 수집으로 낙엽의 양 뿐만 아니라 수종마다 SLA와 탈락시기를 정확하게 추정할 수 있었고(Table 3), 간접방법으로는 불가능하기 때문에 국내에서는 시도되지 않았던 각 수종별 엽면적지수를 국내 최초로 산출 할 수 있었다(Fig. 2). 본 연구를 통하여 수종별 낙엽량과 엽면적지수는 각 수종의 흉고단면적과 유의한 상관관계를 보였으나, 간접방법에 의한 전체 엽면적지수를 흉고단면적의 비율을 곱하여 수종별 엽면적지수로 추정하는 것은 상당한 오차가 발생할 수 있음을 알 수 있었다(Fig. 3). 또한 간접방법에 의한 엽면적지수는 잎의 양이 늘고 밀집도가 높아질수록 과소평가되는 오류가 발생하기 쉽기 때문에(Fig. 4, 5), 직접방법에 의한 엽면적지수와의 평가는 필수적임을 확인할 수 있었다. 따라서, 낙엽에 의한 직접적인 엽면적지수의 측정을 시도함으로써 다양한 수종이 공존하는 우리나라 온대 활엽수림에서 임분의 수종 구성과 밀도, 천이단계, 입지환경 등에 따른 낙엽량과 수종별 엽면적지수의 변화 양상을 정량적으로 확인 할 수 있었다.

Glass Dissolution Rates From MCC-1 and Flow-Through Tests

  • Jeong, Seung-Young
    • 한국방사성폐기물학회:학술대회논문집
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    • 한국방사성폐기물학회 2004년도 학술논문집
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    • pp.257-258
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    • 2004
  • The dose from radionuclides released from high-level radioactive waste (HLW) glasses as they corrode must be taken into account when assessing the performance of a disposal system. In the performance assessment (PA) calculations conducted for the proposed Yucca Mountain, Nevada, disposal system, the release of radionuclides is conservatively assumed to occur at the same rate the glass matrix dissolves. A simple model was developed to calculate the glass dissolution rate of HLW glasses in these PA calculations [1]. For the PA calculations that were conducted for Site Recommendation, it was necessary to identify ranges of parameter values that bounded the dissolution rates of the wide range of HLW glass compositions that will be disposed. The values and ranges of the model parameters for the pH and temperature dependencies were extracted from the results of SPFT, static leach tests, and Soxhlet tests available in the literature. Static leach tests were conducted with a range of glass compositions to measure values for the glass composition parameter. The glass dissolution rate depends on temperature, pH, and the compositions of the glass and solution, The dissolution rate is calculated using Eq. 1: $rate{\;}={\;}k_{o}10^{(ph){\eta})}{\cdot}e^{(-Ea/RT)}{\cdot}(1-Q/K){\;}+{\;}k_{long}$ where $k_{0},\;{\eta}$ and Eaare the parameters for glass composition, pH, $\eta$ and temperature dependence, respectively, and R is the gas constant. The term (1-Q/K) is the affinity term, where Q is the ion activity product of the solution and K is the pseudo-equilibrium constant for the glass. Values of the parameters $k_{0},\;{\eta}\;and\;E_{a}$ are the parameters for glass composition, pH, and temperature dependence, respectively, and R is the gas constant. The term (1-Q/C) is the affinity term, where Q is the ion activity product of the solution and K is the pseudo-equilibrium constant for the glass. Values of the parameters $k_0$, and Ea are determined under test conditions where the value of Q is maintained near zero, so that the value of the affinity term remains near 1. The dissolution rate under conditions in which the value of the affinity term is near 1 is referred to as the forward rate. This is the highest dissolution rate that can occur at a particular pH and temperature. The value of the parameter K is determined from experiments in which the value of the ion activity product approaches the value of K. This results in a decrease in the value of the affinity term and the dissolution rate. The highly dilute solutions required to measure the forward rate and extract values for $k_0$, $\eta$, and Ea can be maintained by conducting dynamic tests in which the test solution is removed from the reaction cell and replaced with fresh solution. In the single-pass flow-through (PFT) test method, this is done by continuously pumping the test solution through the reaction cell. Alternatively, static tests can be conducted with sufficient solution volume that the solution concentrations of dissolved glass components do not increase significantly during the test. Both the SPFT and static tests can ve conducted for a wide range of pH values and temperatures. Both static and SPFt tests have short-comings. the SPFT test requires analysis of several solutions (typically 6-10) at each of several flow rates to determine the glass dissolution rate at each pH and temperature. As will be shown, the rate measured in an SPFt test depends on the solution flow rate. The solutions in static tests will eventually become concentrated enough to affect the dissolution rate. In both the SPFt and static test methods. a compromise is required between the need to minimize the effects of dissolved components on the dissolution rate and the need to attain solution concentrations that are high enough to analyze. In the paper, we compare the results of static leach tests and SPFT tests conducted with simple 5-component glass to confirm the equivalence of SPFT tests and static tests conducted with pH buffer solutions. Tests were conducted over the range pH values that are most relevant for waste glass disssolution in a disposal system. The glass and temperature used in the tests were selected to allow direct comparison with SPFT tests conducted previously. The ability to measure parameter values with more than one test method and an understanding of how the rate measured in each test is affected by various test parameters provides added confidence to the measured values. The dissolution rate of a simple 5-component glass was measured at pH values of 6.2, 8.3, and 9.6 and $70^{\circ}C$ using static tests and single-pass flow-through (SPFT) tests. Similar rates were measured with the two methods. However, the measured rates are about 10X higher than the rates measured previously for a glass having the same composition using an SPFT test method. Differences are attributed to effects of the solution flow rate on the glass dissolution reate and how the specific surface area of crushed glass is estimated. This comparison indicates the need to standardize the SPFT test procedure.

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16S rDNA-ARDRA법을 이용한 소나무림과 상수리나무림 토양 내 VBNC 세균군집의 계통학적 특성 비교 (Comparison of Phylogenetic Characteristics of Viable but Non-Culturable (VBNC) Bacterial Populations in the Pine and Quercus Forest Soil by 16S rDNA-ARDRA)

  • 한송이;김윤지;황경숙
    • 미생물학회지
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    • 제42권2호
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    • pp.116-124
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    • 2006
  • 직접 생균수 측정법(DVC)과 평판계수법(PC)을 이용하여 소나무림과 상수리나무림 토양에 분포하는 세균군집의 정량적 평가를 실시한 결과, DVC법에 의해 계수된 생균수에 대해 평판법에 의해 계수된 생균수 1% 미만으로 나타났다. 이상의 결과로부터 산림토양 내에 평판배양법으로는 배양이 곤란한 난배양성(viable but non culturable; VBNC) 세균이 99% 이상 존재해 있는 것으로 판단되었다. 이들 VBNC 세균의 군집구조 해석을 위하여 토양으로부터 직접 DNA를 추출하고 16S rDNA-ARDRA 분석을 통하여 계통학적 특성을 검토하였다. 소나무림과 삼수리나무림 토양으로부터 각각 111 clones, 108 clones을 획득하고 HaeIII 절편양상에 따라 30 groups과 26 groups의 ARDRA group으로 분류하였다. 각 ARDRA group으로부터 대표 clone을 선발하여 16S rDNA 염기서 열을 결정한 결과, 소나무림 토양의 경우 ${\alpha}$-proteobacteria (12 clones), ${\gamma}$-proteobacteria (3 clones), ${\delta}$-proteobncteria (1clone), Flexibacter/Cytophaga (1 clone), Actinobacteria (4 clones), Acidobacteria (4 clones), 그리고 Planctomycetes (5 clone)의 7개의 계통군이 확인되었으며, 상수리나무림 토양에서는 ${\alpha}$-proteobacteria (4 clones), ${\gamma}$-proteobacteria (2 clones), Actinobacteria (10 clones), Acidobacteria (8 clones), Planctomycetes (1 clone), 그리고 Verrucomicrobia (1clone)로 6개의 다양한 계통군이 확인되었다. 이상, 소나무림과 상수리나무림 토양 내에 존재하는 99% 이상의 VBNC 세균군집의 대부분은 미배양성 혹은 미동정균으로 계통학적으로 다양한 미지의 미생물로 구성되어 있음이 확인되었다.