• KSBB Journal
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• 제19권1호
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• pp.42-49
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• 2004

Racemic epoxide에 대한 입체선택적 가수분해능을 가지고 있는 곰팡이, Aspergillus niger LK로부터 epoxide hydrolase (EH, EC 3.3.2.3) 유전자의 진화적 유연관계 분석을 행하였다. A. niger LK의 EH 염기서열로부터 유추한 EH 단백질 아미노산 서열은 여러 박테리아의 EH들 및 포유동물의 microsomal EH들과 유의적인 유사성을 가지고 있었으며 a/$\beta$ hydrolase fold family에 속하였다. A. niger LK의 EH 단백질의 입체구조예측은 Protein Data Bank에 수록된 lqo7의 3D 결정구조와 90.6% identity를 가지는 것으로 나타났으며 다른 EH들의 아미노산 서열비교를 행한 결과 Asp$^{192}$ , Asp$^{348}$ 및 His$^{374}$ 이 catalytic triad를 구성하고 있는 것으로 추정되었다. 여러 생물종의 EH서열을 기능적 및 구조적 domain 서열을 기초로 하여 multiple sequence alignment를 행하고 Neighbor-Joining/UPGMA method를 이용하여 계통수를 복원한 결과 다른 생물종들의 EH와의 진화거리는 서로 1.841∼2.682로 멀었으나 EH의 기능을 가지기 위한 oxyanion hole 및 a/$\beta$ hydrolase fold family의 catalytic triad는 잘 보존되고 있어 공통조상으로부터 진화되어 왔음을 알 수 있었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제17권4호
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• pp.2311-2314
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• 2016

Pistagremic acid (PA) is a bioactive triterpenoid isolated from various parts of Pistacia integerrima plants. The aim of this research was to investigate PA for reversion of multidrug resistant (MDR) mediated by P-glycoprotein using rhodamine-123 exclusion study on a multidrug resistant human ABCB1 (ATP-binding cassette, sub-family B, member 1) gene-transfected mouse T-lymphoma cell line in vitro. Results were similar to those with verapamil as a positive control. Docking studies of PA and standard Rhodamine123 were carried out against a P-gp crystal structure which showed satisfactory results. Actually, PA cannot bind exactly where co-crystallized ligand of P-gp is already present. However, the docking study predicted that if a compound gives a lesser score then it may have some potency. The docking scores of PA and Rhodamine were similar. Therefore, we can conclude that there are certain important chemical features of PA which are responsible for the inhibiting potency of P-gp.

• 생명과학회지
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• 제17권2호통권82호
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• pp.179-184
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• 2007

단백질 티로신 kinase인 PTK6는 대부분의 유방암에서 과발현되며, 암세포의 증식만을 촉진하는데 역할을 한다. 이 연구에서 PTK6의 활성도메인을 초파리의 peptidoglycan recognition protein (PGRP) -LB 단백질을 퓨전파트너로 사용하여 바큘로바이러스 시스템을에서 과발현하는데 성공하였다. 우리는 PGRP-LB가 바큘로바이러스 시스템에서 잠재적으로 퓨전 단백질로 사용될 수 있는 가능성을 처음으로 발견하였다. 정제된 PTK6단백질은 기존의 박테리아에서 발현된 단백질보다 1.5배 높은 활성을 지녔다. 이 단백질은 PTK6의 분자기전 및 그것의 저해제 개발에 필수적인 결정 구조를 규명하는데 사용될 것이다.

• 대한화학회지
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• 제52권1호
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• pp.36-46
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• 2008

가진 1차 arylselenocarboxylic amide의 고리화는 여러가지 새로운 2,4-diaryl-1,3-selenazoles에 사용되었다. 염소, 브롬, 요오드를 사용한 2,4-diaryl-1,3-selenazoles의 할로겐화는 좋은 수율의 새로운 1,1-dihalo-2,4-diaryl-1,3-selenazoles를 준다. AIDS virus(HIV-1 and HIV-2)에 대하여 몇몇의 1,1-dihalo-2,4-diaryl-1,3-selenazoles의 항바이러스 활성도를 검사하였다. 그것들은 HIV-1에 대한 약간의 대생물활성을 보였다. 모든 화합물은 원소분석, 1H NMR 그리고 질량 분광분석 정보로 구조분석 하였다. 2-(3,4-dimethoxyphenyl)-4-(4-bromophenyl)-1,3-selenazole의 결정구조도 보였다.

• 대한화학회지
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• 제39권9호
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• pp.685-691
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• 1995

결정 분자 궤도함수[EHTB]를 계산할 수 있는 VAX 컴퓨터용 EHMACC와 EHPC 프로그램을, 마이크로-소프트 포트란을 이용하는 PC로 계산할 수 있도록 변환하였다. 이 프로그램을 이용하여 perovskit 구조의 $LaNiO_3$ 단위세포와 ($2{\times}2{\times}1$)으로 확장된 구조에 대한 띠 구조를 계산한 결과, ${\Gamma}{\rightarrow}H,\;H{\rightarrow}N$ 및 $N{\rightarrow}{\Gamma}$ 방향(2차원)에서는 bend gap이 0.35eV인 반도체의 성질을 나타내고, ${\Gamma}{\rightarrow}P$와 $P{\rightarrow}N$ 방향(3차원)에서는 금속성의 성질을 나타내었다. 또 이들 결정에 관한 DOS와 COOP를 고찰한바, $LaNiO_3$에서 산소원자의 DOS는 니켈원자의 결함보다는 산소원자의 위치에 영향을 받아 서로 다른 종류의 산소원자로 존재할수 있음을 알았다.

• 자연과학논문집
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• 제6권1호
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• pp.103-108
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• 1993

Zeolite는 기공을 통한 흡착과 분리작용의 특징을 지닌 흡착제.분리제로서는 물론, 기체나 액체의 건조제 및 촉매로 그리고 화학공학적 공정기술에있어서 혼합물의 분리정제공정에 널리 이용되고 있고, 다른 silica gel, 활성제, 활성 alumina 및 산성백토등에 비하여 독특한 특성을 가지고 있으며, aluminosilicate 광물의 일종인 천연 zeolite가 광물학적 특성과 화학적 표면활성으로 인하여 다방면에 있어서 공업적 이용도가 날로 증가하고 있다. 광물학상 zeolite는 Na, Ca등 양이온을 함유하는 규산염물질로서 산소환의 공경이 $3~11\AA$ 정도인 입체망상구조로 되어있어 탈착이 자유스러운 수분을 함유하고 있으며 광물중에서 양이온 교환능(C.E.C가 대략 100~300)이 대단히 높기 때문에 기체에 대한 선택적 흡착력이 큰 광물로 알려져 있다. 더욱이 천연 zeolite는 토양계량제나 가축사료용, 혼합비료 및 농약등에도 사용되고 있으며 공업용으로 제지원료로서 백색도가 높고 경도가 낮다는 특성뿐만 아니라 단열.보온재 및 건재등 공업재료로서의 활용성, 그리고 흡착제, 흡습제, 건조제, 이온교환체, 증량제 및 molecular sieve로서의 이용은 괄목할 만 하다. 특히 높은 양이온 교환능을 이용한 중금속 발수처리제나 방수성 발수의 처리제, 경수의 연화제로서의 이용도가 높아지고 있어 앞으로 zeolite의 공업화에 따른 새로운 제조방법과 활용가능성을 모색해야 한다.

• Molecules and Cells
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• 제43권9호
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• pp.784-792
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• 2020

Arginine kinase (AK), a bioenergy-related enzyme, is distributed widely in invertebrates. The role of highly conserved histidines in AKs is still unascertained. In this study, the highly conserved histidine 284 (H284) in AK of Daphnia magna (DmAK) was replaced with alanine to elucidate the role of H284. We examined the alteration of catalytic activity and structural changes of H284A in DmAK. The catalytic activity of H284A was reduced dramatically compared to that in wild type (WT). Thus the crystal structure of H284A displayed several structural changes, including the alteration of D324, a hydrogen-bonding network around H284, and the disruption of π-stacking between the imidazole group of the H284 residue and the adenine ring of ATP. These findings suggest that such alterations might affect a conformational change of the specific loop consisting of G310-V322 at the antiparallel β-sheet region. Thus, we speculated that the H284 residue might play an important role in the conformational change of the specific loop when ATP binds to the substrate-binding site of DmAK.

• Journal of Ginseng Research
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• 제45권4호
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• pp.465-472
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• 2021

Background: Ginseng can help regulate brain excitability, promote learning and memory, and resist cerebral ischemia in the central nervous system. Ginsenosides are the major effective compounds of Ginseng, but their protein targets in the brain have not been determined. Methods: We screened proteins that interact with the main components of ginseng (ginsenosides) by affinity chromatography and identified the 14-3-3 ζ protein as a potential target of ginsenosides in brain tissues. Results: Biolayer interferometry (BLI) analysis showed that 20(S)-protopanaxadiol (PPD), a ginseng saponin metabolite, exhibited the highest direct interaction to the 14-3-3 ζ protein. Subsequently, BLI kinetics analysis and isothermal titration calorimetry (ITC) assay showed that PPD specifically bound to the 14-3-3 ζ protein. The cocrystal structure of the 14-3-3 ζ protein-PPD complex showed that the main interactions occurred between the residues R56, R127, and Y128 of the 14-3-3 ζ protein and a portion of PPD. Moreover, mutating any of the above residues resulted in a significant decrease of affinity between PPD and the 14-3-3 ζ protein. Conclusion: Our results indicate the 14-3-3 ζ protein is the target of PPD, a ginsenoside metabolite. Crystallographic and mutagenesis studies suggest a direct interaction between PPD and the 14-3-3 ζ protein. This finding can help in the development of small-molecular compounds that bind to the 14-3-3 ζ protein on the basis of the structure of dammarane-type triterpenoid.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제26권4호
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• pp.634-640
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• 2005

The reaction of cis-[Cr([14]-decane)(OH$_2)_2]^+$ ([14]-decane = rac-5,5,7,12,12,14-hexamethyl-1,4,8,11-teraazacyclotetradecane) with auxiliary ligands {$L_a$ = citrate(cit)} leads to a new dimeric complex cis-[{Cr([14]-decane)($\mu$-cit)}$_2](ClO_4)_2$. This binuclear complex has been structurally characterized by a combination of elemental analysis, conductivity, IR and Vis spectroscopy, mass spectrometry, and X-ray crystallography. Analysis of the crystal structure of cis-[{Cr([14]-decane)($\mu$-cit)})($_2]^+$ reveals that each chromium has a distorted octahedral coordination environment and citrato ligands are monodentate to the two chromium atoms via the carboxyl groups. For dimeric complex the bridging geometry is as follows: Cr$\ldots$Cr = 7.361 $\AA$; Cr-O(average) = 1.958 (8) $\AA$; Cr-N range = 2.108 (9)-2.147(9) $\AA$; N(1)-Cr-N(3) (equatorial position) = 98.0(4)$^{\circ}$; N(2)-Cr-N(4) (axial position) = 166.4(4)$^{\circ}$; O(1)-Cr-N(2) = 98.1(4)$^{\circ}$; O(3)-Cr-N(4) = 96.6(3)$^{\circ}$; O(1)-Cr-O(3) = 90.4$^{\circ}$. The FAB mass spectrum of the dimeric complex displays peak due to the molecular ions cis-[{Cr([14]-decane)($\mu$-cit)})($_2]^+$ at m/z 1053.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제33권5호
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• pp.1581-1585
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• 2012

Two pyridinecarboxamide dicyanidecobalt(III) building blocks and two mononuclear seven-coordinated macrocycle manganese(II) compounds have been rationally selected to assemble cyanide-bridged heterobimetallic complexes, resulting in three cyanide-bridged $Co^{III}-Mn^{II}$ complexes. Single X-ray diffraction analysis show that these complexes $\{[Mn(L^1)][Co(bpb)]\}ClO_4{\cdot}CH_3OH{\cdot}0.5H_2O$ ($\mathbf{1}$), $\{[Mn(L^2)][Co(bpb)]\}ClO_4{\cdot}0.5CH_3OH$ ($\mathbf{2}$) and ${[Mn(L^1)][Co(bpb)]\}ClO_4{\cdot}H_2O$ ($\mathbf{3}$) ($L^1$ = 3,6-diazaoctane-1,8-diamine, $L^2$ = 3,6-dioxaoctano-1,8-diamine; $bpb2^{2-}$ = 1,2-bis(pyridine-2-carboxamido)benzenate, $bpmb2^{2-}$ = 1,2-bis(pyridine-2-carboxamido)-4-methyl-benzenate) all present predictable one-dimensional single chain structures. The molecular structures of these one-dimensional complexes consists of alternating units of $[Mn(L)]^{2+}$ ($L=L^1$ or $L^2$) and $[Co(L^{\prime})(CN)2]^-$ ($L^{\prime}=bpb2^{2-}$, or $bpmb2^{2-}$), forming a cyanide-bridged cationic polymeric chain with free $ClO_4{^-}$ as the balance anion. The coordination geometry of manganese(II) ion in the three one-dimensional complexes is a slightly distorted pentagonal-bipyrimidal with two cyanide nitrogen atoms at the trans positions and $N_5$ or $N_3O_2$ coordinating mode at the equatorial plane from ligand $L^1$ or $L^2$. Investigation over magnetic properties of these complexes reveals that the very weak magnetic coupling between neighboring Mn(II) ions connected by the diamagnetic dicyanidecobalt(III) building block. A best-fit to the magnetic susceptibility of complex ${\mathbf}{1}$ leads to the magnetic coupling constants $J=-0.084(3)cm^{-1}$.