• 원예과학기술지
• /
• 제31권3호
• /
• pp.344-351
• /
• 2013

국내에서 유통되고 있는 오이 110 품종을 대상으로 microsatellite 마커를 이용하여 DNA profile 데이터베이스를 구축하기 위하여 품종식별력이 높은 분자 마커의 선정 및 이를 활용한 품종간 유전적 유사도 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 오이 11 품종을 358개의 microsatellite 마커로 검정하여 31개의 다형성이 높은 마커를 선정한 다음 110품종에 대한 DNA profile 데이터베이스를 구축하였다. 오이 110품종을 31개의 microsatellite 마커로 분석하였을 때 대립유전자의 수는 2-9개로 비교적 다양한 분포를 나타내었으며 전체 139개의 대립유전자가 분석되었다. PIC 값은 0.253-0.873 범위에 속하였으며 평균값은 0.610으로 나타났다. Microsatellite 마커들의 대립유전자를 이용하여 계통도를 작성하였을 때 110 품종이 과실의 형태에 따라 그룹화되는 것을 확인하였으며, 대부분이 품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 이 연구결과에 의해 개발된 오이 품종별 DNA profile 데이터베이스는 품종보호 출원 품종의 선 DNA 검정을 통한 대조품종 선정, 구별성, 균일성, 안정성 확인에 매우 유용하게 이용할 수 있어 향후, 품종보호권 강화 등에 크게 기여할 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Plant Biotechnology
• /
• 제43권3호
• /
• pp.367-375
• /
• 2016

국내에서 육성된 옥수수 90 품종 및 자식 계통에 대하여 microsatellite 마커를 활용하여 DNA 프로파일 데이터베이스를 구축한 다음 공시품종에 따른 유전적 유사도 분석 및 품종식별력 검정에 대한 연구를 수행하였다. 옥수수 90품종을 100개의 microsatellite 마커로 검정하고 대립유전자의 패턴이 우수하고 다형성 정도가 높은 13개를 선정하여 분석하였을 때 대립유전자의 수는 5 ~ 24개까지 다양하게 분포하였고 평균 대립유전자의 수는 13.69개로 높았다. PIC 값의 경우도 0.716 ~ 0.942 범위에 속하였고 평균값은 0.865로 아주 높았다. 옥수수 90품종 및 계통에 대하여 UPGMA 분석에 의한 계통도를 작성하였을 때, 옥수수의 품종 유형 및 품종 육성 계보에 따라 5개의 대그룹으로 나누어졌다. 본 연구에서 구축됨 옥수수 자식계통 및 품종별 microsatellite DNA 프로파일 데이터베이스는 신품종과 기 육성된 품종과 유전적 유사도 분석이 가능하기 때문에 품종보호출원시 대조품종 선정 및 품종진위성과 관련된 종자분쟁에 매우 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• 원예과학기술지
• /
• 제32권6호
• /
• pp.853-863
• /
• 2014

국내외에서 재배되고 있는 딸기 100품종의 DNA profile 데이터베이스를 구축하기 위하여 다형성이 높은 microsatellite 마커의 선정과 유전적 유사도 분석을 통한 품종식별력 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 딸기 21품종을 274개의 microsatellite 마커로 검정하여 반복 재현성이 높은 25개의 다형성이 높은 마커를 선정하였다. 이들 마커와 국내외에서 재배되고 있는 딸기 100품종을 검정하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 7.50개로 나타났고, 3-13개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값은 마커의 유전자형에 따라 0.333-0.841 범위에 속하였으며 평균값도 0.706으로 높게 나타났다. Microsatellite 마커의 대립유전자를 이용하여 딸기 100 품종에 대한 계통도를 작성하였을 때 품종 육성의 계보 및 육성 지역에 따라 7개의 그룹으로 크게 나누어졌으며 2품종을 제외한 98품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 본 연구에서 얻어진 딸기 품종별 DNA profile 데이터베이스는 품종보호 출원 품종의 재배심사 및 품종진위성과 관련된 종자분쟁을 해결하는 수단으로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제21권12호
• /
• pp.1336-1344
• /
• 2011

This study details and examines a novel ligation-mediated polymerase chain reaction (LM-PCR) method. Named the LM-PCR/Shifter, it relies on the use of a Class IIS restriction enzyme giving restriction fragments with different 4-base, 5' overhangs, this being the Shifter, and the ligation of appropriate oligonucleotide adapters. A sequence of 4-base, 5' overhangs of the adapter and a 4-base sequence of the 3' end of the primer(s) determine a subset of the genomic restriction fragments, which are amplified by PCR. The method permits the differentiation of bacterial species strains on the basis of the different DNA band patterns obtained after electrophoresis in polyacrylamide gels stained with ethidium bromide and visualized in UV light. The usefulness of the LM-PCR/Shifter method for genotyping is analyzed by a comparison with the restriction endonuclease analysis of chromosomal DNA by the pulsed-field gel electrophoresis (REA-PFGE) and PCR melting profile (PCR MP) methods for isolates of clinical origin. The clustering of the LM-PCR/Shifter fingerprinting data matched those of the REA-PFGE and PCR MP methods. We found that the LM-PCR/Shifter is rapid, and offers good discriminatory power and excellent reproducibility, making it a method that may be effectively applied in epidemiological studies.

• 원예과학기술지
• /
• 제31권5호
• /
• pp.580-589
• /
• 2013

국내에서 최근에 유통되고 있는 고추 170품종을 대상으로 microsatellite 마커를 이용하여 DNA 프로파일 데이터베이스를 구축하기 위하여 품종식별력이 높은 분자표지의 선정 및 이를 활용한 품종 식별력 및 유전적 유사도 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 고추 형태적 특성이 다른 11품종을 302개의 microsatellite 마커로 검정하여 24개의 다형성이 높은 마커를 선정한 다음 170품종에 대한 DNA 프로파일 데이터베이스를 구축하였다. 고추 170품종을 24개의 microsatellite 마커로 분석하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 6.83개로 나타났고, 최소 2개부터 15개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값의 경우 0.324-0.873 범위에 속하였으며 평균값은 0.673으로 높게 나타났다. Microsatellite 마커의 대립유전자를 이용하여 고추 170품종에 대한 계통도를 작성하였을 때 과실의 형태에 따라 3개의 그룹으로 크게 나누어졌으며 모든 품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 이 연구결과에 의해 개발된 고추 품종별 DNA 프로파일 데이터베이스는 품종보호출원 품종의 선 DNA 검정을 통한 대조품종 선정, 구별성, 균일성, 안정성의 재확인에 매우 유용하게 이용되어질 수 있어 향후, 품종보호권 강화 등에 크게 기여할 수 있을 것으로 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제23권1호
• /
• pp.7-12
• /
• 2010

The full-length cDNA of the porcine peroxisomal ${\Delta}^3$,${\Delta}^2$-enoyl-CoA isomerase (PECI) gene encodes a monofunctional peroxisomal ${\Delta}^3$,${\Delta}^2$-enoyl-CoA isomerase. Cloning and sequencing of the porcine PECI cDNA revealed the presence of an 1185-base pair open reading frame predicted to encode a 394-amino acid protein by the 5'rapid amplification of cDNA ends (5'RACE) and EST sequences. The porcine PECI gene was expressed in seven tissues (heart, liver, spleen, lung, kidney, skeletal muscle, fat) which was revealed by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR). The porcine PECI was mapped to SSC71/2 p11-13 using the somatic cell hybrid panel (SCHP) and the radiation hybrid panel (RH) (LOD score 12.84). The data showed that PECI was closely linked to marker S0383. A C/T single nucleotide polymorphism in PECI exon 10 (3'UTR) was detected as a PvuII PCR-RFLP. Association analysis in our experimental pig population showed that different genotypes of PECI gene were significantly associated with the Average Backfat thickness (ABF) (p<0.05) and Buttock backfat thickness (p<0.01).

• 원예과학기술지
• /
• 제34권1호
• /
• pp.142-153
• /
• 2016

국내외에서 재배되고 있는 감귤속 식물 108 품종 및 유전자원과 SSR 마커를 활용하여 유전적 유사도 분석을 통한 품종식별력 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 감귤 8품종을 203개의 SSR 마커로 검정하여 반복 재현성이 높은 뿐만 아니라 다형성 정도가 높은 18개를 선정하였다. 이들 마커와 국내외에서 재배되고 있는 감귤 108품종을 검정하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 9.28개로 나타났고, 5-14개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값은 분자표지에 따라 0.417-0.791 범위에 속하였으며 평균값은 0.606으로 나타났다. 감귤류 108품종에 대하여 계통도를 작성하였을 때 감귤류 식물의 분류학적 특성 및 품종 육성의 계보도에 따라 13개의 그룹으로 크게 나누어졌다. 감귤류 식물 품종중 오렌지나 온주 밀감의 경우 대부분의 품종이 SSR 마커의 유전자형에 의해 구분이 되지 않은 것으로 나타났다. 본 연구에서 개발된 감귤속 식물의 품종별 SSR DNA 프로파일 데이터베이스는 감귤속 식물의 유전자원 특성평가와 육종가의 지식재산권 보호의 수단으로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.