• 대한의생명과학회지
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• 제6권1호
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• pp.11-17
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• 2000

SNAP-25는 presynaptic plasma membrane에 위치하는 단백질로서 synaptic vesicle의 docking과 fusion에 있어서 매우 중요한 역할을 한다. 생쥐 SNAP-25$^{2)}$ 유전자와 99%의 높은 homology를 갖고 있는 Z2 cDNA를 probe로 사용하여 쥐의 뇌 cDNA library에서 SNAP-25유전자를 screening하였다. 그 결과 6개 의 양성 클론을 분리 해 냈으며, 이들 각각을 S1, S2, S3, S4, S5, S6으로 명명하였다. 이 중에서 생쥐 SNAP-25와 가장 높은 homology를 보여 주고 있는 S5 클론을 선택하여 염기서열을 분석하였다. 2,100 bp의 염기서열로 구성된 쥐 SNAP-25 cDNA는 206개의 아미노산을 coding하는 618 bp의 open reading frame을 가지고 있으며, ORF는 209~211 bp에 위치하는 AUG codon에서 시작하여 827~829 bp에 위치하는 stop codon TAA에서 끝난다. 3' untranslated region에서 는 28과 19개 의 CA 반복 염기서열을 보여주고 있었으며, SNAP-25 peptide sequence에서 4개의 cystein residues는 84~91에 위치하고 있었으며, amino terminus 부분에서 amphipathic $\alpha$-helix를 형성하고 있는 것을 볼 수 있었다. 사람과 쥐의 SNAP-25 유전자는 88%, 생쥐와 쥐의 경우는 97%의 homology를 보여 주고 있었다. 그리고 사람과 쥐의 ORF에서 염기서열은 94%,생쥐와 쥐의 ORF에서 염기서열은 100%의 homology를 보여주고 있었으며 사람, 생쥐, 그리고 쥐의 ORF에서 아미노산 서열은 100%의 homology를 보여주고 있었다.

• 한국임상수의학회지
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• 제19권2호
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• pp.195-198
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• 2002

개에서 자연적으로 발생한 12예의 종양에 대해, 종양 억제 유전자 p53의 변이와의 관계를 확인해 보았다. 종양조직에서 일반적인 방법으로 DNA를 추출하여, PCR 기법으로 p53을 증폭하여 염기서열을 확인한 결과, 개의 유선암종 예에서 exon 8의 codon 285에서 CCT $\longrightarrow$ TCT (proline $\longrightarrow$ serine)로 점변이 된 것이 확인되었다. 또한 악성 비만세포 종양 예에서도 exon 8의 codon 249에서 AGT $\longrightarrow$AGC로 점변이 된 것이 확인되었으나 silent point mutation (serine)으로 판명되었다. 이상의 결과를 토대로 개의 유선암종과 악성 비만세포 종양에서 종양억제 유전자 p53의 변이가 확인되었으며, 이는 종양의 형성과 관련된 p53의 역할이나 종양의 치료 및 예후 판정에 p53 을 활용하는 연구의 초석이 되리라 사료되며, 차후 이 유전자에 대한 광범위한 연구가 지속되어야 하리라 생각된다.

• 대한수의학회지
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• 제45권3호
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• pp.351-357
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• 2005

Here I describe a multiplex allele specific PCR-based approach for the rapid detection between Hanwoo and Holstein meat associated with Melanocortin 1 receptor (MC1R) gene. Specific and universal oligonucleotide primers were used in combination to detect the presence of a single nucleotide polymorphism within the bovine MC1R DNA sequence. The presence of the bovine MC1R gene is indicated by the production of a single control PCR product, whilst positive samples generate an alternative smaller specific product over the same region. The mutations in MC1R104 codon revealed depending on the presence or absence of an indicative fragment amplified from the wild-type allele of this codon. As little as 0.39 ng and 1.56 ng of genomic DNA of Hanwoo and Holstein could be detected by MAS-PCR assay, respectively. This technique, which is widely used in human genetic screening, provides a reliable and sensitive result that has not been documented for the identification of bovine coat color. The MAS-PCR assay approach was proven to be useful in complementing routine beef DNA analysis for differentiation of these MC1R variants and it would facilitate the screening of deceiving sales of Holstein meat in the butcher shop.

• Journal of Ginseng Research
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• 제19권2호
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• pp.127-133
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• 1995

The complete open reading frame (ORF) of o-subunit of the $F_1$ ATP synthase (atPA) in Korean ginseng mitochondria was identified by the sequence similarity with atPA genes in other plant mitochondria. The sequence alignment showed that the common translation initiation codon, ATG, in plant genes was replaced with GTG valid codon in Korean ginseng. The atPA gene from GTG to TGA termination codon was 1524 nucleotides long, and the sequence homology of nucleotides and deduced amino acids revealed high values of 92~97%. A deletion event of 6 nucleotides was observed at the 1468th nucleotide from the GTG in Korean ginseng, in contrast to that at the 1450th in other plants such as pea, common bean, soybean, sugar beet, and radish. An unidentified open reading frame (on7) was observed upstream of atmA ORF. No other ATG as an initiation codon was detected in the region between off and atmA ORF in Korean ginseng, although a pyrimidine cluster "TTTTCTTTT" was located in this region as in Oenothera and maize genes. It could be supposed that GTG codon in atpA gene of Korean ginseng mitochondria would act as an initiation codon as in microbial genes.ial genes.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제53권2호
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• pp.113-126
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• 2002

연구배경 : 폐암의 80-90%는 흡연과 관계가 있으나 흡연자의 일부에서만 폐암이 발생하는 현상은 개체의 유전적 소인이 폐암발생을 결정하는 주요 요인임을 시사한다. 저자들은 한국인에서 DNA 회복 유전자인 XPC 유전자의 codon 499와 codon 939 다형성 그리고 intron 9에 존재하는 poly(AT) 삽입/결손 (PAT) 다형성에 따른 폐암의 위험도를 조사하였다. 방 법 :1998년 1월부터 1998년 12월까지 경북대학교병원 내과에서 병리학적으로 폐암으로 확진된 남자 폐암환자 219명을 대상으로 하였으며 악성종양으로 진단받은 과거력이 있는 사람은 제외하였다. 대조군은 1998년 1월부터 1998년 12월까지 경북대학교병원 건강검진센터를 방문한 40세 이상의 검진자들을 대상으로 하였으며 호흡기질환이나 악성종양이 있는 경우는 제외하였다. 대상인의 나이, 성, 흡연력, 과거력 등은 면접이나 병력지를 통해 얻었으며, 시료는 전혈 5cc에서 DNA를 추출하고 PCR 혹은 PCR-RFLP법을 통해 XPC 유전자의 다형성을 조사하였다. 결 과: 조사한 3부위의 XPC 유전자의 유의한 관계가 없었으며 연령, 흡연력, 흡연 인-년등으로 구분한 경우에도 다형성에 따른 폐암의 위험도는 유의한 차이가 없었다. 폐암의 조직형을 구분하여 비교한 경우에도 XPC 유전자의 다형성과 폐암의 위험도는 유의한 관계가 없었다. XPC 유전자의 Va1499Ala, PAT, Lys939Gln 다형성은 다형성간에 연관비평형 (lingkage disequilibrium) 있었으며, 특히 PAT 다형성과 Lys939Gln 다형성은 kappa 치가 0.87로 높았다. XPC 유전자의 3부위다형성의 haplotype도 폐암과 유의한 관계가 없었으며, 연력, 흡연력, 흡연 안-년, 조직형을 구분한 경우에도 haplotype에 따른 폐암의 위험도는 유의차이가 없었다. 결 론: 한국인에서 XPC 유전자의 codon 499와 codon 939 다형성과 PAT 다형성은 폐암의 위험도를 결정하는 주요 인자는 아닌 것으로 생각된다.

• 전자공학회논문지
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• 제52권7호
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• pp.51-62
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• 2015

대용량의 DNA 정보 저장, DNA 서열 저작권 보호를 위한 DNA 워터마킹, 및 비밀 통신을 위한 DNA 스테가노그라픽에 대한 관심이 증대되면서, 원본 DNA 서열의 기능 유지와 복원이 가능한 가역성 DNA 워터마킹이 필요하다. 본 논문에서는 비부호영역 DNA 서열을 이용한 DE(Difference expansion) 기반 가역 DNA 워터마킹 기법을 제안한다. 가역 DNA 워터마킹에서는 생물학적 기능 변경이 없고, 문자 형태의 서열 내에 대용량의 데이터를 은닉하여야 하며, 원본 DNA 서열이 복원되어야 한다. 제안한 방법에서는 문자 서열을 십진수 형태의 수치계수로 변환한 다음, 인접 수치 계수 쌍의 DE 기반 다중비트 은닉 방법(DE-MBE, DE based multiple bits embedding)과 이전 은닉 수치계수를 예측으로 한 연속 DE 기반 다중비트 은닉 방법들(C-DE-MBE, consecutive DE based multiple bits embedding)에 의하여 워터마크가 은닉된다. 은닉 과정에서는 워터마크된 서열에 의하여 부호영역을 나타내는 허위 시작코돈 발생을 방지하기 위하여 비교 탐색을 수행한다. 실험 결과로부터 제안한 방법이 기존 방법에 비하여 높은 은닉 용량을 가지며, 허위 시작코돈이 발생되지 않으며, 기준 서열없이 원본 DNA 서열이 복원됨을 확인하였다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권5호
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• pp.735-742
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• 2004

본 연구는 돼지의 품종특이 DNA marker를 이용하여 Large White, Landrace, Duroc의 순종 판별을 가능하게 하기 위해서 실시하였다 순종 판별을 위해 현재 알려져 있는 KIT과 돼지내의 모색과 밀접한 연관성이 있는 MCIR 그리고 mitrochondrial DNA상에서 종 특이적인 현상을 보이는 D-loop 지역의 11-bp 중복과 ND2 유전자의 개시 codon 변이를 이용하였다 품종간의 판별을 위해 KIT 유전자 exon17의 splicing 지역 변이를 활용하여 백색종과 유색종을 분류 하였다. MCIR 유전자의 (N121D)변이를 이용하여 유색종들로부터 Duroc 종이 분류되었다. 그러나 Duroc 이외의 유색종들 간에는 특이한 변이가 발견되지 않아 이 이상의 분류는 불가능 하였다 D-loop 지역의 11-bp 중복현상과 ND2 개시 codon의 변이에 의해 백색종인 Landrace(11-bp비중복과 ATT)종과 Large White(llbp 중복과 ATA) 종을 분류할 수 있었다. 결론적으로 본 연구에서 설정된 판별방법을 통하여 Landrace, Large White와 Duroc 종의 순종 판별이 완벽히 가능함을 입증하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제30권2호
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• pp.105-110
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• 2002

The sequence of 3,221 nucleotides immediately adjacent to rpsA gene encoding 30S ribosomal protein S1 of Brevibacterium ammoniagenes was determined. A putative open reading frame (ORF) of 2,670 nucleotides for a polypeptide of 889 amino acid residues and a TAG stop codon was found, which is located at a distance of 723 nucleotides upstream from rpsA gene with same translational direction. The deduced amino acid sequence of the ORF was found to be highly homologous to the DNA polymerase I of Streptomyces griseus (75.48％), Rhodococcus sp. ATCC 15963 (56.69％), Mycobacterium tuberculosis (55.46％) and Mycobacterium leprae (53.99％). It was suggested that the predicted product of the ORF is a DNA polymerase I with three functional domains. Two domains of 5 → 3 exonuclease and DNA polymerase are highly conserved with other DNA polymerase I, but 3 → 5 exonuclease domain is less conserved.

• 한국연초학회지
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• 제21권1호
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• pp.57-63
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• 1999

Pokeweed antiviral protein II (PAP-II) encoding cDNA was synthesized by reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) from Phytolacca american a leaf. The PAP-II cDNA fragment of 974bp was subcloned to pBluescript II SK- SmaI site and the inserted PAP-II cDNA fragment was sequenced by dideoxy sequencing method. The number of nucleotides of PAP-II cDNA coding region containing start and stop codon was 933bp. To develop a virus-resistant tobacco plant, PAP-II cDNA fragment was inserted to pKGT101B and the insertion of PAP-II cDNA fragment was confirmed by restriction enzyme analysis and colony PCR.

• The Plant Pathology Journal
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• 제21권4호
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• pp.334-342
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• 2005

The prototype Chlorella virus PBCV-l encodes 11 tRNA genes and over 350 protein-encoding genes in its 330 kbp genome. Initial attempts to overexpress the recombinant A189/192R protein, a putative virus attachment protein, in E. coli strain BL21(DE3) SI were unsuccessful, and multiple protein bands were detected on Western blots. However, the full-length A189/192R recombinant protein or fragments derived from it were detected when they were expressed in E. coli BL21 CodonPlus (DE3) RIL, which contains extra tRNAs. Codon usage analysis of the a189/192r gene showed highly biased usage of the AGA and AVA codons compared to genes encoded by E. coli and Chlorella. In addition, there were biases of XXA/U($56\%$) and XXG/ C($44\%$) in the codons recognized by the viral tRNAs, which correspond to the codon usage bias in the PBCV-1 genome of XXA/U ($63\%$) over those ending in XXC/G ($37\%$). Analysis of the codon usage in the major capsid protein and DNA polymerase showed preferential usage of codons that can be recognized by the viral tRNAs. The Asn (AAC) and Lys (AAG) codons whose corresponding tRNA genes are duplicated in the tRNA gene cluster were the most abundant (i.e., preferred) codons in these two proteins. The tRNA genes encoded in the PBCV-l genome seem to play a very important role during the synthesis of viral proteins through supplementing the tRNAs that are frequently used in viral proteins, but are rare in the host cells. In addition, these tRNAs would help the virus to adapt to a wide range of hosts by providing tRNAs that are rare in the host cells.