• 생태와환경
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• 제54권3호
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• pp.199-208
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• 2021

메타바코딩을 이용한 환경 DNA 분석은 검출 감도가 높아 어류의 생물다양성 평가 및 멸종위기종의 검출에 유용한 기술이다. 이번 연구는 메타바코딩을 이용해 우리나라 담수어류를 대상으로 높은 검출 효율을 보일 수 있는 적합한 분석방법을 확인하기 위해 4가지 분석조건별, 즉 필터(cellulose nitrate filter, glass fiber filter), 추출 키트(DNeasy^® Blood & Tissue Kit, DNeasy^® PowerWater Kit), 프라이머 조합(12S rDNA, 16S rDNA) 그리고 PCR 방법(conventional PCR, touchdown PCR)로 나타나는 Operational Taxonomic Units(OTUs) 수와 종 조성을 비교하였다. Glass fiber filter와 DNeasy^® Tissue & Blood Kit를 이용해 추출한 시료는 12S rDNA와 16S rDNA 프라이머 조합에서 담수어류 OTUs가 가장 많이 검출되었다. 모든 분석조건 중 프라이머 조합에서만 조기어강(Class Actinopterygii) 평균 OTUs 수에서 통계적으로 유의한 차이를 보였고(Non-parametric Wilcoxon Signed Ranks Test, p=0.005), 담수어류 평균 OTUs 수는 유의하지 않았다. 종 조성 비교 결과 역시 프라이머 조합에서 유의한 차이를 보였고(PERMANOVA, Pseudo-F=6.9489, p=0.006), 나머지 분석조건에서는 유의한 차이를 보이지 않았다. NMDS 분석 결과 종 조성은 유사도 65% 기준에서 프라이머 조합에 따라 묶였고, 16S rDNA 프라이머 세트는 주로 멸종위기종인 모래주사(Microphysogobio koreensis), 꼬치동자개(Pseudogobio brevicorpus)가 기여하였고, 12S rDNA 프라이머 세트는 주로 일반종인 피라미(Zacco platypus), 꺽지(Coreoperca herzi) 등이 기여한 것으로 나타났다. 본 연구는 국내 하천에서 채취한 시료에 대한 메타바코딩을 이용한 종 다양성 분석의 기초정보를 제공한다.

• 한국식물병리학회지
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• 제14권6호
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• pp.589-593
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• 1998

DNA amplification by polymerase chain reaction (PCR) was used to specifically detect Plasmodiophora brassicae, causing clubroot of crucifers. On the basis of DNA sequence informations, an oligonucleotide primer set specific for the pathogen was designed form small subunit gene (18S-like) and internal transcribed spacer (ITS) region of ribosomal DNA. Primer ITS 5/PB-C produced an amplification product of approximately 520 bp in length with DNA from P. brassicae. However, no amplification product was produced with DNAs from several soil-borne fungi, Didymella bryoniae and Rhizopus stolonifer. Using these primers, the clubroot pathogen was readily detected from infected roots of crucifers, but not from healthy roots. Southern hybridization analysis further confirmed that the amplification product was originated from P. brassicae.

• BMB Reports
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• 제28권6호
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• pp.538-545
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• 1995

When DNA replication of simian virus 40 (SV40) is initiated on the replication origin, the regions containing the initiation sites of DNA primase, which participates in the transient RNA primer synthesis for formation of Okazaki fragments in the lagging strand, were chosen as the target sites of antisense RNA for studies of the inhibition of SV40 DNA replication. Four recombinant transcription vectors, pUC-PrI, pUC-PrII, pGEM-PrBS, and pGEM-PrSN, coding antisense RNA, were constructed. Four antisense RNAs (named as I, II, BS, and SN) having the size of 18, 19,58, and 123 nts, respectively, were made from the transcription vectors by in vitro transcription. And then, antisense RNA in the concentration of 2${\mu}m$ were added to COS cells transfected with pATSV-W which is a recombinant plasmid containing the SV40 origin of replication. The inhibitory extent of DNA replication was measured by DpnI resistance and was confirmed by measurement of transient RNA primer synthesis. The result shows that six combinations of antisense RNA (I, II, BS, SN, I+SN, and BS+SN) lead to the inhibition of SV40 DNA replication by up to 85%.

• 한국응용곤충학회지
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• 제35권1호
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• pp.58-65
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• 1996

RAPD-PCR(Random Amplified Polymorphic DNAs-Polymerase Chain Reation) 기법에 누에의 유전적 변이 분석을 위한 첫 단계로 다양한 GC함량을 갖는 random primer에 의해서 증폭되는 DNA 단편의 양상 및 증폭도를 비교하였다. RAPD-PCR을 위한 random primer의 증폭도는 GC함량에 의해서 상당히 영향을 받음이 분석되었다. 특히, 50% GC 함량을 갖는 primer는 그 증폭도에 따라서 4가지의 그룹으로 DNA단편이 증폭되었으며 〔bad amplification (75.5%), poor amplification (11.1%), good and excellent amplification(11.1%)〕, primer의 GC 함량이 증가할수록, 휠씬 더 좋은 증폭도를 보여주었다. 그러나, 40% GC 함량을 갖는 primer에 의해서는 어떤 증폭산물도 관찰되지 않았다. PCR을 수행하기 전에 6가지의 제한효소(BamHI, HindIII, Xbal, HaeIII, MspI, Rsal)를 사용하여 누에 genomic DNA를 처리하여 이를 주형 DNA로 하여 RAPD-PCR을 수행한 결과, 유전적 마커의 생산에 대한 효율이 증가함을 알 수 있었다. 이상의 결과를 종합해 볼 때 60%이상의 GC함량을 갖는 random primer와 전처리한 주형 DNA의 사용은 여러 가지 다른 누에 계통의 동정 및 연관군 지도작성에 따른 경비 및 시간을 줄이는데 효율적이라고 사료된다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제49권3호
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• pp.281-284
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• 2011

Amebiasis is a protozoan disease caused by Entamoeba histolytica and a potential health threat in areas where sanitation and hygiene are inappropriate. Highly sensitive PCR methods for detection of E. histolytica in clinical and environmental samples are extremely useful to control amebiasis and to promote public health. The present study compared several primer sets for small subunit (SSU) rDNA and histone genes of E. histolytica cysts. A 246 bp of the SSU rDNA gene of pure cysts contained in phosphate-buffered saline (PBS) and in stool samples was successfully amplified by nested PCR, using the 1,147-246 bp primer set, of the primary PCR products which were pre-amplified using the 1,147 bp primer as the template. The detection limit of the nested PCR using the 1,147-246 primer set was 10 cysts in both groups (PBS and stool samples). The PCR to detect histone gene showed negative results. We propose that the nested PCR technique to detect SSU rDNA can be used as a highly sensitive genetic method to detect E. histolytica cysts in stool samples.

• 한국어병학회지
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• 제16권1호
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• pp.51-59
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• 2003

Streptococcal infection is one of the most serious disease of cultured olive flounder, Paralychthys olivaceus in Korea and caused by more than one species. However, there has been considerable confusions about the taxonomic position of the fish pathogenic streptococci. In this study, We performed the randomly amplified polymorphic DNA(RAPD) pattern analysis to evaluate the possible classification in 8 streptococci isolated from diseased olive flounder and reference strains based on their DNA structure. RAPD PCR with DNA solution prepared by simple boiling and 10-mer random primer was appeared to be a good tool for discrimination of different streptococcal strains. Phenotypical characters by simple biological test and API 20 Strep corresponded well to the specific profiles of RAPD in streptococcal isolates of this study. Therefore, the RAPD profile was considered as one of differential characters to discriminate the streptococcal isolates from diseased olive flounder.

• Food Science and Biotechnology
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• 제14권3호
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• pp.387-391
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• 2005

Competitive polymerase chain reaction (cPCR) was used to develop a direct enumeration method of Listeria monocytogenes in pork meat. Pork meat was artificially inoculated with L. monocytogenes and DNA was extracted using guanidine thiocyanate-phenol-chloroform and subjected to PCR amplification. Sixteen primer sets for L. monocytogenes hlyA gene were tested for sensitive detection and the DG69/DG74 primer set was selected. The detection limit achieved with this primer set was as low as 860 colony-forming units (cfu) per 0.1 g of pork meat. When the samples were cultured at $30^{\circ}C$ for 16 hr in Brain Heart Infusion (BHI) medium, even a single bacterium could be detected with this primer set by PCR. For cPCR, the hlyA gene, which features a 148 bp-deletion, was cloned in the pGEM-4Z vector. A known amount of competitor DNA which has the same primer binding sites was co-amplified with L. monocytogenes total DNA from the artificially inoculated pork meat. The cell-number determined by cPCR was approximately equal to cfu from the Most Probable Number (MPN) method. The whole procedure took only 5 hr.

• 한국응용곤충학회지
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• 제37권1호
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• pp.23-30
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• 1998

DNA의 제한요소단편 다형현상(RFLP)이 유전변이 연구에 널리 이용되고 있다. 본 연구는 파밤나방(Spodoptera exigua(H bner)) 미토콘드리아 DNA(mtDNA)의 RFLP방법을 개발하기 위해 게놈 크기 측정 및 PCR primer들을 선발하였다. 파밤나방의 mtDNA 전체크기는 약 16kb였다. 대부분 곤충 mtDNA에 적합하게 구성된 (Simon et al., 1994)29개 promer들중 21개가 파밤나방의 mtDNA증폭에 적합했다. 이들 primer들을 이용하여 여러 유전자 영역(CO-I, CO-II, Cyt-B, ND-1, 12S rRNA, 16S rRNA 및 일부 tRNA)의 일분 또는 전체를 포함하는 유전자 절편을 증폭시켰다. 일반적으로 다형을 보이는 primer조합을 중심으로 4염기 제한부위를 인식하는 8종의 제한 효소를 통해 분석된 PCR-RFLP는 서로 다은 지역(안동, 경산, 순천) 집단들간에 제한부위에 있어서 차이가 없었으나 일부 영역에서는 길이 차이를 보여 유용한 유전지표로서의 가능성을 제시했다.

• 한국균학회지
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• 제44권2호
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• pp.103-107
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• 2016

본 연구는 국내 주요 식물검역관리 대상 Phytophthora pinifolia를 대상으로 신속하고 정확한 병원균 종동정 및 검출을 위해 Ypt1 유전자 염기서열을 활용하여 제작된 종 특이적 분석용 분자마커와 다양한 PCR 기법을 활용하여 병원균들에 대한 다양한 검출기술의 표준화 및 최적 검출 시스템 구축을 통하여 실제 검역검역 현장에서 활용 가능한 병원균 존재여부의 신속, 정확한 판별기법을 개발하고자 수행하였다. Ypt1 영역의 염기서열을 기초로 선발된 종 특이적 primer는 1~10 pg의 검출민감도를 가지며 193 bp의 종 특이적 PCR 증폭산물을 형성시켰다. 또한 선발된 종 특이적 primer의 종 특이성을 확인하기 위하여 국내 식물검역대상에 포함된 Phytophthora속 종들과 주요 식물병원균들을 대상으로 conventional PCR과 real-time PCR을 수행한 결과 목표로 한 P. pinifolia DNA에서만 특이적 PCR 증폭산물을 확인할 수 있었다. 선발된 종 특이적 primer에 대한 PCR의 검출 민감도를 확인했을 때 conventional PCR의 검출민감도는 1~10 pg이었다.

• 생명과학회지
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• 제14권1호
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• pp.110-114
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• 2004

본 연구는 뽕나무 품종간의 유전적 특성 분석을 위한 기초 자료로서 최적의 RAPD-PCR 조건을 확립하기 위하여 수행하였다. 본 연구를 위해 '밀성뽕', '청일뽕', '수일뽕' 그리고 한성뽕'등의 4품종을 이용하여 Operon사의 OPY15 (5'-AG-TCGCCCTT-3') primer를 사용, 여러 가지 PCR 조건하에서 실험하였다. DNA 농도, primer농도, $MgCl_2$ 농도, PCR 횟수, annealing temperature, pre-heating time의 조작유무 등 여러 가지 요인들을 대상으로 시험을 수행한 결과, $25 \mu$ 반응용액을 기준으로 50 ng의 template DNA, $1 \muM$의 random primer, 1.5 mM의$MgCl_2$45회의 PCR cycle, 45$^{\circ}C$의 annealing temperature 그리고 pre-heating time이 없는 조건이 최적으로 나타났다. 이러한 RAPD-PCR법의 안정적인 조건의 확립은 후차적인 뽕나무 품종간의 유전적 특성의 규명, 계통간의 관련, 신품종 육성 등을 위한 중요한 기초 자료로 활용될 것으로 생각된다.