The larvae of Chaoborus are widely distributed in lakes, ponds, and reservoirs. These omnivorous Chaoborus larvae are crucial predators and play a role in structuring zooplankton communities, especially for small-sized prey. Larvae of Chaoborus are commonly known to produce predator-induced polyphenism in Daphnia sp. Nevertheless, their taxonomy and molecular phylogeny are very poorly understood. As a fundamental study for understanding the role of Chaoborus in predator-prey interactions in a freshwater ecosystem, the molecular identification and phylogenetic relationship of Chaoborus were analyzed in this study. A molecular comparison based on partial mitochondrial cytochrome oxidase I (COI) between species in Chaoborus was carried out for the identification of Chaoborus larvae collected from 2 localities in Korea. According to the results, the Chaoborus species examined here was identified as C. flavicans, which is a lake-dwelling species. Furthermore, partial mitochondrial genome including COI, COII, ATP6, ATP8, COIII, and ND3 were also newly sequenced from the species and concatenated 5 gene sequences excluding ATP8 with another 9 dipteran species were compared to examine phylogenetic relationships of C. flavicans. The results suggested that Chaoborus was more related to the Ceratopogonidae than to the Culicidae. Further analysis based on complete mitochondrial DNA sequences and nuclear gene sequences will provide a more robust validation of the phylogenetic relationships of Chaoborus within dipteran lineages.
Kim, Yuhyun;Lee, Jeounghee;Kim, Hanna;Jung, Jongwoo
Animal Systematics, Evolution and Diversity
/
제32권2호
/
pp.105-111
/
2016
The genetic structure of marine animals that inhabit the seashore is affected by numerous factors. Of these, gene flow and natural selection during recruitment have strong influences on the genetic structure of seashore-dwelling species that have larval periods. Relative contributions of these two factors to the genetic structure of marine species would be determined mainly by the duration of larval stage. The relationship between larval period and genetic structure of population has been rarely studied in Korea. In this study, genetic variations of cytochrome oxidase subunit I (COI) were analyzed in two dominant species on rocky shore habitats in the Korean peninsula: periwinkle Littorina brevicula and acorn barnacle Fistulobalanus albicostatus. Both species are not strongly structured and may have experienced recent population expansion. Unlike periwinkle, however, barnacle populations have considerable genetic variation, and show a bimodal pattern of mismatch distribution. These results suggest that barnacle populations are more affected by local adaptation rather than gene flow via larval migration. The bimodal patterns of barnacle populations observed in mismatch distribution plots imply that they may have experienced secondary contact. Further studies on seashore-dwelling species are expected to be useful in understanding the evolution of the coastal ecosystem around Korean waters.
Bae, Yeon Jae;Yum, Jin Hwa;Kim, Dong Gun;Suh, Kyong In;Kang, Ji Hyoun
Journal of Species Research
/
제9권1호
/
pp.1-10
/
2020
A new dragonfly species, Nannophya koreana sp. nov., is described from Korea on the basis of morphology and mitochondrial cytochrome oxidase c subunit I (COI) gene sequences. Nannophya materials from Korea and other areas in Southeast Asia were compared. The new species was previously recognized in Korea as the endangered pygmy dragonfly Nannophya pygmaea Rambur, 1842, which is widely distributed in insular and peninsular Southeast Asia. However, male adults of the Nannophya population in Korea could be distinguished from other N. pygmaea populations by the presence of a thick, incomplete black stripe on the lateral synthorax that terminated at half-length (vs. continuous to wing base), light orange (vs. red) anal appendages, and 4-5 (vs. 2-3) black teeth on the ventral superior appendages. In addition, the body length of N. koreana was generally larger (1.2-1.4 times) than that of N. pygmaea, regardless of life stage. COI gene sequences from the two groups exhibited substantial genetic differences (>12%), thereby sufficiently substantiating their differentiation. The taxonomic status, distribution, and habitat of the new species are discussed.
Kim, Jin-Koo;Min, Gi-Sik;Yoon, Moon-Geun;Kim, Yeong-Hye;Choi, Jung-Hwa;Oh, Taeg-Yun;Ni, Yong
Animal cells and systems
/
제16권4호
/
pp.313-320
/
2012
Genetic variation was surveyed at four microsatellite loci and 1416 base pairs (bp) of the mitochondrial DNA (mtDNA) cytochrome c oxidase I gene (COI) to clarify the genetic structure of the small yellow croaker, Larimichthys polyactis, in the Yellow and East China Seas, especially regarding four provisional populations, (one Korean and three Chinese populations). Based on microsatellite DNA variations, the estimated expected heterozygosity ($H_E$) in each population ranged from 0.776 to 0.947. The microsatellite pairwise $F_{ST}$ estimates showed no significant genetic differentiation between the populations. MtDNA variations also indicated no genetic structure in L. polyactis, but very high variability. The absence of genetic differentiation among and within populations of L. polyactis may either result from the random migration of the adult or the passive dispersal of the eggs and larvae.
Kamran, Muhammad;Javed, Nazir;Ullah, Ihsan;Nazir, Shahid;Jamil, Shakra;Iqbal, Muhammad Zafar;Abbas, Huma;Khan, Sajid Aleem;Haq, Muhammad Ehetisham ul
The Plant Pathology Journal
/
제35권1호
/
pp.51-62
/
2019
A great variable response was observed when PP-3 and PP-J encumbered with 116 populations of root knot nematode (RKN) at two different temperatures ($25{\pm}2^{\circ}C$ and $30{\pm}2^{\circ}C$) and concentrations ($10^4$ and $10^5$ spores/ml). The PCR reaction amplified intergenic region between cytochrome oxidase subunit II gene (COII) and large subunit of rRNA gene (lrRNA) of the mitochondrial genome of different RKN species. The primer C2F3 and 1108 identified M. incognita with the highest frequency (52.6%) followed by M. javanica (36.8%) and M. arenaria (10.5%). The sizes of PCR products were 1.7 kb for M. incognita and M. javanica populations while populations of M. arenaria produced 1.1 kb fragment. The digestion with Hinf I yielded three different fragment length patterns on 1.5 % agarose gel. From current research it is concluded that intra-Meloidogyne genetic variability exist in RKN populations which have better encumbrance with P. penetrans.
Microcotyle sebastis is a gill monogenean ectoparasite that causes serious problems in the mariculture of the Korean rockfish, Sebastes schlegelii. In this study, we isolated the parasite from fish farms along the coasts of Tongyeong, South Korea in 2016, and characterized its infection, morphology and molecular phylogeny. The prevalence of M. sebastis infection during the study period ranged from 46.7% to 96.7%, and the mean intensity was 2.3 to 31.4 ind./fish, indicating that the fish was constantly exposed to parasitic infections throughout the year. Morphological observations under light and scanning electron microscopes of the M. sebastis isolates in this study showed the typical characteristics of the anterior prohaptor and posterior opisthaptor of monogenean parasites. In phylogenetic trees reconstructed using the nuclear 28S ribosomal RNA gene and the mitochondrial cytochrome c oxidase I gene (cox1), they consistently clustered together with their congeneric species, and showed the closest phylogenetic relationships to M. caudata and M. kasago in the cox1 tree.
Laelapinae mites are involved in transmission of microbial diseases between wildlife and humans, with an impact on public health. In this study, 5 mite members in the subfamily Laelapinae (laelapin mites; LM) were morphologically identified by light microscopy, and the phylogenetic relationship of LM was analyzed in combination with the sequence information of part of the LM cytochrome oxidase subunit I (cox1) gene. The morphological identification revealed that 5 mites belonged to the genera Laelaps and Haemolaelaps, respectively. Sequence analysis showed that the ratio of nonsynonymous mutation rate to synonymous mutation rate of LM was less than 1, indicating that the LM cox1 gene had undergone purifying selection. Phylogenetic analysis showed that the Laelapinae is a monophyletic group. The genera Haemolaelaps and Hyperlaelaps did not separated into distinct clades but clustered together with species of the genus Laelaps. Our morphological and molecular analyses to describe the phylogenetic relationships among different genera and species of Laelapinae provide a reference for the improvement and revision of the LM taxonomy system.
Background: Infections of cats with Echinococcus granulosus is uncommon because the cat is not part of the parasite life cycle that a carnivorous and another herbivore represent. Nevertheless, it occurs incidentally when eating food or drinking water contaminated with the worm's larva, especially with the presence of the definitive host (dogs), in this case, the infections are concentrated in stray or outside cats. For this reason, this study examined the possibility of cat infection with E. granulosus and diagnosed the common genotype of this infection. Objective: This study examined the possibility of cat infection with E. granulosus and diagnosed the common genotype of this infection. Methods: Four of the 37 cats that had died in different accidents developed cystic echinococcosis (CE). The cytochrome c oxidase subunit I (COX1) gene was initially amplified and sequenced to determine if these cysts belonged to E. granulosus, in beginning. The DNA fragments resulting from sequencing were then compared and aligned with other sequences using the Gene Bank database. Finally, a phylogenetic tree was drawn according to the sequence data obtained from cox1 genes sequencing, and the MEGA 7.0 phylogenetic analysis program was utilized. Results: Four different sequences were deposited in the Gen Bank with accession numbers (ON795961 to ON795964), all of which belong to the G1 genotype. Approximately 84% and 100% of these sequences aligned with G1 (AB622277.1) and G1 (MG722980.1), respectively. Conclusions: G1 is the dominant genotype that causes cat infections, even though the cat's EC infection was incidental.
벌집꼬마밑빠진벌레 (Small hive beetle; SHB; Aethina tumida)의 신속검출과 대량 조사를 위하여 SHB 특이 초고속 유전자 증폭법을 개발하였다. 3쌍의 Aethina tumida-특이 유전자 증폭용 프라이머들은 벌집꼬마밑빠진벌레의 미토콘드리아 유전체 중 cytochrome oxidase subunit I (COI) 유전자에 근거하여 선발하였다. 최적화된 초고속 PCR은 $2.1{\times}10^1$ 분자의 작은벌집딱정벌레 COI 유전자를 18분 40초만에 특이적으로 그리고 정량적으로 검출할 수 있었다. 양봉현장의 적용을 위하여, 봉변으로부터 쉽게 DNA를 추출하는 방법을 고안하였으며, 봉변 1g 중 $10^5$ 분자의 벌집꼬마밑빠진벌레 COI 유전자가 존재할 경우(1/1000의 SHB 유충 사체), 10분 이내에 벌집꼬마밑빠진벌레의 존재와 분자적 정량을 마칠 수 있었다. 제안하는 이 실험법이 양봉현장에 널리 적용되어, 벌통 내 벌집꼬마밑빠진벌레의 침입여부 판단, 증식의 수준, 그리고 침입지역의 파악 및 제어에 활용되기를 기대한다.
기후변화에 따른 고도별 곤충의 유전 변이를 분석하고자 배추에서 복숭아혹진딧물(Myzus persicae)을 지표해충으로 변이 분석이 가능한 마커를 개발하고자 하였다. 즉, 지역의 기후가 변하면 유전자가 변동할 것이라는 가설 하에 실내에서 누대 사육된 계통을 비교집단으로 가정하고 횡성, 평창과 강릉 지역에서 고도별 5개 지역(157 m, 296 m, 560 m, 756 m, 932 m)에서 채집된 지역 집단간의 변이를 찾고자 하였다. 생태적 변이는 모든 집단에서 찾을 수가 없었고, 에스터레이즈 동위효소 분석 및 inter-simple sequence repeat (ISSR) PCR 결과에서 실내 사육 계통과 지역 집단간의 차이는 보였으나 지역 집단간의 큰 차이는 찾을 수가 없었다. 그러나 rRNA와 mtCO I 부분 염기서열을 분석하여 5개의 지역집단 내에서 internal transcribed spacer-2 (ITS-2) 와 mtCO I에 각각 한 개씩의 단일염기다형성(SNP)를 발견하였다. 이 SNP는 유전 변동 추적이 가능한 매우 유용한 마커로 사용 될 수 있다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.