• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제15권1호
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• pp.72-79
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• 2005

A new Bacillus peptidase, bacillopeptidase DJ-2 (bpDJ-2), with molecular mass of 42 kDa and isoelectric point (pI) of 3.5- 3.7, was purified to homogeneity from Bacillus sp. DJ-2 isolated from Doen-Jang, a traditional Korean soybean fermented food. The enzyme was identified as an extracellular serine fibrinolytic protease. The optimal conditions for the reaction were pH 9.0 and $60^{\circ}C$. The first 18 amino acid residues of the N-terminal amino acid sequence of bpDJ-2 were TDGVEWNVDQIDAPKAW, which is identical to that of bacillopeptidase F (bpf). However, based on their Nterminal amino acid sequence, molecular size, and pI, it is different from that of bpf and extracellular 90 kDa. The whole (2,541 bp, full-bpDJ-2) and mature (1,956 bp, mature-bpDJ-2) genes were cloned, and its nucleotide sequence and deduced amino acid sequence were determined. The expressed proteins, full-bpDJ-2 and mature-bpDJ-2, were detected on SDSPAGE at expected sizes of 92 and 68 kDa, respectively.

• BMB Reports
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• 제51권7호
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• pp.362-367
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• 2018

A major feature of type 1 diabetes mellitus (T1DM) is hyperglycemia and dysfunction of pancreatic ${\beta}$-cells. In a previous study, we have shown that Tat-DJ-1 protein inhibits pancreatic RINm5F ${\beta}$-cell death caused by oxidative stress. In this study, we examined effects of Tat-DJ-1 protein on streptozotocin (STZ)-induced diabetic mice. Wild type (WT) Tat-DJ-1 protein transduced into pancreas where it markedly inhibited pancreatic ${\beta}$-cell destruction and regulated levels of serum parameters including insulin, alkaline phosphatase (ALP), and free fatty acid (FFA) secretion. In addition, transduced WT Tat-DJ-1 protein significantly inhibited the activation of $NF-{\kappa}B$ and MAPK (ERK and p38) expression as well as expression of COX-2 and iNOS in STZ exposed pancreas. In contrast, treatment with C106A mutant Tat-DJ-1 protein showed no protective effects. Collectively, our results indicate that WT Tat-DJ-1 protein can significantly ameliorate pancreatic tissues in STZ-induced diabetes in mice.

• Molecules and Cells
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• 제41권7호
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• pp.646-652
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• 2018

Neurodegeneration can result in memory loss in the central nervous system (CNS) and impairment of taste and smell in the peripheral nervous system (PNS). The neurodegeneration seen in Parkinson's disease (PD) is characterized by functional loss of dopaminergic neurons. Recent studies have also found a role for dopaminergic neurons in regulating taste memory rewards in insects. To investigate how taste memories and sugar sensitivity can be affected in PD, we utilized the $DJ-1{\beta}$ mutant fruit fly, $DJ-1{\beta}^{ex54}$, as a PD model. We performed binary choice feeding assays, electrophysiology and taste-mediated memory tests to explore the function of the $DJ-1{\beta}$ gene in terms of sugar sensitivity as well as associative taste memory. We found that PD flies exhibited an impaired ability to discriminate sucrose across a range of sugar concentrations, with normal responses at only very high concentrations of sugar. They also showed an impairment in associative taste memory. We highlight that the taste impairment and memory defect in $DJ-1{\beta}^{ex54}$ can be recovered by the expression of wild-type $DJ-1{\beta}$ gene in the dopaminergic neurons. We also emphasized the role of dopaminergic neurons in restoring taste memory function. This impaired memory property of $DJ-1{\beta}^{ex54}$ flies also allows them to be used as a model system for finding supplementary dietary foods that can improve memory function. Here we provide evidence that the associative taste memory of both control and $DJ-1{\beta}^{ex54}$ flies can be enhanced with dietary supplementation of the medicinal plant, omija.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제15권3호
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• pp.537-543
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• 2005

Subtilisin (EC 3.4.21.14) is the major extracellular alkaline serine protease of Bacillus species. Previously, we found that subtilisins did not migrate in the electrophoretic field in the Laemmili buffer system due to their high pI values (over 8.8); however, it formed a 'binding mode' at the top of the separating gel [5]. Utilizing this characteristic, four subtilisins from Bacillus sp. strains (e.g., B. subtilis 168, B. subtilis KCTC 1021, B. amyloliquefaciens KCTC 3002, and Bacillus sp. DJ-1 and DJ-4) were easily and quickly identified by an over-running electrophoretic technique with a miniscale culture supernatant (less than 20 ml) without any column chromatographic steps. Two subtilisins (DJ-l and a recombinant version) from Bacillus sp. DJ-l were characterized, and the enzymatic properties were determined by SDS-fibrin zymography and densitometric analysis. Based on this observation, the recombinant pro-subtilisin DJ-l showed the same 'binding mode,' similar to native subtilisin DJ-l. On the other hand, mature subtilisin DJ -1 without pro-peptide showed no enzymatic activity.

• 미생물학회지
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• 제30권1호
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• pp.8-14
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• 1992

Pseudomonas sp. DJ77로부터 extradiol dioxygenase 유전자(phnE)를 클로닝하고 염기배열을 결정하였다. 921 bp의 open reading frame (ORF) 이 존재하였고 개시코돈 앞에서 Shine-Dalgarno sequence를 발견하였다. phnE 유전자에서 만들어지는 PhnE 단백질은 분자량이 34,449 Da 인데 SDS-polycrylamide gel 전기영동에 의해 측정된 분자량과 일치하였다. PhnE는 NahH, XylE, DmpB 등과 아미노산 배열의 상동성의 약 50% 였다. DJ77에는 bphC와 같은 3형의 extradiol dioxygenase 유전자는 발견할 수 없었다. DJ77 과 JM101(pPE17)은 catechol, 3-methylcatechol, 4-methylcatechol, 2, 3-dihydroxybiphenyl 등의 기질을 meta-cleavage 하여 노란색 화합물을 생성할 수 있었다.

• 한방재활의학과학회지
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• 제33권3호
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• pp.47-65
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• 2023

Objectives We evaluated the wound healing effects of Dangguijakyak-san (DJ) using C57BL/6 mice that were generated open wound. Methods The study was conducted with seven C57BL/6 mice assigned to each group, divided into the normal group, control group, vitamin E group, DJ low-dose group, DJ high-dose group. We measured total polyphenol, flavonoid contents, the size of the wound, liver function, pro-inflammatory cytokine activity in serum, inflammation-related proteins, adhesion molecules and chemokine proteins, collagen-related proteins in skin tissue and histopathological changes by H&E and Masson's staining. Results DJ treatment significantly reduced the area of the wound compared to the control group. Also, inflammatory cytokines were reduced and the expression of anti-inflammatory-related factors (interleukin-4 [IL-4] and IL-10) was significantly increased in the DJ treatment group. We identified that DJ treatment inhibits both pathways of inflammation, the mitogen-activated protein kinases and nuclear factor-κB pathway. Moreover, the protein expressions of Sirt1 (sirtuin 1), MCP-1 (monocyte chemoattractant protein 1), ICAM-1 (intercellular adhesion molecule 1), and VCAM-1 (vascular cell adhesion molecule 1) were decreased by DJ administration. Also, the expression of α-smooth muscle actin and collagen type I alpha 1, collagen-related proteins, that help skin recovery was significantly increased in the DJ treatment group. Histopathologically, a relatively thin epithelial layer could be observed in the DJ administration group, as well as an increase in fibroblasts and collagen fibers. Conclusions These data suggest that DJ treatment is effective in wound healing, suppressing inflammatory proteins, increasing skin repair factors and improving histopathological changes caused by wounds.

• 미생물학회지
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• 제32권2호
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• pp.126-131
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• 1994

4-Chlorobiphebyl(4CB)를 분해한 Pseudomonas sp. DJ-12가 가지고 있는 pcbABCD 유전자를 Escherichia coli에 클로닝한 결과, 재조합 균주인 E. coli CU1과 CU101은 모두 Pseudomonas sp. DJ-12에서와 같이 4CB를 분해하여 2,3-dihydrozybiphenyl(2,3-DHBP)을 생성하는 탈염소화 기능을 보여주었다. 특히 pcbAB를 포함하는 재조합 플라스미드인 pCU101을 가지고 있는 E. coli CU101은 Pserudomonas sp. DJ-12에서와 같이 4CB로부터 4-chlorobenzoic acid를 생성하지 않고 2, 3-DHBP만을 생성하는 탈염소화 기능을 보여주었다. 그러므로 Pseudomonas sp. DJ-12의 염색체 DNA로부터 클로닝한 약 2.2kb의 pcbAB 유전자는 4CB로부터 2,3-DHBP만을 생성하는 탈염소화기능을 가지고 있음이 밝혀졌다.

• 정보처리학회논문지A
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• 제9A권2호
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• pp.171-180
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• 2002

효과적이고 정확한 데이터 흐름 문제 분석은 흐름그래프와 지배자 트리 그리고 DJ 그래프를 사용한다. 데이터 흐름 문제 해결은 흐름 그래프를 안전하게 지배자 트리로 감축하는 것이다. 흐름 그래프는 파스 트리를 대신하고, DJ 그래프는 감축 가능하거나 감축이 불가능한 흐름 그래프를 지배자 트리로 정확하게 감축하는데 이용된다. 본 연구에서는 Tarjan의 경로 압축 알고리즘을 이용하기 위하여 Top 노드 찾기 알고리즘을 제시하고 기존의 지연감축 알고리즘을 경로압축을 이용하여 개선한다. 경로압축을 이용한 지연감축 알고리즘은 DJ 그래프를 지연 감축하면서 노드를 끌어올려 지배자 트리의 경로를 압축시킨다. 실제로 제안된 알고리즘은 22% 정도 노드들을 끌어올렸고, 20% 정도 경로를 압축시켰다. 압축된 지배자 트리는 효과적인 데이터 흐름 분석을 가능하게 하고, 코드 최적화 과정의 노드 끌어올리기 효과를 가져와 코드 최적화 과정의 복잡도를 개선하는 효과를 가져온다.

• 미생물학회지
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• 제28권1호
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• pp.41-46
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• 1990

자연환경으로부터 분리한 DJ-12 균주는 4CBA 및 4CB를 비롯하여 그 대사산물인 4OHBA와 PCA를 분해하여 단일 탄소원으로 이용하였다. DJ-12 균주에서 4CBA 및 4CB분해유전자는 약 65kb 크기의 plasmid인 pDJ121에 존재하였으며, 이 pDJ121은 ExoRI, HindIII, SalI 그리고 PslI의 절단부위를 각각 9, 11, 10 그리고 19개씩 가지고 있었다. EcoRI으로 처리한 pDJ121 절편을 pKT230에 ligation 시켜 재조합 vector인 pDK450을 만들었으며, 이를 Pseudomonas putida KT2440에 transformation 시켜 얻은 cloned cell 에서는 4CBA 분해유전자가 잘 발현되었다.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제23권3호
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• pp.378-386
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• 2016

DJ#3과 DJ#13은 항염증질환 소재로서 가능성을 확인하고자 국내 전통식품 풀질인증 된장에서 장기간 숙성된장으로 선발된 시료이다. DJ#3과 DJ#13 추출물의 세포독성을 살펴보기 위하여 혈관내피세포를 이용하여 세포의 생존율을 살펴본 결과 DJ#3과 DJ#13 추출물 모두 $100{\mu}g/mL$의 농도까지 전혀 독성을 나타내지 않았다. 또한 DJ#3과 DJ#13 추출물의 항염증 효과를 TNF-${\alpha}$에 의해 활성화된 혈관내피세포에서의 NO 생성, 염증관련 단백질 발현과 mRNA 유전자 발현의 변화를 통하여 확인하였다. 혈관내피세포에 TNF-${\alpha}$를 처리한 결과 NO의 함량이 유의적으로 감소하였다가 DJ#3과 DJ#13 추출물(20, 50, $100{\mu}g/mL$)을 처리하였을 때 유의성은 없으나 증가하였다. 세포배양액내 VCAM-1, ICAM-1 발현을 확인한 결과 혈관내피세포에 TNF-${\alpha}$를 처리한 군에서 증가된 VCAM-1 발현이 DJ#3 추출물 20, $50{\mu}g/mL$에서 유의성 있는 감소를 보였다. 또한 DJ#3 추출물은 NO 생성과 연관 있는 eNOS mRNA의 발현을 농도 의존적으로 증가하였으며, iNOS mRNA의 발현은 농도 의존적으로 감소하였으며 이는 NO 생성 증가가 iNOS의 발현억제를 경유한 것으로 사료된다. 또한 다수의 항염증 약물들의 작용기전이 되는 COX-2의 생성억제를 살펴본 결과 DJ#3 추출물은 TNF-${\alpha}$에 의해 발현되는 COX-2 단백질의 발현을 억제하였음을 확인할 수 있었다. 또한, DJ#3 추출물은 CAMs 단백질 및 mRNA 발현율의 감소됨을 보였다, 이상의 결과로 보아, DJ#3 추출물은 혈관내피세포에서 TNF-${\alpha}$로 유도된 혈관염증을 감소하는 효과를 가지고 있으며, 항염증물질의 연구에 기초 자료로 활용이 가능할 것으로 기대된다. 또한 염증과 관련된 cytokine 및 단백질 발현 메커니즘에 대한 추가적인 연구가 필요할 것으로 판단된다.