• 한국식물생명공학회:학술대회논문집
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• 한국식물생명공학회 2003년도 식물바이오벤처 페스티발
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• pp.126-126
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• 2003

• 생명과학회지
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• 제24권11호
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• pp.1187-1192
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• 2014

고추는 한국, 중국, 멕시코를 포함한 온대 및 아열대 지역을 중심으로 전세계적으로 전형적인 향신료로 식용되고 있으며 그 생산량 및 사용량은 해마다 증가하는 추세에 있다. 고추역병균인 Phytophthora capsici는 고추의 생산에 있어, 질적, 양적으로 많은 피해를 야기하는 식물병원균으로 알려져 있다. 난균강에 속하는 이 병원균은 기주식물의 뿌리, 줄기, 잎과 함께 과실에 이르기까지 식물체 전체를 가해한다. 고추역병의 발병을 분자수중에서 이해하기 위해서는, 발병과정에서 발현되는 유전자에 대한 연구분석이 필수적이며, 이를 위해 최근 개발되어 응용되고 있는 발현서열표지(expressed sequence tags, ESTs)의 분석을 시도하였다. 고추역병균을 접종한후 3일째 발병초기의 고추잎으로부터 추출한 total RNA를 이용하여 고추-고추역병균 발병초기 cDNA library를 구축하였다. 이 cDNA library에서 무작위로 선발된 5,760 clone에 대하여 말단 염기서열 분석을 수행하여 5,148개의 양질의 염기서열을 확보하고 contig assembly에 적용한 결과, 2,990개의 unigenes을 확보하였다. 이들 2,990개의 unigenes에 대한 BLASTX를 이용한 상동성 분석결과, 2,409개가 기존에 알려진 서열과 matching을 보였으며, 이중 606개가 기능적으로 구분되었다.

• 생명과학회지
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• 제23권1호
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• pp.8-14
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• 2013

고추 탄저병균의 포자 발아 단계에서 발현되는 유전자를 파악하기 위해 포자 발아단계cDNA library를 제작하고, 임의로 선택된 cDNA clone들에 대한 EST sequencing을 실시하였다. 총 983개 EST를 확보하여 contig assembly를 실시한 결과, 197개 contigs와 267개 singletons으로 조합되어, 최종적으로 464개의 유전자를 동정하였다. 464개 유전자 서열에서 유추한 아미노산 서열을 이용한 상동유전자 검색을 통해 절반의 유전자가 GenBank에 기존 등록된 유전자와 유의성 있는 유사성을 보였다. 가장 높은 빈도로 발현된 유전자는 elongation factor, histone protein, ATP synthease, 14-3-3 protein, clock controlled protein을 암호화하는 유전자들이었다. 그리고 고추 탄저병균의 세포 발달과정에 관여 하는것으로 추정되는 GTP-binding protein, MAP kinase, transaldolase, ABC transporter 유전자들도 검출되었다. 또한 고추탄저병균의 병원성에 영향을 미치는 것으로 파악되는 ATP citrate lyase, CAP20, manganese-superoxide dismutase 유전자들도 검출되어, EST sequencing 을 통한 세포 발달 단계 발현 유전자 탐색이 효과적임을 알 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제31권5호
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• pp.733-739
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• 2021

Acinetobacter strains are widely present in the environment. Some antimicrobial-resistant strains of this genus have been implicated in infections acquired in hospitals. Genetic similarities have been reported between Acinetobacter strains in nosocomial infections and those isolated from foods. However, the antimicrobial resistance of Acinetobacter strains in foods, such as meat, remains unclear. This study initially aimed to isolate Campylobacter strains; instead, strains of the genus Acinetobacter were isolated from meat products, and their antimicrobial resistance was investigated. In total, 58 Acinetobacter strains were isolated from 381 meat samples. Of these, 32 strains (38.6%) were from beef, 22 (26.5%) from pork, and 4 (4.8%) from duck meat. Antimicrobial susceptibility tests revealed that 12 strains were resistant to more than one antimicrobial agent, whereas two strains were multidrug-resistant; both strains were resistant to colistin. Cephalosporin antimicrobials showed high minimal inhibitory concentration against Acinetobacter strains. Resfinder analysis showed that one colistin-resistant strain carried mcr-4.3; this plasmid type was not confirmed, even when analyzed with PlasmidFinder. Analysis of the contig harboring mcr-4.3 using BLAST confirmed that this contig was related to mcr-4.3 of Acinetobacter baumannii. The increase in antimicrobial resistance in food production environments increases the resistance rate of Acinetobacter strains present in meat, inhibits the isolation of Campylobacter strains, and acts as a medium for the transmission of antimicrobial resistance in the environment. Therefore, further investigations are warranted to prevent the spread of antimicrobial resistance in food products.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.28-28
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• 2022

This paper presents the first genome assemblies of Philippine mangoes that provide valuable reference for varietal improvement and genomic studies on mango and related fruit crops. WE sequenced whole genomes of3 species, Mangifera odorata (Huani), Mangifera altissima (Paho), and Mangifera indica 'Carabao' (Sweet Elena). 'Carabao' is the major export variety of the Philippines; Paho is identified as vulnerable by the IUCN Red List of Threatened Species; Huani has fruit sap acrid which is the primary defense mechanism against insects and birds. We used Falcon, a diploid aware -de novo assembler to assemble SMRT generated long-read sequences. Falcon-unzip was employed to phase the output assembly producing larger contig sets (primary contigs) and shorter contigs corresponding to haplotypes (haplotigs). Assembly statistics were generated by comparing the assembly to a reference genome, Tommy Atkins, using Quality Assessment Tool (QUAST). Moreover, the extent of duplication and completeness of gene content was measured using Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO). Draft assemblies with high duplications were processed using Purge Haplotigs and Purge Dups to lessen duplications with minimal impact on genome completeness. De novo assemblies of Huani, Paho and 'Carabao' were then generated with primary contig sizes of 463.64 Mb, 508.95 Mb and 401.51 Mb respectively. These draft assemblies of Huani, Paho and 'Carabao' showed 96.90%, 95.17% and 99.07% complete BUSCOs respectively which is comparable to 'Tommy Atkins' genome (98.6%). Using two mango transcriptome data (pooled RNA-seq from different mango varieties and tissues), 91-96% or 24-30 million reads were successfully mapped back for each generated assembly indicating high degree of completeness. The results obtained demonstrated the highly contiguous, phased, and near complete genome assembly of three Philippine mango species for structural and functional annotation of gene units, especially those with economic importance.

• 한국잠사학회:학술대회논문집
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• 한국잠사학회 2003년도 International Symposium of Silkworm/Insect Biotechnology and Annual Meeting of Korea Society of Sericultural Science
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• pp.23-23
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• 2003

We made use of 81, 635 expressed sequence tags (ESTs) derived from 12 different cDNA libraries of Bombyx mori to identify high-quality candidate single nucleotide polymorphisms (SNPs). By PHRAP assembling, we obtained 12, 980 contigs containing 11, 531 contigs assembled by more than one reads. From 117 contig sequences, which were assembled by 1, 576 high-quality reads base-called with PHRED, we identified 101 candidate SNPs and 27 single base insertions/deletions based on a neighborhood quality standard(NQS) of SNP. (omitted)

• Genomics & Informatics
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• 제5권1호
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• pp.30-31
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• 2007

Many visualization tools have been designed to aid information processing during whole genome projects. We have developed a trace viewer program, ChroView, which can read a chromatogram file and display the chromatogram traces of the four bases. The program can be used to examine sequencing quality and base-calling errors. It can also help researchers to edit and save base-calling results while browsing the traces. Additionally, this program has a basecalling feature which can produce supplementary data for validation of the results from other base-calling programs.

• 미생물학회지
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• 제53권2호
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• pp.146-148
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• 2017

국내 비육돈에서 분리된 Lactobacillus reuteri KLR3004 유산균주의 분석을 실시하였다. 이 유전체 초안은 크기가 1,996,237 bp이며 G+C content (%)는 38.75%이다. 이 초안속의 149개 contig들로부터 1,837개의 단백질 코딩 유전자가 예측되었다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제64권3호
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• pp.599-602
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• 2022

A new bacteriocin-producing lactic acid bacteria isolated from kimchi was identified as Lactococcus lactis JNU 534, presenting preservative properties for foods of animal origin. In this study, we present the complete genome sequence of the bacterial strain JNU 534. The final complete genome assembly consists of one circular chromosome (2,443,687 bp [base pair]) with an overall GC (guanine-cytosine) content of 35.2%, one circular plasmid sequence (46,387bp) with a GC content of 34.5%, and one circular contig sequence (7,666 bp) with a GC content of 36.2%.

• 생명과학회지
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• 제30권3호
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• pp.291-297
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• 2020

본 연구는 차세대 염기서열 분석법(NGS)을 이용하여 방어의 microsatellite 마커를 개발하고, 개발된 마커를 이용하여 방어 집단의 유전적 특성을 분석하기 위해 수행되었다. 차세대 염기서열 분석 장비인 Illumina Hiseq2500를 이용하여 총 28,873,374개의 read들을 얻어 assembly를 수행한 결과, 전체의 약 1.6%에 해당하는 466,359개의 read들이 assembly 되었으며, 이 read들의 총 길이는 7,247,216,874 bp로 확인되었다. 크기가 518 bp 이상이 되는 contig는 30.729개로 나타났으며, 이 중 microsatellite 영역을 포함하는 contig 132개(0.43%)를 1차로 선별하고, PCR 증폭 여부 및 유전자형 분석을 통해 microsatellite 후보 60개를 2차로 선별하였다. 그 중 방어집단의 마커로서 유용한 15개의 microsatellite 마커를 선택하였다. 방어집단을 대상으로 개발된 15개의 microsatellite 마커로 분석한 결과, 관찰된 유효 대립유전자수(N_A)는 평균 18.5(11~30)로 나타났다. 평균 관측치 이형접합도(H_O)와 평균기대치 이형접합도(H_E)는 각각 0.812(0.431~0.972)와 0.896(0.782~0.949)으로 나타났다. 다형성이 관찰된 모든 microsatellite 마커 간의 연관불평형은 나타나지 않았으며, 해산어의 평균 H_E 값인 0.79 이상의 수치를 나타내었다. 따라서 본 연구에서 개발된 15개의 microsatellite 마커는 방어 집단의 유전적 다양성 분석에 유용할 것으로 사료된다.