• Korean Journal of Plant Resources
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• v.26 no.2
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• pp.284-288
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• 2013

This study aimed to get the basic data on the breeding of good varieties in Hypericum patulum Thunberg. The optimum materials, concentration and soaking time were examined to identify the effective approach to induce tetraploid plant by colchicine treatment to cultivate the varieties. For the seed germination rate of seed by colchicine treatment, the higher colchicine concentration was and the longer soaking time was, the more the germination rate decreased. While individuals were germinated in 16 test groups except control group (no treatment group), all the plants were diploid and no tetraploid was induced. For the plant regeneration rate by colchicine treatment on the explant of Hypericum patulum Thunberg that was under in vitro culture, the higher the colchicine concentration increased, the ress the regeneration rate. While total 147 individuals were regenerated in all treatment, when the explant was soaking treatment in more than 0.05% for over 6 hours, tetraploid could be obtained. In the soaking treatment of 0.05% for over 6 hours, tetraploid could be obtained. In particular, for the soaking treatment in 0.05% for 12 hours, 8 tetraploids were induced, which was about 47.1% of the number of plant regenerated. In accordance with the observation on doubling of DNA contents in leaf in order to identify polyploidy, the peak DNA content of G1 phase was 94.5 for diploid and 192.5 for tetraploid. It confirmed doubling of DNA content. Furthermore, the number of chloroplasts per guard cell depending on polyploid was around 10 in diploid and 17 to 19 in tetraploid, which were around 1.7 to 1.9 times as much as diploid.

• Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference
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• 2004.04a
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• pp.251-254
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• 2004

Web-Bioconductor System은 유전자 분석에 대한 통계적 모듈과 그래픽 환경을 제공하는 R언어와 DNA chip 데이터의 분석을 수행하는 Bioconductor 패키지를 이용하여 웹으로 DNA chip 데이터를 분석할 수 있도록 설계한 시스템이다. 본 시스템은 DNA chip 데이터의 분석을 위해 사용자 계정 모듈, 데이터 입력 모듈, 전 처리 모듈, 유전자 차등 발현 분석 모듈, 결과 출력 모듈로 구성되어 있으며, 분석된 결과물은 HTML, 이미지, XLS 파일 형태로 제공된다. 웹을 이용하여 DNA chip 분석을 수행함으로써 인터넷이 가능한 곳이면 시간과 장소의 구분이 없이 DNA chip 데이터 분석이 가능하며, 인터넷으로 DNA chip 데이터 분석 자료를 공유할 수 있음으로 연구자들의 상호 의견 교환을 바탕으로 효율적인 분석이 가능할 것이다. 또한 기존의 R언어와 Bioconductor가 전산 지식이 부족한 사람들에게는 접근하기 어려운 점을 웹 인터페이스로 간단하게 구현함으로써 DNA chip 데이터 분석에 있어 용이성과 효율성을 중대하고 있다.

• Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
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• v.11 no.12
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• pp.4922-4927
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• 2010

In order to investigate whether the ethanol extract of Acanthopanax sp. might inhibit herbicide-induced DNA damage and erythrocyte damage, the suppression of the oxidative DNA damage of lymphocyte and erythrocyte damage in the presence of the extract were evaluated by comet assay and hemolysis assay, respectively. Phenoxy herbicides, named 2,4-D (2,4-dichlorophenoxyacetic acid) and 2,4,5-T (2,4,5-trichlorophenoxyacetic acid) and bipyridyl herbicide paraquat induced oxidative DNA damages of lymphocytes. However, the oxidative DNA damage by 2,4-D, 2,4,5-T or paraquat was inhibited in vitro upon treating Acanthopanax extract. Moreover, the erythrocyte damage was also suppressed in vitro by Acanthopanax extract treatment.

• The KIPS Transactions:PartB
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• v.14B no.6
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• pp.461-472
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• 2007

The emphasis in genome projects has Been moving towards the sequence analysis in order to extract biological "meaning"(e.g., evolutionary history of particular molecules or their functions) from the sequence. Especially. palindromic or direct repeats that appear in a sequence have a biophysical meaning and the problem is to recognize interesting patterns and configurations of words(strings of characters) over complementary alphabets. In this paper, we propose an algorithm to identify variable length palindromic pairs(longer than a threshold), where we can allow gaps(distance between words). The algorithm is called palindrome algorithm(PA) and has O(N) time complexity. A palindromic pair consists of a hairpin structure. By composing collected palindromic pairs we build n-pair palindromic patterns. In addition, we dot some of the longest pairs in a circle to represent the structure of a DNA sequence. We run the algorithm over several selected genomes and the results of E.coli K12 are presented. There existed very long palindromic pair patterns in the genomes, which hardly occur in a random sequence.

• Applied Biological Chemistry
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• v.49 no.3
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• pp.227-232
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• 2006

Styela clava (also called as rough sea squirt or leathery tunicate) is regarded as native to the northwest Pacific region including Korea and widely distributed in parts of northwestern Europe, North America and Australia. To evaluate Styela clava as a potential bioactive agent, the antioxidant activity of aceton extracts from Styela clava (whole, substance and tunic) was tested by measuring inhibitory effect of $H_2O_2$ induced DNA damage using comet assay. Also, anticancer activity on human colon cancer cell (HT-29) was investigated by MTT reduction assay. The $200\;{\mu}M$ $H_2O_2$ induced DNA damage was inhibited with Styela clava aceton extract in dose dependent manner in human leukocytes. The maximum inhibition was by 62.8, 62.1 and 78.3% at the concentration of $50\;{\mu}g/ml$ of whole, substance and tunic extracts, respectively. The aceton extracts from S. clava were also found to inhibit the growth of human colon cancer cell. The cell proliferation rates decreased to 26.9, 30.6 and 12.0% at the concentration of $500\;{\mu}g/ml$ of whole, substance and tunic extracts, respectively. These results support that aceton extracts from S. clava may be a potential candidate as a possible antimutagenic and chemotherapeutic agent.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2001.10b
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• pp.1151-1154
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• 2001

외판원 문제(Traveling Salesman Problem)는 주어진 n개의 도시들과 그 도시들간의 거리비용이 주어졌을 때, 모든 도시들을 정확히 한번씩만 방문하면서 걸린 비용이 최소가 드는 경로를 찾는 문제로 최적해(optimal)을 구하는 것은 전형적인 NP-완전 문제중의 하나이다. 따라서 외판원 문제를 해결하는 다양한 알고리즘들이 개발되고 있다. 특히 요즈음은 실제 생체 분자(bio-molecule)를 계산의 도구로 사용하는 새로운 계산 방법인 DNA 컴퓨팅은 DNA 분자가 잠재적으로 가지고 있는 막대한 병렬성을 이용해서 NP-완전 문제들을 해결하고자 하는 연구들이 땀이 진행되고 있다. 그러나 아직 실제 생체 분자의 특성을 잘 반영하는 계산 모델이나 분자 생물학에서 사용하는 연산들이 많이 개발되지 알아 계산 효율이 비교적 좋지 않다. 따라서 본 논문에서는 외판원 문제를 해결하기 위한 DAN컴퓨팅의 새로운 중합 효소 연쇄 반응(Polymerase Chain Reaction, PCR) 연산을 개발하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04b
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• pp.31-33
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• 2004

대규모 DNA 시퀀스를 대상으로 하여 서브시퀀스를 고속으로 검색하기 위한 인덱싱 방법으로서 접미어 트리가 유용하다. 그러나 접미어 트리는 데이터 크기의 약 100배에 해당하는 방대한 저장 공간을 필요로 한파. 본 논문에서는 기존 접미어 트리의 검색 성능을 유지하며, 저장 공간을 획기적으로 감소시킬 수 있는 새로운 인덱스 구조를 제안한다. 제안된 인덱싱 방안에서는 DNA 시퀀스 내의 모든 염기 위치에 고정 길이의 슬라이딩 윈도우를 위치시켜, 윈도우 크기에 해당하는 연속된 서브시퀀스를 추출한 후, 이들을 대상으로 트라이를 구성한다. 트라이는 저장 공간 감소를 위하여 각 문자를 최소 비트 정보로 표현하며, 저장 구조로서 포인터를 사용하지 않는 디스크 기반의 이진 트라이 구조를 사용한다. DNA 서브시퀀스 검색을 효율적으로 처리하기 위한 인덱스 기반의 질의 처리 알고리즘을 제안하고 실험을 통하여 그 유용성을 보인다. 제안된 인덱스는 접미어 트리의 약 10분의 1의 저장 공간을 필요로 하며, 데이터 크기 증가에 거의 영향을 받지 않는 안정된 고속 검색 성능을 지원한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2019.05a
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• pp.178-181
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• 2019

IoT 기술은 대규모의 IoT 네트워크가 디바이스들로부터 수집되는 데이터들을 이용해 서비스를 제공하는 기술이다. 이러한 IoT 네트워크는 디바이스 상호 간 연결되어 있어 네트워크에 포함 되어있는 하나의 디바이스가 가지고 있는 취약점을 이용하면 IoT 네트워크 전체가 공격받을 수 있다. 따라서, IoT 디바이스는 사양의 높고 낮음에 관계없이 전체 네트워크의 보안 수준에 맞추어 보안 강도를 보장받아야 한다. 본 논문에서는 근래에 새롭게 제시된 "디바이스 DNA"를 이용하여 새로운 디바이스 인증 기술을 개발하는 것에 초점을 맞추어, "디바이스 DNA"로 디바이스 상에서 측정되는 Wi-Fi 신호강도(RSSI; Received Signal Strength Indication)를 사용할 수 있는 가능성을 보인다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2003.11b
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• pp.733-736
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• 2003

본 논문은 DNA microarray chip 을 사용한 실험 결과로 생산되는 대량의 데이터를 효율적으로 관리하기 위한 LIMS 개발에 대해 기술한다. 기존의 상용 LIMS 는 보편적 패턴과 방식을 정규화하여 제공하기 때문에 실험실의 고유한 방식을 포함하긴 어렵다. 본 논문에서는 유연성 있는 LIMS 를 개발하기 위해 특정 실험 중심으로 설계하면서 MAGE-OM 의 표준을 따르도록 디자인하였고, HYLIMS manager 라는 Local Application 과 검색을 주로 이용하는 사용자를 위하여 Web 검색 시스템을 구현하였다. 데이터베이스의 부하를 줄이기 위해 데이터 저장용 DB 와 검색용 DB 를 구분하였고, 데이터를 타입과 처리 형태에 따라 분류하여 관리하였으며 데이터 보안을 위해 실험 관리자가 사용자의 접근 제한을 설정 할 수 있도록 하였다.

• Korean Journal of Clinical Laboratory Science
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• v.52 no.4
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• pp.381-388
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• 2020

The quality control of pathological specimens is important for accurate molecular pathology testing. This study evaluated that specimen factors affecting the DNA quality during tissue processing and sample types for BRAF, EGFR, and KRAS mutations tests. One thousand seven hundred and seventy-two molecular pathology tests were investigated for the factors influencing the DNA quality, such as sample type, formalin fixation time, and reexamination status. Cytology samples stored in a saline solution had better DNA quality than commercial cytology preservation. Tissue samples fixed in formalin within 24 hours had better DNA quality than the samples fixed over 24 hours. Between the types of samples, fresh tissue samples and tissue samples with a high tumor cell density had relatively better DNA quality than the formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues and cytology specimens. Of real-time PCR, the non-PNA Ct value increased proportionally with samples held for longer than 24 hours in formalin, and that the formalin-fixed time affects the sample DNA quality. In conclusion, the appropriate tumor cellularity and 10% neutral formalin fixation time are the most important factors for maintaining the DNA quality. These factors should be managed properly for an accurate pathological molecular test to ensure optimal DNA quality.