• 원예과학기술지
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• 제19권1호
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• pp.29-33
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• 2001

감자 DNA의 다형성을 통한 품종 및 육종 계통의 구분이 가능한 특이적 분자 마커를 찾기 위해 URP primer를 이용한 RAPD 분석을 실시하였다. 8 가지의 감자 품종과 5가지의 감자 육종계통을 분석 재료로 이용하였으며, 이들 중 '조풍', '대관70호', '가원'과 '대관 72호'는 '수미', '남작', '남서'와 '대서'를 각각 모본으로 이용되어 육성되었으며, 다양한 표현형질에서 유사성을 가지고 있다. 따라서 생육단계별 표현형질들 만으로는 각각을 구분하기 곤란한 경우가 있다. 벼(Oriza sativa)의 repetitive sequence로부터 고안된 URP primer는 비교적 높은 annealing 온도를 가지며, 20 mer의 비교적 길이가 긴 RAPD용 primer로써 증폭산물의 다형성과 재현성이 높아 다양한 생물종의 구분이 가능한 것으로 보고되고 있다. 국내에서 상품화되어 시판되는 URP primer 들 중에 URP2, URP4, URP8 등이 감자에 적용될 수 있을 것으로 확인하였다. 전기영동된 DNA 밴드들의 유사성을 분석해본 결과 유전적 유사도와는 차이를 나타내고 있었다. 그러나 높은 재현성을 갖는 URP primer들에 의해 증폭된 DNA 밴드의 다형성은 감자의 종내변이를 구분할 수 있는 분자 마커로서 이용할 수 있을 것으로 확인되었다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제43권4호
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• pp.417-421
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• 2016

The complete chloroplast genome sequence of Panax ginseng breeding line 'G07006', showing higher salt tolerance, was confirmed by de novo assembly using whole genome next-generation sequences. The complete chloroplast (CP) genome size is 156,356 bp, including two inverted repeats (IRs) of 52,060 bp, separated by the large single-copy (LSC 86,174 bp) and the small single-copy (SSC 18,122 bp) regions. One hundred fourteen genes were annotated, including 80 protein-coding genes, 30 tRNA genes, and 4 rRNA genes. Among them, 18 sites were duplicated in the inverted repeat regions. By comparative analyses of the previously identified CP genome sequences of nine cultivars of P. ginseng and that of G07006, five useful SNPs were defined in this study. Since three of the five SNPs were cultivar-specific to Chunpoong and Sunhyang, they could be easily used for distinguishing from other ginseng accessions. However, on arranging SNPs according to their gene location, the G07006 genotype was 'GTGGA', which was distinct from other accessions. This complete chloroplast DNA sequence could be conducive to discrimination of the line G07006 (salt-tolerant) and further enhancement of the genetic improvement program for this important medicinal plant.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2002년도 춘계 학술대회지
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• pp.53-57
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• 2002

Quality evaluation must be more developed in order to offer the sufficient information for producer, distribution centers buyer, consumer. There are many parameters which influence the rice quality and cooked rice. It is difficult to evaluate the quality of rice and cooked rice by only some parameters. In the case of rice quality evaluation in Korea, physicochemical inspection is performed by examining the minimum and maximum limits of brown rice recovery, moisture content, damaged kernel, and colored kernel as inspection standard. Marketing standard of rice defines the limits of perfect, white core and belly, colored, damaged kernels, and broken rice, classifying into special, excellent, and normal grades. As a research direction for the development of rice quality evaluation, establishment as parts of technical field, must be further developed as follows : more detailed measure of characters, search of unknown taste-related components, creation and grade classification of quality evaluation factors at each management stages of treatment after harvesting, evaluation as food material as well as cooking rice, method development for simple evaluation and establishment of equation for palatability. In the side of policy, the following concerns must be conducted: price discrimination in conformity to rice cultivar and grade under the basis of qualify evaluation method developed, fixation of head rice branding, and introduction of low temperature circulation.

• Mycobiology
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• 제46권4호
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• pp.421-428
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• 2018

The white button mushroom (Agaricus bisporus) is one of the most widely cultivated species of edible mushroom. Despite its economic importance, relatively little is known about the genetic diversity of this species. Illumina paired-end sequencing produced 43,871,558 clean reads and 69,174 contigs were generated from five offspring. These contigs were subsequently assembled into 57,594 unigenes. The unigenes were annotated with reference genome in which 6,559 unigenes were associated with clusters, indicating orthologous genes. Gene ontology classification assigned many unigenes. Based on genome data of the five offspring, 44 polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers were developed. The major allele frequency ranged from 0.42 to 0.92. The number of genotypes and the number of alleles ranged from 1 to 4, and from 2 to 4, respectively. The observed heterozygosity and the expected heterozygosity ranged from 0.00 to 1.00, and from 0.15 to 0.64, respectively. The polymorphic information content value ranged from 0.14 to 0.57. The genetic distances and UPGMA clustering discriminated offspring strains. The SSR markers developed in this study can be applied in polymorphism analyses of button mushroom and for cultivar discrimination.

• 한국자원식물학회지
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• 제31권6호
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• pp.641-651
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• 2018

Floral scents and metabolites from cut flowers of 14 peony cultivars (Paeonia lactiflora Pall.) were analyzed to discriminate different cultivars and to compare the Korean cultivar with the other cut peonies imported to Korea using electronic nose (E-nose) and Fourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy combined with multivariate analysis, respectively. Principal component analysis (PCA) and discriminant function analysis (DFA) dendrogram of peony floral scents were not precisely same but there were 3 groups including same cultivars. PCA and partial least squares-discriminant analysis (PLS-DA) dendrograms of peony metabolites showed that different cut peony cultivars were clustered into two major groups including same cultivars. Fragrance pattern of Korean 'Taebaek' was classified to same group with 'Jubilee' on the PCA and DFA results and its metabolite pattern was clearly discriminated by the PCA and PLS-DA compared to the other cultivars. These results show that the 14 peony cut flowers could be discriminated corresponding to their chemical relationship and the metabolic profile of Korean 'Taebaek' has distinctive characteristics. Furthermore, we suggest that these results could be used as the preliminary data for breeding new cut peony cultivars and for improving the availability of Korean cut peony in cosmetic industry.

• 원예과학기술지
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• 제28권5호
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• pp.828-835
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• 2010

사과 품종을 구분하는 일반적인 방법은 형태적인 특성 평가를 근거로 하지만 유전적으로 밀접하게 연관되어 있는 품종들은 형태적 형질에 의해 품종을 구별하기는 불가능하다. 본 연구는 사과 국내 육성 품종을 정확히 판별할 수 있는 DNA 마커를 개발하고자 수행하였다. 국내육성과 도입 사과 31품종으로부터 30종의 임의 프라이머를 이용한 RAPD 분석을 통해 품종 간 다형성을 나타내는 마커 83종을 얻었다. SCAR 마커로 전환하기 위해 52종의 RAPD 단편들을 클로닝 및 염기서열 분석을 하였고 이들 중에서 17종의 SCAR 마커가 클로닝된 RAPD 단편과 동일한 크기의 단일 밴드가 증폭되었다. SCAR 마커 중 6종(AN11_433, AN08_566, A408_592, AK17_653, AO04_711, AO04_779와 AW15_368, AN11_433, A408_592, AK17_653, AO04_711, AO04_779, 또 는 AL1_427, AN11_433, AN08_566, A408_592, AK17_653, AO04_779) 또는 7종의(AL1_427, AN11_433, AN08_566, A408_592, AK17_653, AM16_708, AO04_779와 A330_424, AN11_433, AG14_502, AN08_566, A408_592, AK17_653, AO04_779 또는 A330_424, AN11_433, AK14_564, A408_592, AK17_653, AM16_708, AT14_789) 조합을 이용하여 국내 육성 16품종의 판별이 가능하였다. 따라서 17종의 SCAR 마커를 적용하여 총 31품종의 국내 육성 또는 도입품종의 구분이 가능하였으며 이들 SCAR 마커는 금후 사과 국내 육성 품종 판별을 위해 효과적으로 이용될 수 있을 것으로 판단되었다.

• 원예과학기술지
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• 제31권3호
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• pp.344-351
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• 2013

국내에서 유통되고 있는 오이 110 품종을 대상으로 microsatellite 마커를 이용하여 DNA profile 데이터베이스를 구축하기 위하여 품종식별력이 높은 분자 마커의 선정 및 이를 활용한 품종간 유전적 유사도 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 오이 11 품종을 358개의 microsatellite 마커로 검정하여 31개의 다형성이 높은 마커를 선정한 다음 110품종에 대한 DNA profile 데이터베이스를 구축하였다. 오이 110품종을 31개의 microsatellite 마커로 분석하였을 때 대립유전자의 수는 2-9개로 비교적 다양한 분포를 나타내었으며 전체 139개의 대립유전자가 분석되었다. PIC 값은 0.253-0.873 범위에 속하였으며 평균값은 0.610으로 나타났다. Microsatellite 마커들의 대립유전자를 이용하여 계통도를 작성하였을 때 110 품종이 과실의 형태에 따라 그룹화되는 것을 확인하였으며, 대부분이 품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 이 연구결과에 의해 개발된 오이 품종별 DNA profile 데이터베이스는 품종보호 출원 품종의 선 DNA 검정을 통한 대조품종 선정, 구별성, 균일성, 안정성 확인에 매우 유용하게 이용할 수 있어 향후, 품종보호권 강화 등에 크게 기여할 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제37권1호
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• pp.12-24
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• 2010

식물 대사체 (plant metabolomics) 연구는 식물 세포 및 조직에 존재하는 모든 대사산물의 시간적, 공간적 변화를 추적 조사함으로써 식물의 복잡한 생리 현상을 총체적으로 이해하는 연구이다. 이와 같은 식물 대사체 연구는 최근 개발이 이루어지고 있는 여러 오믹스 연구 분야의 하나로 시스템생물학의 한 분야이다. 식물 대사체 연구는 시료로부터 순수 화합물 또는 복합물을 정제하거나 또는 정제가 이루어지지 않은 혼합액으로부터 대사체 스펙트럼 정보를 확보하여 분석이 이루어지므로 추출액 제조 및 얻어진 대사체 데이터의 분석과정의 표준화가 필수적으로 이루어져야 한다. 이는 대사체 분석 결과의 해상도 및 재현성의 확보의 핵심 요소 이다. 식물 대사체 연구는 기능유전체학의 연구 수단은 물론 식물의 종, 품종, 더 나아가 GM 식물의 식별, 대사조절 기작 규명, 유용물질 생산, 식물의 외부 환경 스트레스 요인에 대한 다양한 생리적 반응 이해 등 다양한 연구 분야에서 활용이 이루어지고 있다. 최근 식물 대사체 연구는 모델식물(벼, 애기장대)의 유전체 정보와 연계하여 돌연변이주의 분석을 통해 유전자의 기능 정의 수단으로 활용되고 있다. 따라서 향후 유전체 정보와 대사체 정보의 연계를 통해 복잡한 대사경로 규명이나 다양한 생리 현상 해석 연구가 더욱 활발하게 진행될 것으로 전망된다.

• 한국약용작물학회지
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• 제21권6호
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• pp.444-454
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• 2013

The development of random amplified polymorphic DNA (RAPD) and expressed sequence tag-derived simple sequence repeats (EST-SSRs) provided a useful tool for investigating Korean ginseng genetic diversity. In this study, 18 polymorphic markers (7 RAPD and 11 EST-SSR) selected to assess the genetic diversity in 31 ginseng accessions (11 Korean ginseng cultivars and 20 breeding lines). In RAPD analysis, a total of 53 unique polymorphic bands were obtained from ginseng accessions and number of amplicons ranged from 4 to 11 with a mean of 7.5 bands. Pair-wise genetic similarity coefficient (Nei) among all pairs of ginseng accessions varied from 0.01 to 0.32, with a mean of 0.11. On the basis of the resulting data, the 31 ginseng accessions were grouped into six clusters. As a result of EST-SSR analysis, 11 EST-SSR markers detected polymorphisms among the 31 ginseng accessions and revealed 49 alleles with a mean of 4.45 alleles per primer. The polymorphism information content (PIC) value ranged from 0.06 to 0.31, with an average of 0.198. The 31 ginseng accessions were classified into five groups by cluster analysis based on Nei's genetic distances. Consequently, the results of ginseng-specific RAPD and EST-SSR markers may prove useful for the evaluation of genetic diversity and discrimination of Korean ginseng cultivars and breeding lines.

• 한국식품과학회지
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• 제34권5호
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• pp.862-866
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• 2002

분말상태의 인삼속 식물들의 품종 및 원산지를 판별하기 위하여 SAW 센서가 내장된 PHGC를 이용하여 향기 패턴을 분석하였다. 한국 백삼을 1로 기준할 때 전체적인 Rt에 대한 frequency pattern의 면적비는 화기삼 $0.248{\sim}0.871$, 전칠삼 $0.030{\sim}0.674$, 중국산 백삼 $0.005{\sim}0.212$ 범위로 나타났다. 분명한 차이를 나타내는 몇 개의 특정 향기성분의 면적비를 보면 $Rt_{20.02}$에서 한국산 백삼 1일 때, 중국산 백삼 0.212, 화기삼 0.343, 전칠삼 0.065이었다. 또한 $Rt_{21.70}$과$Rt_{24.90}$에서 검출되는 향기성분의 면적비도 품종간의 차이가 뚜렷하였다. 한국산 백삼과 중국산 백삼에서 검출된 Rt_26.15 향기성분의 면적비는 각각 1과 0.185로 나타나 원산지간의 차이도 분명히 나타났다. $Rt_{26.15}$의 향기성분은 화기삼과 전칠삼에서는 검출되지 않았다. Frequency pattern, derivative pattern을 Vapor $print^{TM}$을 사용하여 도형화하여 비교한 결과 한국 백삼(Korean Panax ginseng C.A. Meyer), 화기삼(미국삼, 서양삼, Panax quinquefolium L.), 전칠삼(Panax notoginseng F.H. Chen), 중국산 백삼(Chinese Panax ginseng)은 서로 다른 패턴을 보여주어 품종간의 차이는 물론 원산지의 차이도 뚜렷하게 나타났다.