• 한국지하수토양환경학회:학술대회논문집
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• 한국지하수토양환경학회 2002년도 추계학술발표회
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• pp.117-121
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• 2002

A numerical model that describes the reductive dechlorination of tetrachloroethene(PCE) to ethene via cis-dichloroethene(CDCE) was developed. The model included two separated dehalogenator groups : one for PCE transformation to cDCE via TCE and the other for cDCE dehalogenation to ethene via VC, competitive inhibition between different chloroethene electron accepters, and competition for H$_2$ between dechlorination and methanogens. Model simulations suggest first, that PCE dechlorinators are better competitive with methanogens than cDCE dechlorinators. Second, not only the initial relative population size of dehalogenators and H$_2$-utilizing methanogens but also electron donor delivery strategies used greatly affects the degree of dehalogenation. As a result, all of factors in the above must be considered in order to achieve economical and successful bioremediation of contaminated soil and groundwater with chlorinated solvents.

• Investigative Magnetic Resonance Imaging
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• 제11권2호
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• pp.103-109
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• 2007

목적: 정상인의 뇌영역의 동적 자화율 대조도 (dynamic susceptibility contrast)에서 새로운 비선형 곡선조화 알고리즘을 사용한 Gd-DTPA의 비투과성 (non-permeability)을 조사하고자 한다. 대상 및 방법: 전반적인 혈관내의 이동에 대한 전달함수($K^{trans}$)에 대하여 첫 번째 통과된 조합변수인자의 화소에 대한 정량적인 분석을 실시하였다. 정확한 복셀값의 산출을 위하여 개선된 알고리즘에 의한 경계값을 적용하여 최적화 과정을 반복수행하였다. 결과: 비선형 곡선조화 알고리즘을 적용함으로서, 뇌혈류와 뇌혈류량 측정은 $T2^*$-강조 dynamic contrast enhanced (DCE)에서 상당히 개선 되었다. 재산출된 인자들로부터 뇌관류 강조영상의 형성은 수정된 비선형 곡선조화 알고리즘을 사용하여 획득하였다. 가상공간의 계산과 데이터 입력은 $T2^*$-강조 DCE 영상에서 조영제 포화도를 산출하였다. 결론: 본 연구에서 개발한 새로운 비선형 곡선조화 알고리즘을 사용하여 DCE-$T2^*$ 강조 자기공명영상 데이터를 얻은 후에 역동학적 인자들의 정확성 및 효율성을 개선시키는데 도움을 주는 것으로 확인되었다.

• Investigative Magnetic Resonance Imaging
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• 제18권1호
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• pp.25-33
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• 2014

목적: 확산강조영상 (DW-MRI)과 역동적 조영증강 자기공명영상 (DCE-MRI)에서 도출한 정량적 매개변수들이 서로 연관되어 있는지 알아보고자 하였다. 대상과 방법: 치료시작 전 DWI와 DCE-MRI를 시행한 조직학적으로 혹은 임상적으로 진단된 골전이암을 가진 13명의 환자를 대상으로 하였다. 주 병변의 겉보기 확산계수 (ADC) 그리고 관류지수 중 $K^{trans}$와 $V_e$ 값을 측정하여 Pearson 연관분석을 사용하여 통계적으로 분석하였다. 결과: 15개의 병변 중 11개는 ADC와 $K^{trans}$ 값 간에 유의한 상관관계를 보였다. 이 중 7개의 병변은 음의 연관성을, 그리고 4개는 양의 연관성을 보였다. 9개의 병변은 ADC와 $V_e$ 값 간에 유의한 상관관계를 보였다. 이 중 4개는 음의 연관성을, 그리고 5개는 양의 연관성을 보였다. 결론: 골전이암의 ADC 값과 $K^{trans}$ 값, 혹은 ADC 값과 $V_e$ 값은 일정한 연관성이 없었다.

• 생태와환경
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• 제38권2호통권112호
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• pp.137-145
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• 2005

전통적인 스크린 방법으로는 자연계에 존재하는 99% 이상의 미생물 자원을 확보하지 못했다. 자연생태계의 핵산을 직접 클로닝하는 전략은 배양 가능한 미생물의 유전적인 정보보다 더 광범위한 유전적인 정보를 전체의 미생물 메타지놈에서 확보하기 위한 계획을 세웠다. 그 결과 유용한 유전자를 탐색하는 한 방법으로 다양한 환경에서 메타지놈 DNA 라이브러리를 구축하는 방법이었다. 본 연구는 국내 중부권에 위치한 대청호로부터 시료를 수집하였고, T-RFLP 방법을 사용하여 미생물 군집의 다양성을 분석하였다. 핵산의 추출은 SDS를 사용한 freeing-thawing 방법을 사용하였으며, 추출한 핵산은 $UltraClean^{TM}kit$ (MoBio, USA)을 사용하여 정제하였다. 메타지놈 라이브러리는 제작은 정제한DNA와 pBACe3.6 vector를 EcoRI, BamHI, 그리고 SacII 등의 제한효소로 partial digestion하였고, 이들을 ligation한 다음 Escherichia coli DH10B에 형질전화 시켜 제작하였다. 메타지놈 라이브러는 14 Mb 정도 확보하였는데, 평균 insert size는 약 13 ${\sim}$ 15 kb이었다. Colony hybridization으로 메타지놈 라이브러리로부터 1, 2-dichloroethane (1, 2-DCE) hydrolytic dehalogenation의 분해에 관련된 유전자를 확인하였다. 1, 2-DCE dehalogenas효소는 기질에 대한 높은 활성을 나타내었다. 1, 2-dichloroethane dehalogenase 유전자의 클론을 만들었고, 염기서열을 분석하였다. 이들 결과로 보아 대청호로부터 제작한 메타지놈에서 dhlA 유전자를 확인한 균주는 1, 2-DCE 분해에 탁월한 능력을 나타내었다.

• 한국지하수토양환경학회:학술대회논문집
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• 한국지하수토양환경학회 2004년도 총회 및 춘계학술발표회
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• pp.332-336
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• 2004

An anaerobic PCE(tetrachloroethylene) dechlorinating bacterial culture from a landfill soil was enriched and characterized. The enrichment culture could dechlorinate 60$\mu$mol/$m\ell$ of PCE during a month of incubation and cis-DCE(cis-dichloroethylene) was observed as a main product of PCE dechlorination. Microbial analysis of the dechlorinating enrichment culture by rising PCR-DGGE (Polymerase chain reaction-Denaturing gradient gel electrophoresis) method showed that at least three microorganisms were related to the anaerobic PCE dechlorination.

• 한국응용과학기술학회지
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• 제24권4호
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• pp.436-443
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• 2007

Anaerobic reductive dehalogenation of perchloroethene (PCE) was studied with lactate as the electron donor in a continuously stirred tank reactor (CSTR) inoculated with a mixed culture previously shown to dehalogenate vinyl chloride (VC). cis-1,2- dichloroethene (cDCE) was the dominant intermediate at relatively long cell retention times (>56 days) and the electron acceptor to electron donor molar ratio (PCE:lactate) of 1:2. cDCE was transformed to VC completely at the PCE to lactate molar ratio of 1:4, and the final products of PCE dehalogenation were VC (80%) and ethene (20%). VC dehalogenation was inhibited by cDCE dehalogenation. Propionate produced from the fermentation of lactate might be used as electron donor for the dehalogenation. Batch experiments were performed to evaluate the effects of increased hydrogen, VC, and trichloroethene (TCE) on VC dehalogenation which is the rate-limiting step in PCE dehalogenation The addition of TCE increased the VC dehalogenaiton rate more than an increase in the $H_2$ concentration, which suggests that the introduction of TCE induces the production of an enzyme that can comtabolize VC.

• Korean Journal of Radiology
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• 제22권8호
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• pp.1352-1368
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• 2021

Objective: For an accurate dynamic contrast-enhanced (DCE) MRI analysis, exact baseline T1 mapping is critical. The purpose of this study was to compare the pharmacokinetic parameters of DCE MRI using synthetic MRI with those using fixed baseline T1 values. Materials and Methods: This retrospective study included 102 patients who underwent both DCE and synthetic brain MRI. Two methods were set for the baseline T1: one using the fixed value and the other using the T1 map from synthetic MRI. The volume transfer constant (K^trans), volume of the vascular plasma space (v_p), and the volume of the extravascular extracellular space (v_e) were compared between the two methods. The interclass correlation coefficients and the Bland-Altman method were used to assess the reliability. Results: In normal-appearing frontal white matter (WM), the mean values of K^trans, v_e, and v_p were significantly higher in the fixed value method than in the T1 map method. In the normal-appearing occipital WM, the mean values of v_e and v_p were significantly higher in the fixed value method. In the putamen and head of the caudate nucleus, the mean values of K^trans, v_e, and v_p were significantly lower in the fixed value method. In addition, the T1 map method showed comparable interobserver agreements with the fixed baseline T1 value method. Conclusion: The T1 map method using synthetic MRI may be useful for reflecting individual differences and reliable measurements in clinical applications of DCE MRI.

• Korean Journal of Radiology
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• 제22권7호
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• pp.1021-1033
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• 2021

Objective: To assess the expression of vascular normalization genes in different molecular subtypes of breast cancer and to determine whether molecular subtypes with a higher vascular normalization gene expression can be identified using dynamic contrast-enhanced (DCE) magnetic resonance imaging (MRI) and intravoxel incoherent motion (IVIM) diffusion-weighted imaging (DWI). Materials and Methods: This prospective study evaluated 306 female (mean age ± standard deviation, 50 ± 10 years), recruited between January 2014 and August 2017, who had de novo breast cancer larger than 1 cm in diameter (308 tumors). DCE MRI followed by IVIM DWI studies using 11 different b-values (0 to 1200 s/mm²) were performed on a 1.5T MRI system. The Tofts model and segmented biexponential IVIM analysis were used. For each tumor, the molecular subtype (according to six [I-VI] subtypes and PAM50 subtypes), expression profile of genes for vascular normalization, pericytes, and normal vascular signatures were determined using freshly frozen tissue. Statistical associations between imaging parameters and molecular subtypes were examined using logistic regression or linear regression with a significance level of p = 0.05. Results: Breast cancer subtypes III and VI and PAM50 subtypes luminal A and normal-like exhibited a higher expression of genes for vascular normalization, pericyte markers, and normal vessel function signature (p < 0.001 for all) compared to other subtypes. Subtypes III and VI and PAM50 subtypes luminal A and normal-like, versus the remaining subtypes, showed significant associations with K^trans, k_ep, v_p, and IAUGC_BN90 on DEC MRI, with relatively smaller values in the former. The subtype grouping was significantly associated with D, with relatively less restricted diffusion in subtypes III and VI and PAM50 subtypes luminal A and normal-like. Conclusion: DCE MRI and IVIM parameters may identify molecular subtypes of breast cancers with a different vascular normalization gene expression.

• 유기물자원화
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• 제11권2호
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• pp.55-65
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• 2003

인위적인 tetrachloroethylone(PCE) 오염토양($60{\mu}moles$ PCE/kg soil)에서 탈염소화미생물의 주입과 철분($Fe^0$) 첨가의 동시 적용이 PCE 및 유기염소화합물의 환원적 탈염소화에 미치는 영향을 조사하였다. 탈염소화미생물 주입에는 두 종류의 혐기성 박테리아 배양액, 즉, PCE를 cis-1,2-dechloroethylene(cis-DCE)까지 탈염소화하는 Desulfitobacterium sp. Y-51 균주의 순순미생물 배양액과 PCE를 에틸렌까지 완전히 탈염소화하는 PE-1 혼합미생물 배양액을 사용하였다. Y-51균주와 PB-1 혼합미생물 배양액을 각각 적용한 두경우(최종농도: 3mg dry cell weight/kg soil) 모두에서 40일 이내에 PCE가 cis-DCE로 전환되었다. $Fe^0$(0.1-1.0%(w/w))을 단독으로 오염토양에 적용한 경우, PCE의 탈염소화는 에틸렌 및 에탄까지 확장되어 진행되었으며. 탈염소화의 속도는 $Fe^0$의 첨가량에 의존하는 것으로 밝혀졌다. 탈염소화미생물과 철분을 동시에 적용한 경우, 각각을 단독으로 적용한 경우에 비하여 PCE의 탈염소화속도가 빨랐으며, PCE 탈염소화 및 최종 반응생성물의 생성 양상 또한 달랐다. Y-51균주 배양액과 0.1%의 $Fe^0$를 동시에 적용하였을 경우, PCE가 탈염소화되어 cis-DCE를 축적하였지만, PE-1 혼합미생물 배양액과 0.1%의 $Fe^0$를 동시에 적용하였을 경우에는 cis-DCE를 거쳐 보다 확장된 탈염소화반응을 보였다. 이러한 결과들로부터, 탈염소화미생물과 철분의 동시 적용, 특히, PE-1과 같이 PCE를 완전히 탈염소화하는 미생물 배양액과 철분의 병용은 실제적인 PCE 오염토양의 정화에 효과적일 것으로 판단되었다.

• 한국지하수토양환경학회:학술대회논문집
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• 한국지하수토양환경학회 2004년도 임시총회 및 추계학술발표회
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• pp.33-36
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• 2004

Two biokinetic models (\circled1 Mrichaelis-Menten kinetics with competitive inhibition \circled2 with both competitive inhibition and Haldane inhibition) for reductive dechlorination were developed and compared with results from batch kinetic tests conducted over a wide range of PCE and TCE concentrations with two different dechlorinating cultures. At PCE concentrations lower than 300 $\mu$M, both model simulated the experimental results well. However, The kinetic model that incorporated both competitive and Haldane inhibitions much better simulated experimental data for PCE concentrations greater than 300-400 $\mu$M, and TCE concentrations at half its solubility limit (4000 $\mu$M). The PM culture showed Haldane inhibition constants of 900, 6000, 7000 $\mu$M for TCE, c-DCE and VC, indicating very weak Haldane inhibition for c-DCE and VC, while the EV culture had lower Haldane inhibition constants for TCE, c-DCE, and VC of 900, 750, and 750 $\mu$M, respectively. The BM culture had better transformation abilities than the individual cultures over a wide range of PCE and TCE concentrations. Modeling results indicated that a combination of competitive and Haldane inhibition kinetics is required to simulate dechlorination over a broad range of concentrations up to the solubility limits of PCE and TCE.