• 제목/요약/키워드: DNA합성

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담배가루이(Bemisia tabaci, Aleyrodidae, Hemiptera)에서 Virus-induced Gene Silencing (VIGS) Vector를 이용하기 위한 cDNA Library 제작 (Construction of cDNA Library for Using Virus-induced Gene Silencing (VIGS) Vector with the Sweetpotato Whitefly, Bemisia tabaci(Hemiptera: Aleyrodidae))

  • 고나연;임현섭;유용만;윤영남
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제54권2호
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    • pp.91-97
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    • 2015
  • 담배가루이(Bemisia tabaci)는 외래해충으로 바이러스벡터로 작용하여, 토마토의 토마토황하잎말림병바이러스(TYLCV)를 비롯한 약 100여종의 바이러스를 매개하는 중요한 해충이다. 본 연구에서는 VIGS vector를 이용하여 담배가루이 방제를 위한 target 유전자들을 선발하기 위해 gateway system을 이용한 담배가루이 cDNA library 제작을 시도하였다. 첫 번째 방법으로 oligo d(T) primer를 사용하였을 때, 평균 약 1 kb의 insert와 $1.4{\times}10^4cfu$의 titer를 확인하였다. 그러나 insert size가 너무 커서 적절하지 않았다. 두 번째 방법으로 attB-N25 random primer를 이용하고, sonication을 6초 실시하여 다시 진행하였다. 그러나 확인되는 insert size는 다소 컸고, 몇몇은 insert가 너무 작아서 밴드가 확인 되지않았으며, $1.04{\times}10^54cfu$의 titer를 확인할 수 있었다. 세 번째 방법으로는 oligo d(T) primer를 이용하였고, sonication을 2초 실시하였다. 그 결과 300 bp~600 bp size의 insert가 확인되었으나, electro transformation을 사용한 첫번째, 두번째 방법에 비해 heat shock transformation을 사용하여 titer가 $5.2{\times}10^24cfu$로 매우 낮은 것을 확인 할 수 있었다. 결과적으로 cDNA library를 만들 때 먼저 random primer를 사용하여 First strand를 합성하여 poly A를 제거하고, 다음으로 sonication을 1초 실시하여 300~700 bp정도의 적절한 size의 insert를 생성하고, 마지막으로 electro-transformation을 실시하여 transformation 효율을 높인다면 VIGS vector에 적합한 cDNA library를 만들 수 있을 것으로 사료 된다.

사슴 미토콘드리아 DNA의 염기서열 및 PCR-RFLP분석에 의한 녹용의 종 감별 (Identification of Deer Antler Species Using Sequence Analysis and PCR-RFLP of Mitochondrial DNA)

  • 신기현;신성철;정구용;정의룡
    • 한국축산식품학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.276-282
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    • 2008
  • 우리나라는 전 세계 녹용의 약 80% 이상을 소비하고 있는 양록 대국이나 최근 국내 녹용시장에서의 녹용 둔갑판매 및 불법유통 현상이 문제점으로 대두되고 있다. 따라서 본 연구는 녹용의 종 감별 기술을 개발하고자 현재 국내에서 유통되고 있는 러시아산 원용, 북미산 대록, 국산화용, 중국산 깔깔이 및 알래스카산 순록 등 5종의 대표적인 녹용들을 대상으로 종간 염기서열 변이성이 매우 높은 유전자로 알려져 있는 mt DNA내 cytochrome b 및 D-loop 유전자 영역의 염기서열 분석 및 종간 변이성 비교분석을 수행하였다. 각 녹용시료에서 mt DNA를 분리하고 cytochrome b와 D-loop유전자의 특정 영역을 포함하는 primer를 설계 합성하고 PCR로 증폭한 후 DNA 증폭산물의 염기서열을 분석하여 종간 유전정보의 동일성 여부를 비교한 결과 녹용 종간에 명확한 차이를 보이는 염기서열 부위가 검출되었고 이러한 종간 염기배열 차이에 근거하여 녹용의 종 감별이 가능하였다. 또한, mt DNA cytochrome b유전자에서 종간 특이적 염기서열을 인지하는 두 종류의 제한효소(NlaIV 및 TaqI)을 이용한 PCR-RFLP 기법으로 녹용으로 인정되지 않는 순록의 종 특이적 RFLP 분자표지를 검출하였고 이를 이용하여 녹용과 순록간의 종 판별이 가능하였다. 한편, D-loop 유전자의 특정 영역 염기서열 분석기법을 이용하여 시중에서 러시아산 원용으로 유통되고 있는 녹용 절편 32개를 무작위표본 추출하여 녹용의 종 감별을 조사한 결과 러시아산 원용으로 인정되는 것은 62.5%에 불과하였고 나머지는 중국산 마록(25.0%)과 엘크 및 순록의 아종으로 추정되는 시료도 일부 검출되었다. 따라서 본 연구를 통해 사슴 녹용 mt DNA 유전자의 염기서열 유전정보 변이 차이를 이용한 염기서열 분석법과 특정 제한효소(NlaIV 및 TaqI)를 이용한 PCR-RFLP 기법은 녹용의 과학적인 종 감별과 이를 바탕으로 녹용 원산지의 추정도 가능할 것으로 기대된다.

RT-PCR 방법을 이용한 효과적인 감자 잎말림 바이러스의 검정 (An Effective Method of Diagnosis of Potato Leafroll Virus by RT-PCR)

  • 전재흥;정영희;최경화;김현순;오현우;박세원;정혁
    • 한국식물병리학회지
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    • 제12권3호
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    • pp.358-362
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    • 1996
  • 감자 잎말림 바이러스를 검정하기 위하여 ELISA 및 전자현미경에 의해 바이러스 감염이 확인된 기내 배양중인 감장의 줄기로부터 RT-PCR 분석을 수행하였다. 분리된 총 RNA들로부터 바이러스 cDNA를 합성하고 감자 잎말림 바이러스 외피단백질의 일부인 465bp를 특이하게 증폭하도록 고안한 두 primer를 사용하여 PCR 반응을 하였다. 증폭된 465pb의 DNA 절편의 염기서열을 분석한 결과 역시 감자 잎말림 바이러스임을 확인하였다. 바이러스 검정에 있어서 EL-ISA 방법과 RT-PCR 방법간의 민감도를 조사한 결과 RT-PCR 방법간의 민감도를 조사한 결과 RT-PCR 방법이 ELISA 방법보다 감자 잎말림 바이러스검정에 있어서보다 정확한 방법인 것으로 사료된다.

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Alachlor의 제초기구(除草機構)에 관한 연구(硏究) - I.Alachlor가 귀리의 핵산(核酸), 아미노산 및 단백질합성(蛋白質合成)에 미치는 영향(影響) (A Study of Mode of Action of Alachlor - I. Effects of Alachlor on Nucleic acid, Amino acid and Protein Synthesis in Oat(Avena sativa L.))

  • 권성환;김재철
    • 한국잡초학회지
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    • 제10권3호
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    • pp.227-232
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    • 1990
  • The effects of alachlor [2-chloro-2', 6' diethyl-N-(methoxymethyl) acetanilide] treatment on nucleic acid, amino acid and protein synthesis were studied. The amide herbicide alachlor blocks the biosynthesis of the amino acids isoleucine, valine and aromatic amino acid in oat root tips. Nucleic acid was inhibited, but was not proportional to reduction in protein synthesis. $1{\times}10^{-4}M$ of alachlor treatment of oat roots inhibited 36% DNA synthesis, but DNA synthesis was not inhibited at $1{\times}10^{-5}M$. RNA synthesis was inhibited by $1{\times}10^{-5}M$ and $1{\times}10^{-4}M$ of alachlor 16 and 27%, respectively, while inhibition of protein synthesis did occur at same concentrations. Inhibition of protein synthesis also did not occur at concentration below $1{\times}10^{-4}M$ alachlor. It suggest that inhibition of protein sythesis caused significantly by alachlor($1{\times}l0^{-3}M$) result from secondary action.

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Daphnia magna를 이용한 세리아, 실리카, 티타늄 나노물질의 유전독성 평가 (Genotoxicity of $CeO_2$, $SiO_2$ and $TiO_2$ Nanoparticles in the Freshwater Crustacean Daphnia magna)

  • 김성만;최진희
    • Environmental Analysis Health and Toxicology
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    • 제23권2호
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    • pp.79-85
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    • 2008
  • 본 연구에서는, 세리아($CeO_2$), 실리카($SiO_2$) 및 티타늄($TiO_2$) 나노입자의 유전독성과 생태독성 평가를 위하여 바이오 모니터링에 널리 이용되는 수생생태 감시종인 Daphnia magna를 사용하였다. 합성한 나노입자 세리아와 공업적으로 상용되는 실리카 및 티타늄을 유전독성 및 생태독성평가에 이용하였다. 세리아의 경우, D. magna의 DNA의 파괴가 증가함을 통해 세리아의 유전독성 가능성을 확인할 수 있었으나, 실리카 및 티타늄의 경우에는 두 물질 모두 유전독성 영향이 나타나지 않았다. 실리카는 DNA에는 영향을 미치지 않는 것으로 보이나, 실리카에 노출된 D. magna의 사멸은 증가하는 결과를 보였다. 그러나, 티타늄에 노출된 D. magna에서는 유전독성 및 생태독성 인자의 유의적인 변화를 관찰할 수 없었다. 이상의 전체 결과를 통하여 예상할 수 있는 것은 세리아 나노입자가 D. magna에 유전독성을 일으킬 수 있다는 점이다. 이 결과는 나노입자가 광범위하게 이용되고 있으나 독성 관련 자료가 미약한 현재에 수생태 관련 독성 연구 결과로서 이바지 할 수 있을 것으로 여겨진다.

RBF정제단백질의 핵산결합도 및 PKR효소의 인산화억제효과의 비교에 관한 연구 (Comparative Study of Nucletic Acid Binding of the Purified RBF Protein and Its Inhibition of PKR phosphorylation)

  • 박희성;김인수
    • 생명과학회지
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    • 제8권2호
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    • pp.119-125
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    • 1998
  • dsRNA결합인자인 RBF단백질을 정제하여 이의 단일 또는 이중선의 RNA 또는 DNA 와의 결합도를 측정하였다ㅓ. RBF단백질은 이들과 각각 반응시켜 그 결합도는 SDS-PAGE에 의하여 비교관찰하였다. RBF단백질은 dsRNA와은 강한 결합력을 나타낸 반면 기타의 핵산구조에 대해서는 이러한 결과를 나타내지 못하였다. 인산화 실험의 결과, RBF단백질은 poly(I) : poly(C)의 존재하에서 사람 도는 쥐 모두로 부터의 PKR 효소의 자가인산화를 유사한 방식으로 억제하였다. 이는 다른 종류의 진핵세포생물에서 단백질합성조절을 위한 PKR과 RBF가 유사한 경쟁적 관련성을 유지하면서 존재함을 시사하고 있다.

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유두종 바이러스의 분자 클로닝 (Molecular Cloning of the Human Papillomavirus)

  • 김민식;조승호;서병도
    • 대한기관식도과학회:학술대회논문집
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    • 대한기관식도과학회 1993년도 제27차 학술대회 초록집
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    • pp.86-86
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    • 1993
  • 유두종 바이러스는 여러 양성 및 악성종양과의 발생원인 및 연관성이 밝혀지면서 임상적으로 그 중요성이 더해가고 있다. 두경부암에서도 유두종 바이러스의 DNA가 암조직내에서 발견됨에 따라 종양의 주요 발생원인의 하나로 간주되고 있다. 최근 유두종 바이러스에 대한 관심이 집중되면서 이에 대한 분자생물학적 연구가 활발히 진행되고 있다. 저자들은 분자생물학적 방법을 이용하여 유두종 바이러스와 두경부암의 관계를 연구하는 방법의 하나로 유두종 바이러스의 캅시드 단백질을 발현시키고자 유두종 바이러스 16형, 31형의 Ll, L2 DNA를 클로닝 하였다. 만들어진 합성단백질은 두경부암 환자에서 유두종 바이러스와의 관계를 연구하는데 여러 목적으로 이용될 것으로 생각된다.

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Saccharomyces cerevisiae세포 표면에 leucocin A유전자의 발현에 의한 항균활성 효모의 개발 (Development of Bactericidal Yeast Strain by Expressing the Leucocin A Gene on the Cell Surface of Saccharomyces cerevisiae)

  • 이상현
    • 생명과학회지
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    • 제15권6호
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    • pp.923-927
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    • 2005
  • 박테리오신의 일종인 Leucocin A를 생산하는 효모의 제작을 위하여 114 bp 길이의 종지코돈을 포함하는 Leucocin A 유전자를 합성하여 효모운반체인 pYDl에 클로닝하였다. 이렇게 제작된 재조합 DNA를 효모세포에 형질전환시켜 Leucocin A를 생산하는 형질전환 효모세포를 제작하였다. 형질전환 효모는 고초균(Bacillus subtilis)에 대해 항균활성을 나타냈다. 형질전환 효모로부터 분리한 플라스미드를 주형(template)으로 하고 Leucocin A에 특이적인 primer들을 이용하여 PCR 반응을 행한 결과, 효모에 도입된 Leucocin A 유전자를 확인할 수 있었다. 이 연구의 결과로 부패하기 쉬운 식품들의 보존성을 향상시키거나, 내성이 생긴 병원균의 생육을 저해하기 위한 항생제로 사용할 수 있는 박테리오신을 산업적으로 대량생산할 수 있는 효모세포를 제작하였다.

PET 영상용 18F 표지 Isoquinolinium Salt의 합성 (Synthesis of 18F Labelled Isoquinoline Salt for PET Imaging)

  • 김희정;김동연;김인종;박정훈;이홍래;김상욱;허민구;최상무;양승대;유국현
    • 방사선산업학회지
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    • 제4권1호
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    • pp.1-6
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    • 2010
  • The purpose of this study is to synthesize the radio fluorine labelled isoquinoline salt derivative as new radiopharmaceutical for imaging tumors using positron emission tomography (PET). The planarity of isoquinoline allows to inhibit topoisomerase or intercalate between adjacent DNA base pairs, which result in producing double strand breaks in the DNA and a cell death. Therefore, the isoquinoline has seemed to have a potential anticancer activity. In order to obtain 2-(5-[$^{18}F$]fluoropentylisoquinolinium salt with good radiochemical yield, tosylated precursors have been synthesized. The labelling reaction was carried out for 30 minute in HMPA at $120^{\circ}C$. The radiochemical yield was about 50~60%.

DNA 앱타머를 이용한 Streptococcus mutans의 부착 억제 (A novel anti-adhesion agent using DNA aptamers for Streptococcus mutans)

  • 박병주;옥승호
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제19권3호
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    • pp.382-388
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    • 2018
  • 본 연구는 치아우식증의 주 원인균으로 작용하는 S. mutans에 특이적인 앱타머 및 그 작용 기전에 관한 것으로 더욱 상세하게는 SELEX방법을 이용하여 S. mutans에 특이적인 앱타머를 선별하고, 앱타머와 결합하는 단백질 분자를 정제 및 동정함으로써 S. mutans의 부착에 관련된 기전을 보다 더 명확하게 규명하고자 하였다. 표적분자에 높은 친화도와 선택성으로 결합할 수 있는 특성을 가지는 앱타머는 3차원적인 특이적 구조에 의해 표적물질에 대해 수 nM ~ 수 pM 수준의 높은 결합력과 선택성을 지니고 있으며, 항체와 유사한 특성을 가지는 핵산으로 여겨지고 있다. 또한, 항체에 비해 안정성이 매우 높아 실온 보관이나 운반이 가능하고, 장시간이나 반복사용이 요구되는 진단용으로의 응용이 매우 용이하다. 또한 생체 내 면역거부반응이 거의 일어나지 않는 점 등을 바탕으로 보다 저렴한 앱타머로 대체하려는 시도가 이루어지고 있으며, 이는 치료용으로의 개발연구에 매우 중요한 장점이 될 수 있다. 이를 위하여 39개의 random sequence를 갖는 DNA library를 제조하고, S. mutans를 앱타머 선별의 대상물질로 하여, SELEX 방법을 통하여 선별하고 pCR2.1 cloning vector에 cloning하고, 그 염기서열을 분석하였다. 그 결과 6종의 서로 다른 염기서열을 갖는 앱타머를 선별하였으며, 선별된 앱타머 중 SM-2를 이용하여 앱타머와 직접 결합하는 단백질을 분리, 동정하였다. 위의 결과로부터 선별된 앱타머들은 S. mutans에 선택적으로 결합함을 확인하였고, 이 앱타머는 세균의 당 대사 및 단백질 합성 관련 단백질에 결합함으로서 세균의 부착을 억제 할 수 있음을 확인하였다.