• 한국미생물·생명공학회지
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• 제13권3호
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• pp.199-201
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• 1985

플라스미드 YEp13과 pMA56을 두가지 다른 방법으로 liposome속에 봉입시켰다. 이 두가지 방법에 따르면 플라스미드 DNA는 6$0^{\circ}C$에 1.5시간 동안 노출되거나, 4$^{\circ}C$에서 2-5분 동안 sonication 처리를 받아야 한다. 일단 봉입된 플라스미드를 다시 뽑아낸 다음, 그들에 대한 물리적인 구조와 유전적 전환능력을 조사했다. 그 결과 이 두 플라스미드 DNA는 liposome 봉입과정을 통해 아무런 손상을 입지 않았음이 밝혀졌다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2004년도 봄 학술발표논문집 Vol.31 No.1 (A)
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• pp.961-963
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• 2004

써픽스 배열은 텍스트의 써픽스들을 사전적 순서대로 저장하여 검색을 효율적으로 할 수 있는 자료구조이다. 생물학에서의 DNA 스트링과 같이 긴 텍스트에 대해 써픽스 배열을 이용하면 빠르게 검색할 수 있다. 써픽스 배열은 유사한 자료구조인 써픽스 트리에 비해 적은 공간을 차지하기 때문에 생물학에서 사용하는 긴 텍스트의 처리에 유리하다. 최근, 텍스트에서 바로 써픽스 배열을 선형시간에 구축하는 알고리즘들이 발표되었다. 그러나 이들 알고리즘은 정수 문자집합을 위한 알고리즘들이었다. 본 논문에서는 고정길이 문자집합에 대해 써픽스 배열을 빠르게 구축하는 알고리즘을 소개한다. 그리고 실험을 통해서 DNA 스트링과 같은 고정길이 문자집합에 대해서 다른 알고리즘들과 구축시간을 비교하여 속도 향상이 있음을 보인다.

• 한국동물학회지
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• 제36권4호
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• pp.545-555
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• 1993

뱀장어속(Anguilla)의 뱀장어(A. ioponica)와 무태장어(A. marmoruta) 및 꾀붕장어(Anago anogo)의 유전적 특징과 종간 유연관계를 밝히기 위하여 isozyme 분석과 mtDNA 분석을 실시하였다. Isozyme 분석결과 20개의 효소 및 비효소단백질에서 총 39개의 유전자를 검출하였고 각종 특유의 genetic marker를 확인하였다. 3종의 평균 유전적 변이는 뱀장어가 HD=0.057. HG=0.065, 무태장어는 HD=0.067 HG=0.053, 체불장어가 HD=0.018. HG=0.020으로 각각 나타났다. 뱀장어와 무태장어의 평균 종간유전적 근인관계는 S=0.420 (D=0.869)로 멀게 나타났다. 6 base를 인지하는 10종류의 제한효소를 처리한 결과 mtDNA 절편양상은 각 종내에서 동일하게 나타났으나 각종간에 차이를 보였고, 종간 평균염기 치 환율은 뱀장어와 무태장어가 p=3.4%, 뱀장어속 2종과 꾀붕장어는 p=9.6%로 나타났다.

• 생명과학회지
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• 제23권1호
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• pp.31-37
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• 2013

본 연구는 줄날도래(Hydropsyche kozhantschikovi) 에탄올 추출물이 산화적 스트레스에 미치는 영향을 알아보기 위해 활성산소에 의한 세포와 DNA의 손상 억제력을 조사하였다. 줄날도래 에탄올 추출물의 DPPH 유리 라디칼과 수산화 라디칼 제거능은 대조군에 비해 각각 60.4%, 60.0%로 나타났으며, $Fe^{2+}$-chelating 효과는 37.5%로 조사되었다. 줄날도래 추출물이 활성산소에 의해 유도되는 세포손상에 미치는 억제 효과를 조사하기 위해 지질과산화의 상대적 수준과 p21 단백질의 발현율을 해보면 줄날도래 추출물은 라디칼 처리군에 비해 지질과산화를 거의 완벽하게 억제하고 있으며, p21 단백질의 발현은 대조군의 92.2%로 회복되는 것으로 조사되었다. 또한 줄날도래 추출물의 DNA 분절화 억제 활성은 대조군에 비해 74.1%로 나타나 산화적 스트레스에 의해 유발되는 DNA 분절화를 효율적으로 억제하고 있으며, H2AX 단백질의 인산화비는 라디칼 처리군의 16.7%에 해당하는 수준으로 조사되어 줄날도래 추출물은 히스톤 단백질의 인산화를 83.3% 억제하는 것으로 확인되었다. 이러한 결과로 보아 줄날도래 추출물은 활성산소에 대한 항산화 효과 뿐만 아니라 세포와 DNA의 손상을 억제하는데 효과적인 것으로 사료된다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.46-55
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• 2006

(주)지노믹트리는 DNA 마이크로어레이 기술을 기반으로 하는 분자진단회사로서, 다음의 세가지 사업에 전력하고 있다. 첫째는 독창적이며 특화된 바이오마커 발굴기술 (MAGIC system)을 바탕으로 각종 암진단을 위한 바이오마커 개발연구 두 번째는 당사의 원천 기술인 다중동시검출 시스템을 이용한 질병 진단 시스템 및 증폭시스템 세 번째는 마이크로어레이 기술을 이용한 유전자 발현 분석, Array CGH, DNA 메틸레이션 분석 그리고 miRNA 검출 등의 지노믹스시대의 연구를 위한 토탈솔루션을 제공하고 있다. 지난 5년간의 마이크로어레이 기반기술을 이용한 자체연구 활동을 수행하면서 축적된 마이크로어레이 관련기술 노-하우들을 국내 마이크로어레이 연구자들에게 공급하기 위하여 노력하고 있다. 특히 당사의 지노믹서비스 부문은 유전자 발현 분석 솔루션 제공을 위해서 자체적으로 제작하여 공급하고 있는 human cDNA(17K/25K) 및 rat cDNA (5.0K) 마이크로어레이, Human (22K) 및 mouse (10K) 올리고뉴클레오타이드 마이크로 어레이 그리고 미생물 연구를 위한 대장균 (6K) 및 폐렴균 (2.2K) 올리고뉴클레오타이드 마이크로어레이 제공 및 이를 이용한 유전자 발현 분석 서비스를 제공하고 있다. 체적으로 제작되는 마이크로어레이 서비스는 2001년 도입한 ISO9001 품질인증시스템의 기반하에서 제작부터 생산까지의 엄격한 품질관리 과정을 거쳐서 고품질의 마이크로어레이를 이용한 분석서비스를 제공 하고 있다. 또한 고객요구형 서비스를 위하여 국외 유수의 마이크로어레이 회사 (Agilent, Microarray Inc, TIGR, Eurogentec 등)의 whole genome 기반의 마이크로어레이 제품을 이용한 분석서비스를 제공하고 있으며 마이크로어레이 실험을 위해서 필수적으로 이용되고 있는 시약 (labeling kit), 마이크로어레이 hybridization을 위한 hardware (hybridization chamber, hnay centrifuge)등을 자체적으로 개발하여 공급하고 있다. DNA copy number 측정을 위한 Array CGH 분석을 위해서는 자체적으로 제작공구하고 있는 human cDNA 마이크로어레이 (17K/25K) 그기고 rat (5.0K) 마이크로어레이를 이용한 분석서비스 및 whole genome 기반의 Agilent 올리고뉴클레오타이드 CGH 어레이 (44K, 35Kb resolution)를 이용한 분석서비스를 제공하고 있다. Epigenetic study를 하는 연구자들을 위한 메틸레이션 마이크로어레이 분석 서비스를 제공하고 있다. 기존분석법인 Bisulfite 처리기반의 분석이 아닌 enzyme digestion후 PCR 증폭방법을 이용한 분석방법을 이용함으로써, bisulfite 처리에 의한 DNA 손실문제를 최소화 하였다. 현재 50개의 문헌을 통해 잘 보고된 메틸레이션 유전자들에 대한 분석서비스를 제공하고 있으며, 지속적으로 표적컨텐츠의 숫자를 증가시킬 예정이다. 최근 많은 연구자들의 관심을 끌고 있는 micro RNA 검출을 위한 DNA 마이크로어레이 서비스를 제공할 예정이다 (2006년 3월 출시). 현재 까지 알려진 약 320개의 모든 miRNA를 탑재하고 있는 소형 DNA 마이크로어레이를 이용한 분석서비스로서 1장의 마이크로어레이 실험을 통하여 알려진 모든 miRNA의 비교분석이 가능하다. 마이크로어레이 실험 뿐만 아니라 data 분석을 위한 software도 상당히 중요한 비중을 차지하고 있다 이를 위하여 (주)지노믹트리는 Agilent에서 개발한 GeneSpring GX (유전자 발현 분석), Signet (마이크로어레이 database) 및 GeneSpring GT (SNP 분석)를 공급하고 있다. 통계적인 기반 지식의 없은 일반 user들을 위한 간편하면서도 종합적인 기능을 포함하고 있는 우수한 프로그램으로 이미 국제적으로 많은 인정을 받고 있다. (주)지노믹트리는 국내외 많은 연구자들의 경제적, 시간적 연구여건을 고려한 마이크로어레이 토탈솔루션을 제공하고 있으며, 실험 분석에서 data 마이닝 그리고 마이크로어레이 실험 디자인에 이르는 토탈솔루션을 제공하고 있다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제48권5호
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• pp.719-726
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• 2006

본 실험은 가수분해 시킨 유청단백질과 Lb. casei HY2782의 세포 추출물을 인간 전립선 세포에처리하여 세포 내 glutathione 농도 상승효과와 산화제 tbutyl hydroperoxide (TBHP)에 의한핵산 손상 방지 효과를 알아보기 위한 실험으로 전립선 세포 RWPE1 cells와 PC3MMM2 cells에 hydrolyzed WPI(500g/m)를 48시간 동안 처리 시, 가수분해 시키지 않은 WPI 보다 각각 28.2%, 38.4%씩 GSH 농도가 증가하는 것을 유의적으로 확인할 수 있었고(p<0.05), 카제인의 경우 RWPE1 cells and PC3MMM2 cells에 처리 시 가수분해 시킨 카제인과의 유의차가 보이지 않았으며 (p<0.05), glutathione 합성저해제인 Buthionine sulfoximin (BSO) 처리 시 Glutathione 농도가 현저하게 낮아지는 것을 확인할 수가 있었다(Anderson, 1998). 전립선 세포 RWPE1 cells 와 PC3MMM2 cells에 Lb. casei HY2782 세포 추출물 처리 시 PC3MMM2 cell에서는 GSH의 농도가 유의적으로 증가하는 것을 확인 할 수 있었고(p<0.05), RWPE1 cell에서는 증가 성향을 확인 할 수가 있었다.가수분해 시킨 유청단백질과 Lb. casei cell 세포추출물 처리 시 산화제에 의한 세포의 DNA 손상 억제정도와 사멸율의 변화를 확인 한 결과, 가수분해 WPI를 처리 후 Oxidant tbutyl hydroperoxide (TBHP)(500mM)를 이용하여 PC3MMM2 세포에 산화적인 스트레스를 주었을 시, TBHP만 처리한 구에서는 62.0%의 생존율을 나타내었고, glutathione 합성저해제인 BSO를 첨가시킨 처리구에서는 33.7%의 생존율을 나타내었다. 가수분해 시킨 WPI와 카제인 처리구에서는 각각 86.7%, 63.6%의 생존율을 나타내었고, WPI와 BSO를 함께 처리한 구에서는 71.5%의 생존율을 나타내었다. 이는 BSO에 의해 GSH의 생성이 저해되어 나타난 결과로 보여지며(Anderson, 1988), 가수분해시킨 WPI 가 가수분해 시킨 카제인보다는 높은 생존율을 나타내는 것을 유의적으로 확인할 수가 있었다. (p<0.05) Lb. casei 세포 추출물처리에 의한 생존율에서는 가수분해시킨 WPI와 유사한 수준의 82.4%의 생존율을 보였다. 가수분해시킨 유청단백질과 Lb. casei cell 세포추출물에 의한 세포에서의 glutathione 농도 증가에 의해 산화제에 의한 DNA의 손상이 적었던 것으로 사료되어지고, 이로 인해 생존율이 높았던 것으로 판단된다.

• 한국동물학회지
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• 제14권4호
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• pp.175-180
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• 1971

5-AU (5-aminouracil)를 처리하므로써 세포분열의 동시화를 촉진시킨 사람의 신장세포의 분열활동, 염색체 이상 및 DNA복제 양상에 미치는 X-선의 영향을 조직배양 및 자기방사법(autoradiography)을 통하여 추구하였다. 5-AU처리구에서 분열활동의 최고점은 5-AU를 처리한 뒤 10시간에서 나타나며, 대조구에 비해서 6배나 높음을 보여준다. 5-AU 처리후 100R의 X-선을 조사한 실험구에서는 X-선의 영향은 주로 세포분열을 지연시키고 분열활동을 저해시킬 뿐 아니라 분열활동의 최고점을 보여주는 시간을 불규칙하게 한다. 대조구에서 세포당 염색체이상율은 0.030에 불과하나 5-AU를 처리할 경우는 0.147로 높아진다. 한편 5-AU+100R 및 5-AU+200R의 X-선 처리구에서 세포당 염색체 이상율은 각각 0.583 및 0.669로 보다 높아짐을 보겠다. 한편 세포당 1R당 평균 염색체 이상율은 0.0035가 된다. 본 실험결과를 통해 보면 5-AU가 표지된 분열상의 출\ulcorner빈도 및 표지강도를 높이고 있음을 알겠는데, 그것은 5-AU가 세포주기중 S기에 놓인 세포를 축적시키는 힘이 있기때문이라고 보겠다. 이와는 반대로 X-선은 세포의 표지강도와 표지된 분열상의 출현빈도를 저하시킨다.

• 분석과학
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• 제27권3호
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• pp.147-152
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• 2014

범죄 현장에서 눈으로 보이지 않는 지문의 위치를 파악하기 위해 254 nm의 단파자외선과 루비스(RUVIS;Reflective Ultraviolet Imaging System, 반사자외선이미징시스템) 장비를 사용하는 것이 매우 효과적이다. 최근 유전자 감식 기술의 발전으로 지문과 같은 극미량의 생체시료에서도 성공적으로 DNA 프로필을 확보할 수 있게 되었지만, 지문 탐색에 사용되는 단파자외선에 의해 DNA가 파괴될 수 있다. 본 연구에서는 일반적으로 가장 많이 사용되고 있는 4 종류의 자외선 광원을 대상으로 자외선 조사 시간과 조사 거리에 따른 DNA 손상 정도를 비교하였다. 단파 자외선을 사용하는 경찰 루비스, SIRCHIE 미니라이트 및 SIRCHIE 루비스의 경우에는 10 cm 거리에서 10초간 조사할 경우 약 50% 정도의 DNA가 손상되었고, 시료와의 거리가 가까울수록, 처리 시간이 길수록 DNA 손상 정도가 증가하였다. 이 장비들을 사건 현장에서 사용할 경우에는 유전자 감식 시료의 DNA에 많은 손상을 가져올 수 있기 때문에 1 m 이상의 거리에서 조사하는 것이 바람직할 것으로 판단되었다. 반면 350 nm의 장파자외선을 사용하는 폴리라이트 장비는 단파 자외선 장비에 비해 DNA 손상 정도가 크지 않았다. 지문 탐색과 유전자감식을 모두 고려한다면, 자외선 광원의 종류에 따라 조사 거리와 조사 시간을 결정하는 것이 필요하다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제37권6호
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• pp.677-683
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• 2008

등나무 꽃 50 g에 1 L의 네 가지 용매(메탄올, 에탄올, 아세톤, 물)를 각각 가하여 추출한 다음, 농축하여 각각의 용매별 추출물을 얻었다. 이 용매별 추출물을 이용하여 등나무 꽃의 항산화 활성을 조사하였다. 그 결과, 총 페놀 함량에서 보라색은 물 추출물이 491 ${\mu}M$ GAE로 가장 높았고, 흰색은 에탄올 추출물이 787 mM GAE로 가장 높았다. 보라색 등나무 꽃의 DPPH 라디칼 소거능은 1,000 ${\mu}g/mL$ 농도에서 물 추출물이 58.21%로 가장 높은 값을 가지는 것으로 나타났으며, 흰색 꽃도 물 추출물에서 74.52%로 가장 높은 값을 가졌다. ABTS 라디칼 소거능의 경우에도 1,000 ${\mu}g/mL$ 농도에서 보라색 꽃과 흰 꽃의 물 추출물이 각각 64.50%와 73.07%로 가장 높은 활성을 보였다. 환원력은 보라색 꽃의 에탄올 추출물, 흰 꽃의 메탄올과 물 추출물이 비교적 높게 측정되었다. 한편, 등나무 꽃 추출물의 산화적 스트레스에 의한 DNA 손상억제효과를 평가하기 위해 1, 10, 50 ${\mu}g/mL$의 농도로 백혈구에 처리한 후 $H_2O_2$(200 ${\mu}M$)로 DNA 손상을 유도한 결과, 보라색 꽃의 에탄올 50 ${\mu}g/mL$ 처리구와 모든 농도의 아세톤 추출물 처리구를 제외하고는 $H_2O_2$ 처리양성 대조구에 비해 유의적으로 감소하였다. 흰색 꽃의 경우 모든 추출물에서 $40{\sim}80%$ 정도의 높은 저해율을 보였다. 따라서 등나무 꽃 추출물이 천연 항산화제로서의 잠재적 가능성을 가지고 있음을 알 수 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제38권2호
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• pp.198-206
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• 2010

본 연구는 항생제인 imipenem에 내성이 있는 Pseudomonas aeruginosa에 대한 차 폴리페놀(TPP)과 imipenem의 살균 상승효과와 세포반응을 조사하기 위하여 수행되었다. Imipenem 내성 Ps. aeruginosa는 병원의 환자로부터 분리하였다. TPP와 imipenem을 단독으로 처리하였을 때와 병용으로 처리하였을 때의 최소억제농도(MIC)를 측정한 결과, imipenem 감수성과 내성 균주는 TPP와 imipenem을 병용처리 하였을 때, imipenem 농도가 각각 16배, 8배가 감소되는 것을 확인하였다. 또한, time-kill 조사를 통해 TPP와 imipenem의 항균효과를 조사하였으며, 병용처리 하였을 때 낮은 농도의 imipenem에서도 동일한 항균효과를 나타내는 것을 확인하였다. TPP에 의한 imipenem 감수성과 내성 균주의 스트레스 충격 단백질 발현을 조사하기 위하여 anti-DnaK와 anti-GroEL 단일항체를 이용한 Western blot을 통해 관찰하였다. 스트레스 충격 단백질인 DnaK와 GroEL은 TPP의 노출시간이 증가함에 따라 발현양이 증가하다가 감소하는 것을 확인하였으며, 유도된 DnaK와 GroEL의 분자량은 각각 70 kDa과 60 kDa으로 나타났다. TPP의 농도와 시간에 따른 세균의 LPS 증감 변화를 SDS-PAGE와 은 염색을 통하여 확인하였고, TPP와 imipenem에 노출된 세균의 세포 외부 형태변화를 주사전자현미경을 이용하여 관찰한 결과, 움푹 패이고, 주름진 표면을 가지는 것으로 관찰되었다.