• 제목/요약/키워드: Differential expression analysis

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Differential Expressions of Gap Junction Proteins during Differentiation of Rat Neuronal Stem Cells

  • Yang, Se-Ran;Cho, Sung-Dae;Ahn, Nam-Shik;Jung, Ji-Won;Park, Joon-Suk;Tiep, Nguyen Ba;Park, Ki-Su;Hong, In-Sun;Jo, Eun-Hye;Seo, Min-Seo;Yoon, Byong-Su;Lee, Yong-Soon;Kang, Kyung-Sun
    • 한국환경성돌연변이발암원학회지
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    • 제23권1호
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    • pp.11-15
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    • 2003
  • Gap junctional intercellular communication (GJIC) plays a key role during development, process of tissue differentiation, and in maintenance of adult tissue homeostasis. Neural stem cells leading to formation of cell clusters termed 'neurospheres', can differentiate into neurons, oligodendrocytes, and astrocytes. We investigated the expression levels and distribution of connexin43 (Cx43) and connexin32 (Cx32), abundant gap junctional protein in neural cells and in neurospheres isolated from rat fetus embryonic day (ED) 17. During differentiation of neurospheres, expression of Cx43 and 32 were increased time-dependently within 72 h, and then decreased at 7 day in western blot analysis. TPA-induced inhibition of GJIC was confirmed by decreased fluorescence by SL/DT assay, and induced hyperphosphorylation of Cx43 while no changes in Cx32 levels in western blot assay. Our results indicate that GJIC may be a crucial role in the differentiation of neuronal stem cell. And this GJIC can be inhibited by TPA through the hyperphosphorylation of Cx43.

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Bacillus thuringiensis 살충성 결정단백질 유전자(cry II A)의 형질전환 식물 제작 (Generation of Transgenic Plant (Nicotiana tabacum var. Petit Havana SR1) harboring Bacillus thuringiensis Insecticidal Crystal Protein Gene, cry II A)

  • 이정민;류종석;권무식
    • 식물조직배양학회지
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    • 제24권5호
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    • pp.305-311
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    • 1997
  • Bacillus thuringiensis는 그람 양성 토양 세균으로 포자형성시 결정화된 내포체를 형성하는데, 이 내포체를 구성하는 결정단백질은 각 곤충에 대하여 특이적인 독성을 나타낸다. 살충성 결정단백질 중 Cry II A 결정단백질은 인시류와 쌍시류 곤충에 모두 특이적으로 작용한다. 결정단백질은 살충제로서 불안정하고 포장에서 지속성이 낮은 단점을 가지고 있으므로, 본 연구에서는 Cry II A 결정단백질 유전자가 형질전환된 담배 식물을 제작하고자 하였다. cry IIA 유전자가 삽입된 벡터를 대장균에 형질전환한 후, 알칼리 용액에 대한 용해도의 차이를 이용하여 Cry II A 결정단백질(70 kDa)을 분리하였고, 분리한 Cry II A 결정단백질을 trypsin 처리하여 활성화된 Cry II A (50 kDa)를 확인하였다. 식물 형질전환을 위하여 두 개의 CaMV 35S promoters에 의해 발현이 조절되는 식물 발현 벡터에 cry II A 유전자를 클로닝 하였다. 이 식물 발현 벡터를 Agrobacterium을 이용한 엽편형질 전환을 통해 담배(N. tabacum var. Petit Havana SRI)에 형질전환 시켰으며, 재분화 과정을 거쳐 여섯 개체의 형질전환 식물체를 얻었다. Southern blot을 통하여 분석한 결과 세 개체 내에 cry II A 유전자가 존재하였는데, 한 개체에는 하나의 cry II A 유전자가, 또 한 개체에는 두 개의 cry II A 유전자가, 다른 한 개체에는 잘려진 형태의 cry II A 유전자가 존재함을 확인할 수 있었다. 본 연구를 통하여 얻어진 cry II A 형질전환 식물체는 살충성 검정 등을 거친 후 내충성 식물 생산 및 후대 유전 양상 분석을 위한 기초 자료로 이용될 수 있을 것이다.

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배 검은별무늬병 감염과 저항성 방어반응 연관 전사체 프로파일 (Transcriptomic Profile in Pear Leave with Resistance Against Venturia nashicola Infection)

  • 신일섭;천재안;김세희;조강희;원경호;정해원;김금선
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2022년도 추계학술대회
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    • pp.36-36
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    • 2022
  • The molecular understanding of resistance and susceptibility of host plants to scab, a most threatful disease to pome fruit production worldwide, is very limited. Comparing resistant line '93-3-98' to susceptible one 'Sweet Skin' at seven time points of 0, 0.5, 1, 2, 3, 4, 8 days post inoculation, RNA-sequencing data derived from infected and mock-inoculated young leaves were analyzed to evaluate the tolerant response and to mine candidate genes of pear to the scab pathogen Venturia nashicola. Analysis of the mapped reads showed that the infection of V. nashicola led to significant differential expression of 17,827 transcripts with more than 3-fold change in the seven pairs of libraries, of which 9,672 (54%) are up- and 8,155(46%) are down-regulated. These included mainly receptor (NB-ARC domains-containing, CC-NBS-LRR, TIR-NBS-LRR, seven transmembrane MLO family protein) and transcription factor (ethylene responsive element binding, WRKY DNA-binding protein) related gene. An arsenal of defense response of highly resistant pear accessions derived from European pear was probably supposed no sooner had V. nashicola infected its host than host genes related to disease suppression like Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport protein, WRKY family transcription factor, lectin protein kinase, cystein-rich RLK, calcium-dependent phospholipid-binding copine protein were greatly boosted and eradicated cascade reaction induced by pathogen within 24 hours. To identify transcripts specifically expressed in response to V. nashicola, RT-PCRs were conducted and compare to the expression patterns of seven cultivars with a range of highly resistant to highly susceptible symptom. A DEG belonging to the PR protein family genes that were higher expressed in response to V. nashicola suggesting extraordinary role in the resistance response were led to the identification. This study provides the first transcriptional profile by RNA-seq of the host plant during scab disease and insights into the response of tolerant pear plants to V. nashicola.

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인체 Jurkat T 세포에 있어서 세포주기에 따른 MCAK 단백질의 세포 내 위치변화 (Differential Intracellular Localization of Mitotic Centromere-associated Kinesin (MCAK) During Cell Cycle Progression in Human Jurkat T Cells)

  • 전도연;류석우;김수정;김영호
    • 생명과학회지
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    • 제15권2호
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    • pp.253-260
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    • 2005
  • 인체 MCAK 단백질을 Escherichia. coli에서 재조합 단백질로 발현하였다. 이를 SDS-PAGE 후 electroelution으로 정제하고 항원으로 사용하여 rat에서 다클론성 항체생성을 유도한 결과, 생성된 항체는 Western blot analysis에 의해 인체 MCAK 단백질 (81 kDa)을 특이적으로 인식할 수 있었으며, Jurkat T cells과 293T cells에 있어서 MCAK 단백질의 대부분이 핵 내에 위치함을 확인할 수 있었다. 세포주기에 따른 MCAK 단백질의 발현양의 변화를 조사하기 위해, Jurkat T cells을 Hydroxy urea 또는 Nocodazole의 처리로 $G_{1}/S$ boundary 그리고 $G_{2}/M$ boundary에 blocking하고 이로부터 release 시키는 시간을 달리하여 다양한 세포주기상에 위치한 Jurkat T cells을 확보하였다. 각각의 Jurkat T cells로부터 cell lysate를 얻어서 Western blot analysis를 시도한 결과, MCAK 발현양은 S phase에서 가장 높았으며 MCAK의 SDS-PAGE상의 mobility가 81 kDa에서 84 kDa로 shift됨을 확인하였다. MCAK의 전기영동상의 mobility shift에 의한 slow moving $p84^{HsMCAK}$는 S phase 후반부터 나타나기 시작하며 $G_{2}/M$ phase에 최대였고 $G_{1}$, phase에서는 확인되지 않았다. 이는 세포주기에 따라 MCAK의 단백질의 인산화 양상이 달라짐을 시사한다. 생성된 항체를 이용한 Immunocytochemical analysis의 결과, 인체 MCAK 단백질은 세포주기의 interphase에서는 주로 중심체와 핵에 존재하며, M phase의 각 단계에 따라서 spindle pole, centromere, spindle fiber 또는 midbody에 존재함을 확인하였다. 이러한 연구 결과는 E. coli에서 발현된 재조합 HsMCAK 단백질을 항원으로 하여 rat에서 생산한 다클론성 항체가 HsMCAK 단백질을 특이적으로 인식할 수 있음과 또한 HsMCAK 단백질의 인산화를 나타내는 SDS-PAGE상의 mobility-shift가 $G_{2}/M$ phase에 최대에 도달하는 양상으로 세포주기에 따라 변동됨을 나타내며, HsMCAK의 인산화와 HsMCAK의 세포 내 위치간의 관련성을 시사한다. 아울러 이러한 연구결과는 hamster 및 Xenopus 등에서 주로 연구되고 있는 MCAK의 세포주기상의 주요기능이 인체세포에도 적용될 수 있음을 시사한다.

실내모형시험을 통한 사질토 지반에서 군말뚝과 터널의 수직 이격거리에 따른 하중분포 및 지반거동 분석 (Analysis of pile load distribution and ground behaviour depending on vertical offset between pile tip and tunnel crown in sand through laboratory model test)

  • 오동욱;이용주
    • 한국터널지하공간학회 논문집
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    • 제19권3호
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    • pp.355-373
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    • 2017
  • 도심지에서의 터널굴착은 상부구조물과의 상호거동에 대한 이해가 필수적이다. 도심지에 사용중인 대부분의 구조물은 말뚝기초로 상부의 하중을 지지하고 있어, 터널 굴착 시 반드시 영향을 받는다. 따라서 본 연구에서는 실내모형시험을 통해 기존의 군말뚝 기초 하부 터널굴착에 따른 축력 분포와 지반의 거동을 분석하였다. 말뚝 기초는 2, 3 열 말뚝으로 가정되었으며, 말뚝 선단부와 터널 천단부의 이격거리는 터널직경에 대한 일반화를 위해 터널 직경(D) 대비 0.5D, 1.0D 그리고 1.5D로 고려되었다. 지반은 약 30%의 상대밀도(Dr)를 가지는 느슨한 사질토로 형성되었으며, 말뚝의 축력 분포를 측정하기 위해 말뚝에 변형률게이지(strain gauge)를 부착하였다. 또한, 이격거리에 따른 군말뚝의 침하와 인접지반의 침하를 변위센서(linear variable differential transformer; LVDT)와 다이얼게이지(dial gauge)를 통해 측정였으며, 터널굴착에 따른 지중의 변형을 근거리사진계측기법(close range photogrammetric technique)을 통해 측정하였다. 수치 해석을 통해 실내모형시험 및 근거리사진계측 결과와 비교 분석하였다. 본 연구에서는 체적손실율(volume loss; $V_L$) 개념을 이용하여 터널굴착을 모사하였으며, 1.5%로 적용되었다. 연구결과, 이격거리가 멀어질수록 말뚝의 축력감소는 작게 나타났으며, 침하량은 모두 유사한 경향을 나타내었다. 특히, 말뚝 선단부와 터널 천단부의 이격거리가 0.5D에서 1.0D로 증가할 때 축력과 침하량의 가장 큰 감소율이 가장 큰 것으로 나타났다.

Feeding Effect of an Anabolic Steroid, Nandrolone, on the Male Rat Testis

  • Lee, Dong-Mok;Min, Tae-Sun;Choi, In-Ho;Cheon, Yong-Pil;Chun, Tae-Hoon;Park, Chang-Sik;Lee, Ki-Ho
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제23권12호
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    • pp.1566-1577
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    • 2010
  • Nandrolone, 19-nortestosterone, is a synthetic androgenic-anabolic steroid promoting muscle growth. Nandrolone is also present in pig meat and sera at non-negligible levels. A number of scientific reports have suggested a positive relationship between incidence of infertility and increased meat consumption in humans. The present study was designed to determine out the effect of feeding nandrolone on the testis of the male reproductive tract. Mixtures of food and nandrolone at different concentrations (0.005 ppm and 0.5 ppm) were supplied to pubertal male rats for 6 weeks. Body weight was recorded every week during the entire experimental period. At the end of the treatment, the testis, epididymis, and epididymal fat were collected and weighted. Sperm numbers in the caudal epididymis were counted. Differential gene or protein expression of steroidogenic enzymes in the testes among experimental groups was determined by semi-quantitative real-time PCR or western blotting analysis, respectively. Histological changes of the testis induced by nandrolone treatment were examined by hematoxylin and eosin staining. Immunohistochemical analysis was employed to detect changes in the localization of steroidogenic enzymes in the testes among experimental animals. There were no significant changes on body, testis, epididymis, and epididymal fat weights among experimental groups. A significant increase of caudal sperm number was found in the 0.5 ppm nandrolone-treated group. Histological examination of the testes noted a high frequency of germ cell sloughing in seminiferous tubules of 0.5 ppm nandrolone-treated rats. Even though transcript levels of $3{\beta}$-hydroxysteroid dehydrogenase (HSD) I, $17{\beta}$-HSD4, and $17{\alpha}$-hydroxylase were influenced by nandrolone treatments, protein levels of all molecules examined in the present study were not significantly affected. Immunohistochemical analysis showed no visible changes in the localization of steroidogenic enzymes in the testes among experimental groups. The current study showed that oral intake of nandrolone in male rats for 6 weeks did not cause significant damage to the testis. It is considered that a feeding effect of nandrolone on male fertility would not be remarkable.

쥐 모델에서 고지방사료로 악화된 대장 건강에 대한 콩의 개선 효과 (Improvement effect of cooked soybeans on HFD-deteriorated large intestinal health in rat model)

  • 최재호;신태균;류명선;양희종;정도연;운노타쯔야
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제64권4호
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    • pp.383-389
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    • 2021
  • 비만은 숙주의 전신 염증 및 대사 기능 장애에 기여하는 장 상피 장벽 기능 저하와 관련이 있다. 한국의 전통 식품으로 식이섬유가 풍부한 콩 제품은 항염증 반응을 비롯한 다양한 생물학적 활성을 나타내어 왔으나 대장 건강에 대해서는 보고된 바가 없다. 본 연구에서는 고지방 식이(HFD)를 섭취한 비만 모델에서 콩(CSB)에 대한 장 건강 증진 효과를 조사하였다. SD 쥐에게 동물 실험 기간 동안 HFD 또는 10.6% CSB가 함유된 HFD (HFD + CSB)를 제공하였다. CSB의 섭취는 HFD로 유발된 체중과 지방 축적 증가를 현저하게 감소시켰다. 또한, CSB의 섭취는 대장 조직에서 HFD에 의해 감소된 밀착 결합 지표(ZO-1, Claudin-1 및 Occludin-1)의 mRNA 발현을 개선시켰다. 또한, 조직병리학적 평가에서도 CSB 섭취는 대장 조직에서 HFD에 의해 증가된 염증 세포 침윤과 대장 상피 조직 붕괴를 개선하는 것으로 나타났다. Genus 수준에서 HFD 섭취에 의해 Lactobacillus, Duncaniella, Alloprevotella 등 미생물 종의 abundance 차이는 확인되었으나, CSB 섭취로 인한 영향은 명확하게 나타나지 않았다. NMDS 분석에서 HFD 섭취에 의해 유의적인 장내미생물 생태 이동을 보여주었지만 CSB 섭취는 차이가 없었다. HFD와 CSB 간 유의적으로 차이가 나타나는 genera를 조사하기 위해 LEfSe를 수행한 결과, CSB는 Anaerotignum, Enterococcus, Clostridium sensu stricto 및 Escherichia/Shigella 속의 풍부함을 증가시킨 반면 Longicatena 및 Ligilactobacillus의 풍부함을 감소시켰다. 이러한 결과는 CSB 섭취는 긴밀한 접합 성분을 개선하여 HFD로 악화된 대장 건강을 개선하는 반면 장내미생물생태에 긍정적인 효과를 미치는지에 대해서는 명확하지 않았다.

Oligonucleotide chip를 이용한 홍화자약침액(紅花子藥鍼液)이 간암세포주(肝癌細胞柱)의 유전자(遺傳子) 발현(發顯)에 미치는 영향(影響) (Effect of Carthami Tinctorii Fructus Herbal-acupuncture Solution(CTF-HAS) on Gene Expression in HepG2 carcinomar cells)

  • 이경민;임성철;정태영;서정철;한상원
    • Journal of Acupuncture Research
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    • 제22권3호
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    • pp.215-225
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    • 2005
  • 홍화자약침액(紅花子藥鍼液)의 항암효능(抗癌效能)을 밝히고자 간암세포주(肝癌細胞柱)에 최신 oligonucleotide chip assay 법을 통하여 대양(大量)의 유전자(遺傳子) 발현(發顯)을 분석(分析)한 결과(結果) 다음과 같은 결론(結論)을 얻었다. 1. MTT 분석(分析)에서 간암(肝癌) 및 위암세포주(胃癌細胞柱)는 홍화자약침액(紅花子藥鍼液) 1.5, 10, 20m/$m{\ell}$에서 대조군(對照群)에 비해 유의(有意)한 세포활성(細胞活性) 감소(減少)를 보였다. 2. 간암세포주(肝癌細胞柱)에 홍화자약침액(紅花子藥鍼液) 처치(處置) 시(時) 대조군(對照群)에 비해 발현(發顯)이 2배 이상 증가(增加)된 유전자(遺傳子)는 UCIA PMARARA fusion protein, human oral cancer candidate gene mRNA, EPPIN-3 등 19개였다. 3. 간암세포주(肝癌細胞柱)에 홍화자약침액(紅花子藥鍼液) 처치(處置) 시 (時)대조군(對照群)에 비해 유전자(遺傳子)의 발현(發顯)이 2배 이상 감소(減少)된 것은 BTF3, MMP11, paxillin, villinn 등 13개였다. 이상과 같이 홍화자약침액(紅花子藥鍼液)에 대한 간암세포주(肝癌細胞柱)의 유전자(遺傳子) 발현(發顯)을 oligonucleotide 분석(分析)으로 대량(大量) 검소(儉素)할 수 있었고, 심한 발현(發顯) 차이(差異)를 나타내는 각 유전자(遺傳子)는 암화(癌化) 과정(過程)이나, 홍화자약침액(紅花子藥鍼液)에 반응하는 유전자(遺傳子)로 치료제 개발을 위한 기초 자료로 활용할 수 있을 것으로 사료(思料)된다.

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식물근권에서 분리한 Pseudomonas fluorescens strain EP103에 의한 고추역병억제 (Endophytic bacterium Pseudomonas fluorescens strain EP103 was effective against Phytophthora capsici causing blight in chili pepper)

  • 김택수;스와나리더타;이세원;박경석
    • 농약과학회지
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    • 제18권4호
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    • pp.422-428
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    • 2014
  • 딸기 근권에서 분리한 내생균 중 고추역병균 방제 및 고추생육촉진 효과가 우수한 균주를 선발하였다. Pseudomonas fluorescen EP103으로 명명된 내생균주는 다른 내생균주와 비교하여 식물의 뿌리 길이와 생체 중이 크게 증가하였다. 고추역병에 대한 온실검정에서 EP103처리는 방제가 78.7%을 나타냈으며 항균력 실험결과 고추역병균을 직접 억제하지는 않았다. EP103이 처리된 고추에서는 PR1, PR10등의 병저항성 유전자가 발현되었으며 EP103의 PCR분석 결과 피올테오린, 파이로니트린, 하이드로젠 싸이아나이드, 오르화미드 등의 유용유전자를 함유하고 있음이 밝혀졌다. 따라서 본 균주는 고추역병의 생물 방제용으로 활용할 가치가 있는 것으로 판단된다.

줄기세포의 분화능의 기원에 따른 비교 - 견봉하 점액낭, 골수, 탯줄 혈액 - (Differential Potential of Stem Cells Following Their Origin - Subacromial Bursa, Bone Marrow, Umbilical Cord Blood -)

  • 심성우;문영래;강정훈
    • Clinics in Shoulder and Elbow
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    • 제15권2호
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    • pp.65-72
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    • 2012
  • 목적: 세가지 기원의 줄기 세포 분화능과 면역표현형을 평가하고자 하였다. 대상 및 방법: 견봉하 점액낭과 골수, 탯줄 혈액 세 개의 군에서 세포를 채취하였다. 견봉하 점액낭과 골수는 견관절 수술 환자군에게 임상적 동의 하에 수술중 채취하였다. 각각의 채취된 세포 및 탯줄 혈액에 대하여 계대 배양을 시행하여 신경 분화군, 지방 분화군, 골 분화군을 평가하였으며 세포 표면 항체를 밝히기 위해 유동세포분석법을 이용하였다. 결과: 견봉하 점액낭 유래 세포에서는 신경분화와 지방 분화는 8예 모두 (100%)에서, 골분화는 8례 중 5예 (62.5%)에서 성공할 수 있었으며 골수 유래 세포의 경우 신경 및 지방 분화 유도한 6례 및 5예 모두 (100%) 분화에 성공하였으나 골분화 유도는 5예 중 4예 (80%)에서 얻을 수 있었다. 반면 탯줄 유래 세포 분화 연구의 경우 신경 분화 유도 67례 중 65예 (97%)에서 지방 분화 연구 54예 중 29예 (53.7%)에서 골 분화 연구 57예 중 39예 (68.4%)에서 성공할 수 있었다. 결론: 탯줄 유래 줄기세포의 분화능과 비교하였을 때 견봉하 점액낭 및 골수 유래 줄기세포의 분화능이 우수함을 알 수 있으며 이는 향후 세포 치료에 있어서 안정성 있는 치료 제공자가 될 수 있을 것으로 보이며 향후 생체 실험 연구의 참고 자료로서도 가치가 있을 것으로 보인다.